郭祚，字季..，太原晉陽人，魏車騎將軍郭淮弟弟郭亮的後代。祖郭逸，任州別駕，前後以兩個女兒嫁司徒崔浩為妻，一個女兒嫁給崔浩弟弟上黨太守崔恬。世祖時，崔浩受寵用事，拜郭逸為徐州刺史，假榆次侯，終贈光祿大夫。父郭洪之，因崔浩事發牽連被誅，郭祚逃亡在外，得以免死。郭祚少時孤貧，其貌不揚，鄉人沒人認識他。有名女巫給他看相說日後當富貴。郭祚博涉經史，習崔浩之書，尺牘文章見稱於世。剛成年，任州主簿，刺史孫小任他為書記。又太原王希，是徐逸妻的侄兒，與他互相照應，二人得以出名。
高祖初年，郭祚被舉為秀才，對策處上第，朝廷拜授他為中書博士，轉任中書侍郎，遷任尚書左丞，長兼給事黃門侍郎。郭祚對公事清正勤勉，日夜不懈，高祖很是欣賞他。跟從高祖南征，還朝之後，轉任正黃門。皇帝車駕幸臨長安，行經渭橋，經過郭淮廟，帝問郭祚說：「這是愛卿的祖廟？」郭祚說：「這是臣七世伯祖。」高祖說：「先賢後哲，盡出一門。」郭祚回答說：「過去臣先人以通儒英博，只事魏文，微臣虛薄，得奉明聖，自思十分幸運。」皇帝下詔以太牢祭祀祖廟，讓郭祚自寫祭文。帝又因郭祚輔贊遷都洛陽的功勞，賜給他東光子爵位。高祖曾經幸臨華林園，觀看舊的景陽山，郭祚說：「山以仁靜，水以智流，願陛下好自修之。」高祖說：「魏明帝因奢失於前，朕我為什麼步其後塵？」郭祚說：「高山仰止。」高祖說：「這是不是指身行影從？」遷官散騎常侍，仍然領黃門職。當時，高祖銳意典禮，兼考檢群官，又加上遷都洛陽，百業草創，征戰不息，內政外務，十分繁雜。郭祚與黃門宋弁參與謀劃。按其才能，各有委任。郭祚負責承稟註疏之類文字工作，特別勤勉。皇帝曾因立馮昭儀，百官晚上在清微後園飲宴的機會，高祖舉杯酒賜給郭祚以及崔光說：「郭祚憂勞眾事，忠心於朕；崔光溫良博物，為朝中雋秀。朕不勸這兩個人的酒，那該勸誰的呢？」二人被皇帝是如此看重。
當初，高祖任命李彪為散騎常侍，郭祚因入見皇帝，高祖對郭祚說：「朕昨天誤授一個人的官職。」郭祚回答說：「陛下您聖鏡照臨，論才授職，官員進退與否，黜升幽明，品物既彰，人倫有序，何至於容聖詔頒行而有差異。」高祖沉吟說：「這應該有推讓，如李彪推讓，朕就打算另給他授一官職。」不一會，李彪出啟說：「伯石辭卿，子產所惡，臣想要這個官職已經很久，不打算辭讓。」高祖歎著氣對郭祚說：「你的忠諫，李彪的咄咄正辭，使朕遲疑不能決定。」於是不換李彪的官職。皇帝乘輿南討，郭祚以兼侍中職跟從皇帝，又被拜為尚書，晉爵為伯。高祖逝世，咸陽王元禧等人啟奏郭祚兼任吏部尚書，不久除任長兼吏部尚書、并州大中正。
魏世宗下詔因奸吏逃刑，決定把他們流放到邊疆，如若他們永避不出，兄弟代受刑罰。郭祚啟奏說：「慎獄審刑，道昭先古；垂章設禁，義纂惟今。所以先王循按人情物理，為之立法，故而八種刑罰備於昔典，查奸之律彰於來制，都是按照所犯罪行，量刑定罪，這是為了敦風厲俗，永為世范。臣考慮皇旨博遠，理絕近情，為臣既有愚蠢的不同看法，不容不講述出來。的確，敗壞法律的根源，是由於奸吏作怪，奸吏身份雖微，敗壞法律的行為實在很厲害。臣尋思皇詔之旨，的確是為了斷其遁逃之路，治理要決，確實在此。然而法貴止奸，不在過於嚴酷，制定法律，還可為後世範式。假如法律太猛而奸詐不息，禁止罪過而法不能傳，那拿什麼載於刑書，垂示百代？如果因奸吏逃竄，兄弟頂罪，罪人的妻兒又應隨之定罪，這就會是一人之罪，禍殃二家。愚臣認為罪人既逃，就當讓妻兒連罪，逃走的人，懸名永配，過失永不赦免，這樣做奸之途自然塞住了。」帝下詔從之。
不久，郭祚轉正吏部。郭祚立身高潔清廉，珍惜重視官位，至於授予官職，如果得到一人，必定會考慮很久，然後才行下筆，下筆就說：「此人從此就走上顯貴之途了。」由於這，辦事速度頗慢，當時很是招了些怨憤。但是他所選拔錄用的，都量才稱職，當時人們又因此稱讚他。
出任使持節、鎮北將軍、瀛州刺史。等太極殿建成，郭祚到京師朝拜，轉任鎮東將軍、青州刺史。郭祚任地方官職時，逢上收成不好，全境饑荒，他傷惜優撫百姓，多有賑濟，雖然他處理事務不快，很是煩緩，但是當地人民到今天還懷念他的恩澤。入朝為侍中、金紫光祿大夫、并州大中正，遷任尚書右僕射。當時朝廷正在議定新律，帝詔讓郭祚與侍中、黃門參議勘正。舊例，令、僕、中丞入宮時引馬騎卒傳呼開道而入宮門，直到馬道。等到郭祚任僕射，認為這不是盡敬皇上的行為，就跟世宗提了出來，帝接受了他的意見，下詔說：「皇御在太極殿，臣上朝傳呼開道止於止車門；皇御在朝堂，止於司馬門。」傳呼開道不入宮，由此開始。帝詔郭祚以本官領太子少卿。郭祚曾跟從世宗幸臨東宮，肅宗幼弱，郭祚懷揣一黃瓜出奉肅宗。當時應詔皇帝左右趙桃弓與御史中尉王顯互相援引，深受世宗寵幸，郭私下裡巴結他們。當時人譭謗他的，稱他為桃弓僕射、黃瓜少師。
郭祚啟奏說：「臣謹案前後考查格式雖然能甄別天下之士，而臣愚短，還有不明白的地方。現在必須定職的人的遷官轉職由其情況而定，超越階等的即須量情處置。景明初年的考官格式，五年可升一階半。正始年間，故尚書、中山王元英奏啟考格，受旨：只依可正滿三週年為限，不能計殘年之勤。又去年中，因以前二制不同，奏請皇上裁決。帝旨說：『升降體式，只依以前格式裁斷。』而今不知以前格式，是隨從景明年間的斷決辦法，還是隨正始格式？景明年考檢官員的辦法，東西省文武閒官都分三等，考同任事，而前尚書盧昶啟奏上第之人三年轉升半階。現在的考格，又分為九等，前後不同，錯落無依。」帝下詔說：「考績在上中的，升職辦法，有六年以上的，遷升一階，三年以上遷升半階，殘年都去除。政績考核在上下的，六年以上遷升半階，不滿六年的不計。其職滿期以後考績在上下的，三年遷升一階。散官按盧昶所奏方法實行。」
郭祚又啟奏說：「考察令：公正清廉獨著，德行治績超常，而不負朝廷囑托的為上上，一等的為上中，二等的為上下，共計八等，品級降幅有九等。不知現今諸曹府寺，凡考：理事公清，但才幹並非十分突出；才幹稱職，但德行並不出眾；幹才大略可以，而守平堪任；或者才能稍差，處官應事，並不是全都提不上等級的人依照哪一條？景明三年(502)以來，至今已有十一年，按原規定的期限而判，應有三次升退官員了。而今臣通查一過，不知為十年之中通其等級，積以為第，是否隨其前後年代分別，各自區別善惡而定升降？況且過失的條章，數成落後為差，這條以少過為最，多失為後。不知取什麼是少過？依什麼為多先？累計品級，又有幾等？官員的諸文案失蹤，應杖罰十下為一負。罪依律條，過失隨其付記。十年之中，三經赦失，赦前之罪，不問輕重，都蒙寬免。或者被御史彈劾，查驗不實，遇赦復職的，不知記等還能除任與否？」帝詔說：「獨著、超常以及才備、少過，都是文武兼上上之極的。由此以降，還有八等，隨才為序，令文已備。其政績較差以及政績平平的情況，都包含在其中，何容另外產生懷疑呢。所說的通考，意指累年政績，至於升降格式依照慣例決斷，不用又請制定。那些懲罰已定的政績差勁的，本來就是這個範圍之內的，遇大赦免罪，只記述其殿等，任官。」不久，加授郭祚為散騎常侍。
當時帝詔營建明堂國學，郭祚啟奏說：「而今大軍西舉，開納岷蜀；戎旗東指，鎮靖淮、荊；漢水、沔水之間又須防守保衛。徵兵發眾，實在是多了，郊邊多壘，烽火未息，不可在戰爭之際，又興土木之功。而且冬去春來，春作將始，為臣愚見認為應當等豐收之後，百姓有效忠急公之心，明堂國學便可即刻成就。」帝從之。世宗末年，皇帝常常引郭祚入東宮，密受賞賜，多至百餘萬，雜以綾羅綢緞。又特別賜予劍與杖，恩寵很深，遷任左僕射。
這以前，蕭衍派將康絢遏阻淮水，準備淹灌揚州、徐州，郭祚上表說：「蕭衍狂悖，擅自截斷河水，工程很苦，民眾不堪，危亡徵兆已經顯出。但是古諺有『敵不可縱』的話。夫以一瓢之水，也許會成為不測之淵，如不及時剪滅，恐怕會後果不堪設想。陛下應該命一重將，率領統軍三十人，領羽林一萬五千人，並調京東七州虎旅九萬人，長驅電邁，火速令其撲討。擒斬之勳，一如常制，敵人輜重雜物，都交軍人。像這樣，則賊凶之首用不了多長時間就可高高懸起。為臣的確清楚，農桑之時，不是發兵之日，但假如事情深有道理，那也就不得不這樣了。過去韋、顧跋扈，殷後起昆吾之師；嚴狁亂起，周王興六月之伐。微臣身處機要之地，提出建議是臣的責任，為臣心中有什麼想法，怎麼敢默而不獻。陛下一併應敕揚州選擇一名猛將，派當州之兵趕赴浮山，表裡夾攻。」朝議接受了這個建議。
朝廷出除郭祚的使持節、散騎常侍，都督雍、岐、華三州諸軍事、征西將軍、雍州刺史。太和以前，朝廷刑法尤其嚴酷，顯貴臣僚稍有差失，便常常遭殺頭之罪。李沖掌握朝政，欽佩郭祚的學識才幹，推薦他為左丞，又兼任黃門郎。郭祚便覺得心滿意足，經常因家中以前曾經歷崔氏之禍，總擔心會遭危險滅亡，苦自陳訴，言詞懇切，發自內心。李沖對他說：「人生有運數，是無法躲避的，你只管清白當官，有什麼可害怕的。」從此二十多年，官位俸祿都很隆重，而求進之心越發滋長。又以東宮師傅的資本，看不上尚書之職，志在封侯、儀同之位，尚書令、任城王元澄替他上奏請位。等到為征西將軍、雍州刺史，郭祚雖很高興外任，但尚以府號不優，願望越發大起來，執政的人頗覺奇怪。這時，領軍於忠恃寵驕橫，崔光這些人，卑躬奉承他，郭祚很討厭他，於是派太尉從事中郎景尚說服高陽王元雍，令於忠出任州職，於忠聽說大怒，矯詔殺害郭祚，當時郭祚六十七歲。
郭祚通達政事，凡是他經歷的職務，都很稱職，每有裁斷，都有舊例可依。名位既重，聲望也深，一旦無辜被害，遠近時人無不惋惜。靈太后臨朝，派使者前去弔慰，追復伯爵之位。正光年間，朝廷贈他為使持節、車騎將軍、儀同三司、雍州刺史，謚稱文貞公。