郭祖深是襄陽人。梁武帝初起兵時，以門客的身份跟隨。後來又跟隨蔡道恭在司州。北方淪陷後南歸。上書陳說邊境的情況，不被採用。後被選拔為縣令兼南梁郡丞，改任後軍行參軍。梁武帝對家人溺愛疏於教育，朝政廢弛，祖深就抬著棺材上殿上奏封事，大略如下：
「大梁應天命而生，功業蓋過歷代帝王，既廣施慈悲，憲律便近於廢棄；愚頑之人無知，懈怠之風從此而起；各人競相奢侈，貪婪醜行就滋生起來。這多少是由於陛下恩寵賞賜過多，對下屬過於寬大，故廉潔者入仕無路可走，而貪苛者作官門路很多。直如弦者餓死溝壑，曲如鉤者升任成群。能說會道的，競相推薦，口拙誠信的，空被埋沒。勞苦功高的，奉祿賞賜不夠，無功幸進的，反加寵愛提拔。以前宋國人賣酒，因為店裡養狗太凶無人敢來，以至把酒放酸，陛下的狗，比他厲害多了。
「臣聞民為國家根本，食為百姓的命根子，所以《禮》說國家沒有六年的積蓄，就不成為國家。據此而言，農業為當務之急。然而郡縣官吏苛刻暴虐，對農耕不加鼓舞獎勵，如今糧食豐收，百姓尚面有饑色，如果遇上水旱之災，拿什麼來賑救？陛下往年崇尚儒學，設立五經學館，國內到處洋溢著讀書聲。近來卻仰慕佛教，結果普天下都信奉皈依，家家持齋受戒，人人懺悔禮拜，不務農業，空談佛理。耕種紡織是當前的生活必需，修行功德是來世的善果，怎麼能夠荒本勞末，捨近求遠呢。如今經商者和吃閒飯的越來越多，種地的越來越少，織機空閒的一天比一天多。陛下如果廣興屯田，賤視金玉重視糧食，努力生產的加以提拔，懶於耕織的明正典刑。這樣數年以後，則家家富足，廉潔禮讓便有了產生的條件。
「君子和小人，所想的不一樣：君子志於行道，小人盤算得利。志於道者安國濟民，志於利者損人利己。僧人是害國的小人，忠良是衛國的君子。臣見患病的人去找道士治病便讓你打醮畫符，找僧尼則讓你戒齋聽講經，民間巫師則要驅妖捉鬼，醫生則用藥外敷內服，這全在於你自己的事先選擇。臣認為治國之本，和治病相似，治病應摒棄巫師鬼怪，去找華佗、扁鵲；治國應當黜退奸佞之徒，而用管仲、晏嬰。如今所信用的人，只不過是腹背上的毛罷了。談論外事則有徐勉、周捨，談論內務則有雲、..。雲、..所說的都是敗壞風俗擴張佛教，徐勉、周捨所想的只是苟安於江東。君主慈悲臣下怯懦，不圖進取，使得中原百姓懷恨南望，如果賈誼重生，豈不為之痛哭。臣如今直言冒犯了陛下，可能還會被寬恕，而得罪貴臣，就有不測之禍。臣之所以不避死罪知無不言，正是以國家社稷為重而以個人性命為輕。假使能採納臣的意見，殺了我也死而無憾。
「謀臣良將，哪個朝代沒有？難得的是被瞭解，重要的在於任用罷了。陛下登基歷時二十餘年，有誰能盡臣節直言諍諫？百官只是表面苟同而不肯齊心合力，回答陛下詢問不過惟惟喏喏而已。在朝廷上只說聖旨英明，出了門議論就說誰敢說逆耳之言。過失在下面而使上面受怪罪，於是使得皇上開誠佈公，引咎自責，而宰輔大臣們都心安理得，一點兒沒有自責之心。百官群僚，少有奉公盡職的，都是白食俸祿追逐私利，不重廉潔，家中積累金銀；上朝列班侍立如同神仙，不種田不經商，為什麼能夠這樣享受？刑法是人的父母，利祿是人的仇敵；刑法嚴厲就人心思善，好處多了就人生惡念，惡念不可助長，貪慾不可放縱。但願能去除貪濁之官，任用廉潔之士，明法令，嚴刑罰，禁奢侈，薄俺斂，則天下幸甚。謹呈上封事二十九條，但願聖上別忙於英明決斷，先聽聽臣的愚見。」
當時武帝正在大興佛教，要用它來改換中國的習俗，因此祖深特別說到這件事，上書的條目中認為：
「京都佛寺五百餘所，都極為宏偉華麗。僧尼十餘萬，資產豐厚。至於各郡縣，就數也數不清了。和尚又有不出家的俗弟子，叫作白徒，尼姑則都收留養女，都不在民籍註冊，天下戶口幾乎減少一半。而僧尼多不守教規，養女都身穿綿緞，敗壞世風，損傷佛門，大概都由此而生。請朝廷細加考查，如果沒有什麼道行，都令其還俗務農。廢止白徒養女，聽候發作奴婢，婢女只能穿青布衣，僧尼都令他們吃粗食。這樣，才能使僧俗都得以興盛，國家富足人民殷實。不然，恐怕將來處處都成寺廟，家家都剃髮為僧，連一尺土一個人也都非國家所有了。
「朝廷任用前朝舊臣，作邊境上州郡長官，這些人不顧為官之道，只會貪婪殘暴，欺壓良民，為害甚於豺狼。江、湘人民尤受其害。自三關以外，處處遭受荼毒。而且這些人來歸順時，只有光桿一個，等被任用以後，都各自招募部曲。而揚州、徐州的民眾，被繁多的勞役逼迫，多來投奔，以獲取一點兒錢財。但都大多是只署一個虛名，僅送出三津以外，名字在遠方服役，本人又回到家鄉。又怕上頭查問，於是逃亡他鄉，僑戶的興起，很大程度都是由於這個原因。另外梁朝以來，征發民眾服役，稱為三五。等編到將官屬下，主將殘暴無情，不顧其死活，丁役死亡很多，都被作為叛逃記錄下來。有的甚至犧牲在戰場，也記在叛逃名下，上邊下文出來查辦，都把他們作為叛逃者，扣押其家屬。逼得全家叛逃，就抓捕同族的人；同族的都叛逃了，就抓捕同一比伍的；同比伍的都叛逃了，就把整個村子的人都抓起來。這樣一人犯事，則全村皆空。雖然朝廷不時發佈赦免令，表示既往不咎，但舊時的查辦公文仍在下發，並限時嚴辦。上司對下屬信不過，逐級督促。朝廷使臣催到州里，州又派使者到郡，州郡一個比一個催得急，一同到縣裡催逼。縣級長官多為庸才，上邊有風吹草動就嚇得不行。於是就搜刮民財，孝敬上官，逼人交重禮，答應在上司面前寫報告遮掩。如果哪個縣稍微想糾正一下這種風氣，就會馬上遭到上司嚴厲斥責，因此到處都在隨心所欲貪謀私利，以侍奉上官。」
又有建議阻斷界首關口，以阻止劫掠人口往北方販運，以及當前許多關隘都已廢棄，需加以整頓的建議。又說廬陵王年少，鎮守襄陽不合適；左僕射王日柬居喪時，被起用為吳郡太守，卻一點兒也沒有推托。話說得都很重。又奏請讓武帝再去郊祀四星。武帝雖不能都採用，但讚賞他的正直，提拔他為豫章鍾陵縣令，員外散騎常侍。
普通七年(526)，改南州津為南津校尉，讓祖深去任職。加銜雲騎將軍，俸祿二千石。讓他招募兩千部曲。到了南州後，一切事秉公嚴斷。以前王侯貴人出入關口，無視法令，挾帶逃亡人口。祖深對於不法行為嚴格檢查，不避權勢，不行就動刑法。奏彈江州刺史邵陵王、太子詹事周捨有受賄罪。遠近畏懼，無人敢於隨意胡為，淮南太守竟像對上司那樣怕他。
他常穿著舊外衣，用不油漆的白木桌子，每頓飯不超過一個肉食。有一位老婦人送他一個早摘的青瓜，祖深用一匹帛來回報她。後來有一個富人倣傚此事用青瓜去賄賂他，被他鞭打示眾。朝野人士都怕他這點兒，對他不敢行賄拉攏。他所帶領的都是精兵，紀律嚴明。有什麼討伐追捕的任務，往往越境也要把人犯抓獲。長江曾經有賊寇，祖深親自帶人去討伐，列陣後無人敢向前進，他就命令他最親近的人先上，不按要求前進的斬首。於是大破賊寇，威震遠近，長江肅清。