蕭琮字溫文，生性寬仁，待人大度，風流倜儻，放蕩不羈，學識淵博。
又善騎馬又會射箭，令人伏在地上舉起貼子，蕭琮飛馬而射，能十發十中，舉貼的人也不害怕。
蕭琮起初被封為東陽王，不久立為梁國太子。
到繼承帝位時，隋文帝給蕭琮璽書說：「你承擔著棟樑之任，事關重大，雖然憂勞，也必須自我努力。
應內外和睦，親近任用德才兼備之人，繼承祖業，這就是我對你寄予的希望。
你的疆域，與陳國離得很近，水漲之時，應該特別警備。
陳人雖然連日反覆派使節來我朝問候，但疆場之間還沒有清平安寧，只是因為我朝的緣故陳人還不敢冒犯你們，但你們也不要小看他們而不設防備。
我和你們梁國幾代相好，加上姻親，情義更加深厚。
江陵那個地方，朝庭對它寄予了很大的希望，為國為民，對自己要多限制，對百姓多施恩惠，以禮治國安邦。」又賜給梁國大臣璽書，告誡並勉勵他們。
當時蕭琮的年號是「廣運」，有見識的人說：「運字從軍從走，我們的國君將逃走嗎？」這年，蕭琮派遣大將軍戚昕率領水軍偷襲陳國的公安，沒有攻下而歸。
文帝徵召蕭琮叔父蕭岑入朝，拜為大將軍，封懷義公，於是留在京都不放回。
又設置江陵總管以便監視。
蕭琮所任命大將軍許世武秘密以城池聯合陳將宜黃侯陳紀，事情洩露後，蕭琮殺掉了許世武。
後二年，文帝召蕭琮上朝，蕭琮率大臣二百多人到京師朝見，江陵父老百姓沒有不流淚的，他們說：「我們的國君將不會回來了！」文帝因蕭琮等來朝，派武鄉公崔弘度帶兵戍守江陵，軍隊到若州，蕭琮叔父蕭嚴和蕭琮弟弟蕭..等害怕崔弘度襲擊，於是引陳國兵馬到城下，擄走居民而反叛。
文帝於是廢掉了梁國，派遣左僕射高赹安撫百姓，赦免江陵臣民死罪，又減免梁國老百姓十年賦稅。
並為已故的梁國的二個國君，各派十戶人家為他們守墓。
拜蕭琮為上柱國，封為莒國公。
煬帝即位，因蕭皇后的緣故，蕭琮很受煬帝親近器重。
拜為內史令，後改封為梁公。
蕭琮的同高祖的家族，一併根據才華錄用，於是蕭家眾多兄弟都在朝庭裡做官。
蕭琮性情淡泊高雅，不認真處理政務，退朝後只是放縱飲酒罷了。
內史令楊約與蕭琮同居朝班，煬帝令楊約向蕭琮轉達自己告誡勉勵的意思，楊約又以私人感情告訴蕭琮。
蕭琮說：「我如果像以前那樣管事，和你還有什麼區別呢？」楊約笑著退出。
楊約的兄長楊素，當時是尚書令，見蕭琮把堂妹嫁給鉗耳氏，於是對蕭琮說：「你是帝王之族，族望名美，為什麼嫁堂妹給鉗耳氏？」蕭琮回答說：「先前已經把妹子嫁給侯莫陳氏，這還有什麼疑問！」楊素說：「鉗耳是羌族人，侯莫陳氏是胡虜，怎麼能相比！」楊素認為胡虜優而羌人劣。
蕭琮說：「認為羌人與胡虜有什麼不同，先前沒有聽說過這話。」楊素慚愧得無話可說。
蕭琮雖客居長安，但與北方的富貴之家相比，也沒有不如的地方。
蕭琮曾和賀若弼交情很深，賀若弼因事被殺後，民間有童謠說：「蕭梁家又要興盛了。」煬帝由此忌恨他，於是廢掉蕭琮而為庶民，不久蕭琮去世。
煬帝追贈他為左光祿大夫。