丘靈鞠是吳興郡烏程縣人。祖父丘系，官秘書監，父親丘道真，作護軍長史。
靈鞠從小愛讀書，善寫文章，州里徵召他作從事。到領軍沈演之處報到，演之說：「從前我作州從事，到領軍謝晦處報到，賓主坐的位置正和今天一樣，你將來也會和我現在的位置一樣。」後逐步陞遷為員外郎。
宋孝武帝的殷貴妃去世，靈鞠獻輓歌三首，其中有：「雲橫廣階..，霜深高殿寒。」孝武帝對這兩句歎賞不已。後來作烏程縣令，不得志。泰始初年，犯了事被限令數年不得作官。褚彥回作吳郡太守，對別人說：「北郡的才子只有丘靈鞠和沈勃而已。」於是向朝廷啟奏介紹他。明帝讓他著《大駕南討記論》。過了很長一段，委任他為太尉參軍。升明年間，作正員郎，兼中書郎。當時正是宋帝禪讓，齊高帝讓靈鞠負責詔令文書。建元元年(479)，改任中書郎，下詔讓他主持東宮書寫工作。曾有一次東回故鄉，到司徒褚彥回家告別，彥回不起身，說：「近來腳病加重，再也起不來了。」靈鞠說：「腳病真是大事，您是一代重臣，不可再擔任您不能勝任的職務了。」他就是這樣強硬嚴刻。他不講求儀容禮節，只求高興舒適。不久又主持修國史。
齊武帝即位，任通直常侍，不久主持東觀祭酒。靈鞠說：「人們作官都希望屢次陞遷，讓我作一輩子祭酒我都沒什麼遺憾。」永明二年(484)，兼作驍騎將軍。靈鞠不樂意任武職，對別人說：「我應該回家鄉把顧榮的墓扒了。江南地方數千里，風流才子都出在這裡，顧榮突然招引一些鄉巴佬南渡，擋了我們這些人的道兒，真是死有餘辜。」
靈鞠好飲酒，愛評論褒貶別人。一次在沈深家作客，見到王儉的詩，沈深說：「王儉文章大有長進。」靈鞠問道：「比我沒長進時怎麼樣？」這話傳到王儉耳朵裡。靈鞠在宋時文章名聲很大，入齊以後名氣漸衰又儀表不整，披頭散髮鬆鬆垮垮，不理家務。王儉對人說：「丘公作官不見陞遷，文才也走下坡路了。」靈鞠作長沙王蕭晃的車騎長史時去世。著有《江左文章錄序》，起於太興年間，止於元熙年間，文集當時流行於世。