陸慧曉字叔明，吳郡吳縣人，是晉朝太尉陸玩的玄孫。從陸玩到陸慧曉的祖父陸萬載，世代為侍中，都有著名的行事，陸慧曉的伯父陸仲元，又做侍中，當時的人們把他們比作金、張二族。
他的父親陸子真，在宋朝做官為海陵太守。當時中書舍人秋當被寵幸，他的家在海陵，請假回家埋葬父親，陸子真並不去他家拜望。秋當請派人修橋，又因為妨礙農活而不答應。彭城王劉義康聽到後非常欣賞他。王僧達是貴公的子孫，恃才驕傲，做吳郡太守，進入昌門時說：「那裡有人才啊！彼琛一公兩掾，英才門第；陸子真五世做內侍，和我是同一類人物。」陸子真因為眼病而由臨海太守辭歸，為中散大夫，去世。
陸慧曉清正耿直，不交雜亂人員，同郡的張緒稱讚說：「這是江東的裴、樂啊！」最初應州郡的聘請，舉為秀才，經歷過各府行參軍，因為母親年老回家奉養，十餘年沒有做官。
齊高帝輔政，任命他為殿中郎。鄰族都來慶賀，陸慧曉舉起酒杯說：「陸慧曉年齡已過了三十，妻子的父親主管選任，才做了個尚書郎，你們還認為值得再來慶賀麼？」
高帝上表禁止奢侈，陸慧曉撰寫答詔的草稿，為高帝所欣賞，引他擔任太傅東閣祭酒。齊朝建元初年，調為太子洗馬。廬江何點常常說：「陸慧曉心如明鏡，遇形觸物，無不清清楚楚。王思遠心像懷冰，暑月也有霜氣。」當時人們認為是實錄。
陸慧曉與張融宅院相連，中間有一個水池，池上有兩棵柳樹。何點歎息說：「這池子便是醴泉，這樹便是交讓。」到了武陵王蕭曄做會稽太守，皇上為他精選辟吏，以陸慧曉為征虜功曹，與府參軍沛國的劉..一同跟隨前往就職。劉..是個清正的士人，行到吳地，對別人說：「我聽說張融與陸慧曉連宅，中間有水，這裡必定有奇異的味道。」所以命令車駕前往舀水來喝。他說：「喝了這裡的水，則卑鄙吝嗇的念頭都會消盡。」
何點向豫章王蕭嶷推薦陸慧曉，補任司空掾，加以禮遇。逐步陞遷為安西咨議、兼任冠軍錄事參軍。
武帝的第三個兒子廬陵王蕭子卿為南豫州刺史，武帝叫著他的小名對司徒竟陵王蕭子良說：「烏熊這個孩子癡呆如熊，不能得到天下第一人作為行事，就無法壓住一州。」隨後又說：「我想到了一個人。」於是就讓陸慧曉為長史、行事。告別武帝的時候，武帝問他說：「卿怎樣輔持廬陵王呢？」回答說：「安靜以便修身，儉樸以便養性。安靜則世人不擾亂，儉樸則世人不憂煩。」皇上非常高興。
後來擔任司徒右長史。當時陳郡的謝籫為左長史，府公竟陵王蕭子良對王融說：「我府中的佐官，以前的人誰能相比？」王融說：「明公的兩個上佐，是天下的英奇，古來很少有人能比。」蕭子良在西院抄書，讓陸慧曉參與此事。
不久調任西陽王征虜、巴陵王后軍、臨汝公輔國三府長史，行府州事。又擔任西陽王左軍長史，兼會稽郡丞，行郡事。隆昌元年(494)，調任晉熙王冠軍長史、江夏內史，行郢州事。陸慧曉先後共做了五次輔政，立身清正，僚佐以下的人來訪，必定起身相送。有人對陸慧曉說：「長史身份貴重，不應妄自謙讓。」他回答說：「我生性討厭別人無禮，不容不以禮待人。」他不曾稱士大夫為卿，有人問他是什麼緣故，陸慧曉說：「貴人不可以稱卿，而賤者才可以稱卿，人一生中怎麼能在心裡老是想著輕重呢！」他終身經常都是稱呼人的職位。
建武初年，他被任命為西中郎長史，行事、內史職務依舊。不久征為黃門郎，還沒有上任，調為吏部郎。尚書令王晏挑選自己的學生補任朝內外的要職，陸慧曉只為他任用了幾個人就停止了。王晏十分惱恨他。他把一個女妓送給陸慧曉，想和他搞好關係，陸慧曉不接受。吏曹都令史被派來做選拔人才的顧問，陸慧曉一意獨行，不曾和他商量。明帝派主書單景俊對他說：「都令史熟悉舊的人事情況，可以一齊商議。」陸慧曉對單景俊說：「六十的年齡，不能再靠咨詢都令史來做吏部郎了。皇上如果認為我不能勝任，我便應當拂衣而退。」明帝很怕他。後來想用他為侍中，因為他身材矮小而作罷。
後來調出京城擔任晉安王鎮北司馬、征北長史、東海太守，負責府州事務。又入京擔任五兵尚書，負責揚州事務。崔惠景事件平息，他兼任右軍將軍。出京監管南徐州。朝中輿論又打算以他為侍中，王亮說：「濟水、黃河需要人，現在暫且從朝廷借用，讓他去鎮守南兗州。」王熒、王志都說：「侍中尤其需要英華，方鎮應該還有其他人選。」王亮說：「衡量二者，還是擔當侍中比較緩和，拒敵賊寇比較急切。當今朝廷很弱，應該服從急切者。」於是讓他為輔國將軍、南兗州刺史，加任都督。到鎮以後，不久因為有病遍京。後來去世，贈他為太常。