蕭棟字元吉。簡文帝被廢黜之後，侯景擁戴他當皇帝。當時，蕭棟正在和妻子張氏在地裡鋤葵菜，而皇帝乘坐的馬車(法駕)突然來到，蕭棟大驚，不知為什麼，便哭泣著上了車。當他即位時，登上武德殿，突然有一股旋風從地上湧起，吹翻了皇帝使用的華蓋，一直把華蓋吹出了端門。當時人因而知道蕭棟不可能終居帝位。於是定年號為天正，追尊祖父昭明太子為昭明皇帝，父親安王為安皇帝，金華敬妃蔡氏為敬皇后，太妃王氏為皇太妃，王妃為皇后。不久，舉行了禪讓的禮節，蕭棟被封為淮陰王，他和兩位弟弟蕭橋、蕭賬都被鎖在密室中。
侯景失敗逃走之後，蕭棟兄弟相扶著走出密室，在路上遇見了杜山則，杜山則給他們去掉了枷鎖。蕭棟的弟弟說：「今天免於遭到橫死了！」蕭棟說：「禍福難知，我心裡還十分害怕。」起先，王僧辯當都督，準備發兵之前，問梁元帝說：「討平賊寇之後，繼位的國君健在的話，不知用什麼禮節對待？」元帝說：「六門之內，盡情顯揚兵威。」王僧辯說：「平賊的計謀，臣以為己任，其他事情，請另挑選人。」於是，元帝另行命令宣威將軍朱買臣進行殘忍的屠殺。這時，因簡文帝已被殺害，蕭棟等人和朱買臣相遇，朱買臣便裝出十分熱情，請他們到船上，設宴共飲。酒未喝完，朱買臣就讓人把蕭棟兄弟全沉入水中。