裴邃，字深明，河東聞喜人，原魏國冀州刺史裴徽的後代。祖父名壽孫，寓居於壽陽，任宋武帝的前軍長史。父親仲穆，任驍騎將軍。
裴邃十歲就能寫詩文，喜愛《左氏春秋》。齊東昏侯繼位，始安王蕭遙光任揚州刺史，任用他當了參軍。遙光兵敗之後，裴邃回到壽陽，正值刺史裴叔業將壽陽向魏國投降，裴邃便隨著眾人北遷。魏宣武帝很敬重他。他在魏國擔任魏郡太守。魏派王肅鎮守壽陽時，裴邃堅決請求隨同王肅一起，暗中打算回歸南方。梁朝天監初年，他自己逃回南方，被任命為後軍諮議參軍。裴邃請求到邊境去為國效力，朝廷委任他為廬江太守。
天監五年(506)，他進攻邵陽洲，魏人用長橋隔斷淮河南渡，裴邃在近橋處修建城壘，每次出擊都取得勝利。於是，他又暗暗製造了一種沒突艦。正值大雨時節，淮河暴漲，裴邃乘坐沒突艦直到橋邊進擊敵人，大敗敵軍。他因功而被封為夷陵縣子。
改任廣陵太守時，他和鄉里人一起進入魏武帝廟，於是一起談論帝王的功業。他的妻子的外甥王篆之秘密報告梁武帝說：「裴邃喜歡說大話，有不忠的跡象。」於是被貶為始安太守。裴邃決心要在邊境建功立業，不願擔任清閒疏遠的官職，便寫信給呂僧珍說：「以前阮鹹、顏延之有『二始』的感歎，我才能比不上古人，如今已是『三始』了，這不是我的本願，有什麼辦法呢？」後來，他擔任了竟陵太守，便開設屯田，公家和私人都得到好處。再遷任西戎校尉、北梁秦二州刺史，又開創屯田幾千頃，倉庫充實，減少往邊境運輸糧食的重負，民眾官吏們都得到休息。於是，他們自發相互聚集起來，送給裴邃絹一千多匹。裴邃安詳地對他們說：「你們不必這樣做，不過我又不能有負你們的盛情。」於是他收下了二匹絹。後被召入朝擔任大匠卿。
普通二年(521)，義州刺史文僧明以該州歸附魏國。魏軍前來援助，朝廷任命裴邃為信武將軍，率領軍隊前去征討。裴邃深入魏國境內，出其不意發動進攻。魏國任命的義州刺史封壽據守檀公峴，裴邃打敗了他並進而包圍了這座城。封壽請求歸降，義州被討平。改任裴邃為豫州刺史，加封都督，鎮守合肥。
普通四年，梁軍大舉北征，任命裴邃總督征討諸軍事，他先領兵襲擊壽陽，攻下外城後，破門而入，一天之內九次和敵人合戰，但由於後軍蔡秀成迷失道路沒有按時趕到，裴邃因後援斷絕，只得撤軍而回。接著，裴邃又整頓軍隊，收集士卒，讓眾將各自穿上不同顏色的服裝以相互區別。裴邃自己身穿黃袍率領騎兵，先攻下狄丘、甓城、黎漿，又掃平安成、馬頭、沙陵等戍地。第二年，所控制的地盤已經到了汝、穎地區了，各地均紛紛響應。魏國的壽陽守將長孫承業、河間王元琛出城挑戰，裴邃到達淮水邊歎息著說：「今日不破河間，就要被謝玄所取笑了！」他便佈置了四甄的陣容來等待魏軍到達，同時命令直閣將軍李祖憐裝出敗逃的樣子來引誘長孫承業，長孫承業等便率領全體人馬追擊，四翼的伏兵突然大起，魏軍大敗，被斬首一萬多級。長孫承業逃走，關緊了城門不敢再出戰。
裴邃在軍中病重，下令眾軍嚴加防備，護送他回到合肥去安葬。不久去世，追贈為侍中、左衛將軍，晉封爵位為侯，謚為烈。
裴邃善於思考，有深遠的謀略，為政寬和明察，很能得到士民百姓之心，他自身正直無私，有很高的威望，將士們都怕他，很少有人敢違犯法令。當他去世後，淮河流域、合肥一帶民眾無不痛哭流涕，認為裴邃如果不是早死的話，必定會大大擴展土地。他的兒子裴之禮繼承了他的爵位。