馮道根字巨基，廣平郡贊縣人。少年喪父，家貧，給人作幫工以奉養母親。在外面得到好吃的東西，從不自己先吃，一定要趕緊拿回家來送給母親。十三歲時，以孝行聞名。郡裡徵召他作主簿，他不去，說：「我應當封侯享受祭祀，怎麼能作個小小的文吏呢！」
十六歲時，同鄉蔡道班作湖陽戍軍主，攻蠻人錫城，反而被蠻人圍困，道根去援救他，單人獨騎馳騁疆場，手提雙劍左右奮擊，殺傷敵人甚多，道班因此倖免，他也因此而知名。
齊建武末年，北魏孝文帝攻陷南陽等五郡。齊明帝派太尉陳顯達去爭奪，軍隊到勻口，道根對顯達說：「勻水流急，不如把船都丟在贊城，並道步行前進。」顯達不聽。道根仍帶領他自己私人的隊伍從軍而行。等到顯達軍敗夜間逃跑，靠了道根指路而得保全。不久他作了勻口戍的副軍主。
他因為母喪還家時，聽說梁武帝起兵，於是對親近人說：「遇到兵戎之事就放棄禮節，古人也不避這樣做，建立功業揚名後世，難道不是孝嗎。」於是率領鄉人歸附武帝，隸屬王茂指揮，經常作為前鋒。武帝即位後，作驍騎將軍，封增城縣男。
天監二年(503)，任南梁州太守，統率阜陵城的軍事。初到阜陵時，修治城防，遠遠地佈置上偵察人員，好像敵人馬上就要到來一樣。眾人都笑話他，道根說：「防要怯，戰要勇，說的就是這個道理。」城還沒修好，魏將黨法宗、傅豎眼率兵二萬忽然來到城下，道根的城防尚未堅固，城中兵少，眾人莫不失色。道根命令打開城門，身著寬鬆的官服登上城頭，選出二百精銳與魏軍交戰，打敗了他們，魏軍退去。他遷升為輔國將軍。
天監六年(507)，魏國攻鍾離，武帝下詔命豫州刺史韋睿救援。道根作韋睿的前鋒，到徐州，向韋睿獻計兵據邵陽洲，在這兒築壘掘壕逼迫魏城。道根能跑馬丈量土地，數馬步來分派任務，很快就把城牆修了起來。等到淮河漲水，道根乘戰艦攻斷魏軍連橋，魏軍大敗。朝廷晉其爵位為伯爵，改封豫寧縣。天監八年(509)，拜為豫州刺史，統領南汝陰太守之職。為政清廉簡約，境內平安。逐步陞遷為右衛將軍。
道根生性謹慎寬厚，不善言談，作為將領能夠約束部下，所經過村莊，將士不敢擄掠。每次出征作戰，從不談論自己的功績。他的部下有人對此口出怨言，道根開導他們說：「聖主自能明察功勞多少，我們作將士的管這幹什麼。」武帝曾指著道根向尚書令沈約宣示，讚譽他口不談功勞。沈約說：「這是陛下的大樹將軍馮異啊。」道根歷任州郡長官，為政和順清靜，為下人所懷念。在朝廷雖然位置尊貴顯要，但生性儉樸，所居住的宅院房屋牆壁都不加修飾，沒有華貴的器物服飾與侍衛跟隨，回到屋裡冷冷清清地如一介寒士。當世之士都佩服他的清廉退讓，武帝也很推重他。他寒微時不學習，富貴以後多少讀了一點書，自己說沒有多少文化，常常仰慕周勃的器量。
天監十六年(517)，又任豫州刺史。將要赴任時，武帝帶領朝臣在武德殿設宴與道根餞別，叫來畫工給他畫像。道根誠惶誠恐地謝恩說：「臣能用來報答國家的，只剩下一死了，但現在天下太平，遺憾沒有可死之處。」豫州又得道根為長官，人們都很高興。武帝常常稱讚說：「馮道根在哪州任職，能讓朝廷不再考慮那一州的事情。」
在豫州不久得病，請求還朝。朝廷就徵召他還朝為散騎常侍、左軍將軍。死在任上。那天，武帝備車駕要去春祀父祖二廟，出宮後，有關官員奏報馮道根死訊。武帝問中書舍人朱異說：「吉凶趕在同一天了，還能去祭祀嗎？」朱異回答說：「以前柳莊病死，衛獻公趕上祭祀，向神主報告說：『有臣子柳莊，並非寡人個人之臣，而是國家棟樑之臣，現在聽到他的死訊，請讓我去弔問。』沒有脫祭服就前去，向死者贈送衣被。道根雖算不上國家棟樑之臣，也對王室有功，親臨憑弔也是合於禮的。」武帝於是親臨其家，哭得很悲痛。謚為「威」。