蕭摩訶字元胤，蘭陵人。其祖父蕭靚，梁右將軍。父親蕭諒，梁始興郡丞。摩訶隨父到始興郡，他數歲喪父，姑夫蔡路養當時在南康，收養了他。年齡稍大，他果敢堅毅勇力過人。侯景之亂，高祖趕赴京師援助，路養起兵攔截高祖，摩訶當時才十三歲，單槍匹馬出戰，軍中沒人能與他相比。等到路養失敗，摩訶歸附侯安都，安都待他甚厚，從此常隨安都征討。到了任約、徐嗣徽勾結北齊兵寇掠陳境，高祖遣安都北進在鍾山尾部和北郊壇阻截北齊軍。安都對摩訶說：「卿驍勇有名，百聞不如一見。」摩訶回答說：「今日讓公見識見識。」交戰後，安都墜馬被圍，摩訶獨騎大呼，直衝北齊軍，齊軍驚慌失措，很快撤退，安都因而獲救。天嘉初年，任本縣縣令，因平留異、歐陽紇亂有功，累遷至巴山太守。
太建五年(573)，眾軍北伐，摩訶隨都督吳明徹渡江攻打秦郡。當時北齊派大將尉破胡等率十萬兵眾救援，北齊軍前鋒為有「蒼頭」、「犀角」、「大力」之稱的猛士，全都身長八尺，體力超群，鋒芒勢不可擋。又有西域胡，工於箭矢，弦無虛發，眾軍尤其害怕他。交戰前，明徹對摩訶說：「若能射死此胡人，齊軍喪氣，君有關羽、張飛之名，可斬殺此人。」摩訶說：「請描述其人外形，必當為公取。」明徹便召投降之人中認識西域胡的人，說胡著深紅色衣，持樺皮裝的弓，弓兩端有骨弭。明徹派人窺視，看到胡在軍列中，便親自給摩訶酌酒。摩訶飲罷，騎馬直衝齊軍，胡挺身而出離開隊列十多步，弓已拉滿未發，摩訶遙擲銑鋼，擊中其頭，胡人隨即倒下。齊軍「大力」十多人出戰，摩訶又斬殺了他們，於是齊軍退逃，因功授職為明毅將軍、員外散騎常侍，封為廉平縣伯，食邑五百戶。不久晉爵為侯，轉任太僕卿，其他沒變。七年又隨明徹圍攻宿預，擊敗齊將王康德，因功任晉熙太守。九年明徹進軍呂梁，與齊人大戰，摩訶率七騎為前鋒，親手奪走齊軍大旗，齊軍大敗。因功授職為持節、武毅將軍、譙州刺史。
周武帝滅北齊後，遣其將宇文忻率眾軍爭奪呂梁，戰於龍晦。當時宇文忻有數千精騎，摩訶帶十二騎兵深入北周軍，縱橫馳騁奮力拚殺，斬首甚眾。到了北周派大將軍王軌來援，兵連成長圍封鎖呂梁下段，截斷大軍退路。摩訶對明徹說：「聽說王軌才封鎖下段，他兩頭築城壘，現未完全築好，公若現在遣兵攻他，周軍一定不敢抗拒，我軍水路未斷，賊軍陣勢不夠堅固，等到周軍城壘建好，則吾等將為俘虜。」明徹振髯便說：「拔取敵旗衝鋒陷陣，是將軍你的事；運籌帷幄深謀遠慮，乃老夫之事。」摩訶不好意思地離開。十天之內，北周兵眾劇增，摩訶又請示明徹說：「今求戰不行，進退兩難，如若潛軍突圍，不足為恥。願公率步兵，乘馬車慢行，摩訶率數千鐵騎兵，於前後護衛，必當讓公安全抵達京都。」明徹說：「弟之計，乃為良策。然而老夫受帝命征伐，不能取勝，今被圍逼，慚愧得無地自容。且步兵多，吾任總督，必須位居軍後，率軍同行。弟騎兵應該為前鋒，事不宜遲。」摩訶便率騎兵連夜出發。在此之前，北周軍包圍之勢已形成，又在交通要道埋伏重兵，摩訶挑選精騎八十，率先突圍，其後大部騎兵緊隨，天亮時刻到淮南。高宗詔令徵召回京，授右衛將軍。十一年，北周兵寇掠壽陽，蕭摩訶和樊毅等率眾軍支援，無功而回。
十四年，高宗崩，始興王陳叔陵在宮內親手殺後主，後主傷而未死，叔陵逃奔東府城。當時人心猶豫不決，沒有討賊之人，東宮舍人司馬申啟請後主，速召摩訶，摩訶入見受敕，便率騎步兵數百，首先直赴東府城西門駐軍。叔陵驚慌失措，從南城門出逃，摩訶率兵追殺他。因功授散騎常侍、車騎大將軍，封為綏建郡公，食邑三千戶，叔陵所蓄聚的巨萬金帛，後主全都賜給他。不久改授侍中、驃騎大將軍，加任左光祿大夫，舊制三公聽政之所黃閣用鴟尾裝飾，後主特賜摩訶建黃閣，門以行馬裝飾，處理政務之所以及寢堂都以鴟尾裝飾。接著立其女為皇太子妃。
到了隋總管賀若弼鎮守廣陵，對江南蠢蠢欲動，後主委派摩訶負責防禦，授任南徐州刺史，其他不變。禎明三年(589)正月初一，征陳書摩訶回朝，賀若弼乘虛渡江，襲擊京口，摩訶請求出兵作戰，後主不答應。到了若弼進軍鍾山，摩訶又請戰說：「賀若弼孤軍深入，援軍又遠，且其軍城壘戰壕不堅固，人心惶惶，出兵偷襲，定能大敗若弼軍。」後主又不答應。到了隋大軍已到，要出戰，後主對摩訶說：「公可替我決一死戰。」摩訶說：「我從來帶兵打仗，為國為己，今日作戰，同時為妻兒。」後主拿出眾多金帛，賞給眾軍，令中領軍魯廣達陳兵白土崗，位於眾軍之南，鎮東大將軍任忠在其後，護軍將軍樊毅、都官尚書孔范次之，摩訶軍居最北邊，眾軍南北長二十里，首尾進退，各不相知。賀若弼未戰之前，帶輕騎兵，登山觀望陣勢，見了眾軍後，便迅速設陣。廣達首先率軍進攻若弼軍薄弱之處，若弼軍屢次被擊退，旋即又振陣列，分兵往北突擊諸將，孔范出戰，則一交戰便退走，於是諸將分散，陣列不合，步騎潰敗，人馬停止不前，摩訶無可奈何，被隋軍俘獲。
京城陷落後，賀若弼把後主囚在德教殿，令兵把守，摩訶請求若弼說：「今為囚虜，性命由你們主宰，希望能見一眼舊主，死而無憾。」若弼同情摩訶就答應了他。摩訶拜見後主，伏地痛哭，接著在舊廚中取食吃，辭訣而去，守衛者都不敢仰視。同年入隋，授任開府儀同三司。不久隨漢王楊諒到并州，與諒一同謀反，被殺，時年七十三歲。
摩訶不善言辭，恭敬長輩，至於在戎寇面前，義氣奮發，一往無前。他未成年隨侯安都住京口，酷愛射獵，每天必田獵。到了安都東征西伐，戰勝攻取，摩訶居功最多。