列侯全部受到了封賞，等到有關部門奏請排列他們位次的時候，群臣們都不約而同地說：「平陽侯曹參，作戰時身受創傷七十多處，攻城拔寨，功勞最大，理應位居第一。」當時，劉邦已經折服了功臣，多封了蕭何土地，而至於位次，他沒有理由再反駁功臣們，但是，他心裡還是希望把蕭何排在首位。此時，關內侯鄂君向他進言說：「陛下，群臣的議論都錯了。曹參雖然有野戰的功勞，但這只是一時的事情。陛下與楚軍相持了五年，多次失軍亡眾，軍隊大量減員。然而，蕭何卻屢次從關中征發軍隊，充實前線。這些都不是陛下命令他做的，而他卻在陛下最危急的時刻派出了援軍。楚漢兩軍當年在滎陽對壘數年，我軍缺少糧食儲備，蕭何便從關中經過水路來運糧，使得軍糧的供應從沒有間斷。陛下雖然多次丟失崤山以東的地區，然而蕭何卻一直保全著關中地區，以此來等待著陛下。這些都是萬世不朽的功勞啊！如今，即使沒有上百個像曹參這樣的人，漢室也不會有什麼缺失。漢室得到了曹參，未必就要依靠他來保全，怎麼可以讓一時的功勞凌駕於萬世的功勞之上呢？位次的排定，蕭何理應第一，曹參第二。」劉邦聽了之後，拍案叫好。於是，朝廷確定蕭何的位次為首，恩賜他可以帶劍、穿鞋上殿，上朝的時候可以不必按照常禮小步快走。
事後，劉邦又對眾人說：「我聽說推薦賢人要受上等賞賜。蕭何的功勞雖然很高，但是經過鄂君的申辯才得以更加明顯，得到百官認可。」劉邦便根據鄂君原來受封的關內侯的食邑，將其晉封為安平侯。蕭何的父子兄弟十多人，個個都得到了食邑、封賞，蕭何本人也被朝廷加封二千戶，以此來報答劉邦當年到咸陽服差役的時候，蕭何比其他人多送二百錢的路費的恩情。
功高震主
蕭何與劉邦的關係好比是自家兄弟一樣，親密無間。但是，他們從根本上說，畢竟還是君臣關係。蕭何為了建立漢朝，立下的功勞有目共睹，而中國的一句古話——功高震主，卻同樣發生在這個人身上。
早在漢高祖三年，劉邦與項羽在京、索地區對峙時，劉邦多次派出使臣來慰勞丞相蕭何。一位名叫鮑生的賢者對蕭何說：「漢王風餐露宿，卻多次派使臣來慰勞您。這是漢王對您有疑心。為您著想，您不如讓自家的子孫兄弟之中能打仗的人全部到漢軍中去效力。這樣，漢王必定會更加信任您。」蕭何按照鮑生的建議去做，劉邦果然十分高興，心裡不再對蕭何產生猜忌。
漢高祖十一年，將軍陳豨反叛，劉邦親自率軍平叛，到達了邯鄲。平叛的戰爭尚未結束，淮陰侯韓信又在關中謀反。呂後見劉邦不在，就當機立斷採用了蕭何的計策，迅速誅滅了韓信叛亂集團。劉邦得知這個消息，特意派使臣回京，拜丞相蕭何為相國，加封五千戶，並且專門為相國配備了由一名都尉和五百名士卒組成的衛隊。眾人見蕭何再次加官進爵，紛紛前來祝賀，唯獨召平來哀吊。召平，原本是秦朝的東陵侯，秦朝滅亡以後，他淪落為平民。因為家裡貧窮，召平便在長安城東種瓜。他種的瓜味道鮮美，人們稱其為「東陵瓜」，這種瓜是因為召平的封號而得名。召平對蕭何說：「您的禍患從此就開始了。皇上整日風吹日曬、在外征戰，而您則留守關中，絲毫沒有戰場危險。皇上反而增加您的封邑並且為您配備衛隊，這是因為淮陰侯剛剛在京城謀反，天子也對您產生了懷疑之心。皇帝設置衛隊保護您，表面上看是因為對您的寵愛，實際上這是對您進行監視。希望您不要接受朝廷的加封，把全部家產捐作軍費。只有這樣，天子心裡才會高興。」蕭何這時才明白自己的真實處境，就按照召平的意見去做，劉邦真的大為歡喜。
第二年秋天，黥布謀反，劉邦再次御駕親征，雖然遠離京城，卻又多次派人回京詢問相國的所作所為。蕭何因為高祖統軍在外，就安撫、勉勵百姓，把自己的全部家財捐作軍費，與當初討伐陳豨叛亂時的做法一樣。有一個門客勸告蕭何說：「您距離滅族不遠了。您位居相國，功勞天下第一，還能再提高自己的地位與功勞嗎？您剛進入關中就深得民心，至今已經有十餘年了，百姓都親附您。而現在，您還在孜孜不倦地做事，以此博得百姓更大愛戴。天子之所以多次派人詢問您的作為，是害怕您割據關中謀反。如今，您為什麼不多買田地，用低價來賒借，敗壞自己的名聲呢？這樣，皇上才會安心。」蕭何無奈，為了解除劉邦的戒心，就按照這個人的話去做，自己的名聲因此得到敗壞。但是劉邦卻鬆了一口氣，對他更加放心了。