一、這部書以學術價值為前提。不滿足於「言必有據」、「無一字無出處」，而是力求在史實上考訂準確。有些問題難以下結論，只好暫時存疑，同時在正文或註解中指出疑點所在。
二、引用材料盡可能保持原文，不改譯成現代漢語——盡避這樣做對某些讀者更方便，但史學工作者和有一定文化素養的文史愛好者大抵是喜歡看到史籍原文的。凡屬本書作者認為是後人托名偽造的文獻一概摒棄不用，如明末遺民劉彬的《晉王李定國傳》之類。
三、南明史事頭緒紛雜，本書既不能寫成通鑒體，又不能寫成紀事本末體，為方便計大致按照時間順序就問題分章節敘述，章節間盡量互相照應。
四、在時間上年份一般註明相應的公歷，月日一律用舊歷，以便於查對引用書目。
五、對南明以來包括「正史」、野史、「遺民」作品直至近人影響較大的著作中存在的謬誤或偏見，在適當地方依據準確史料予以澄清，以免以訛傳訛。
六、本書引用史料大多數是作者在各圖書館和檔案館閱讀時抄錄的筆記，雖在摘錄時經過核對，力求準確，也不敢說絕對沒有筆誤。如果有人未見原書而從本書中轉引史料，請註明引自本書。這不僅是著作權問題，更重要的是對讀者負責和學術上的良心體現。
七、在史學著作中附上插圖和地圖，有助於增加閱讀的興趣並提供方便。本書在撰寫過程中也頗有此意，收集了一些圖片。然而，南明史牽涉面太廣，選用插圖和繪製地圖成了一個難題。何況，南明是失敗的一方，保留下來的實物絕大多數不是最有代表性的。如果要照顧到方方面面，勢必出現能找到什麼就拿出什麼，未必能取得較佳效果。南明實物圖片在相關著作中製版印出者業已不少，如台灣出版之《鄭成功全傳》書首圖片即多達五十一頁，永歷「敕命之寶」已在數種書籍中刊出圖片，南明一些重要人物的文籍也往往附有作者畫像、手跡照片，各政權發行的貨幣見之於多種圖集。本書若大批選入既缺乏新鮮感，又必然加重讀者負擔。猶豫再三，暫付闕如。如有再版機會再視情況而定。