蕭乾字思惕，蘭陵人。其祖父蕭嶷，為齊丞相豫章文獻王。父親蕭子范，任梁秘書監。
蕭乾儀容典雅舉止正派，性情淡泊隨和，擅長隸書，受益於叔父蕭子雲之法。九歲時，召補為國子《周易》生，梁司空袁昂當時為祭酒，很敬賞他。十五歲時，舉明經。初任東中郎湘東王法曹參軍，遷太子舍人。建安侯蕭正立出鎮南豫州，又板授錄事參軍。累遷至中軍宣城王中錄事諮議參軍。侯景亂平，高祖鎮守南徐州，薦引蕭乾為貞威將軍、司空從事中郎。遷中書侍郎、太子家令。
永定元年(557)，任給事黃門侍郎。那時熊曇朗在豫章，周迪在臨川，留異在東陽，陳寶應在建、晉一帶，互相勾結，閩中豪族首帥，多建寨自保，高祖十分擔心，便令蕭乾前往，曉諭以逆順之理，同時探陳書清虛實。蕭乾出發前，高祖對他說：「建、晉一帶倚恃地勢高險，便於為非作歹，方今天下初定，難以馬上出兵。西漢初年陸賈出使南越，趙他歸順，蕭何奉劉邦之命出使，淮南王黥布叛楚投臣，回想起他們的高風亮節，彷彿就在眼前。何況卿舉止典雅，才能比他們高，應盡力建勉功名，不用煩勞軍旅。」蕭乾到後，曉諭以逆順之理，所到之處的帥酋都率眾打開寨門誠心歸附。同年，授任貞威將軍、建安太守。
天嘉二年(561)，留異謀反，陳寶應援助他兵士，又資助周迪兵糧，寇掠臨川，接著逼攻建安。蕭乾獨自前往郡城，手下沒有士兵，無法守住城池，於是放棄城池以躲避陳寶應。當時閩中守將宰守，都受到陳寶應的脅迫，接受他安排的官職，蕭乾獨獨不接受。避到荒郊野外，不與外人接觸。等到陳寶應之亂平定，才出來到都督章昭達那裡，昭達聽說後寫好奏折如實上報朝廷，世祖知道了很是讚許蕭乾的這種行為，破格提拔他為五兵尚書。蕭乾在光大元年(567)去世，朝廷贈謚號為靜子。