孔子晚年喜歡鑽研《易經》，並且詳細解釋了《系》、《象》、《說卦》、《文言》等篇。他對《易經》愛不釋手，以至於韋編三絕。他說：「如果我還能多活幾年的話，那麼，對《易經》的文辭和義理就能充分掌握了。」
孔子用《詩》、《書》、《禮》、《樂》作為教材，跟隨他學習的弟子大約有三千人，其中，精通六藝的有七十二人。至於像顏濁鄒那樣的、多方面受到孔子教誨而不在七十二弟子之列的人，則非常的多。
孔子教育弟子注重抓四個方面：學問、言行、忠恕、信義。他要求弟子們嚴格執行四禁：不揣測、不武斷、不固執、不自以為是。他認為應該謹慎處理的是：齋戒、戰爭、疾病。孔子很少談及利益，如果談及，就和命運、仁德聯繫起來。孔子授課，不到弟子難得發急時，就不去啟發、開導他。如果弟子們不能舉一反三、觸類旁通，孔子就不再講授新課。
聖人為人
孔子在家鄉的時候，謙恭的像個不善言談的人。但是，在宗廟祭祀和朝廷議政的時候，他的言辭卻明晰通達、滔滔不絕，但卻很謙恭、小心。上朝的時候，孔子和上大夫交談，態度和氣、中正自然；和下大夫交談，理直氣壯、和樂輕鬆。他進入國君的宮門，就保持低頭、彎腰的恭敬姿勢；快到國君跟前的時候，他小步快行，兩臂後伸，恭敬有禮。國君命令孔子接待賓客，他的表情便十分莊重認真。國君如果召見他，孔子不等車駕備好，就先出發了。
魚如果不新鮮，肉已經變了味，或者不按照規矩切割，孔子都不吃。席位不端正，孔子就不就座。在有喪事的人旁邊吃飯，孔子從來不吃飽。別人哭泣的時候，孔子從來不唱歌。如果看見身著喪服的人或者是盲人，即便那人是小孩，孔子也必定改變面容，來表示悲慼、同情。
孔子說過：「三人行，必有我師。」他又說過：「道德的不修明，學業的不探求，聽到正義的事情不能前往學習，對於缺點、錯誤不能馬上改正，這些都使我憂慮。」孔子請人唱歌，如果人家唱得好，孔子就請他再唱一遍，而自己也跟著一塊唱。對於怪異、暴力、婬亂、鬼神的事情，孔子從來不談論。
子貢曾經對孔子說：「先生在文獻方面成就卓著，這我們是知道的。而您講的天道與人生命運的深奧見解，弟子們就不懂了。」顏淵也曾經感慨地說：「弟子對老師的學問越敬慕，就越是覺得它無比的崇高；鑽研越深，就越覺得它堅實深厚。先生善於循序漸進的誘導學生，用典籍文章豐富弟子的知識，用禮儀道德規範弟子的言行，弟子縱然想要停止學業都是不可能的。我已經竭盡了自己的才智，好像有所收穫，而老師的學問卻依然高不可及。達巷這個地方的黨人對我說過：『孔子是多麼的偉大啊！他博學多才卻不專一名家。』」孔子聽到這些話以後，都隨之一笑地說：「我要專於什麼呢？專於趕車？還是專於射箭？我還是專於趕車吧。」對此，弟子子牢回憶說：「老師曾經說過：『因為沒有被世主任用，所以我才有閒工夫學了許多的技藝』。」
聖人暮年
魯哀公十四年的春天，哀公在大野地方狩獵。為叔孫氏趕車的鋤商獵獲了一頭怪獸。人們認為這是不祥的兆頭。孔子看了看怪獸，對眾人說：「這是麒麟啊！」於是，哀公命人將它取走。孔子慨歎地說：「神龍不會再背著寶圖出現在黃河上，神龜也不會再背著洛書出現在洛水上了。我的生命即將完結了！」
之前，顏淵死後，孔子悲傷地說：「這是老天爺要我死啊！」等到他跟隨國君去西邊狩獵而見到了麒麟，孔子感慨地說：「我的主張到頭了！沒有人能瞭解我了！」子貢不明白，問孔子說：「您為什麼認為沒有人能瞭解您了呢？」孔子回答說：「我從不怨天尤人，下學人事，上通天理，所以，瞭解我的只有上天了！」
孔子說：「不降低自己的志向，不使自己的人格受侮辱，只有伯夷、叔齊兩個人能夠做到吧！」他又說：「柳下惠、魯少連降低了自己的志向，使自己的人格受到了侮辱。虞仲、夷逸隱居，不言世事，行為清高、純潔，對自我的廢棄合於權變。我和這些人就不同了，既沒有絕對的可以，也沒有絕對的不可以。」