蕭惠基，是南蘭陵郡蘭陵縣人。祖父蕭源之，在宋朝官至前將軍。父親蕭思話，任征西將軍、儀同三司。
蕭惠基少年時曾因外戚關係去拜見過江夏王劉義恭，劉義恭稱歎其精細審慎，便把女兒許配給他。開始做官任著作佐郎，征北行參軍，尚書水部，左民郎。出京任湘東內史，奉車都尉，撫軍車騎主簿。
泰始初，益州刺史蕭惠開抗命欲反，明帝(劉..)派蕭惠基奉旨出使蜀，宣旨慰勞。惠開妥協但益州土人又造反，領氐軍包圍州城。惠基向外宣佈朝廷的賞罰條例，於是氐人邵虎、郝天賜等殺了主帥馬興懷投降。回京任太子中舍人。惠基西使的千餘名部屬，一起請求論功行賞，惠基毀掉了功勳簿，到底也沒能行功賞。有人問他這樣做的用意，惠基說：「我若這次賞賜他們，大家便會更熱衷於打仗之類，這豈是我一向的主旨？」
出外任武陵內史，中書黃門郎。蕭惠基善寫隸書及下棋，太祖和他性情相投，很早就開始器重他。桂陽之役，惠基的姐姐是劉休范的妃子，太祖對他說：「你家人又在桂陽作亂了。」太祖屯兵新亭，任命惠基為軍副，惠基弟弟惠朗親自率兵為休范攻戰，惠基在城內神態坦然。後出任豫章太守。還都任吏部郎，調任長兼侍中。袁粲、劉秉起兵前夕，太祖知道劉秉是惠基的妹夫，當時惠基在侍中省當值，太祖派王敬則去察看他的動靜，見惠基安靜從容並沒有和劉秉勾結，於是太祖對他更加信任。討伐沈攸之時，任命惠基為輔國將軍，屯兵新亭。事情平定後，免去其在軍隊的稱號，領任長水校尉。因母親去世辭官。
太祖即位，惠基任征虜將軍，衛尉。就職不久，多次上表請求解職，被批准。服喪期滿，任征虜將軍、東陽太守，增加俸祿至二千石。他先後為政四郡，也沒有什麼積蓄。還京任都官尚書，又調任執掌南齊書吏部。永明三年(485)，因長期患病調任侍中，兼驍騎將軍。尚書令王儉是當朝顯貴，惠基和他同在禮閣，除了公事，沒有和人來往。永明五年，調任太常，加任給事中。自宋朝大明時期以來，流行的音樂，多是靡靡之音，婬俗不堪，高雅音樂很少有人喜歡。惠基妙解音律，尤其喜歡魏三祖曲及《相和歌》，每次演奏，惠基都非常欣賞，情不能已。當時下棋的人琅笽王抗是第一流的，吳郡褚思莊、會稽夏赤松同為二流棋手。赤松思慮較快，善於大局的鋪排；思莊思維較緩重，巧於斷棋。文帝時，羊玄保為會稽太守，帝派思莊去與玄保下棋，制好棋局，回到宮中在文帝面前重新下過。太祖讓思莊和王抗賭棋，從食時到日暮，一局才終，皇上疲倦了，讓他們回去，到五更才決出勝負。王抗下完棋就睡了，思莊直到早晨都未眠。世人稱：「思莊之所以品第這麼高，是由於他用心深久，常人無法比得上。」王抗、思莊都官至給事中。永明中期，敕令王抗品棋，竟陵王蕭子良派惠基掌管這事。
當初，思話首先在曲阿建了莊宅，有閒曠的情致。惠基常對親信說：「等兒女們婚嫁大事一完，我就歸隱老家去。」他立身謙退樸素，朝廷百官稱他為善士。第二年去世，時五十九歲。追贈金紫光祿大夫。
本史作者認為：對上司長揖不拜，在朝廷令公卿折服，古人稱此為遺直，看來這樣追求也並不為過。不過如果是處身危地根基孤單的人，要堅持高潔的情操不作屈從，那就可能是雖然實現了自己的原則，但現實的地位也就永遠喪失了。所以人們往往是通過各種渠道以求自保，低聲下氣地貶抑自己的氣節。然而高流世業之人，是不指望走捷徑的，揚鞭直驅，沒有什麼力量可以阻礙。王秀之世守家風，從不降節於權貴要人，真是美好啊！
贊語：王秀之處身朝廷，清心正直。陸慧曉品性貞亮，堪稱君子。蕭惠基友愛平和，也是當代高士。