侯調字伯玉，巴西充國人。父親侯弘遠，世代為西蜀首領豪傑。蜀的叛賊張文萼佔據白崖山，有人馬一萬，梁朝益州刺史、鄱陽王蕭范命令侯弘遠討伐他。侯弘遠戰死，侯調堅持請求替父親報仇，每次作戰都在前衝鋒陷陣，於是殺了張文萼，因此被眾人所知。因為侍奉蕭范，蕭范委任他為將帥，山谷中的夷獠有不歸附的，都派侯調去征討。因多次立功被授職為輕車府中兵參軍、晉康太守。蕭范任雍州刺史時，侯調被任命為超武將軍、馮翊太守。蕭范遷職鎮守合肥，侯調又跟隨他。
侯景圍攻台城，蕭范於是派侯調輔佐他的大兒子蕭嗣，去援救京都。京城陷落，侯調和蕭嗣退回合肥，又隨蕭范去鎮守湓城。不久蕭范和蕭嗣都去世了，侯調統率他們的人馬，投靠豫章太守莊鐵。莊鐵懷疑他，侯調害怕，不能安寧，假裝拉莊鐵商量事情，借此機會殺了他，據有豫章之地。
侯景的部將於慶向南侵奪地盤到豫章，城邑被攻下，侯調走投無路，於是向於慶投降。於慶把侯調送到侯景處，侯景因為侯調和自己同姓，委身為宗族，待他很厚，把他的妻子兒女和弟弟留作人質。派侯調隨於慶去平定蠡南各郡。
到侯景在巴陵戰敗時，侯景的部將宋子仙、任約等都被西軍俘虜，侯調於是殺了侯景的黨羽來響應義軍，侯景也把他的妻子兒女和弟弟全部殺死。梁元帝任命侯調為武臣將軍、南兗州刺史，封他為郫縣侯，食邑一千戶。又跟隨王僧辯討伐侯景，一直為前鋒，每戰皆勝。收復台城後，侯景逃向吳郡，王僧辯派侯調帶兵追擊，與侯景在吳松江交戰，大敗侯景，繳獲了侯景的全部軍器。又進軍錢塘，侯景的部將謝答仁、呂子榮等都投降。按功勞被授職為南豫州刺史，在姑熟鎮守。
承聖二年(553)，北齊派郭元建從濡須而出，王僧辯派侯調帶領三千披甲士兵，在東關築壘抵禦，大敗郭元建。侯調被任命為使持節、鎮北將軍，送給一部鼓吹，食邑增至二千戶。
西魏進攻荊州，王僧辯派侯調為前軍，赴援荊州，還沒有趕到，荊州就已陷落，侯調去九江，護衛晉安王回都城，承皇帝旨意以侯調為侍中，使持節，都督江州、晉州、吳州、齊州四州諸軍事，江州刺史，改封侯調為康樂縣公，食邑五千戶，晉號車騎將軍。司徒盧法和佔據郢州，帶領北齊兵進犯，於是派侯調統率眾軍向西討伐，還沒有到達，盧法和率領所部人馬北渡進入北齊。北齊派慕容恃德在夏首鎮守，侯調勒馬引兵西還，水陸聯攻，慕容恃德糧食沒有了，求和，侯調返回鎮守豫章。
王僧辯派他弟弟王僧音率軍和侯調共同討伐蕭勃，到高祖殺王僧辯時，王僧音暗地裡想圖謀侯調並奪取他的軍隊，侯調知道後，全部拘捕了王僧音的同黨，王僧音逃奔北齊。
紹泰二年(556)，侯調以原來的稱號晉陞為開府儀同三司，其他官銜不變。此時，侯調佔據中游，兵力強盛，又因為原來侍奉王僧辯，雖然表面上表示臣服，但實際上沒有入朝的意思。起先，余孝頃任豫章太守，到侯調鎮守豫章後，余孝頃就在新吳縣另立城柵，與侯調對峙。侯調把軍人的妻子兒女留在豫章，命令堂弟侯觺主持後事，自己率全部人馬攻打余孝頃。從夏天到冬天，未能攻克，於是長久圍困，把他的莊稼全部收穫。侯觺和他的部下俟方兒不和，俟方兒生氣，率領所部人馬攻打侯觺，虜掠了侯調軍府的妓妾和金玉，歸依高祖。侯調已經失去了根本，軍隊就都潰散，輕捷地回到豫章，豫章人阻止他們，又去到湓城，投奔侯調的部將焦僧度。焦僧度勸侯調投奔北齊，侯調認為高祖寬宏大量，一定能夠寬容自己，於是去高祖的殿堂請罪，高祖恢復了他的爵位。
永定元年(557)，任命侯調為侍中、車騎將軍。二年，升任司空。王琳到達沌口，周文育、侯安都覆沒，於是以侯調為都督西討諸軍事。侯調到達梁山。世祖即位，晉職為太尉，增加食邑一千戶。王琳到達柵口，朝廷以侯調為都督，侯安都等都隸屬於他。侯調和王琳相持了一百多天，沒有決戰。天嘉陳書元年(560)二月，東關的春水稍微長高，船艦得以通行，王琳帶領合肥、巢湖的人馬，船隻依次序而下，氣勢很盛。侯調率軍進到獸檻洲，王琳也把船排列在長江西岸，隔著獸檻洲停泊。翌日交戰，王琳的部隊稍稍退卻，退守西崖。到了晚上，刮起了很強的東北風，吹打王琳的船艦，船艦都壞了，沉沒在沙中，淹死了數十上百人。因浪大不能回到岸邊，半夜又有一顆流星墜落在敵營中。到天亮時風平息下來，王琳到水濱修船，用荻船堵塞在河流的入江口，又用障礙物圍繞在水岸，不敢再出兵。這時，西魏大將軍史寧到了王琳的上游，侯調聽說了，知道王琳不能維持多久了，收軍退據湖邊，等待王琳失敗。史寧到來後，圍攻郢州，王琳擔心人馬潰散，於是率領船艦下去，去到蕪湖十里遠才停泊，打更的聲音在軍中都聽得見。翌日，北齊派幾萬軍隊援助王琳，王琳帶領人馬奔向梁山，想越過官軍佔據險要地形。北齊的儀同劉伯球率領一萬多人援助王琳水戰，軍中代行朝廷之職的官吏慕容恃德的兒子慕容子會帶領二千鐵騎兵，處於蕪湖西岸的博望山南面，以壯王琳的聲勢。侯調命令清晨燒火做飯，在草蓆上吃飯，分頭駐紮在蕪湖洲尾等待敵軍。就要開戰了，從東南刮起一陣微風，部隊拋擲火種放火。定州刺史章昭達乘坐平虜大艦，在長江中間前進，發拍石打中敵艦，其餘的冒突艦、青龍艦，也都攻向敵艦。又用牛皮冒蒙沖小船撞擊敵艦，並把融化的鐵水投撒到敵艦外。王琳的軍隊大敗。他在西岸的步兵，自相踐踏，馬匹都陷進蘆荻的爛泥中，捨棄坐騎脫身逃跑的有十分之二三。繳獲了敵軍的全部船艦器械，並生擒北齊將領劉伯球、慕容子會，投降的、俘虜的敵人數以萬計。王琳和他的黨羽潘純..等乘一條小船突圍逃到湓城，還想收攏逃散的人馬，沒有人歸附他，於是和妻妾左右十多人去到北齊。
當年，詔令侯調為都督湘州、巴州、郢州、江州、吳州等五州軍事，鎮守湓城。北周將領賀若敦、獨孤盛等進犯巴州、湘州，又任命侯調為西討都督，和獨孤盛在西江口交戰，大敗獨孤盛的部隊，擄掠他的人馬和器械，不可勝數。按功勞授職為使持節，都督湘州、桂州、郢州、巴州、武州、沅州等六州諸軍事、湘州刺史，改封為零陵郡公，食邑七千戶，其他職銜不變。二年(561)，因病上表請求回朝。三月，在途中去世，時年五十二歲。追任為侍中、驃騎大將軍、大司馬，追送羽葆、鼓吹、班劍二十人，送給東園秘器，謚號壯肅。當年九月，配享高祖廟庭，其子侯淨藏嗣爵。