侯瑱，字伯玉，是巴西充國人。父親侯弘遠，幾世都是西蜀的豪強。西蜀的賊徒張文萼佔據白崖山，有部眾萬人，梁益州刺史鄱陽王蕭范命令弘遠征討，侯弘遠戰死於戰場。侯瑱堅決要求替父親報仇，每次作戰都當先鋒，終於斬了文萼，從此遠近知名。他便侍奉蕭范，蕭范委任他為將帥。山中的夷族、獠族不肯歸附的，都派侯瑱征討。他因多次立功而被任命為輕車府中兵參軍、晉康太守。蕭范任雍州刺史時，侯瑱被任命為馮翊太守。蕭范改為鎮守合肥時，侯瑱又跟隨他。
侯景包圍台城後，蕭范便派侯瑱輔佐他的世子蕭嗣入京都救援。當台城陷沒後，侯瑱和蕭嗣一起退回合肥，並隨著蕭范轉去鎮守盆城。不久，蕭范和蕭嗣都死去，侯瑱就率領了他的部眾，去依靠豫章太守莊鐵。莊鐵對侯瑱有疑心，侯瑱驚恐不安，假裝請莊鐵商量事情，用刀殺了他，佔了豫章。
後來侯瑱投降了侯景的部將於慶。於慶把侯瑱送到侯景那裡，侯景因為侯瑱和自己同姓，就認為同宗族人，對待他很好。侯景將侯瑱的妻子和弟弟留下當人質，派侯瑱跟隨於慶去討平蠡南各郡。當侯景在巴陵失敗時，侯景的將領宋子仙、任約等都被西軍俘虜，侯瑱便殺了侯景的同黨以接應義軍，侯景也殺了侯瑱的妻子和弟弟。梁元帝任命侯瑱為南兗州刺史、郫縣侯。並隨都督王僧辯討伐侯景，每次都充當先鋒。收復了台城以後，侯景逃往吳郡，王僧辯派侯瑱追趕侯景，在吳松江將他打得大敗。因功侯瑱被任命為南豫州刺史，鎮守姑孰。
當齊國派郭元建從濡須出兵時，王僧辯派侯瑱去抵禦，大敗郭元建。魏進攻荊州時，王僧辯派侯瑱為前軍前去救援，但還未到達而魏已攻克荊州。侯瑱鎮守九江，並護衛晉安王回京都。晉安王承製，任命侯瑱為侍中、江州刺史，加都督，改封為康樂縣公。當司徒陸法和佔據郢州，領齊兵來侵犯時，又派侯瑱西征，還未到達而陸法和已經到齊國了。齊派慕容恃德鎮守夏首，侯瑱進攻他，慕容恃德糧盡而請和，侯瑱回來鎮守豫章。王僧辯派他的弟弟王僧音和侯瑱共同討伐蕭勃，當陳武帝殺了王僧辯後，王僧音陰謀殺死侯瑱以奪取他的部隊。侯瑱知道了，抓了王僧音的全部黨徒，王僧音逃到齊國。
當時侯瑱佔據中游地區，實力強盛，又因他原先侍奉王僧辯，所以雖然對朝廷仍以臣子禮節自稱，卻不肯進朝去。以前，余孝頃當豫章太守，當侯瑱鎮守豫章時，余孝頃便在新吳縣另外設立了防城的柵欄，和侯瑱對抗。侯瑱將軍人的妻子留在豫章，讓他的堂弟侯大淵在豫章處理留下的事務，帶領全部人馬攻打余孝頃，從夏天打到冬天還不能攻下。侯大淵和他的部下侯方兒不和，侯方兒進攻侯大淵，收了侯瑱軍府中的妓妾和金玉財寶前去歸附陳武帝。侯瑱既已失去根本，輕騎回歸豫章，豫章人拒絕讓他入城，他便前往盆城，投到他的部將焦僧度那裡。焦僧度勸侯瑱投奔齊國，侯瑱認為陳武帝有大器量，必定能夠容納自己，便到朝廷請罪，陳武帝恢復了他的爵位。永定二年(558)，晉位為司空。文帝即位，又進任太尉。王琳到柵口時，朝廷又任命侯瑱為都督，侯安都等都隸屬於他。
天嘉元年(560)二月，王琳率領他在合肥、巢湖的部眾，乘船依次而下。侯瑱領軍隊進至獸檻洲。第二天兩軍交戰，王琳軍隊略略後退。晚上，東北風將王琳的船隻全都刮壞了。夜裡有流星墜入敵人營壘中。當天亮後風停了，王琳進到江邊，用鹿角圍在岸上，不敢再出戰。當時西魏的將領史寧佔據上游地區，侯瑱得知後，知道王琳難以維持很久，便把軍隊收回據守湖邊，等待對方自敗。史寧到後，包圍了郢州。王琳害怕眾人潰散，便帶領船隻東下，在離蕪湖十里的地方停泊。第二天，齊人派兵援救王琳。侯瑱讓軍中燒早飯並在寢席上吃飯，船停在蕪湖的洲尾等待王琳。準備交戰時，有微風從東南而來，眾軍施放火種，定州刺史章昭達乘坐平虜大艦從江中進擊，王琳軍隊大敗，逃走而倖免死亡的只有十分之二三，王琳因此跑到齊國去了。
當年，詔令侯瑱為都督五州諸軍事，鎮守盆城。周將賀若敦、獨孤盛等來攻巴、湘時，又任命侯瑱為西討都督，大敗獨孤盛的軍隊。他因功被任命為湘州刺史，改封零陵郡公。天嘉二年去世，追贈為大司馬，謚為「壯肅」，配享於陳武帝的廟中。他的兒子侯淨藏繼嗣，娶了陳文帝的女兒富陽公主。