蕭允字叔佐，蘭陵人。其曾祖父蕭思話，為宋征西將軍、開府儀同三司、尚書右僕射，爵位封陽穆公。祖父蕭惠..，任散騎常侍、太府卿、左民尚書。父親蕭介，為梁侍中、都官尚書。
蕭允少時出名，他神采莊重，性情豁達有鑒賞力，舉止含蓄不露，行為合符禮法。初任邵陵王法曹參軍，轉任湘東王主簿，遷任太子洗馬。侯景攻陷台城，百官逃散，蕭允獨自衣冠齊楚端坐在官署，侯景軍人很是敬佩他，因而沒有威逼他。不久出京師居京口，當時寇賊恣肆橫行無所忌憚，百姓騷動不安，百官士族，四出逃散，獨蕭允安然不動。
有人問他緣故，他回答說：「性命之歷數，自天意，豈能出逃就活命呢？只是患難的產生，皆起於利慾熏心，如果不追逐名利，災禍怎麼能產生呢？方今百姓振臂而起以此建立大功，因一句善言而取卿相之位，我一書生會有什麼作為呢？莊周像躲避自己的影子一樣而顧慮重重，我不會這樣。」便閉門靜處，隔日而食，最後避免了災禍。
侯景亂平後，高祖鎮守南徐州，致信召引他，蕭允又稱病推辭。永定年間，侯安都任南徐州刺史，親自臨廬拜訪，表達他尊敬長輩之意。天嘉三年(562)，征闢為太子庶子。三年授職為稜威將軍、丹陽尹丞。五年兼侍中，出使北周，回朝任中書侍郎、大匠卿。
高宗即位，遷任黃門侍郎。五年573出京任前晉安王長史。六年(574)，晉安王治南豫州，蕭允再次任王長史，當時晉安王年紀還小，不能親自管治民政事務，所以委託蕭允代理府州事務。入京任光祿卿。蕭允性情敦厚，未曾因追求名利影響自己的情緒。晉安王出鎮湘州後，又苦求攜蕭允同行，蕭允年少時和蔡景歷要好，景歷的兒子蔡征送乾肉給蕭允以表對父親朋友的敬意，聽說蕭允要隨行，便對蕭允說：「公年歲已高德高望重，為國家的元老，從容鎮守，早晚會做高官，何需再辛辛苦苦到地方陳書為官！」蕭允回答說：「已答應晉安王，豈能食言。」他對榮譽坦然到如此地步。
至德三年(585)，任中衛豫章王長史，歷任通直散騎常侍、光勝將軍、司徒左長史、安德宮少府。鎮衛鄱陽王出鎮會稽，蕭允又任長史，兼會稽郡丞。蕭允行經延陵季子廟，擺放..藻祭祀延陵，假托為異代之交寫詩以表達自己的心意，文辭清麗典雅，後主曾問蔡征說：「卿父子與蕭允為摯友，你認為此公志操如何？」征回答說：「他那種清淨無為玄遠高深的思想，深不可測，至於文章，看了這首詩後就不用說了。」於是背誦蕭允的詩來對答，後主深為歎賞，同年任光祿大夫。
隋軍渡江後，蕭允遷到關右。那時陳朝官吏到長安的，一概照例授官，只有蕭允和尚書僕射謝由以年老多病推辭，隋文帝覺得他倆德行高尚，便厚賜錢帛。不久因病於長安去世，時年八十四歲，其弟為蕭引。