裴蘊，河東聞喜人。
祖父裴之平，梁國的衛將軍。
父親裴忌，陳國的都官尚書，與吳明徹一起，被北周俘虜，賜爵江夏郡公，入隋十幾年後去世。
裴蘊生性明辯，有吏才。
在陳國時，歷任直閣將軍、興寧縣令。
裴蘊因其父親在北方，偷偷奉表給高祖，請求當內應。
平定陳國後，皇上全部看了江南文士的材料，到裴蘊，皇上因他向有向化忠隋之心，越級提拔他當儀同。
左僕射高赹未領會皇上的意圖，勸諫說：「裴蘊無功於國，但他得到的寵愛超過了同輩人，我看不出這樣作有什麼合適。」皇上又加授裴蘊上儀同。
高赹又勸告，皇上說：「可加授裴蘊開府。」高赹才不敢再說，當即授他開府儀同三司，禮遇優寵。
裴蘊歷任洋州、直州、棣州三刺史，俱有能幹之名。
大業初，裴蘊的政績，經過考察，連年第一。
煬帝聽說他善於為政，調他當太常少卿。
起初，高祖不好聲色，派牛弘定樂，只要不是正聲、清商及九部四舞之色，全部不要，讓其到民間去。
到現在，裴蘊揣摩到煬帝的意思，上奏煬帝，把天下周、齊、梁、陳各國的樂家子弟，都搜來當樂戶。
六品官以下，一直到庶民百姓，凡有善於音樂和倡優百戲的，全部到太常當值。
此後異技婬聲全部彙集到樂府，各行各當都設博士弟子，讓其轉相教習，把樂人增加到三萬多人。
煬帝很高興，升他為民部侍郎。
那時，尚承高祖和平之後，法網疏闊，戶口多有遺漏。
有的已經成年，仍說還小；有的還未年老，就已免除了賦稅。
裴蘊歷任刺史，素知其內情。
因此逐條奏告皇上，讓一個個目測。
如有一人情況不屬實，那麼有關官員就要被解職，鄉正和里長都要被流放到遠方。
又允許百姓互相告狀，如糾察到一個謊報年齡的壯丁，就讓被糾察的那一家，世世代代為他交稅和代他作勞役。
這一年是大業五年(609)。
諸郡計算，增加壯丁二十四萬三千，新近歸順的人口有六十四萬一千五百。
煬帝上朝看了報告，對百官說：「前朝沒有好人，以至被蒙騙。
現在增加戶口都從實的原因，全因裴蘊一個人用心。
古話說，得到賢人，天下就大治了。
看來真是這樣啊！」因此，裴蘊漸漸被親近重用，授他為京兆贊治。
他即使連一絲一毫的問題都要處理，官吏百姓都很怕他。
不久，提拔他當御史大夫，與裴矩、虞世基參予掌管機密。
裴蘊善於揣摩煬帝細微的心理活動，煬帝想加罪的，他就曲法順情，構成其罪。
煬帝想原諒的，裴蘊就隨之減輕處罰，因而釋放別人。
此後大小案件都交給裴蘊辦，司法部門不敢與他爭奪，總是按他的意思，然後作出判斷。
裴蘊也很機靈善辯，說起法理來，口若懸河，或重或輕，都由他口裡決定。
他又很會剖析案情，時人不能反問他。
楊玄感造反時，煬帝派裴蘊追究他的黨羽，對裴蘊說：「楊玄感一呼，而隨從他的有十萬之眾，更知天下人不要多，多了只是相聚為盜罷了。
不都殺掉，那麼以後就無法勸戒。」裴蘊因此就嚴法究治，所殺的有幾萬人，都登記沒收家財。
煬帝大稱很好，賜他奴婢十五口。
司隸大夫薛道衡因忤逆煬帝旨意而被責備。
裴蘊知道煬帝厭惡他，於是上奏說：「道衡恃才氣，靠舊恩，有無君之心。
每次看到詔書下來，便不以為然，而私下議論，把錯處都推給皇上，妄造禍端。
論其罪名，好像不太好定，但追查他的心意，實際上他深為悖逆。」煬帝說：「對。
我小時和這個人一起行役，他輕視我年幼不懂事，與高赹、賀若弼等人外擅威權，自知有誣陷之罪。
我即位後，他心裡不安。
好在天下太平無事，未能造反罷了。
你論他的叛逆，非常符合我的心意。」於是殺了薛道衡。
另外，煬帝問蘇威討伐遼東的計策，蘇威不希望煬帝再去打遼東，而且想讓煬帝知道天下多有造反的盜賊，於是回答說：「現在去打仗，不要調兵，只要下詔書赦免群盜，自可得幾十萬人。
派關內的奴賊和華山東邊的歷山飛、張金稱等頭領組成一支人馬，出遼西道；黃河南的反賊王薄、孟讓等十幾個頭領，都給舟楫，浮滄海道，他們必定高興被免罪，競相立功，一年之間，可以消滅高麗了。」煬帝不高興說：「我去尚未打下來，鼠輩怎能成大事？」蘇威出去後，裴蘊上奏道：「他這麼說真是太不應該，天下哪裡有這麼多反賊？」煬帝明白過來說：「老東西很奸猾，用反賊來威脅我。
想和他搭個口爭辯吧，他又隱晦得很，我真是很難忍耐。」裴蘊知道皇上的心意，派張行本告蘇威有罪，煬帝把蘇威交給裴蘊推問，裴蘊於是想把他處死。
煬帝說：「還不忍心馬上殺他。」於是把他家父、子、孫三代都除名為民。
裴蘊又想加重自己的權勢，讓虞世基報告罷了司隸刺史以下的官吏，增加御史一百多人。
於是，裴蘊招致奸猾之徒，一起結成朋黨。
郡縣有不依附他的，就偷偷地中傷人，害別人。
當時國家多事，凡是興師動眾，京師留守，及與各蕃國互作買賣，都讓御史監視。
裴家的門客和依附的隸人，遍佈在郡國。
他們侵擾百姓，煬帝不知道。
因遼東戰爭，他升任銀青光祿大夫。
到司馬德戡將造反作亂時，江陽縣張惠紹夜裡奔馳而來報告情況。
裴蘊與惠紹謀劃，想假傳聖旨調發郭下的兵民，都交給榮公來護兒指揮，逮捕在外的逆黨宇文化及等，再調羽林軍殿後，派范富婁等從西苑進來，交給梁公蕭鉅和燕王指揮，守住爆門，扣押皇上。
謀劃已定，派人報告虞世基。
世基懷疑反叛事不可靠，沒支持這一計謀。
過了不久，大難發生了。
裴蘊感歎說：「原想與你(李昭徽)這個博學之士謀劃，你卻誤了大事！」於是被殺。
兒子裴音為尚書輦直長，也同日被殺。