孔子說：「不是嘛！君子最怕自己死後不能流芳百世。我的主張不能實行，我靠什麼給後人留下好名聲呢？」於是，他根據魯國的史記創作了《春秋》一書。此書上起魯隱公，下至魯哀公十四年，記載了魯國的十二位國君在位時期的歷史。它以魯國為中心進行記述，尊奉周王室為正統，借鑒了殷代的舊制度，上推而繼承了三代的法統，文辭簡約而意旨廣博。吳、楚的國君自稱為王，《春秋》貶稱其為子爵；踐土會盟，實際上是晉國國君召周王去的，而《春秋》對此則避諱說：「周王到河陽巡狩。」依此類推，《春秋》一書以此為準繩，褒貶當時的人和事。後代國君中有的對此書加以倡導、推廣，使其蘊涵的義法通行，那樣，天下的亂臣賊子就會感到恐懼了。
孔子任職期間，審理訴訟案件，如果文辭上存在可以和別人商議的地方，他就決不獨自決斷。至於《春秋》的寫作，孔子該寫的一定寫，應刪的一定會刪去，甚至連子夏這些長於文字的弟子，都不能對《春秋》增刪一個字。孔子對學習《春秋》的弟子們說：「後人知道我孔丘，是因為《春秋》這部書，而要是怪罪我也是因為該書。」
一年以後，子路死在衛國。孔子也病了，子貢來探望他。而孔子正拄著枴杖在家門口悠閒的散步，他看見子貢，問他說：「賜，你為什麼來的這麼晚啊？」隨即，孔子歎息，唱起了哀怨的歌曲：「泰山要倒塌了！樑柱要折斷了！哲人要凋謝了！」同時，孔子落下了傷心的眼淚。他又對子貢說：「天下失去常道已經很久了，沒有人能遵循我的主張。夏代人死了，棺木停放在東台階，周代人死了，棺木停放在西台階，殷代人死了，棺木停放在廳堂的兩根柱子中間。昨晚，我夢見自己坐在廳堂的兩根柱子中間，接受他人的祭奠。我原本就是殷人啊。」七天以後，孔聖人去世，享年七十三歲。
聖人身後
孔子去世以後，魯哀公致悼詞說：「老天爺不仁慈，不肯留下這位老人，丟下我一個人在位，我既孤獨又傷痛。啊！多麼悲痛！尼父，我顧不得用禮法約束自己了！」子貢聽到這個悼詞以後，反駁說：「魯國國君難道不會終老於魯國嗎？先生曾經說過：『禮法喪失就會昏亂，名分喪失就會出現過失。意志喪失就會昏亂，失去所宜就會出現過失。』先生生前，魯國國君不能重用他；去世以後，魯國國君寫祭文來哀悼他。這是不符合禮法的。他以諸侯的身份而自稱『我一個人』，這是不符合名分的。」
孔子去世以後，被葬在魯城以北的泗水岸邊，弟子們服喪三年。三年喪期完畢，大家相對哭泣、各又盡哀，大部分人告別離去，有的卻留在了魯城。只有子貢在孔子的墓旁搭了一間小屋，守墓共達六年，然後才離去。後來，孔子的弟子與其他的魯國人前往孔子墓地居住，逐漸達到了百餘家。因此，這裡後來被命名為孔裡。魯國人世代相傳，每年都按時到孔子的墓前祭拜，而儒生們也在那裡講習禮儀，舉行鄉飲、射禮等活動。孔子的墓地有一頃面積。孔子故居的堂屋以及弟子們居住的內室，後來就改建成了孔廟，收藏孔子生前使用過的衣冠、琴瑟、車輛、書籍等物品，這種傳統被一直延續下去。漢代的時候，高皇帝劉邦經過魯地，用太牢的禮儀祭祀孔子。而魯地的諸侯、卿相一到任，常常先是到孔子墓地去拜謁，然後才開始處理政務。
孔子生下了孔鯉，孔鯉先於孔子去世。孔鯉生下了子思，子思曾經創作了《中庸》。其他的孔氏後人中，比較著名的有孔付，他曾經做過漢惠帝的博士，後來被提升為長沙太守，身高達到了九尺六寸。孔安國是漢武帝時期的博士，官至臨淮太守，但是短壽早死。