河東人裴仁基，字德本。
祖父裴伯鳳，北周汾州刺史。
父親裴定，上儀同。
仁基年少時就很驍勇，善習弓馬。
開皇初，裴仁基為親衛。
平定陳國時，他衝鋒陷陣，授儀同，賜縑采上千段。
後以本官身份兼任漢王楊諒王府的親信。
煬帝繼位後，楊諒舉兵造反，仁基苦勸。
楊諒大怒，把他關在牢裡。
楊諒失敗後，煬帝誇獎他，越級提拔他當護軍。
過了幾年，改授他為武賁郎將，隨將軍李景到黔安討伐反叛的蠻賊向思多，因戰功升任銀青光祿大夫，賜奴婢百口，絹五百匹。
在張掖打敗吐谷渾，加授金紫光祿大夫。
斬殺、俘虜進犯的革末革曷，授為左光祿大夫。
隨煬帝征討高麗，升任光祿大夫。
煬帝巡幸江都，李密佔據洛口。
朝廷令裴仁基為河南道討捕大使，佔據武牢以抵抗李密。
後滎陽通守張須陀被李密所殺，裴仁基全部接收他的部下，每每與李密作戰，都殺死、俘虜了李密的不少人馬。
當時隋朝大亂，有功也不被記錄獎賞。
仁基見強敵在前，部隊疲勞，因此所得的軍用物資，馬上分給部下。
監軍御史蕭懷靜常常阻止他，部下都很怨恨。
蕭懷靜又偷偷地抓住了仁基的這短那長，想上告朝廷彈劾他。
仁基懼怕，於是殺了蕭懷靜，率部投靠了李密。
李密以他為河東郡公。
其子裴行儼，驍勇善戰，李密又封他為絳郡公，對他很重用，很親近。
王世充因東都糧盡，率領全部人馬到偃師，與李密決戰。
李密問計於諸將，仁基回答說：「世充盡率精兵而至，洛陽必定空虛，我們可以分兵守其要路，使他不能向東。
另挑精兵三萬，沿黃河西出，以逼近東都洛陽。
世充回去，我們卻按兵不動；世充重出，我軍又逼東都。
這樣，我們就有餘力，而他卻疲於奔命，就是兵法上說的『敵出我歸，敵歸我出，數戰以疲勞敵軍，多方以貽誤敵軍』。」李密說：「你知其一，不知其二。
東都洛陽的兵馬有三方面我軍不可阻擋：兵器精良，這是一；決計而來，這是二；糧盡求鬥，這是三。
我按兵蓄力，以觀其敝，他求斗不得，欲走無路，不過十天，王世充的頭可以懸掛在麾下。」單雄信等將領輕視王世充，都請求出戰，仁基苦爭而不能阻止。
李密難以違背諸將的話，於是與王世充決戰，於是吃了大敗仗。
仁基被王世充俘虜。
王世充因為他父子都是驍將，深深地禮遇他們，把兄長的女兒嫁給裴行儼。
王世充稱帝后，任裴仁基為禮部尚書，裴行儼為左輔大將軍。
裴行儼每有攻戰，都所向披靡，號為「萬人敵」。
王世充怕他的威名，對他很有些防範、猜忌。
裴仁基知道他的意思，心中不安，於是就與王世充所任命的尚書左丞宇文儒童、尚食直長陳謙、秘書丞崔德本等人謀反。
仁基令陳謙在給王世充進食時，拿匕首劫持王世充，令裴行儼率兵在台階下接應。
大局確定後，就擁立越王楊侗為帝以輔佐之。
事變快開始時，將軍張童仁知其謀而告發了他們，他們都被王世充所殺。