朱齡石，字叫伯兒，沛郡沛縣人。世代為將，伯父朱憲和朱斌都是西中郎袁真的高級軍官。桓溫到壽陽討伐袁真，袁真因為朱憲兄弟暗中溝通桓溫，而把他們一塊殺掉，朱齡石的父親朱綽逃走歸附桓溫。壽陽平定，袁真已經死去，朱綽則挖出棺材斬殺他的屍體。桓溫十分氣憤，要把他斬首，由於桓溫的弟弟桓沖的請求而得以赦免。朱綽蒙受了桓沖的再生之恩，侍奉桓沖如同父親。職位曾為西陽、廣平太守。後來桓衝去世，朱綽口吐鮮血而死。
朱齡石少年的時候喜好練武，行為很不檢點，他的舅舅淮南蔣氏才能低劣，朱齡石讓舅舅躺在大廳裡，剪一塊一寸見方的紙片貼在舅舅的枕頭上，用刀子遠遠地投擲，相隔八九尺，百擲百中。舅舅害怕朱齡石，始終不敢動彈。舅舅的頭上有一顆大瘤子，朱齡石趁他睡覺的時候偷偷地給他割除，結果死去。
宋武帝攻克了京城，任命他為建武參軍。隨從武帝到了江乘，即將參加戰鬥，朱齡石說自己家族世代蒙受桓氏的恩惠，不能容許以刀兵相對，請求留在軍隊後方。武帝認為他很義氣，從而答應了他。任命他為鎮軍參軍，調任武康縣令。本縣人姚系祖專門從事搶劫，郡縣官員都害怕他，不敢進行討伐，朱齡石到了縣裡，假裝與他友好，召他擔任參軍，姚系祖依恃強悍，便出來應召。朱齡石於是將他殺掉，攻襲他的家園，把他的兄弟全部殺死，由此整個地區得到肅清。後來兼任中兵。朱齡石有軍事才幹，又精於文官職務，武帝十分親近和重用他。後來平定盧循有功，被封為西陽太守。
義熙九年(413)，調任益州刺史，作為元帥討伐蜀地。開始，武帝和朱齡石密謀進攻奪取地盤，說：「劉敬宣往年出兵黃武，無功而回。賊軍認為我們現在應該從外水前往，而估計我們當會出其不意可能要從內水攻來，必定派重兵守衛涪城以防備內道。如果開往黃武，正好陷他們的詭計。現在以主力從外水進取成都，而以疑兵出內水，這才是制敵的奇策。」又怕這種風聲先傳出去，賊軍看出了虛實，便另有一封信交給朱齡石，上面寫著到白帝再折開。各路軍隊雖然都在開進，但是並不知道整體部署，到了白帝打開信一看，上面說：「大軍都從外水攻取成都；臧熙、朱枚從中水攻取便漢；讓老弱兵士乘高大艦船十餘艘，由內水開向黃武。」譙縱果然在內水防備，派他的大將譙道福守衛涪城，派他的秦州刺史侯暉、僕射譙詵等屯駐在彭模，夾水兩岸做為軍城。義熙十年六月，朱齡石開到了彭模。七月，朱齡石率領劉鍾、蒯恩等在北城殺死了侯暉、譙詵。朱枚到了廣漢，又打敗了譙道福的非主力部隊。譙縱逃奔涪城，巴西人王志將他斬首呈送，同時也俘獲了譙道福，在軍營門前斬殺。
武帝討伐蜀地，準備物色一個元帥，就提舉朱齡石。眾人都認為朱齡石年紀還輕，不想同意，提不同意見的人很多，武帝都不聽從。於是分出大軍的一半，把猛將精兵全部配備給他。臧熙是敬皇后的弟弟，也命令他受朱齡石的指揮。等到戰爭告捷，眾人都很佩服武帝的知人善任，又稱美朱齡石的善於指揮。由於平定蜀地的功勞，被封為豐城侯。
義熙十四年(418)，桂陽公劉義真被徵調，任命朱齡石為雍州刺史，督關中諸軍事。朱齡石到了長安，劉義真才出發。劉義真在青泥遭到大敗，朱齡石率全城逃走被殺死。封國傳到他的孫子，齊國接受禪讓，封國被廢除。