南明的歷史在我國史冊上佔有重要的地位，它包括了大順軍攻克北京以及隨之而來的清兵進入山海關問鼎中原以來一直到康熙三年（1664）夔東抗清基地覆滅的各地反清運動的歷史。從不同的角度看，它是群雄爭霸，又是明朝的延續，也是清初歷史的一個主要組成部分。稱之為南明，是因為以崇禎皇帝朱由檢為首的在北京的明朝廷業已覆亡，這段時期的戰鬥主要在南方展開，又是在復興明朝的旗幟下進行，而弘光、隆武、魯監國、永歷朝廷都是在南方建立的。但是，抗擊清朝的暴虐統治，並不僅僅局限於南方，陝西、甘肅、山西、河北、山東、河南等地的抗清運動連綿不斷，波濤疊起，清廷統治者多次感到患生肘腋，不得不動用重兵圍剿。這是就地域而言，南明史的覆蓋面並不只限於南方。如果就時間來探討，南明史的上限過去和現在的史學家大抵是以弘光朝廷在南京繼統為標誌，本書作者認為南明的歷史應該從甲申三月十九日北京被大順軍攻克、崇禎朝廷覆亡開始。這是因為朝廷雖然覆亡，明朝政權仍然控制著江南半壁江山，盡避在具體時間上（即1644年三月至五月）相差不遠，但我們應該著眼於全國形勢的演變，而不能拘泥於南明帝位的繼統。如果因為甲申三月十九日到同年五月初三日明朝統治區沒有皇帝（或監國）而把這段時間排除在南明史以外，就會在後來的歷史敘述中難以自圓其說，因為弘光帝被俘在1645年五月，隆武帝繼統在同年閏六月；隆武帝被擒殺在1646年八月，永歷帝繼統在同年十月，其間都有一兩個月的帝位空缺。「國統」三絕不等於南明史三絕，這是稍加思索就能明白的道理。同樣理由，南明史的下限不以1662年永歷帝朱由榔被俘殺告終，而是以李來亨茅麓山戰役作為結束。當然，把南明史的下限一直拉到清康熙二十二年（1683）施琅進軍台灣，鄭克塽、劉國軒投降，也是一種認識和敘述的方法，因為鄭氏家族在台灣始終奉行明朝永歷正朔，雖然皇帝和朝廷早已不存在。本書沒有採取這種方法，原因是康熙十二年到二十年（1673—1681）發生了三藩之變，其間鄭經是參與了的。三藩之變同明清之際的一系列重大事件有密切關聯。三藩（若考慮到原定南王藩下的孔四貞、孫延齡夫婦、線國安等人，也可以說是四藩）的形成實際上是由於滿洲貴族因自身力量不足以征服全國不得不籠絡一部分漢族軍閥，而且這次變亂也確實帶有民族鬥爭的色彩；可是把三藩之變同南明史扯在一起畢竟不大合適。所以，在本書中敘述鄭氏家族事跡僅限於鄭成功去世為止。
這本書同過去各種南明史著（自清初以來）相比較，有兩個主要的特點。一是它基本上是以大順軍餘部、大西軍餘部、「海寇」鄭成功等民眾抗清鬥爭為主線，而不是以南明幾個朱家朝廷的興衰為中心。二是貫串全書的脈絡是強調歷時二十年漢族和其他民族（如西北等地的回族、西南等地的多種少數民族）百姓反抗滿洲貴族征服鬥爭終歸失敗的主要原因是內部矛盾重重、勾心鬥角，嚴重分散、抵消了抗清力量。多爾袞、福臨等滿洲貴族不僅代表著一種比較落後的生產方式，而且兵力和後備兵員非常有限，單憑自己的八旗兵根本不可能征服全國，漢族各派抗清勢力的失敗在很大程度上是自己打倒了自己。說得準確一點，明清易代，是中華民族內部一個落後的人數不多卻又是驃悍的滿族上層人士勾結漢族中最反動的官紳地主利用矛盾坐收漁翁之利，竊取了農民大起義的勝利果實。滿洲貴族入主中原以後，在較為先進的漢文化影響下，自身發展取得階段性的飛躍。清王朝在一段時期裡是朝氣蓬勃的，國勢相當強盛，對於中國這個多民族國家的奠定起了重要的積極作用。然而，就另一方面來說，滿洲貴族推行的民族歧視政策引起國內政局大動盪，打斷了中國社會發展的正常進程，也是不容忽視的。
歷史進展的事實提供了最有力的證據。中國在明朝中期以前在世界上處於領先地位，中期以後在科學技術等方面已經逐漸落後，但是直到明朝末年中國同西歐國家之間的差距並不大，被大順軍推翻的明朝最後一個皇帝朱由檢統治時期還是孜孜於引進西方科技，特別是火器和歷算，不少士大夫也拋除畛域之見，注意吸收西方的新知識，盡避他們的目的是為了挽救行將滅亡的明帝國。清朝統治的建立是以全國生產力大幅度破壞為代價的，穩定後的統治被一些人大加吹捧，稱之為康雍乾盛世。正是當中國處於這種「盛世」的一百多年裡，同西方社會發展水平的距離拉得越來越大。「盛世」過後不到五十年（如果按照某些學者吹捧康、雍、乾三帝的思路來看，乾隆之後在位二十五年的嘉慶也應該算是個勵精圖治的好皇帝，至少不能說是無道昏君），爆發了中英鴉片戰爭，隨之而來一幕幕喪權辱國的悲劇，使大清帝國的腐朽落後暴露無遺。本書作者在所著《明末農民戰爭史》中以確鑿的事實證明了大順軍推翻明王朝接管整個黃河流域幾乎對社會生產沒有造成什麼破壞，並且掃蕩或狠狠打擊了那些嚴重阻礙生產力發展的貴族官紳勢力。如果這一勢頭不被滿洲貴族和變節的吳三桂等漢族軍閥官紳所打斷，中國社會將在明代已經取得的基礎上實現較快的發展，近三百來年的歷史也許是另外一種樣子。「以史為鑒」是中國的傳統，可惜過去絕大多數史家製作的鏡子裡，侏儒們被拔高了，堅毅挺拔的形象被歪曲了，甚或被擠出了鏡框以外，成了道地的哈哈鏡。本書作者力圖運用可靠的史實，重新描繪明清易代的這段歷史；由於材料的不足，肯定不能盡如人意。希望通過這部書的出版，給讀者提供一些較為接近真相的描述和論點。
也許有人在看了這本書以後，會斷言作者批判的鋒芒只是指向清朝統治者（包括滿洲貴族和漢族官紳中的擁清派），而對起自農民的大順軍和大西軍則出於偏愛而處處掩飾。這是不正確的。因為書中首先批評了李自成領導的大順政權在關鍵時刻在政治上和軍事部署上犯下了難以挽回的大錯，後面又指出了在李自成犧牲以後大順軍始終沒有形成一個較為穩定的領導核心，長期各自為戰，未能在抗清鬥爭中發揮更大作用。對張獻忠的非議在《明末農民戰爭史》內已說得很清楚；孫可望在前期是位出類拔萃的人物，後來飛揚跋扈，導致大局逆轉，終至眾叛親離，倉皇出降，本書毫無回護之處。至於南明政權的腐朽、內訌本書同樣作了如實的揭露。讀者不難發現，書中不僅鞭笞了朱由崧、朱常淓、朱由榔等南明統治者的昏庸懦弱，對一些直到現在仍備受人們景仰的人物如史可法、何騰蛟、瞿式耜、鄭成功都頗有微詞。有的讀者可能會問：你對南明許多傑出人物是不是指責得過分了一點？我的回答很簡單，如果這些著名人物都像歷來的史籍描寫的那麼完美，南明根本不會滅亡，這些人也將作為明朝的中興將相名垂青史。
歷史進程的必然性和偶然性是史學界長期關心的問題。在我看來，必然性只有一條：就是社會要發展，要前進；其間可能出現短期的逆轉和曲折。至於統治王朝的建立和統治者的更替大抵都屬於偶然因素。只不過人們太習慣於把既成事實當作歷史必然，就本質而言，這同封建史籍中的「天命眷顧」沒有多大區別。明朝自萬曆中期以來，朝政日益腐敗，內憂外患紛至沓來，覆亡不可避免，接替的可能是大順王朝，可能是清王朝，甚至可能是孫可望掌握實權的朝廷，也不能排除在較長時間處於分裂的局面。本書作者著重分析的是各派勢力的成敗得失，而以哪一種勢力取勝對中國社會生產破壞最小，最有利於推動我國社會前進為褒貶的標準。講必然性，我認為在當時社會條件下，明朝覆亡以後，中國仍將建立一個封建王朝，社會仍將處於封建制度的框架內（商品經濟的發展或萎縮將視社會生產力的發展或破壞而定），只有這一點是肯定的。差異在於各派勢力實行的政策和手段不同，對中國社會發展進程的影響也將不同。如果把既成事實都說成是歷史的必然，那麼，學習和研究歷史就沒有多大用處。歷史科學的萬古常青，就是教導後來者借鑒歷史上成功的經驗，避免重蹈失敗的覆轍，使我們的事業做得更順一些，不要倒行逆施，為中華民族的興盛作出貢獻。時髦了一陣的「史學危機」論可以休矣，明智的中國人將從自己豐厚的歷史遺產中汲取教益，把振興中華的宏偉事業推向前進。