沈麟士字雲禎，吳興武康人。祖父沈膺期，是晉朝太中大夫。父親沈虔之，在宋朝時作樂安縣令。
麟士從小聰俊，七歲時，聽叔父沈岳談玄理。賓客散去以後，他能毫無遺漏地複述叔父的講解。沈岳撫摸著他肩膀說：「如果斯文不斷絕的話，希望恐怕是在你這兒了。」長大以後，博通經史，有高尚的情懷。父親去世，他服喪盡了禮節。喪服期滿後，每遇父親忌日總要流淚十來天。生活貧困，一邊織簾一邊讀書，鄉鄰們都稱他為「織簾先生」。曾經給人做竹器弄傷了手，便流著淚回去了。和他一塊兒幹活的人問他：「這沒什麼要緊，何至於就哭起來了？」他回答說：「傷本來並不算疼，但毀傷了父母留給我的身體，心裡難過才哭罷了。」曾有一次走在路上，鄰居說他穿的鞋是自己的，麟士問：「是你的鞋嗎？」就脫下來光著腳回家了。鄰居後來找著了自己的鞋，把他的鞋還他，他也只是說：「不是你的鞋嗎？」笑一笑把鞋收下了事。
宋元嘉末年，文帝令僕射何尚之抄錄編輯《五經》，探訪舉薦有學問的人，縣裡推薦麟士應選。他不得已才到京城，尚之接待他很夠禮貌。他到了以後，尚之對兒子何偃說：「山野中必定多奇異之士，沈麟士，是黃叔度一流的人士，怎能夠玉石不辨呢，你應把他作為老師。」
麟士曾苦於無書讀，於是到京都遊歷，遍觀四部圖書後，感歎道：「古人是什麼樣的人啊！」不久便稱病回鄉，不與人交往。撫養哥哥留下的遺孤，仁義名揚家鄉。有人勸他去作官，他回答說：「魚被釣起來，獸讓關進籠子，天下事各有契機。聖人悟性深刻，所以一舉一動都有吉兆。我雖然沒有高尚的德行，忘世超脫，為什麼不能希望逐漸使自己謙退些呢？」於是作《玄散賦》斷絕與塵世的來往。太守孔山士徵召他作官他不去，同族的徐州刺史沈曇慶、侍中沈懷文、左率沈勃來看望他，麟士都不曾回拜。
他隱居在余不溪吳差山，講經授徒，來向他求學的有百十來人，各人蓋了房舍，住在他近旁，當時人編成一句順口溜：「吳差山中有賢士，開門教授居成市。」麟士推重陸機的《連珠》多次為學生講解。征北將軍張永作吳興太守，請麟士到郡城中去。麟士聽說郡府後堂有好山水，是戴安世游吳興時就著古墓修造的山池，想去看看，於是就去那兒住了幾個月。張永想請他作功曹，麟士說：「太守大人恩德及於遠方寒士，關心山野之人，因此我就披曷扶杖，忘掉疲憊病痛而前來。如果一定要給惡獸畫上蛾眉，給粗鄙的人戴上文繡的冠冕，在下雖不才，也要學一學高風亮節之士，只有跳東海一死，也不能接受這像刑戮一樣難忍的官祿。」張永就不再勉強他。
太守王奐在升明末年，中書郎沈約在永明年間都上表向朝廷薦舉過他，朝廷徵召他都不應。他給沈約寫信說：「名本是實的附屬物，本非我所願。無心於此，空勞四肢。這樣一來，給我好處反帶來禍患。」
麟士什麼也不追求，一心努力讀書，時常傍著几案彈琴，不奏時新的曲調。自己背柴打水，一天的飯吃兩天，到老保持操守，讀書不倦。遭火災書被燒掉數千卷。年過八十，還耳聰目明。用舊紙的背面抄錄，就著火光仔細書寫，又寫成二三千卷，裝滿了幾十筐，當時人們認為這是他靜默養身才得以有這樣的好身體。作《黑蝶賦》以寄托情懷，著有《周易》兩《系傳》、《莊子內篇訓》，注《易經》、《禮記》、《春秋》、《尚書》、《論語》、《孝經》、《喪服》、《老子要略》數十卷。梁天監元年(502)，與何點同時被徵召，又不去赴任。二年，死在家裡，年八十五。麟士認為楊王孫、皇甫謐能洞察生死的道理而在辦喪事時矯正時弊，就自己寫下遺書，上面說：「一嚥氣就把被子掀掉拿走，拿三幅布來蓋屍首。入殮時，把布鋪在身子底下，作為入殮的服裝。從左右兩邊反著裹上來，不用再做蓋的被子了。不需要沐浴含珠，還用本來的褐衫，原先穿的褲子，總共只要這兩件衣服，上面蓋件單衣，扎頭髮的幅巾在下當枕頭，棺材裡只要這些。像士安那樣照《孝經》行事。下葬以後不再立靈位，到四季節氣及大小祥祭日，臨時在地上鋪張席，用清水祭奠。別人家相沿的習慣都要漆棺，如今我不要漆。也不需要招魂幡。衣服一穿好就埋掉，墳墓造得要小，以後附葬的就造得更小點兒埋在一邊兒，合葬不合於古制。墳墓上邊不要用土堆起來，讓上面與地平。王祥死時就是這樣。下葬時不需喪車、靈舫、鬼其頭面具。不許早晚設置食物。祭奠的規矩，到下葬為止，只需清水一杯。」兒子沈彝遵奉遺教實行，州里鄉里人們都稱頌感歎不已。