沈君理字仲倫，吳興人。祖父沈僧繱，梁左民尚書。父沈巡，向與高祖交好，梁太清年間為東陽太守。侯景之亂平定後，元帝征辟他為少府卿。荊州陷落，蕭鮞署之為金紫光祿大夫。
君理容儀俊美，博覽經史典籍，善於鑒察識別事物。初官湘東王法曹參軍。高祖鎮南徐州，沈巡派君理從東陽出發去見高祖，高祖很器重他，命他與會稽長公主成婚，征闢為府西曹掾。漸次陞遷為中衛豫章王從事中郎，不久加明威將軍，兼尚書吏部侍郎。遷任給事黃門侍郎，督管吳郡。高祖受禪稱帝后拜為駙馬都尉，封為永安亭侯。出任吳郡太守。當時戰爭未止，百姓生計艱難，軍國之用度，全都靠東境供應，沈君理招集士卒，修造用具，治下百姓心悅誠服，沈君理以治事之才略頗受眾人稱道。
世祖繼位，征闢為侍中，遷任左民尚書，未拜，為明威將軍、丹陽尹。天嘉三年(562)，再授職為左民尚書，兼步兵校尉，不久改為前軍將軍。四年，侯安都移鎮江州，君理以本官督管南徐州。六年，出任仁威將軍、東陽太守。天康元年(566)，因父喪而離職。君理因而自請往荊州迎取靈柩，朝議認為他是在職之重臣，不便讓他出境，於是派其長兄沈君嚴前往。等到運回，將要下葬，詔贈沈巡為侍中、領軍將軍，謚號敬子。同年起用沈君理為持節、都督東衡衡二州諸軍事、仁威將軍、東衡州刺史，兼始興內史；又起用他為明威將軍、中書令。先後三次奪情起用，他都不曾就職。
太建元年(569)，憂滿除服，任太子詹事，執掌東宮事務，遷任吏部尚書。二年高宗以君理女為皇太子妃，賜君理以望蔡縣侯爵，食邑五百戶。四年晉陞為侍中。五年遷任尚書右僕射，領吏部、侍中如故。同年染病，皇上親臨探視，九月卒，時年四十九歲。詔贈侍中、太子少傅。喪事所須費用，隨由官府供給。又贈翊左將軍、開府儀同三司，侍中如故。謚號貞憲。君理子沈遵儉早死，以弟沈君高子沈遵禮為繼嗣。
君理第五叔沈邁，也是品行正直，頗有治事之才幹，仕梁為尚書金部郎。永定年間(559)，累遷官至中書侍郎。天嘉年間(566)，歷任太僕、廷尉，出任為鎮東始興王長史、會稽郡丞，執掌東揚州州務。光大元年(567)，任尚書吏部郎。太建元年(569)，遷任通直散騎常侍，侍奉太子。二年去世，時年五十二歲。贈散騎常侍。
君理第六弟沈君高，字季高，少時就已出名，性情剛強正直，有為政之才能。因家門為外戚，早年即居清要顯達之位，歷任太子舍人、洗馬、中舍人、高宗司空府從事中郎、廷尉卿。太建元年(569)，東境發大水，百姓飢餓疲憊，於是以君高為貞威將軍、吳縣令。不久任太子中庶子、尚書吏部郎、衛尉卿。出任宣遠將軍、平南長沙王長史、南海太守，執掌廣州州務。因侄女為王妃，堅持推辭不就，又為衛尉卿。八年詔授持節、都督廣州等十八州諸軍事、寧遠將軍、平越中郎將、廣州刺史。嶺南俚、獠世代互相攻伐，君高本為文官，沒有軍事才幹，於是以誠心相待加以撫馭，深得民心。十年(578)死於任上，時年四十七歲。贈散騎常侍，謚號祁子。