樊毅字智烈，南陽湖陽人。其祖父樊方興，梁散騎常侍、仁威將軍、司州刺史、魚復縣侯。父親樊文熾，梁散騎常侍、信武將軍、益州刺史、新蔡縣侯。樊毅出自將門，少習武善射。侯景之亂，樊毅率家兵隨叔父樊文皎援台城。文皎於青溪陣亡，樊毅帶宗族子弟赴江陵，歸屬王僧辯，征討河東王蕭譽，因功授職為假節、威戎將軍、右中郎將。樊毅代兄樊俊任梁興太守，領三州遊軍，隨宜豐侯蕭循征討陸陳書納於湘州。軍駐紮巴陵，還未安營紮寨，陸納潛軍夜襲，營內叫嚷不安，將士們驚恐不已，樊毅只與左右數十人，於營門前奮力拚殺，斬十多首級，接著擊鼓傳命，軍心才定。因功授職為持節、通直散騎常侍、貞威將軍，封為夷道縣伯，食邑三百戶。不久任天門太守，晉爵為侯，增加食邑到一千戶。西魏圍攻江陵後，樊毅率兵赴援，江陵陷落後，被岳陽王拘捕，不久逃回。
高祖受禪，樊毅與弟樊猛起兵響應王琳，王琳敗後投奔北齊，太尉侯王真遣使招毅，樊毅率子弟和部下回朝。天嘉二年(561)，授任通直散騎常侍，接著隨侯王真進討巴、湘，累遷至武州刺史。太建初年，轉任豐州刺史，封為高昌縣侯，食邑一千戶。入京任左衛將軍。五年眾軍北伐，樊毅率部攻打廣陵楚子城，攻下，又擊退北齊軍於穎口，北齊軍援助滄陵，再攻克。七年攻下潼州、下邳、高柵等大城。到了呂梁兵敗，詔令以樊毅為大都督，晉號平北將軍，率部渡過淮水，正對著清口築城壘，與北周人相持，雨下了很久，城壘被浸壞，樊毅全軍回朝。不久遷任中領軍。十一年北周將領梁士彥帶兵圍攻壽陽，詔令以樊毅為都督北討前軍事，率水軍進至焦湖。不久授職為鎮西將軍、都督荊郢巴武四州水陸諸軍事。十二年晉督沔、漢諸軍事，因公事免職。十三年征辟授職為中護軍。不久遷任護軍將軍、荊州刺史。
後主即位，晉號征西將軍，改封為逍遙郡公，食邑三千戶，其他不變。入京任侍中、護軍將軍，到了隋兵渡江，樊毅對僕射袁憲說：「京口、採石，都為要衝，各需精兵數千，戰船二百，戰船都到江中，水陸共同防衛。假如不這樣，大勢已去了。」諸將都贊同他的建議。施文慶等人隱瞞隋兵消息，樊毅的計策未能實施。京城陷落，樊毅隨舊例入關，不久離世。