武帝本紀(一)
宋高祖武皇帝劉裕，字德輿，小名寄奴，彭城縣綏輿裡人，漢高帝弟弟楚元王交的後代。交生紅懿侯富，富生宗正辟疆，辟疆生陽城繆侯德，德生陽城節侯安民，安民生陽城矨侯慶忌，慶忌生陽城肅侯岑，岑生宗正平，平生東武城令，東武城令生東萊太守景，景生明經洽，洽生博士弘，弘生琅王牙都尉悝，悝生魏定襄太守，魏定襄太守生邪城令亮，亮生西晉北平太守膺，膺生相國掾熙，熙生開封令旭孫。旭孫生混，舉家遷到江南，住在晉陵郡丹徒縣京口裡，混官至武原令。混生東安太守靖，靖生郡功曹翹，翹就是武皇帝劉裕的父親。劉裕在晉哀帝興寧元年(363)三月十七日夜出生。長大成人，身長七尺六寸，風骨奇特。家雖貧，志遠大，不拘小節。因孝敬繼母而被世人稱頌。
劉裕最初當冠軍孫無終的司馬。晉安帝隆安三年(400)十一月，孫恩在會稽揭竿而起，晉朝衛將軍謝琰前將軍劉牢之率兵東征。劉牢之邀請劉裕參與。十二月，劉牢之率部抵吳，起義軍沿路聚結，牢之派劉裕領幾十人偵察起義軍的動向。不巧碰上了幾千起義軍，劉裕率眾迎戰，帶來的人多半戰死了，而他還在酣戰，手舞長刀，殺敵甚多。牢之的兒子敬宣擔心高祖劉裕久沒音訊，恐怕是被起義軍圍困，就率輕騎尋找他。一會兒，騎兵主力也到了，起義軍逃退，斬殺俘虜千餘人，劉裕乘勝追擊，平定山陰，孫恩逃回到海上。
隆安四年(401)五月，孫恩又攻克了會稽，殺衛將軍謝琰。十一月，劉牢之再次領兵東征，孫恩敗退。牢之駐紮上虞，派劉裕戍守句章城。句章城矮小，士兵又不到數百名，劉裕常常披堅執銳，身先士卒，每戰都衝鋒陷陣，起義軍這才退回浹口。當時東征的各路將領，由於治軍不嚴，士兵肆暴搶掠，為老百姓所憎惡。只有劉裕一路法令嚴明，所到之處無不受到老百姓的熱烈歡迎。
隆安五年(402)春，孫恩頻繁進攻句章，每次都被劉裕擊敗，又撤到海上。三月，孫恩北擊海鹽，劉裕跟蹤追擊，在海鹽縣城舊址築起城池。起義軍白天來攻城，城內兵力空虛，劉裕就挑選數百人組成敢死隊，都脫掉盔甲，手持短兵器，擊鼓吶喊衝出城，起義軍被震懾得喪失了士氣，丟盔卸甲逃散，大帥姚盛被斬。雖然連戰連勝，但眾寡懸殊太大，劉裕私下甚為憂慮。一天晚上，偃旗息鼓，藏匿主力，像已逃遁。第二天早晨開啟城門，派幾個老弱病殘上城牆。起義軍在城外遠遠地問劉裕在什麼地方。城樓上人回答說：「昨晚逃走了。」起義軍信以為真，蜂擁進城。劉裕乘其懈怠，指揮伏兵猛攻，大敗起義軍。孫恩感到城攻不下來，就率部向滬瀆進發。劉裕又棄城追擊。海鹽縣令鮑陋派其子嗣之領吳兵一千，請求打先鋒。高祖說：「起義軍很精幹，吳兵又不擅戰，如若前鋒失利，必會導致我軍潰敗。吳兵殿後作聲援吧。」嗣之不聽。當晚，劉裕四處設伏兵，又置備旗鼓，但一處不過數人。次日，孫恩率萬餘人接戰。前鋒遭遇後，伏兵齊出，舉旗擊鼓。起義軍以為四面都有伏兵，撤退。嗣之追趕，被起義軍殺。劉裕邊戰邊退，由於起義軍人多勢眾，所率士兵幾乎都戰死、受傷。劉裕考慮到可能難免一死，跑到設置伏兵的地方，停下來，命令隨從脫下死者的衣服穿上。起義軍以為劉裕本當逃走現在反倒停下來，懷疑設有埋伏。劉裕乘機高呼再戰，英姿颯爽，英勇無比，起義軍以為真的設有伏兵，離去。劉裕慢慢地撤退，再將衝散的士兵漸漸地集合起來。五月，孫恩攻陷滬瀆，殺吳國內史袁山松，四千人戰死。同月，劉裕又在婁縣打敗起義軍。
六月，孫恩乘勝渡海，突然進軍丹徒，士兵多達十餘萬人。劉牢之還駐在山陰，京師震動。劉裕日夜兼程，與起義軍同時抵達丹徒。當時敵我眾寡懸殊，又加上長途急行軍十分疲憊，而丹徒守軍又無鬥志。孫恩率兵數萬，擊鼓吶喊攻打蒜山，蒜山居民都拿起扁擔準備抵抗。劉裕率部猛烈攻擊，大敗起義軍，起義軍跳崖投水而死者甚眾。孫恩靠鼓排渡泗，才得以退回船上。孫恩雖然被擊敗，但依仗其人多，逕直向京師進發。由於樓船高大，又遇逆風難以前進，十天後才到白石。得知劉牢之已撤回拱衛京師，朝廷有防備，就改向郁洲進軍。八月，朝廷加封劉裕為建武將軍、下邳太守，派他帶領水軍追到郁洲討伐，劉裕又大敗孫恩。孫恩南逃。十一月，劉裕追擊孫恩到滬瀆，在海鹽，又大敗孫恩。三戰三捷，俘虜的起義軍數以萬計。起義軍自此之後，由於飢餓、疾病、瘟疫，死了一大半，從浹口逃到臨海。
元興元年(402)正月，驃騎將軍司馬元顯率軍西進討伐桓玄，桓玄亦率荊楚大軍，南下討伐元顯。元顯派鎮北將軍劉牢之抵禦，劉裕協助劉牢之。劉牢之率部到溧洲。桓玄到了，劉裕請求發起攻擊，沒得到同意，劉牢之打算派兒子敬宣到桓玄營中講和。劉裕與牢之外甥東海何無忌聯袂堅決諫阻，牢之不聽。派遣敬宣到桓玄營中。桓玄攻克京師，殺害元顯，任命牢之為會稽內史。牢之恐懼，對劉裕說：「桓玄很快就會剝奪我的兵權，大禍即將臨頭啊。現在應當向北邊的高雅靠近，在廣陵起義，你能隨我一起去嗎？」劉裕答道：「你率精兵數萬，望風而降。桓玄新得志，威震天下。三軍人心，都向他了，廣陵豈能去得了！我看還是歸順他退回京口吧。」牢之起義後自縊身亡。何無忌問劉裕：「我該到哪裡去呢？」劉裕說：「鎮北將軍起義肯定難免一死，你可隨我回京口。桓玄若能守臣節北面侍君，我就與你歸順他；否則，與你共擊之。現在正是桓玄驕橫為所欲為之日，肯定要用我們。」桓玄堂兄桓修領撫軍銜鎮守丹徒，任命劉裕為中兵參軍，軍隊編制、郡轄範圍不變。
自從孫恩潰敗後，追隨他的士兵逐漸散去，他害怕被活捉，在臨海投水自殺。剩下的人推舉孫恩妹夫盧循為首領。桓玄想盡快平定東方，就任命盧循為永嘉太守。盧循雖然接受了任命，但仍然為所欲為。五月，桓玄又派劉裕東征。當時盧循從臨海進入了東陽。元興二年(403)正月，桓玄又遣劉裕討伐盧循，攻下東陽，盧循逃到永嘉，劉裕追擊又攻下永嘉，殺盧循大帥張士道，並追到晉安，盧循渡海南逃。六月，桓玄加封劉裕為彭城內史。
桓玄稱楚王，想篡奪皇位，桓玄堂兄衛將軍桓謙派人問劉裕說：「楚王功勳卓著德高望重，四海歸附。朝廷有禪讓的意思，你意下如何？」劉裕已立志推倒桓玄，故意謙遜地答道：「楚王，宣武之子，功德蓋世。晉室微弱，失民心已久，乘天運取而代之，有何不可。」桓謙高興地說：「你認為可以，那就真的可以。」十二月，桓玄篡位，把天子送到尋陽。桓修入朝，劉裕跟他一起到京師。桓玄見過劉裕後，對司徒王謐說：「昨日看見劉裕，氣度不凡，是人中豪傑。」每次遊獵集會，都熱情地邀劉裕同往，給劉裕的饋贈賞賜也很豐厚。劉裕更討厭他。
有人對桓玄說：「劉裕龍行虎步，相貌不凡，恐怕不願為人下，宜早點打算。」桓玄說：「我正欲平定中原，只有劉裕能擔此大任。關隴平定後，再作計議。」桓玄於是下詔說：「劉裕以少勝多，屢次打擊了起義軍的氣焰。渡海追寇，十滅其八。諸將奮力作戰，多數受過重傷。上自元帥下至將士，論功行賞，以表功勳。」
當初劉裕東征盧循，何無忌跟隨到山陰，他勸劉裕在會稽起義。劉裕認為桓玄未篡皇位，而且會稽距京城遙遠，起義成功難，等他篡位的事實彰著後，再在京口起兵，定能成功。這時桓修回京師，劉裕借口傷口疼痛，受不了陸路行走之苦，與無忌坐船同回京城，共謀復興王室之計。於是與弟道規、沛郡劉毅、平昌孟昶、任城魏詠之、高平檀憑之、琅王牙諸葛長民、太原王元德、隴西辛盧興、東莞童厚之共同籌謀。當時桓修弟桓弘為征虜將軍、青州刺史，鎮守廣陵。道規是桓弘的中兵參軍，孟昶是主簿，劉裕派劉毅秘密前去與孟昶接頭，在江北聚結力量，圖謀起兵殺桓弘。長民是豫州刺史刁逵左軍府參軍，計劃在歷陽響應。元德、厚之準備在京城聚集力量攻打桓玄，並約定同時起義。
元興三年(404)二月初一，劉裕借口遊獵，與無忌等集聚親信心腹，同謀者有何無忌、魏泳之、泳之弟欣之、順之、檀憑之、憑之侄兒韶、韶弟祗、隆、道濟、道濟堂兄范之、劉裕弟道憐、劉毅、劉毅堂弟藩、孟昶、孟昶族弟懷玉、河內向彌、管義之、陳留周安穆、臨淮劉蔚、堂弟王圭之、東莞臧熹、堂凝寶符、侄子穆生、童茂宗、陳郡周道民、漁陽田演、譙國范靖等二十七人，願追隨的百餘人。二十八日晨，城門開，無忌著傳詔服，假稱傳詔居前。眾義士隨他急馳入城。齊聲呼叫，守城官兵驚嚇紛紛散開，不敢阻攔，很快將桓修斷首示眾。劉裕哭得很悲慘，厚葬桓修。孟昶勸桓弘這天出城狩獵。為讓狩獵人出城，天沒亮就開了城門，孟昶、道規、劉毅等率壯士五、六十人乘機長驅直入。桓弘正在吃粥飯，當即斬了他，收集他的餘部渡江而去。
義軍剛攻下京城時，桓修的司馬刁弘率文武官吏前來救援。劉裕登上城樓對他說：「郭江州已奉聖諭在尋陽反正，我等也被密詔，前來誅除逆賊叛臣，約在今日相會。叛賊桓玄的首級已掛在大航示眾。諸君難道不是大晉之臣嗎，今天來想怎樣？」刁弘等人信以為真，率眾撤走。劉毅到後，劉裕命他殺刁弘。
劉毅兄劉邁先在京師，起義前幾天，劉裕派同謀周安穆告他，叫他到時做內應。劉邁表面上答應了，內心卻很震驚恐懼。安穆見他惶恐，估計事情肯定會洩露，趕忙返回。當時桓玄委任劉邁為竟陵太守，劉邁不知該如何辦才好，乘船欲去竟陵郡。這夜，桓玄寫信給劉邁說：「北府人有何動向？你最近見到劉裕說了些什麼？」劉邁以為桓玄已獲知他們的密謀，早晨一起來就告訴了桓玄。桓玄驚恐，封劉邁為重安侯；後又怪罪他沒有拘留安穆，讓他逃了，就殺了他。殺元德、戶興、厚之等人。召集桓謙、卞范之等人商討對付劉裕的辦法。桓謙等建議：「速派兵攻打。」桓玄說：「不妥。劉裕兵力精銳，行動敏捷，若派兵去攻打等於去送死。如果先派水軍迎戰，恐怕又不足以與之抗衡，假如出了差錯，劉裕就成了氣候而我們就輸定了。不如將大軍集結在覆舟山等待劉裕的軍隊。劉裕軍如入無人之地二百里，所向披靡沒遇敵手，銳氣肯定會受挫，等到了覆舟山突然發現這麼多兵力嚴陣以待，肯定會驚慌恐懼。我們按兵不動固守陣地，不與他們交鋒，他們想打打不成，自然會解散離去。這才是上策。」由於桓謙一再懇切請求出兵，桓玄於是派遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷北上抗拒義軍。
桓玄自從獲悉劉裕率眾起義後，成天憂心忡忡，想不出對策。有人說：「劉裕等力量弱小，哪裡具備成氣候的力量，陛下何必擔憂呢？」桓玄回答說：「劉裕堪稱當代雄才；劉毅家無多少儲蓄，卻像擲骰子一樣捐出百萬；何無忌，劉牢之的外甥，很像他舅舅。他們聯合起來，共舉大事，怎能說他們不會成功呢？」
起義大眾推舉劉裕為盟主，並在京城傳遞檄文，檄文說：
治亂相沿襲，天理不常興，狡黠放縱橫行，偶爾遇上君主聖明。我大晉朝，皇位一再變更，尤其是自隆安以後，皇室難以集在一起，忠臣死於虎口，善良斃於豺狼。叛逆之臣桓玄，是凌虐百姓的魔鬼，屯兵荊郢，肆虐京師。蒼天沒滅掉這個禍害，凶殘的勢力得到了發展昌盛，一年多點時間，就推翻了皇位。皇上被送到遙遠的地方，流離失所，神器沉淪，宗廟墜毀。夏朝滅於浞、豕壹，漢朝亡於王莽、董卓，將桓玄比作浞、豕壹、莽、卓，還不足以形容其罪惡。桓玄篡位，到現在已一年了，長久的大旱，民無生氣。加上士子庶民疲於傳送運輸，文武百官困於大興土木，父子離散，夫妻分離。上觀天文，下察人事，倘若桓玄的胡作非為能夠長久，還有什麼會死亡呢。凡是有良知的人，誰不扼腕痛惜。這就是劉裕等義憤填膺，揭竿而起，不願安居的原因。因此以前依附桓玄，現在揭竿而起，聯合勸勉忠烈之士，秘密共同籌謀大計，險些因出差錯而被鎮壓。輔國將軍劉毅、廣武將軍何無忌、鎮北主簿孟昶、兗州主簿魏泳之、寧遠將軍劉道規、龍驤將軍劉藩、振威將軍檀憑之等人，忠烈之氣能截鐵斬釘、衝霄漢，拿起武器，號召民眾，立志完成上蒼賦予的使命。益州刺史王璩，在萬里之外響應，平定了荊楚。江州刺史郭昶之，恭迎皇上，在尋陽建造宮殿。鎮北將軍王元德等，率領部下，收復了石頭城。揚武將軍諸葛長民，網羅義士，已佔歷陽。征虜參軍庚賾之等，暗中聯絡，作內應。同心協力，各地並舉，就在當天斬了桓玄的徐州刺史安城王修、青州刺史弘。起義將士已經集結，文臣武將奮勇爭先，都認為沒有一人領頭，則難成大事。我劉裕堅辭不許，不得已總領軍政要務。希望上靠祖宗保佑，下憑義眾之力，翦除叛逆，平定京師。
諸君，或世代忠良，或身受皇恩，卻都向狡詐的小人低頭，自己都會覺得這樣做沒道理，對照周禮，難道不感到羞恥嗎？今日舉旗起義正是醒悟的好機會，我劉裕沒有名望，才不如古人，接權於起義之初，受命於既傾之時。赤膽忠心未昭示於眾時，就感慨憤怒，躍躍欲試，仰觀雲霄星漢長久地懷念，斜看山河豪情壯志日增。接受檄文之日，心思已奔向了朝廷。
任命孟昶為長史，總管後勤事務，檀憑之為司馬。百姓願意追隨的千餘人。
三月三十，吳甫之領兵到江乘。甫之，桓玄的猛將，他的部隊很精銳。劉裕親自拿著長刀，高喊著衝向敵軍，所向披靡，很快就殺了甫之。進軍到羅落橋，皇甫敷率數千餘人迎戰。寧遠將軍檀憑之和劉裕各領一隊人馬，憑之戰敗被殺，其部下潰敗逃散。劉裕越戰越勇，前衝後突，在約定時間內打敗了敵軍，擊斃了皇甫敷。當初劉裕與何無忌等人共籌大計時，有個善看相的人說劉裕和無忌等人都會大富大貴，很快就會應驗，只有檀憑之無福。劉裕與無忌私下談論說：「我們幾個已是風雨同舟，按理應無差異。如果我們都大福大貴，檀憑之就不應該例外。」覺得相面人的話不可思議。到了檀憑之戰死的時候，劉裕知道他的事業必定成功。
桓玄獲悉皇甫敷等人都覆沒了，更加恐懼。派遣桓謙駐紮東陵口，卞范之駐守覆舟山西側，兩地駐軍合起來有二萬人。早晨，起義軍用完早飯後，丟棄剩餘糧食，進至覆舟山東側，派原是乞丐的士兵在山上插旗，迷惑敵人。桓玄又派武騎將軍庚韋前來，配以精兵銳器，援助桓謙等人。劉裕身先士卒衝向敵軍，將士都奮力死戰，無不以一當百，喊殺聲震天動地。當時東北風大，劉裕就下令放火，煙火遮天蔽日，擊鼓聲、喊殺聲震動京師。桓謙等各路軍，一時間土崩瓦解。桓玄當初雖然派兵佈陣，但已打定了逃走的主意，囑咐領軍將軍殷仲文在石頭城備好船，帶著他的子侄渡江南逃了。
高祖平定了石頭城，設置留台官，在宣陽門外焚燒桓溫的神廟，在太廟立了東晉的新皇帝。派遣眾將帥追擊桓玄，尚書王嘏率百官恭迎聖駕。司徒王謐與眾人推舉劉裕管理揚州，劉裕堅辭不肯。於是以王謐為錄尚書事，兼任揚州刺史。後又推舉劉裕為使持節，統管揚州、徐州、兗州、豫州、青州、冀州、幽州、并州八州軍務，領軍將軍、徐州刺史。
先前朝廷接手的是晉朝這個亂攤子，政治混亂，百官放縱，百業廢弛，桓玄雖然也想整治，但眾人都不聽他的。劉裕以身示範，先以威嚴約束宮廷內外，百官皆認真供職，二三天時間內，風氣大變。況且桓玄雖然憑著英雄豪氣被推舉獲得了擁護，但很快就篡奪了皇位，晉朝的各地刺史和在朝大臣，都盡心盡力地服侍他，君臣名分定了。劉裕在朝廷裡職位卑微，又無一支軍隊，在草莽之地振臂高呼，倡導大義恢復帝位。因此王謐等人覺得失去了民心，沒有不愧疚恐懼的。
諸葛長民過了約定的時間還不能起事，刁逵拘捕了他，並押送石頭城，還未到桓玄就失敗了。
桓玄逃往尋陽，江州刺史郭昶之將事先準備好的皇室信物送給他。桓玄搜羅二千餘人，挾天子逃往江陵。冠軍將軍劉毅、輔國將軍何無忌、振武將軍劉道規率領軍隊追趕。
尚書左僕射王愉、王愉的兒子荊州刺史王綏等人，是江東的名門望族。王綏少時名氣就很大，因為劉裕出身平民，很是看不起他。王綏，還是桓玄的外甥，也有奪取王位的志向。劉裕都殺了他們。
四月，尊奉武陵王遵為大將軍，承襲舊制。大赦天下，惟有桓玄一族的後人不在大赦之列。
當初劉裕家境貧寒，曾欠刁逵社錢三萬，長時間無力償還。刁逵執法甚嚴拘捕了劉裕，王謐拜訪刁逵，暗地為劉裕代還了欠款，於是劉裕獲釋。劉裕名微位卑，名流都不與他往來，只有王謐同他交往。桓玄打算篡位時，王謐親手解下了安帝的玉璽和系璽絲帶，成了桓玄的篡位功臣。等到起義軍攻克了石頭城，眾人都認為王謐該殺，只有劉裕保護他。劉毅曾乘朝會的時候問王謐玉璽在什麼地方，王謐更加恐懼。等到王愉父子被殺，王謐堂弟王諶對他說：「王駒本無罪，而起義軍殺了他，這是翦除異己，斷絕百姓的指望。你是桓玄的同夥，名位又如此顯赫，想倖免能嗎？」駒，是王愉的小名。王謐害怕，逃到曲阿。劉裕寫信告訴大將軍，好好保護王謐，迎接他回來官復原職。光祿勳卞承之、左衛將軍褚粲、游擊將軍司馬秀奴役官差，御史中丞王員之追查，他們表示道歉，言辭充滿著怨恨憤悱。卞承之拜訪主管部門想隱瞞。劉裕給大將軍寫信，說：「褚粲等人是準備擔當重任的大臣，心懷應開闊坦蕩。執法不公，理應據理上訴力爭，卻亂興怨氣忿恨，將怨恨歸咎到執法衙門，對他們應嚴加處理，以保證政治清明法規嚴正。將他們一起免職。」
桓玄哥哥的兒子桓歆，聚集兵力向尋陽進軍，劉裕命令輔國將軍諸葛長民迎擊，桓歆敗走。無忌、道規在桑落州大敗桓玄大將郭銓，各路義軍進據尋陽。皇上授權劉裕掌管江州軍務。桓玄逃回荊郢後，大規模地招兵買馬，招募水軍建造樓船、製造武器，很快率兵二萬，挾天子從江陵出發，順江東下，與冠軍將軍劉毅等人在崢嶸洲遭遇，眾將士奮勇拚搏，大敗桓玄。桓玄丟下將士，又挾天子逃向江陵。桓玄同黨殷仲文恭迎東晉二皇后回京師。桓玄逃到江陵後，想趁機西逃。南郡太守王騰之、荊州別駕王康產恭迎天子到南郡郡府。當初征虜將軍、益州刺史毛璩，派遣堂孫毛..之與參軍費恬護送弟弟的靈柩順江而下，護靈柩有二百人，毛璩弟弟的兒子毛修之當時是桓玄的屯騎校尉，引誘桓玄入四川。桓玄到了枚回洲，費恬與毛..之迎擊。益州督護馮遷砍下了桓玄的頭，並將它在京師傳看示眾。接著又在江陵殺了桓玄的兒子。
當初桓玄在崢嶸洲大敗，義軍以為大局已定，未及時追擊。桓玄死後近十天，義軍的主力還未到。桓玄的侄兒桓振逃到華容的湧中，招聚桓玄的黨徒數千人，清晨襲擊江陵城，城內居民爭相出城投奔桓振。王騰之、王康產都被殺了。先前藏在沮川的桓謙，也聚眾響應。桓振為桓玄治喪，設喪廷。桓謙率文武百官將玉璽綬帶送還給了安帝。何無忌、劉道規到江陵後，在靈溪與桓振交戰。桓玄的部屬馮該又在楊林設置伏兵，義軍潰敗，退回尋陽。
兗州刺史辛禺心懷叛逆。恰逢北青州刺史劉該叛變，辛禺請命征討劉該，到了淮陽，辛禺也叛變了。辛禺長史羊穆之殺辛禺，並把他的首級在京師傳遞示眾。十月，劉裕任青州刺史。率披鎧甲執銳器的衛隊百人進入州衙。
劉毅等各路人馬又進軍到夏口。劉毅攻魯城，劉道規攻偃月壘，都攻克了。十二月，各路軍挺進平定巴陵。
義熙元年(405)正月，劉毅等抵江津，擊敗桓謙、桓振，平定江陵，皇帝歸順。三月，皇帝從江陵到了。下詔說：「我孤陋愚昧，加上命運不濟，遭遇大禍。叛賊桓玄，乘機製造事端、窮凶極惡肆意妄為，欺誑國人，誣蔑人主，犯上作亂，篡奪皇位。祖宗的基業淪喪，宗廟被毀。
「老天爺保佑我晉朝，派來英才。使持節、都督揚徐兗豫青冀幽並江九州軍事、鎮軍將軍、徐、青二州刺史劉裕，忠心耿耿，神武命世，選賢任能，恪守信義，忠義之士雲聚他的麾下。他振臂一呼，天下響應。冠軍將軍劉毅、輔國將軍何無忌、振武將軍劉道規，率領水師出擊，斬殺了起義軍首領，回師又平定了荊、漢。這樣，皇位穩固，我又登基。他們的功德，我永記在心，鎮軍將軍升為侍中、車騎將軍、統管全國軍事，使持節、徐青二州刺史職務照舊擔任。」
劉裕堅辭不受。加封為錄尚書事，又不受，屢次請求回到自己的屬地。天子不許，派百官懇勸，又親自到劉裕府第。劉裕惶恐，上殿請求，天子不好駁回。當月，劉裕很快就去鎮守丹徒。天子又派大使去勸請，還是不接受。就改任劉裕管理荊、司、梁、益、寧、雍、涼七州，並總攬前十六州軍事，原來的官職保留。於是不再任青州刺史，改任兗州刺史。
盧循渡海攻下廣州，活捉刺史吳隱之。朝廷任命盧循為廣州刺史，任命其同黨徐道覆為始興相。
義熙二年(406)三月，劉裕管轄交州、廣州。十月，劉裕上書說：「往昔天降禍皇室，大奸臣篡位，我等出於過去的君臣之義，先前又蒙受過國恩，上合忠信之義，下借萬人之憤，雖說上天有靈，但也依靠眾人之力。褒獎忠誠、勤勉盡力的文臣武將，既表現自己謙遜，又事關國家社稷興亡。當機立斷地率先揭竿而起，共同籌謀，這才平定京口、廣陵二城，我和撫軍將軍劉毅等二百七十二人，一起參加起義；出京城沿途大戰，剩下一千五百六十六人，加輔國將軍諸葛長民，原給事中王元德十人，共一千八百四十八人，請求天子論功行賞。西征軍應照上例行賞。」於是尚書上奏天子，加封義軍盟主鎮國將軍劉裕豫章郡公，食邑萬戶，賞絹三萬匹。其他人論功行賞，各有不同。鎮國將軍的僚佐，比原太傅謝安府的僚佐低一等。
十一月，天子重申前令，封劉裕為侍中，晉陞為車騎將軍、開府儀同三司。劉裕堅辭。皇上派百官懇勸。
義熙三年(407)二月，劉裕回到京師，準備拜訪廷尉，安帝先召見了廷尉，劉裕的辭呈未被接受，進宮面陳推辭，天子才同意，很快劉裕回到丹徒。
閏二月，府內大將駱冰謀劃叛亂，將要被抓時，一個人騎馬逃走，劉裕追上去斬了他。殺駱冰的父親永嘉太守駱球。駱球本來是東陽郡史，孫恩起義的時候，他在長山起兵鎮壓，所以得到提拔。當初桓玄戰敗，因為桓沖的忠貞不貳，給他的孫子取名為桓胤。到此時駱冰謀劃讓桓胤稱帝，與東陽太守殷仲文暗地勾結。劉裕於是斬殺了殷仲文以及他的兩個弟弟。到這個時候，桓玄的殘黨餘孽，都被處死了。
十二月，司徒、錄尚書、揚州刺史王謐去世。
義熙四年(408)正月，天子召劉裕入朝輔佐，加封為侍中、車騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史、錄尚書，照舊擔任徐兗二州的刺史。劉裕上書辭去了兗州刺史一職。先前，派冠軍將軍劉敬宣討伐四川的叛逆譙縱，無功而回。九月，劉裕以派劉敬宣討伐無功，請求降職，天子不恩准。於是降為中軍將軍，開府的官職照舊擔任。
當初，燕王鮮卑人慕容德在青州僭越稱帝，他死後，他哥哥的兒子慕容超繼位，先後多次在邊境製造禍患。義熙五年(409)二月，在淮河以北大肆掠奪，俘虜了陽平太守劉千載、濟南太守趙元，驅逐搶掠了一千多家。三月，劉裕發佈北討的檄文，委派丹陽尹孟昶兼管中軍留守處理開府事務。四月，水師從京師出發，沿淮河進入泗水。五月，到下鄴，留下艦船輜重，用步兵進攻琅王牙郡。每過一處都築城派兵留守。戍守梁父、莒城的鮮卑人都逃跑了。
聽說晉軍將到，慕容超的大將公孫五樓勸他說：「應佔據大峴，割掉粟苗，堅壁清野以待來敵，晉軍遠道而來沒有糧草，想交戰又不能，一、二十天之後，就可折斷刑杖鞭笞他們了。」慕容超不聽，說：「敵軍遠道而來，肯定不能長久有戰鬥力，一旦引他們過了大峴，我用精銳的騎兵去攻打，不用擔心不會擊敗他們，哪用得著先毀莊稼，自己先示弱於人呢。」在劉裕即將出兵時，謀士們認為，鮮卑人聽說大軍去討伐他們，一定不敢迎戰，如果不截斷大峴，就會堅守廣固，割粟苗堅壁清野，來斷絕三軍的糧草，這樣不只是很難成功，而且還會回不來。劉裕說：「這件事我考慮成熟了，鮮卑人貪婪，想不到這麼遠，貪圖眼前小利，他們捨不得粟苗。認為我們孤軍深入，不能長久作戰，只能進駐臨朐，退守廣固。我軍一旦進入大峴，將士們就沒有後退的想法。帶領懷有必死之心的軍隊，對付懷有野心的叛逆，何愁不成功！他們不能堅壁清野牢固死守，是替各位保護財產。」劉裕進入大峴後，用手指著天說：「我們大功告成了。」
六月，慕容超派遣五樓和廣寧王賀賴盧首先佔據了臨朐城。聽說晉朝大軍到了，留下年老的瘦弱的士兵守廣固，其餘的全部出擊。臨朐有一條巨蔑河，離城四十里。慕容超告訴五樓：「趕快去佔領它，晉軍得到了水源，就很難擊敗了。」五樓率騎兵急進。晉龍驤將軍孟龍符率領騎兵打先鋒，急馳爭奪巨蔑河，五樓敗退。
晉軍穩步前進，戰車四千輛，分為左右兩翼，成方陣徐徐前行，車子全部蒙上青布，駕車的人手持長槊。又把輕騎兵作為機動部隊。軍令嚴肅，隊伍整齊。在離臨朐幾里的地方，燕軍精銳的騎兵一萬多人，先後都到了，劉裕命令兗州刺史劉藩、劉藩弟并州刺史劉道憐、諮議參軍劉敬宣、陶延壽、參軍劉懷玉、慎仲道、索邈等，合力攻打。太陽偏西時，劉裕派諮議參軍檀韶直奔臨朐。檀韶率領建威將軍向彌、參軍胡藩急馳前往，當天攻下臨朐城，砍斷燕軍牙旗，繳獲慕容超的全部輜重。慕容超聽說臨朐城已被攻克，帶領大軍逃走，劉裕親自帶兵追趕，燕軍狂奔不已。慕容超逃到廣固。晉軍俘獲了慕容超的馬匹、車輦、玉璽、豹尾等物，送到京師。斬殺了段暉等十幾名大將，殺傷俘虜的士兵數以千計。
第二天，東晉大軍進逼廣固城，立即攻外城，慕容超退守內城。並且築長長的壁壘來守衛它，壁壘高三丈，外面三道壕溝穿插其間。停泊長江、淮河上的船隻，將糧食屯集在齊地。劉裕安撫接納歸順的士兵，漢族人和少數民族人都很高興，根據才能授給官職，所以士兵們都信任他。七月，天子下詔加封劉裕為北青、冀兩州刺史。慕容超的大將垣遵及他的弟弟垣苗都率領士兵來歸順晉朝。劉裕準備製造攻城的器械時，守內城樓的燕兵說：「你們沒有得到張綱，怎麼能夠製造出來呢？」張綱，南燕國的尚書郎，他善於思考。碰巧慕容超派張綱向後秦國姚興稱臣求援，請求派兵救助。姚興假裝答應他，而實際上害怕晉軍，不敢派兵。張綱從長安返回，泰山太守申宣俘虜了他並送給晉軍。劉裕於是讓張綱坐在樓車的頂端，讓城內人看到，城裡人沒有不感到大驚失色的。於是讓張綱大規模製造攻城器具。慕容超沒有得到救援，張綱反而被俘虜了，變得擔心害怕了，於是請求作晉的藩國，請求割地以大峴為界，進獻馬匹一千隻。劉裕不答應，圍攻城池更加厲害。黃河以北的百姓帶武器糧食來投奔的，日以千計。
錄事參軍劉穆之，謀略過人，劉裕讓他充當首席謀士，一舉一動都向他咨詢。當時姚興派使者告訴劉裕說：「慕容超素與我相鄰友好，現在因為處境艱難向我求援，我當派精銳騎兵十萬，逕直佔據洛陽。晉軍如果還不後退，我就命令鐵騎長驅直入。」劉裕大聲地告訴後秦使者：「你告訴姚興，我平定南燕之後，停戰三年，就去平定關中、洛陽。現在自己能夠送上門來，就快些過來吧。」劉穆之聽說有後秦的使者，迅速趕來，然而劉裕已經打發他走了。劉裕把姚興的話以及他的回答，詳細地告訴了劉穆之。劉穆之憂慮地對劉裕說：「平常事情不論大小，都讓我先考慮一下。這件事應該好好地考慮，為什麼那麼倉猝地答覆呢。你答覆姚興的言辭，不能威懾敵人，反而只會激怒他們。如果南燕還沒攻克，後秦的援軍突然到了，不慎重怎麼對付他們？」劉裕笑著說：「這是軍機，不是你所能理解的，所以不告訴你。兵貴神速，他們如果真的出兵救援，一定害怕我們知道，怎麼可能先派遣使者呢。這是他們看到我軍攻打南燕心裡已經恐懼，說一些自我掩飾的話罷了。」九月，天子加封劉裕為太尉、中書監，劉裕堅決推辭。南燕的徐州刺史段宏先跑到索虜。十月，在黃河以北歸順晉朝。
張綱製造的攻城器械，設計奇巧，像飛樓木幔之類，莫不齊備。城上的火石、弓箭等守城工具，都沒有用了。義熙六年(410)二月初五，攻下廣固城，慕容超越城逃走，征虜賊曹喬胥俘獲了他，殺南燕王公以下、以及俘虜的人口一萬多，馬二千匹，慕容超被押送回師，在建康街頭斬首。
劉裕北伐的時候，徐道覆還有伺機而動的野心，勸盧循乘虛而出，盧循沒有聽從。徐道覆就到番禺(廣東)勸說盧循：「我們居住在南嶺以南，難道真的只能限此一隅，只是因為打不過劉裕罷了。如今他在圍攻固若金湯的廣固城，不知什麼時候才能攻下。乘這個時候，用歸鄉心切的將士，偷襲何無忌、劉毅的部隊，成功易如反掌。不趁這一有利時機而圖保全暫時的平安，如果劉裕平定南燕之後，稍稍休養生息，過不了一、二年，一定有檄文征討你。如果劉裕親自率軍隊到豫章，派遣精銳的部隊越過南嶺，即使將軍再勇猛，恐怕也抵不住。現在這個機會，萬萬不可錯過。如果佔領了他們的都城，搗了他們的老巢，劉裕即使回師，也無能為力。」盧循聽從了他的話，於是帶兵越過了南嶺。同月，攻克了南康、廬陵、豫章三郡，各郡的郡守都棄職逃走。此時平定南燕的消息還未傳回，天子派使者騎馬告訴劉裕，劉裕剛剛攻下南燕國，想在下邳休整，進而平定河、洛，但不久朝廷的使臣到了，當天就班師回朝。
鎮南將軍何無忌與徐道覆在豫章交戰，晉軍戰敗，何無忌被殺。朝廷內外非常震驚。朝廷想請晉帝渡江北上靠近劉裕的軍隊，不久得知起義軍還未到，京城的人心稍稍安定。劉裕到了下邳，用船運載輜重，自己帶領騎兵回師。到山陽，聽說何無忌被殺，擔心京城失守，於是日夜兼行，和幾十個人到了淮河，向行人詢問京城的消息。有人告訴他們說：「起義軍還沒有到，劉裕如果回來了，就不用擔心。」劉裕很高興，一個人乘船過江，逕直趕到京口，京城的人心大為安定。四月初二日，劉裕回到京師，解除戒嚴讓士兵休息。
撫南將軍劉毅上書請求南征，劉裕寫信給劉毅說：「我以前常和起義軍作戰，知道他們的戰術，他們近來又接連獲勝，不可輕視。最好等我休整完畢，我們一同前往。」又派劉毅的堂弟劉藩去制止他。劉毅不聽，率水師兩萬從姑孰出發。盧循北上，派徐道覆向尋陽進攻，自己進攻湘中的各郡。荊州刺史劉道規派兵到長沙迎戰，被盧循打敗。起義軍直入巴陵，準備攻江陵。徐道覆聽說劉毅率軍沿江西上，派人報告盧循說：「劉毅的軍隊很強大，成敗在此一舉，應該合力擊敗他。如果這次勝利了，奪取天下就沒有什麼問題了。根本安定了，就不用擔心枝葉不平定。」盧循當天從巴陵出發，與徐道覆聯手東下。另外有艚艦九艘，艦上有四層樓，高十二丈。劉裕因為南方諸郡失守，上書請求免職，皇上不允。五月，劉毅在桑海洛洲(今江西九江)被擊敗，棄船從陸路逃走，其餘逃走不及的人，都被起義軍俘虜。盧循剛到尋陽時，聽說劉裕已經回來了，不相信。擊敗劉毅的軍隊後，詢問凱旋將士，都相顧失色。盧循想退回尋陽，佔領江陵，佔據兩地來對抗晉軍。徐道覆認為應當乘勝追擊，據理力爭，商討幾天後，才被採納。
劉毅失敗的消息傳來，朝廷內外動盪不安，此時北伐的軍隊才回到京師，大部分都受傷染病，京城的戰士，不過數千。起義軍已經攻破江、豫兩州，士兵十幾萬，車船綿延百里。一些逃回的士兵，都說起義軍聲勢浩大。孟昶、諸葛長民擔心起義軍步步進逼，想保護天子渡長江北上，劉裕不同意，孟昶一再堅決請求。劉裕說：「現在重鎮被佔，強敵向腹地逼進，人心惶惶，沒有長久的打算。如果天子北渡，那麼就會土崩瓦解，長江以北又怎麼去得了呢！假使能夠渡江北上，也只不過苟延一段時間罷了。現在士兵雖然少，還可以一戰。如果京城被攻破，那麼君臣同歸於盡，假如厄運一定要降臨，我必當以死來護衛社稷，橫屍宗廟，實現多年以來以身報國的志願，決不逃到民間苟且偷生，我已拿定了主意，你不要再說什麼！」孟昶害怕劉裕不能成功，就上書天子說：「劉裕北伐的時候，大家都不贊同，只有我贊同劉裕的行動，導致強敵乘機而入，社稷危急，這是我的罪過，現在我只有以死來謝罪。」把奏折封好後，就喝藥死了。
朝廷開始重金招聘守城勇士，投身效力朝廷的人，都委以京城的官職。征發老百姓修建石頭城，建牙城，戒備森嚴，當時有人主張分兵把守各要塞。劉裕認為：「敵眾我寡，如果分兵駐守，敵人會摸清我們的虛實。況且一地失利，就會沮喪三軍的士氣，現在將軍隊集中在石頭城，調遣起來機動靈活，既可以讓敵人無法知道我軍的人數，又可以集中力量。如果部隊需要轉移，待以後再說吧。」把軍隊轉移駐紮在石頭城，在淮河中設柵欄隔斷了查浦。不久起義軍大部隊到了，劉裕分析說：「敵人如果在新亭向前挺進，就銳不可擋，應當躲避，勝敗就難以估量，如果停泊在西岸，那麼就要成為我們的俘虜。」
徐道覆想在新亭、白石兩地上岸後焚船。盧循猶豫不決，總想考慮出萬全之策，對徐道覆說：「我大軍還未到，孟昶就聞風自殺，就大勢來說，晉軍在數日內就會潰敗。現在急於決定勝負，既然不是必由之路，況且還要損傷士兵，不如按兵不動等他們自敗。」劉裕此時登上石頭城觀察起義軍，開始看到他們向新亭方向進軍，環顧左右，臉都變了色。不久起義軍的艦隻回頭停泊在蔡洲。徐道覆還想前行，盧循阻止了他。這個時候，晉軍陸續到京師附近集結，整修越城，修築查浦、藥園、廷尉三個堡壘，都派重兵把守。冠軍將軍劉敬宣駐守京城北郊，輔國將軍孟懷玉駐紮丹陽郡西部，建武將軍五仲德駐守越城，廣武將軍劉懷默駐紮建陽門外。還派寧朔將軍索邈率領鮮卑人的虎斑鐵騎一千多匹，都披上五彩的綢緞，從淮河以北趕到新亭。起義軍站在一起觀看，都很害怕；然而還希望京城和三吳之地有響應起義軍的。盧循派十幾隻艦船排除石頭城前柵欄，劉裕命令用神弩射擊，起義軍的艦船都被毀壞了，盧循於是下令停止攻柵欄。偷偷地派兵在南岸埋伏，派一些年老體弱的士兵坐在船上向白石城進發。劉裕擔心起義軍從白石城上岸，於是率領劉毅、諸葛長民從北面出擊，留下參軍徐赤特守衛南岸，命令他死守不要輕舉妄動。劉裕帶兵走後，起義軍火燒查浦後上岸，徐赤特的守軍被打敗，戰死失蹤的有一百多人。徐赤特丟下餘部，坐小船渡過淮河，盧循就率領幾萬人屯紮在丹陽郡。劉裕急忙率領軍隊回來援救。大家擔心起義軍過了江，都認為劉裕應當從小路回城避免遇敵。劉裕先前已分兵一路回到石頭城，大家都不知道。讓戰士們休息，吃飽喝足之後，在南塘嚴陣以待。因為徐赤特違抗軍令，處以斬首。劉裕還命令參軍褚叔度、朱齡石率精兵一千多人渡過淮河。起義軍幾千人，都手握長刀和短兵器，精製的盔甲在太陽下閃光，跳躍著蜂擁而進。朱齡石所帶的士兵大多是鮮卑人，善於徒步長矛作戰，並且嚴陣以待。起義軍的短兵不能敵，死傷了幾百人，退走。在日落時，晉軍也返回了。
劉毅被打敗後，豫州主簿袁興國反叛晉朝，佔據歷陽響應起義軍。琅王牙郡的內史魏順之派大將謝寶討伐並斬殺了他。豫州司馬襲擊謝寶，魏順之不去救援反而撤退，劉裕憤怒，殺了魏順之。魏順之，是魏泳之的弟弟。這樣，有功的將領都受到震動，不敢不聽從命令。
六月，天子又加封劉裕為太尉、中書監，還授給黃金裝飾的鉞。劉裕接受黃鉞，其他的封賞堅決不接受。讓司馬庚悅擔任建威將軍和江州刺史兩職，從東陽向豫章進發。
七月初十，起義軍從蔡洲南撤，回尋陽駐紮。劉裕派遣輔國將軍王仲德、廣川太守劉鍾、河間太守蒯恩追擊。劉裕回到東府，大規模擴建水軍，船隻都是有高樓的大艦，有十幾丈高。盧循派他的大將荀林進犯江陵。桓謙先從江陵逃往後秦，後又從後秦進入四川，譙縱讓他當荊州刺史。桓謙和譙道福率兵二萬人，進攻江陵，正好與荀林同時，相隔一百多里。東晉的荊州刺史劉道規在枝江斬殺了桓謙，在江津擊敗荀林的軍隊，追殺到竹町，斬殺了荀林。
當初盧循逃走的時候，劉裕知道他必定進犯江陵，立刻派遣淮陵內史索邈率領騎兵從陸路援助荊州。又派建威將軍孫委高率士兵三千，從海路襲擊番禺。江州刺史庚悅到五畝嶠，盧循已派一千多人佔據山道，庚悅的前鋒鄱陽太守虞丘進擊潰了起義軍。劉裕已治理好軍務。十月，率領兗州刺史劉藩、寧朔將軍檀韶等水師南征。讓後將軍劉毅兼任太尉留守郡府，後方的事情都委託給他。
同月，徐道覆率兵三萬進犯江陵。荊州刺史劉道規又大敗了他，斬殺萬餘人，徐道覆又回到盆口。開始劉裕派索邈入川，索邈在山道上被起義軍攔截，直到徐道覆被擊敗後才到達四川。自從盧循南下，江陵方面與京城的音訊就斷絕了，傳遞消息的人都說江陵已被佔領。直到索邈回京後，才知盧循已經逃走了。
盧循從蔡洲南逃時，留下他的親信范崇民率五千人，大艦一百多艘，戍守南陵。王仲德等人聽說大軍將至，於是進攻范崇民。十一月，大敗范崇民的軍隊，焚燒其艦船，收撫散兵。
盧循在廣州的守兵對海道沒設防。同月，建威將軍孫季高從海路突然到廣州，起義軍的城池高峻嚴整，守城的士兵有幾千人。季高焚燒了起義軍的船隻，全部上岸，從四面圍攻，當天就攻下了廣州城。盧循的父親乘小船逃往始興。季高安撫老百姓，剿殺起義軍將士，派兵好好守城。當初劉裕派遣季高出兵的時候，大家都認為從海路進攻遙遠，一定很艱難；且分散了兵力，費時又很長。劉裕不贊同。天子詔令季高說：「大軍在十二月底，一定打敗起義軍。你現在到廣州去，搗毀他們的巢穴，讓他們潰逃時，沒有去處。」季高依命而行，如期成功。
盧循這時正修整艦隻，製造一些攻城的器械。劉裕想從長計議，於是駐軍雷池。起義軍揚言不進攻雷池，順水而下。劉裕知道起義軍想進攻，但考慮到起義軍戰敗後，可能從京江進入東海，派王仲德帶二百艘艦船往吉陽，斷絕起義軍的去路。十二月，盧循、徐道覆率兵幾萬，乘船而下，前後相連，不見邊際。晉軍出動全部的輕便小船，劉裕親自搖旗擂鼓，命令三軍合力出擊。又在西岸派出一些步兵騎兵。右軍參軍庾樂生坐在艦上不前進，劉裕將其斬首示眾。於是三軍奮勇爭先。晉軍中有很多威力大的神弩，所到之處沒有不被摧毀的。劉裕在江中間焦急。起義軍的船隻順著風和水流的去向，全部停泊在西岸上。岸上的士兵首先預備了火攻的材料，於是點火燒起義軍的艦隻，煙霧滿天，起義軍大敗，追到夜裡才回來。盧循等人退回尋陽。當初派步兵駐西岸，沒有人不感到奇怪的，等到燒了敵軍船隻，大家才信服。召回王仲德，讓他還擔任先鋒。留下輔國將軍孟懷玉駐守雷池。盧循聽說晉朝大軍沿江上溯，想逃往豫章，於是全力在左裡設置柵欄隔斷江面。晉軍到左裡，準備決戰，劉裕手中拿的令旗旗竿斷了，折斷的旗子沉入水中，大家都感到很奇怪。劉裕笑著說：「從前在覆舟的一戰，旗竿也折斷了，現在又是這樣，一定能夠打敗敵人。」立即攻克柵欄前進。盧循的軍隊雖然也拚命迎戰，但無能為力。各路晉軍乘勝追擊，盧循乘小船逃走。被晉軍殺的以及投水自殺的起義軍，總共有萬餘人。收納投降的士兵，原諒他們被逼走上了叛逆之路。派劉藩、孟懷玉輕裝追擊殘兵，盧循收集殘兵剩將，還有幾千人，從小路逃回廣州。徐道覆退守始興。劉裕在左裡凱旋班師。天子派侍中、黃門到軍營慰問軍隊。
武帝本紀(二)
義熙七年(411)正月初八，劉裕在京師整編軍隊，皇上加封他為大將軍兼揚州牧，賜班劍二十名，原來的官職依舊，劉裕堅辭不受。凡在南征北戰中戰死的，都登記姓名賜給安葬費。屍首沒運回的，派主帥去迎接運回亡者的家鄉。
二月，盧循回到番禺，被孫季高擊敗，盧循收拾殘兵敗將南逃。劉藩、孟懷玉在始興斬殺徐道覆。
自晉朝中葉以來，政治腐敗，豪強恃強凌弱大肆兼併土地，百姓流離失所，家產得不到保障。桓玄很想整改，但做不到。劉裕輔佐朝政後，頒布法規昭告天下，於是豪強大為收斂，人人知禁令。這時會稽余姚虞亮藏匿一千多人的戶口，劉裕知道後處死了虞亮，免去會稽內史司馬休的職務。
天子重申先前的加封令，劉裕又一次堅辭，於是改封他為太尉、中書監，劉裕這才接受。他將黃鉞還給天子，並辭掉冀州牧。
交州刺史杜慧度殺死了盧循，將其首級送到京師示眾。
先前各州郡送來的秀才、孝廉，多是濫竽充數。劉裕上書天子，請求遵循舊制，用考試的辦法加以甄別。
征西將軍、荊州刺史劉道規因病請求回歸故里，義熙八年(412)四月，劉道規改任豫州刺史、後將軍，豫州刺史劉毅取代他為荊州刺史。劉毅和劉裕同舉義旗，復興晉室，自詡為京城、廣陵，功勞足與劉裕匹敵。他表面上擁戴劉裕，內心卻極度妒恨。劉毅雄才大略志存高遠，朝廷素有威望之士多歸附於他。他還與尚書僕射謝混、丹陽尹郗僧施結為生死同盟。劉毅西戍江陵，豫州府的幕僚都自動追隨他。劉毅邀郗僧施任南蠻校尉，劉裕知道劉毅不會甘居人下，終究是個對頭，就暗地策劃對付他。劉毅到了江陵，假稱病重，上書請求派他的堂弟兗州刺史劉藩來當副職，劉裕假裝應許。九月劉藩入朝，劉裕下令逮捕他和謝混，打入監牢賜死。他又上書請求討伐劉毅，並憑借黃鉞率大軍西征，任命前鎮軍將軍司馬休之為平西將軍、荊州刺史，派兗州刺史劉道憐鎮守丹徒，豫州刺史諸葛長民監管太尉留守府事務。封太尉司馬、丹陽尹劉穆之為建威將軍，撥給他兵力。十一日從京師出發。派參軍王鎮惡、龍驤將軍蒯恩打先鋒突襲江陵。十月，王鎮惡攻克江陵，處死劉毅及其同黨。
十一月十四日，劉裕到江陵，發佈文告說：「去弊病拯救黎民，政令須簡潔寬容，廢除修改一些政令，雖然麻煩，但百姓易於理解。江陵、荊州凋敝殘破，法令殘缺不全，近來戰事不斷，不得安寧。百姓疲憊匱乏，每況愈下，為賦稅勞役所困，難以為生。雖然凋敝殘破，但徵稅依舊，盤剝課徵，不遵法規。治理兩州的命官，有些非善良之輩，不能節儉，一味追求盈足，時間長了就成了習慣，不知悔改。
「近來因為戰事，我劉裕來到二州，更體察到了百姓的疾苦，我想急百姓之急，救民出火海。徵收租稅勞役，都以登記在冊的戶籍為據。州郡縣的屯田、池塘、邊塞之稅未作軍用而流入官吏腰包中的，現一律免除。州郡縣官吏，都依照舊制登記戶口。朝廷徵調的癸卯梓材、庚子皮毛，可停征或減收，另外計作所交納的賦稅。巴陵均輸折度支，照舊用軍隊運輸。所關押的起義軍的家屬，一律放回原籍。」
劃荊州十郡建湘州，歸劉裕督治，任命西陽太守朱齡石為益州刺史，率軍伐蜀，皇上加封劉裕為太傅、揚州牧，賜給羽葆、樂隊，班劍二十名。
義熙九年(413)二月九日，劉裕到江陵。當初諸葛長民驕婬貪婪，橫行霸道，為當地百姓所痛恨。但因為他是劉裕起義的同謀者，劉裕寬容了他。劉毅被殺後，諸葛長民對親信說：「去年殺彭越，今年誅韓信，災禍就要臨頭了。」謀劃叛亂。劉裕定好了回京的時間，但總是滯留不歸。朝中大臣連日在新亭恭候，諸葛長民也來迎候。劉裕乘船不聲不響地回了東府。諸葛長民來到東府門前，傭人引其進府。他不聽親信勸告，凡平時與他關係不錯的人都同他一起來了。劉裕早已暗暗下令武士丁日午等人自幔帳後出來，拉倒諸葛長民的坐具，諸葛長民跌了下來。丁日午上前猛打，諸葛長民死在坐具旁邊，劉裕派人用車裝上諸葛長民的屍首送交廷尉，又殺其弟諸葛黎明。丁日午驍勇力大，時人稱讚他說：「不要飛揚跋扈，否則交付丁日午。」
先前山川湖澤都被豪強霸佔，百姓砍柴捕魚都要納稅，劉裕下令免征。當時百姓居無定所，劉裕上書說：
「臣聞先王治國，天下井然有序，疆界劃分，各安其所。在往昔盛世，人無職業變更，所以井田制，三代時興盛。秦實行新政，漢襲秦制，豪強兼併土地，於是就發生了。懇請陛下，憐惜萬民，把界定州郡區劃的重任交付臣下，如我懇請的合理，請允准，並迅速實行。」
於是重新劃定州界，只有晉陵附近的徐州、兗州、青州不在重新界定之列。許多由北方流亡來的郡縣，多被合併裁汰。
皇上加封劉裕為鎮西將軍、豫州刺史。劉裕堅辭不受太傅、州牧之職和班劍，奉還黃鉞。
七月，朱齡石平蜀，殺蜀王譙縱，並將其首級送京師示眾。
義熙九年(413)九月，皇上加封劉裕第二個兒子劉義真為桂陽縣令，作為他平定齊亂，斬殺盧循的獎賞。天子重申前令，加封劉裕為太傅、揚州牧，賜羽葆(一種車蓋)、樂隊、班劍二十名。派百餘名朝臣懇勸，劉裕這才接受羽葆、樂隊、班劍，其餘堅辭不受。
義熙十年(414)，減輕徭役讓民休養生息，修建東府。
平西將軍、荊州刺史司馬休之，為宗室所倚重，又得江漢民心，劉裕疑其有奪取王位的野心。休之哥哥的兒子譙王司馬文思在京師招集任俠之士，劉裕逮捕了他，把他送到司馬休之處，令司馬休之處理。司馬休之上書請廢文思的王位，並寫信給劉裕表示謝罪。義熙十一年(415)正月，劉裕逮捕司馬休之的兒子文寶和其侄兒文祖，打入牢中賜死。劉裕率大軍西征，又持黃鉞，任荊州刺史。五日，從京師發兵，中軍劉道憐監管留守府事務，司馬休之上書說：
「臣聞運氣不是一成不變的，治世亂世更迭。國運衰敗了，不久又會興盛。昔日奸臣橫行，皇室不振，今江山姓名未改，皇室再次興隆。太尉劉裕威武精明果斷，首舉義旗，掃除元兇，皇室復位。一介平民百姓，匡復社稷，南滅盧循，北定廣固，近千年來，功勞沒有比得過他的。因此四海歸附，朝野推崇。位居極位，權傾皇上，不能秉公處事，恃寵驕橫。自以為功高蓋世，心目中無皇上，濫殺無辜，肆意苛政暴行，劉裕不守人臣之禮，篡位的跡象日益明顯。陛下四季的膳食，得不到保征，宮廷的費用，供給的不足十分之一。皇后患病時，湯藥侍奉不周，她親自寫信給家人，訴苦求助。這些都是朝廷官員所共同聽到看到的，人人莫不傷感憤慨歎息，但口不敢言。前揚州刺史司馬元顯頁第五個兒子法興，因為桓玄之禍牽連，遠逃在外，皇上開恩，這才回歸故里。太傅之後，淪落絕境而又興旺起來，凡有良知的人都感到慶幸。劉裕翦除異己，不管大小。他認為法興聰穎明達，民心必歸附於他，胸懷仇恨，就製造謠言，殺戮法興。大司馬德文和王妃公主為情勢所迫，聯合起來向皇上請命，劉裕肆虐慘毒，但他們誓不屈服。他們蒙冤受害，其慘痛足以感動路人，我地位卑微，但受德文的恩重，就將女兒嫁給德文之子。這樣做並不是突發奇想，實在是被逼出來的。已故衛將軍劉毅、右將軍劉藩、前將軍諸葛長民、尚書僕射謝混、南蠻校尉郗僧施，或是功勞蓋世，或是德高望重，都是輔佐朝政的棟樑之材，國家希望之所在，無罪無故，一日之內全被殺戮。劉裕猜疑殘忍之性，真是亙古少見。
「我家道敗落，依賴劉裕才得以生存。劉裕為皇室所倚重，其程度自古少見，因此無論從公從私的角度考慮，我都該歸附投奔他，事事順著他。第二次加授荊州牧時，我就苦苦陳述，自己才能低下而地位顯赫，不能這樣長久下去，屢次請求辭職，總得不到允許。前些時攜帶老母、家庭的一半人遷往西邊，子侄都留在京城，臣兄兒子譙王文思，年少不懂事，喜好交結朋友，不知提防，朋友集會，為劉裕獲悉。劉裕遂翦除文思的朋友，將他送到我處。我順其旨意，上書請廢文思王位，改襲大宗，派兒子文寶送女兒回京城。自以為真心實意地順著他，也不過如此。豈料劉裕包藏禍心，領兵討伐，加害文思，製造事端。幕僚議論劉裕，沸沸揚揚。但臣愚笨，錯誤地認為其不致如此，先前我府下司馬張茂度倉惶回京城，南平太守檀憑之也在這個月的三號棄郡叛逃，找人尋問，才知劉裕早已攻上來了。劉裕現在的舉措，不是因為與我有怨恨，而是因為我是王室的依靠，所處地位重要；時下賢能之士已被消滅殆盡，只有我還在。劉裕打算滅掉我後，好達到篡奪王位的目的。鎮北將軍宗之、青州刺史敬宣，都是劉裕所害怕的，想依次翦除，然後輕而易舉地篡位。
「如今荊、雍義眾，自發集結，人數眾多。豈是我這個無德之人所能招集的？全靠宗廟之靈保佑所致。加封文思為振武將軍、南郡太守，宗之兒子竟陵太守魯軌為輔國將軍。我現與宗之統率大軍，據守江津，屯兵抵抗，相機出擊，今兵鋒所指，只是劉裕父子。早就應該掃除叛賊，傳來捷報。只是我位低軟弱，致使劉裕凌虐橫行，真是無顏見人。」
司馬休之府錄事參軍韓延之，跟隨司馬休之多年，頗有才幹。劉裕到江陵前，暗地派人送信給他說：「司馬文思事件的緣由，遠近皆知。去年派康之將文思送到司馬休之處，是很尊重他了。但他毫不愧疚，又不上書請罪。司馬文思知錯不改，為天地所不容。我奉命西伐，只是討伐他們父子而已。江陵境內的居民，都是被逼迫的，一概不追究。往年郗僧施、謝郡、任集之等，結黨多年，專門為劉毅出謀劃策，所以被滅。你等諸位，是一時被迫，原本不想挑釁。期望會晤你的願望，由來已久。現在正是諸位回歸的好時候。若大軍出發，雙方交鋒了，我就分不清好人壞人了。因此將我的意思先告訴你，並請你轉告他人。」韓延之回信說：
「你親率兵馬遠征江陵，江陵百姓莫不驚駭。為什麼？因為不知你為什麼出師。今承蒙賜信，才知是因為譙王事件，更感歎息。司馬平西忠貞愛國，待人接物的風度可比古之賢人。因為你有匡復社稷之功，為國家所倚重，衷心推戴你，事事向你咨詢。譙王往昔因為小事被彈劾，尚且上書請求降職，何況是大過失，他怎會置之不理呢？但康之先前沒有說清楚，因而又派胡道去表白自己的想法。胡道還沒來得及回來，你已上書廢除康之王位。康之未能達到目的，真是命啊！寄托相互的思念，應當如此嗎？有什麼不妥的，就興兵討伐！自從義軍掌權以來，各地官員，誰敢不先向你請示，而徑直上書皇上呢？譙王被宰相指責，你又上書請廢其王位，他到底有什麼錯，你上書究竟是為什麼，真是『欲加之罪，何患無辭！』
「劉裕君，四海之內，誰不知你的居心？你何必還想欺詐國人呢！天地所不容的，不是司馬休之，而是你劉裕！來信說『期望相見，由來以久』。今伐我主，奪我利益，真是『期望相見，由來以久』啊！劉藩死於宮內，諸葛長民死在你的爪牙之手。好話說得使地方命官驚詫，卻又派兵襲擊他們。於是宮廷內沒有坦誠之士，宮廷外沒有誠信的諸侯。為了篡位，你這樣做，真是可恥啊！你府內的將士官佐和朝廷賢德之士，提著身家性命度日，內心早已企望太平，我確實愚笨低下，但曾聽有德君子說過『一僕不侍二主』。以司馬休之高尚的品德，難道不能勝任朝廷授予的官職嗎？他沒有自投虎口，比起郗僧施、任集之等人確實高明些。假若上天要使天下長期動亂、暴虐橫行，我當與臧洪同歸冥府。不必再多言了。」
劉裕看信後，長聲歎息，把信遞給左右看說：「追隨的人就當這樣！」
義熙十一年(415)三月，劉裕率軍到江陵。當初雍州刺史魯宗之擔心劉裕不容他，與司馬休之結盟。這時派他的兒子竟陵太守魯軌到江陵同司馬休之會合。江夏太守劉虔之攔擊他，戰敗被殺。劉裕派彭城內史徐逵之、參事王允之從江夏口出擊，又被魯軌打敗，雙雙斃命。當時劉裕駐軍馬頭山，當天率軍渡江，親自指揮將士上岸，將士們莫不奮勇爭先。司馬休之潰敗，與魯軌逃到襄陽，江陵平定。皇上加封劉裕為南蠻校尉。
即將舉行授官儀式，剛好碰到「四」這個不吉祥的日子。劉裕幕僚鄭鮮之、諸叔度、王弘、傅亮上書請求換個日子，皇上不同意，下詔說：「江陵積弊甚多，事故頻頻，百姓疲憊，田疇荒蕪，府庫空虛。加上過去的政令苛刻模糊，勞役繁重，百姓食不果腹。即使全家老少都去服役，也滿足不了需要。我常常想起百姓的疾苦，寢食不安，確實該廢除苛政，讓民休養生息，望你在一月之內革除陳規陋習，使政局煥然一新，教化有序。荊州、雍州、西局、蠻府府臣及服役十二年以上的士兵，或年達六十歲以上，以及負有撫養幼小責任，或一個男丁的困難戶，都讓他們回家。那些生活困難難以生存的，給予賑濟，州府勤懇之士，根據功勞提拔選用，免去今年租稅。」
義熙十一年(415)四月，劉裕又率軍西征，追到襄陽，司馬休之逃到西羌。天子又重申前令，加封劉裕為太傅、揚州牧。授其佩劍上殿，上殿時不必小步走、參拜皇上時不必通報姓名的特權，賜給羽葆、樂隊，配給左右長史、司馬、從事中郎。加封劉裕三子劉義隆為彭城縣公。中軍將軍劉道憐為荊州刺史。
義熙十一年(415)八月二十日，劉裕自江陵回京城，將黃鉞還給皇上，堅辭太傅、州牧之職，不受羽葆、樂隊。朝中大臣認為劉裕德高望重，不必再對皇上拘於臣禮，親自統率大軍，宜給他特殊待遇，上書時不必再稱皇上了，委任劉裕長子為兗州刺史。
義熙十二年(416)正月，皇上令劉裕依舊制取士。劉裕任平北將軍、兗州刺史，管轄包括南秦在內的二十個州。劉裕覺得平北將軍府文臣武將太少，不宜另外建府，就撤消平北府，將其與東府合併為一個大府。指派長子為豫州刺史。三月，皇上加封劉裕為中外大都督。
當初劉裕平定齊時，還有平定關、洛之意，因盧循襲擊後方，未能如願。荊、雍州平定後，又圖謀向外拓展疆域，恰逢羌王姚興死，其子姚泓繼位，兄弟相互殘殺，關中動亂。劉裕任征西將軍、司州豫州刺史，乘機北伐。他委任長子為徐、兗州刺史。發佈文告說：「我倡導大義，首先從本州做起，努力匡復王室，建立功勳，外滅勁敵，內除奸賊，都是國人共同竭誠努力的結果。情義日月可鑒。今奉旨西征關河，小兒本不應當擔任官職，今又加官封職，實在令我心緒鬱結，越來越嚴重。想到國不富民不強，我更是心急如焚。罪犯關押了五年以上的都釋放回家，再作良民。文臣武將勞碌多年而未得陞遷的，都可按資歷深淺上報。」
劉裕接受了中外大都督的職務後到司州，謝絕了大司馬琅王牙王的禮物，朝中謀士都贊同其做法。劉裕想以仁義的名聲使遠敵歸附，於是尊奉琅王牙王北伐。五月羌人黃門侍郎尹部率兄弟歸順劉裕。皇上加封劉裕為北雍州刺史，賞賜羽葆、樂隊，班劍增至四十名，免去中書監職務。八月，劉裕率大軍從京師出發，委任長子為中軍將軍，管理太尉留守府事務。委任尚書右僕射劉穆之為左僕射，主管監軍府、中軍府軍務，住進東府，總管大小事務。九月，劉裕到彭城，任徐州刺史。
劉裕先派冠軍將軍檀道濟、龍驤將軍王鎮惡從陸路向許昌、洛陽進發。沿路把守的羌人都望風而降。駐守倉垣的羌人兗州刺史韋華也率眾歸順，劉裕又派北兗州刺史王仲德率水軍沿黃河挺進，在東郡涼城打敗索虜，進軍平定滑台。十月，各路大軍會師洛陽，圍攻金墉，姚泓弟弟平南將軍姚光投降，劉裕派人將他押送回京師。又修繕東晉五帝陵墓，派兵把守。
天子下詔說：
「太尉劉裕是天降英才，一代聖賢，如日月照耀四方。他勤懇報國，掃除妖孽，功在社稷，他是國人希望之所繫，社稷之依靠。桓玄篡位，禍國殃民，是劉裕深明大義，首舉義旗，討伐叛逆，拯我晉室於危難之中，匡復王室，劉裕建功卓著，北定海、岱，南平百越，荊、雍臣服，庸岷歸順，剿滅各地叛亂，遏制外族肆虐。平定各地後，秉尊周禮，整頓習俗，尊奉王訓，推行教化，聲名遠播。周邊各族都想與我大晉結好。他們自覺孤陋落後，多次來朝，這是劉裕仁義名聲遠播的功勞。永嘉年間朝綱不振，諸侯割據一方。劉裕義憤填膺，招集大眾，討伐叛臣。一路凱歌，所向披靡。他又收復京師，修復五帝陵墓。有史以來，功勞未有如此之大者。
「褒獎有功之臣，給以顯位，是聖明君主之所為。劉裕功德蓋世，不負眾望，加封他為相國，總攬各種政務，兼領揚州牧，封為宋公，劃封地十郡，享受九錫之禮遇。授給玉璽綬帶、出遊的車蓋，位在王侯之上、佩帶相國綬帶。」
下詔贊曰：
「我孤陋愚昧，繼位後，奸臣乘機當道，發亂推翻王室。祖宗基業，毀於一旦。但天不滅我大晉，派來英才劉裕，重振朝綱，挽大廈於既傾。劉裕大功大德，我確實靠他。今給他書信以嘉獎。
「昔日桓玄篡位，禍國殃民，你忠心耿耿，氣沖宵漢，挺身而出，奮勇伐賊，收復京師，恭迎皇帝歸位。你的忠義仁德自那次勤王時就表現出來了。指揮大軍，挺進崢嶸，收復南郢，剿滅起義軍，斬其頭領，這是你的功勞。開源節流，予民休養生息，戶口日增，疆域逐漸拓展，民風淳樸，刑罰嚴明，天下安定。這又是你的功勞。鮮卑偷襲三齊，鯨吞青、冀，虎視沂、岱州，不斷在邊境挑釁，你親率大軍遠征，擊潰鮮卑，開拓疆域三千里，樹我大晉虎威於大漠。這又是你的功勞。盧循妖賊，割據嶺南，乘朝中空虛叛亂肆虐，攻陷江、豫兩州，震懾宇內，危及京城，朝野沮喪，人心動搖，百姓打算遷徙，國家計劃遷都。你率軍南進，視危險如坦途，運用奇謀打得盧賊大敗南逃，保我社稷、黎民。這又是你的功勞。派偏師渡海，指日即至番禺。番禺一戰，俘虜斬首一萬餘，左裡大捷，起義軍作鳥獸散。盧循遠遁，還是被斬首示眾。自此南方安定，蠻族來朝。這又是你的功勞。劉毅叛變，在西夏挑釁發亂，不敬主上，暴虐妄為，拉幫結黨，窺視京城，你依照刑法，很快滅掉了他，荊州、衡州重新太平。這又是你的功勞。譙縱乘亂獲利，割據一隅，私自為政，三巴淪陷。你派偏師，授之以良策，溯黃河而上，滅了譙縱，平定梁、岷，這又是你的功勞。司馬休之、魯宗之聯合叛亂。你研究對策，出師江津，快如閃電，回衛沔州，令賊震懾。兩賊逃跑，荊雍平定。這又是你的功勞。永嘉年間國運衰落、朝綱不振，周邊夷族進犯中原，國家四分五裂，亡國滅種之禍迫在眉睫。你統率雄師，打出捍衛王室的大旗，分派眾將北定司州、兗州。兵鋒所指，許州、鄭州之敵潰敗，鞏州、洛州平定，夷族的州牧和叛將，紛紛歸降。百多年的積弊，一朝掃除滌盡。這仍是你的功勞。
「我聽說先王治理國家，用有功之人，尊賢達之士，給他們封侯封地，褒以殊榮，給以信物，功臣賢能因而輔佐王室盡心盡力，國運昌盛，你功德蓋過古人，而沒給你殊榮，我真昏憒啊。今加封你為相國，將徐州的彭城郡、沛郡、蘭陵、下邳、山陽、廣陵郡，將兗州的高平、魯郡、泰山十郡封給你，封為宋國公。」
秕罕虜乞佛熾..派遣使者拜見劉裕，請求為劉裕效力去討伐羌人。劉裕加授他為平西將軍，封為河南公。
義熙十三年(417)正月，劉裕率水軍討伐羌姚泓，留下彭城縣公劉義隆鎮守彭城。大軍挺進留城，路過張良廟，劉裕感歎道：「大德不忘，全仗祀典。張良一代英才，知時音變，堪稱帝師。拯濟時世，滅項羽定漢業，功勞可比伊尹、呂尚，德高義重。今路過沛縣，停駕留城，看到張良廟殘破荒草叢生，塑像模糊不清，睹物思人，令人歎息。建議重修殘破的廟宇，再塑金身，以抒懷古幽情，緬懷不朽的英烈。」
皇上追封劉裕祖父為太常，父親為左光祿大夫，劉裕謙讓不受。
十三年(417)二月，冠軍將軍檀道濟等到達潼關。三月，大軍到達黃河地區。索虜率步兵、騎兵十萬，據守在黃河渡口。劉裕親自指揮兵馬渡過黃河，打敗了索虜。劉裕到洛陽。七月，到達陝城，龍驤將軍王鎮惡伐木造船，從黃河進入渭河。八月，扶風太守沈田子在藍田大敗姚泓。王鎮惡攻克長安，活捉姚泓。九月，劉裕到了長安。長安富足，府庫殷實。劉裕首先收繳青銅器、渾天儀、地圖等物，獻給皇上；其他珍珠寶物都賞給戰將。押送姚泓回建康，斬首示眾。劉裕拜謁漢高祖陵，在未央殿聚會文臣武將。
十三年(417)十月，天子下詔說：
「我聽說先王治理天下，重獎功德之臣，因而能建功立業，國運興隆。
「我才能低下，家運不濟，奸臣篡位，被迫離開京城，落難荊州，受苦受辱，被奸賊所挾制。相國宋公劉裕，睿智聖明，應運而出，其忠誠節義貫日月，將我從賊人手中拯救出來，挽大廈於既傾。為表彰宋公劉裕卓巨功勳，特升宋公爵位為宋王，將徐州的汝陵郡、東安郡、北琅王牙郡、北東莞郡、北東海郡、北譙郡、北梁郡，豫州的汝南郡、北穎川郡、北南頓郡共十郡，補增給宋國。任命劉裕為相國、揚州牧，領征西將軍，擔任司州、豫州、北徐州、雍州刺史等職。」
十一月，前將軍劉穆之去世，劉裕委派左司馬徐羨之執掌留守府事務。原來由劉穆之決斷的大事，現在都向劉裕請示，劉裕在長安停留了一段時間，以謀劃處理趙州、魏州事務。不巧碰到劉穆之病逝，就決定回京師。十一月，從長安出發，委任桂陽公劉義真為安西將軍、雍州刺史，留下心腹將領輔佐他處理大事。閏十二月，劉裕從洛河進入黃河，開闢汴渠回京城。
義熙十四年(418)正月，劉裕到彭城，休整部隊，任命輔國將軍劉遵考為并州刺史，兼河東太守，鎮守薄阪。劉裕辭去司州刺史，任徐州、冀州刺史，堅決辭讓宋王稱號。
六月，劉裕接受了相國、宋王的稱號和皇上賜賞的九錫。下令赦免這個月二十三日以前犯罪的罪犯(死罪除外)，救濟那些鰥寡孤獨不能生存的人，每人賜粟五斛，以度饑荒，府州的罪犯同等對待，其餘的遵循舊制。
皇上下詔尊奉豫章公母親為宋國太妃，長子為中軍將軍，輔佐相國府。委任太尉軍諮祭酒孔季恭為宋國尚書令，青州刺史檀祗為領軍將軍，相國左長史王弘為尚書僕射。其餘百官設制都依晉朝舊例，又下詔准許宋國官員在所封十郡之外也可拜官授職。
起先官西中軍參軍沈田子殺了安西司馬、龍驤將軍王鎮惡，眾將領又殺了安西長史王修，關中於是大亂。義熙十四年(418)十月，劉裕派右將軍朱齡石代替安西將軍桂陽公劉義真為雍州刺史。佛佛虜追殺劉義真，劉義真僥倖免於一死，朱齡石和其他諸將被殺，領軍檀祗去世，劉裕任命中軍司馬檀道濟為中領軍。
義熙十四年(418)十二月，天子駕崩，大司馬琅王牙王繼位。
元熙元年(418)正月，皇上派使者徵召劉裕入京輔佐朝政。重申前令，晉劉裕爵位為王，劃徐州的海陵郡、北東海郡、北譙郡、北梁郡，豫州的新蔡郡，兗州的北陳留郡，司州的陳郡、汝南郡、穎川郡、滎陽郡等十郡，增補給宋國。七月，劉裕接受任命，赦免國內五年以下徒刑的罪犯，將都城遷到壽陽。任命尚書劉懷慎為北徐州刺史，鎮守彭城。九月，劉裕辭去揚州刺史之職。
十二月，天子吩咐劉裕穿皇帝服，樹天子旗，出行嚴加警戒，所過之地嚴加戒備，斷絕行人，坐金銀車，配六匹馬。配備五時副車，添置旌頭雲旗，樂舞八佾，設鐘磬於宮廷，升王太妃為王太后，王妃為王后，長子為太子，加封王子王孫稱號，遵循舊制。
元熙二年(420)四月，晉帝徵召劉裕入京。六月，劉裕到京，晉帝將王位禪讓給劉裕，下詔說：
「天造草卉，樹木管之，天造三級，教化天下。大道運行，選賢任能，興衰更替，沒有定期。禪讓替代，由來已久。晉朝衰敗，禍亂頻繁，及至元興年間，更是多災多亂。三光換位，冠履易所。安皇流離，宗廟墜毀，縱覽天下，皇祚已傾。相國宋王劉裕，天賜其聖德，靈武秀世，力挽狂瀾，再造基業，挽大廈於既傾，征討叛逆，收復失地，拓展疆土，多次俘獲偽主，收復平定京都。蠻夷之地，大漠之鄉，莫不來朝，沐浴皇恩。
「我雖昏聵，不明大道，但知借鑒歷史興衰。為順民心，我將退位離官，禪讓於劉裕，遵循唐虞、漢魏舊例。」
詔書擬成後，呈送天子審閱，天子隨即執筆，對左右說：「桓玄專權時，天命已改，被劉裕延續了二十年。今日讓位，心甘情願。」致信給劉裕說：
「遠古時代，誰人掌權，不得而知。但據文字記載，到三黃五帝時，莫不是上聖之人君臨四海，止兵戈定天下。帝王，主宰萬物的通才，君主，天下至公之人。上古之時，遵循此道，因此唐、虞不傳位其子，而將王位禪讓給仁德有功之人。
昔日我祖聖明，據有皇位。但明暗交迭，盈虧有期。如今上天拋棄我晉，由來已久。你有上聖之姿，具備二儀之德，明如日月，道合四時。昔日社稷傾覆，國運不濟，朝野不振，叛逆肆虐，豪強割據。你懷柔之以仁義、震懾之以兵戈，拯救匡復我大晉。今上天已降徵兆，圖讖之文已明，人神的願望已定。百工歌於朝，庶民頌於野，人人歡喜雀躍，等待新主。因此我上聽天命，下順民情，敬禪神器，傳帝位於你。
「聽說天造百姓，立君治理，皇帝治世，四海為公，興衰繫於功德，升降存乎其人。國家將亡，上天先降徵兆，代謝無常，聖賢哲人知其變。我祖順乘天命人心，登上了王位。但國運不常興，夷族進犯中原，陷我洛地，佔我江表。到了元興年間，宗廟傾覆。你聖德欽明，神武照天下，宏揚大義，匡復我社稷，保我王室，重造我國家。內除國賊，外展宏圖，誅巨奸於漢陽，斬逆臣於沂諸。平定西岷，肅清南越，安定江、湘，拓平樊、沔。你大軍所指，伊、洛平定，樹威於崤，敵猷歸附，咸陽收復。青銅銘文所載，《詩》、《書》所詠，功勞之大，不能與你相比。於是偃武修文，實施德政，信用傳天下，仁義播四方。周邊夷族莫不頌你仁德，歡喜來朝。
「我觀察符運，天之命數委實在你。五緯升度，除舊之象屢次出現；三光歷數，昭示布新之吉祥。圖讖預言，已很明白，加上上天賜你英姿龍顏和人君儀表，耀如日月，傳稱『惟天為大，惟堯則之』。詩云：『有命自天，命此文王』，『或躍在淵者』，終享皇位；『勳格天地』者，必創大業。昔日曹魏亡傳位於我晉；今天命已改，晉朝氣數已盡，該從金德傳位於宋王。今派使府節、兼太保、散騎常侍、光祿大夫澹，兼太尉、尚書宣范送來皇帝印綬。禪讓之禮，遵循唐舜、漢魏舊例。望你允答人神，君臨天下，不負上天之厚望。」
劉裕上表推辭，晉帝已退位去了琅王牙王府第，上書未到晉帝手中。於是陳留王虔嗣等二百七十人和宋府群臣，都上表勸進。劉裕不同意。太史令駱達陳上天文符瑞數十條，群臣又再三勸請，劉裕只好同意，正式稱帝。
武帝本紀(三)
永初元年(420)夏六月十四日，劉裕在南郊設祭壇，即皇帝位，燒柴以告天。說：
「皇帝臣劉裕，用黑公畜祭祀天地，昭告皇天后土。晉帝退位，是氣數已盡，蒙上天垂青，傳位於我。立君治世，天下為公，有德之人當皇帝，是眾望所歸。上至唐虞，下至漢、魏，莫不以上智之人治天下，功高之人居帝位，因而能拯濟百姓，垂訓天下。晉朝自東遷之後，四維不振，宰輔無靠，為時已久。隆安年間災難降臨，元興年間終成大禍，皇帝流離，宗廟墜毀。我雖地處偏僻，又無一支軍隊，但仰激於義憤，俯憐惜百姓之苦，振臂疾呼，揭竿而起，匡復王室。扶危濟困，剷除叛逆。確是興廢有定期，衰亡有定數。至於再造晉室，撥亂反正賑濟百姓，全靠乘乎氣運，才擔當了如此重任。外族慕仁義，派使來朝，普天之下心悅誠服，接受訓導。及至三靈降跡象，山川告吉祥，新主將出現，愈來愈明顯。因此公卿士人，黎民百姓，都說上天降下了旨意，晉朝又誠懇禪讓，天命不可以久違，皇位不可以空缺。我迫於眾議，恭受大禮。
「我德寡才疏，居萬民之上，雖是秉承天意，內心還是不安。慎擇吉日，設壇受禪，稟告上天，以酬天下之情。希望上天保佑我宋朝江山永固。敬請神靈接受祭獻。」
受禪禮畢，劉裕駕幸建康宮太極前殿。下詔說：「大赦天下，改晉元熙二年為永初元年，賜百姓爵二等級。鰥寡孤獨難以生存者，每人賜谷五斛。過去的欠租欠債一律免除，蕩滌傷風敗俗，剷除貪贓婬盜，重樹新風。被監禁之人，全都釋放。違法犯禁者，遵循舊制剝奪官職，打入監牢。
封晉帝為零陵王，食邑一郡。可樹天子旗，乘五時副車，實行晉朝律法，郊外祭祀天地使用晉禮。上書不稱為表，答表不稱做詔。追尊父親為孝穆皇帝，母親為穆皇后，尊王太后為皇太后。下詔說：「降始興公為始興縣公，廬陵公為柴桑縣公，各食邑千戶；降始安公為荔浦縣侯，長沙公為醴陵縣侯，康樂公為康樂縣侯，各食邑五百戶。祭祀晉朝已故丞相王導、太傅謝安、大將軍溫嶠、大司馬陶侃、車騎將軍謝玄。義熙年間就出力，共赴艱難者，原來的封號不降。」封晉臨川王司馬寶為西豐縣侯，食邑千戶。
十七日，任命司空劉道憐為太尉，封為長沙王。追封司徒劉道規為臨川王。委任尚書僕射徐羨之為鎮軍將軍，右衛將軍謝晦為中領軍，宋國領軍檀道濟為護軍將軍，中領軍劉義欣為青州刺史。立南郡公義慶為臨川王。又下詔說：「銘記功勞。國之大事，慎終追遠，心之所重。從開始創業至今，已有十七年，一路坎坷，車馬勞頓，東征西討，沒有寧日。靠將帥竭力、文武盡心，才安定國內並向外拓展，有所成就。遠播威業，蕩除寇賊，接受禪讓之禮，登上至尊之位。有功之人無時敢忘，凡誠勤之士，宜同慶賀。酬賞標準，根據跟隨我時間的先後而定。戰亡者，厚加饋贈。」二十二日，立檀陽公義真為廬陵王，彭城公義隆為宜都王，第四皇子義康為彭城王。
二十四日，下詔說：「古代帝王，巡視四方，體察民情，發掘宏揚美德，防止拯救災禍，恩澤天下。我寡陋昏憒不如前哲，受天命，居萬民之上，日夜思念，訪求民苦，可派遣使臣巡視四方，褒獎賢良，問民疾苦。冤案錯案，政令刑法苛嚴，有傷風化，違背民願之事，都可受理。」下詔：「百官俸祿微薄，不如耕夫。雖然國家儲蓄不多，但公私都要周濟。俸祿比過去減半的，可恢復照舊。六軍的俸祿基本適宜，不在此之列。其他官員，俸祿一向較少，也可酌情增加。」
二十六日，改晉泰始歷為永初歷。
秋七月五日，釋放關押在台府的劫賊，讓全家流放的歸還本土。造船的木材及運船，不再責令諸州提供，都交給都水辦理。台府所需另派主帥與百姓在市場上買賣，隨行就市，不再責成百姓交納。廢止擄掠車牛，不得以官府名義徵用。市場徵稅苛重，可根據情況減免。跟隨高祖征討關、洛，戰死疆場，不能生還者，贍養他的家屬。初七，陳留王曹虔去世。
七月九日，又置五校三將官，增設殿中將軍員二十人，其餘列將軍員之外。七月十六日，升後將軍、雍州刺史趙倫之為安北將軍，征虜將軍、北徐州刺史劉懷慎為平北將軍，征西大將軍、開府儀同三司，楊盛為車騎大將軍。
二十二日，晉陞鎮西將軍李歆為征西將軍，平西王將軍乞佛為安西大將軍，征東將軍高句驪王高璉為征東大將軍，鎮東將軍百濟王扶余映為鎮東大將軍。設置東宮冗從僕射、旅賁中郎將官。
二十六日，遷神主入太廟，高祖親駕奉迎。
三十日，下詔說：「昔日國家求富，事事有規章，對偷劫處罰尤重，嚴刑峻法施於一時。今王道維新，政通人和法律簡約，可廢除嚴刑，遵循舊條款。」
八月六日，西中郎將、荊州刺史宜都王義隆晉陞為鎮西將軍。
九日，赦免亡命之徒，限期釋放，免去二年租稅。保存著資狀、文契的人，可恢復對土地的所有權。以北命名的舊郡，都予以取締，客寓南方，以南方為稱號。無故自殘者補為冶士，實是政令刑法煩苛，百姓不堪忍受所致，廢除此條款。
青州併入兗州。
十六日，下詔說：「彭、沛、下邳三郡，首舉義旗的地方，出力不少，應該嘉獎，自古如此，彭城桑梓之地，尤其應予獎賞，免稅優待如同豐、沛。沛郡、下邳免租稅三十年。」
十九日，追封謚妃臧氏為敬皇后。立王太子為皇太子。二十三日，下詔說：「被判刑的罪無論大小，自今天起限百日之內都赦免。原先因為軍事需要所征發的奴僕，歸還他們的主人；若亡了或因功獲得自由的，也在百日之內給主人賠錢。」
閏八月一日，下詔說：「晉代的皇帝及藩王陵墓守衛，予以保留。名賢先哲，為前代所敬重，或立德有節義，或平息動亂庇護百姓，墳塋離得不遠的，都宜祭祀。主要人物逐個登記以便知曉。加封特進、左光祿大夫孔季恭為開府儀同三司。」
二十日，下詔說：「主上處理文案很多，眾官奏議，宜清晰明審。奏章總稱三詳，文字要簡潔。提意見，應指名道姓；意見不一，可照舊上書。」又下詔說：「各地冬季使節，有的派了有的未派，事役宜減省，現在都可停止。元正大慶，不在此之列。郡縣冬季派使臣拜詣州和都督府，也停止。」
九月一日，設置東宮殿中將軍十名，員外二十名。二十六，設置都官尚書。
冬十月十一日，改革晉所用的五肅制定的服喪二十六個月喪禮，採用鄭玄的服喪二十七個月然後除喪服的喪禮。
十二月一日，高祖駕臨延賢堂聽訴訟。
永初二年(421)春正月十二日，駕臨南郊宗祠，大赦天下。十七日，禁止塗飾用金銀。委任揚州刺史廬陵王義真為司徒，尚書僕射、鎮軍將軍徐羨之為尚書令、揚州刺史。二十七日，南康揭陽蠻叛亂，郡縣派兵討伐擊敗之。三十日，禁止喪葬使用銅釘。撤銷會稽郡府。
二月十日，駕幸延賢堂策試各州郡秀才、孝廉。揚州秀才顧練、豫州秀才殷朗的對答皇上滿意，都封為著作佐郎。
二十九日，給他們俸祿二千石，外加公田一頃。
三月十七日，初步限制荊州府設置的武將不得超過二千人，官吏不得超過一萬人；州設置的武將不得超過五百人，官不得超過五千人。士兵不受此限制。
夏四月一日，下詔說：「祠廟太多，愚惑百姓，浪費錢財，為歷代所禁止，先賢廟和功德祠以外的廟宇祠堂一律拆毀廢棄。」三十日，駕臨華林園聽訴訟。二十一日，任命左衛將軍王仲德為冀州刺史。
五月二日，設置東宮屯騎、步兵、羽軍三校尉官。二十六日，又駕幸華林園聽訴訟。
六月二十五日，下詔說：「杖罰雖是舊刑條，但施刑時只是虛張聲勢，若不弄虛作假，則人不能忍受。裝模作樣，不是刑罰的目的，可考慮予以革除。」又駕臨華林園聽訴訟。二十八日，各署被赦免的四品以下的官吏和府署收審的罪犯杖責四十。
秋天七月二十三日，發生地震。
八月十六日，又駕幸華林園聽訴訟。
九月二十日，零陵王死。率百官在朝堂祭奠，依照魏明帝對待山陽公主的禮節憑弔。讓太尉持節護靈，按晉朝的禮節厚葬零陵王。
冬十月二十二日，委任涼州少數民族首領大沮渠蒙遜為鎮軍大將軍、開府儀同三司、涼州刺史。二十八日，駕臨延賢堂聽訴訟，任命員外散騎常侍應襲為寧州刺史。
永初三年(422)春正月一日，下令無論輕重刑罰，都要比原來減輕些。九日任命冀州刺史王仲德為徐州刺史。十日任命尚書令揚州刺史徐羨之為司空、錄尚書事，刺史之職照舊擔任。晉陞撫軍將軍、江州刺史王駐為衛將軍，開府儀同三司、太子詹事傅亮為尚書僕射，中領軍謝晦為領軍將軍。十二日，委派輔國將軍毛德祖為司州刺史。二十二日，下詔說：「古人建國治國，教育為先，弘揚正氣訓導世人，莫不依靠教育；啟蒙開智，亦從教育開始。因此從古至今，盛世帝王莫不尊重學術，修建學校。昔日動盪，戎馬倥傯，旌旗漫卷，無暇顧及。導致學校荒廢，講誦之聲不聞，訓導教化之風，幾乎蕩然無存。青年人胡作非為，老年人私下歎息。就像《國風》思念過去，《小雅》懷念古遠。今天下太平，有識之士，盼望早日重建學校。宜延請貴族之後，獎勵啟蒙教育，選拔儒官，重振國學。主管人要參照過去的辦法，即時實施。」
二月四日，下詔說：「豫州南臨長江，北接黃河洛水，地廣人稀，運輸困難，今立淮河以西各郡為豫州；淮河以東為南豫州。」指派豫州刺史彭城王劉義康為南豫州刺史，征虜將軍劉粹為豫州刺史。又從荊州劃出十郡建立湘州，委任左衛將軍張郡為湘州刺史。又將徐州的梁郡劃歸豫州。
三月，高祖患病。太尉長沙王劉道憐、司空徐羨之、尚書僕射傅亮、領軍將軍謝晦、護軍將軍檀道濟一起入宮侍奉湯藥，群臣請求祈禱神靈，高祖不允許，只派侍中謝方明將患病之事稟告宗廟。五日委任司徒廬陵王義真為車騎將軍、開府儀同三司，南豫州刺史。高祖病重。十七日，大赦天下。當時秦、雍流民都南遷到梁州。十八日，送綢絹萬匹給梁州，又從荊州、雍州運來大米，命令梁州刺史發放給流民。十九日，亡命之徒刁彌攻入高城，被太尉留府守司馬陸仲元消滅。
夏四月三日，封仇池公楊盛為武都王，平南將軍楊撫晉陞為安南將軍。十五日，又委任車騎司馬徐琰為兗州刺史。十八日，左光祿大夫、開府儀同三司孔季恭死。
五月，高祖病危，告誡太子說：「檀道濟是有才略，但無大志，比其兄檀道韶好駕御。徐羨之、傅亮也無異志，謝晦多次隨我東征西戰，諳悉機變，若有人圖謀篡位，必是此人。以後讓他遠離京城，到會稽、江州去。」又親自起草詔書說：「朝廷不必設有別府，宰相兼管揚州，可配備士兵一千人。大臣中如有擅自妄為者，宜派親信監督，以防心懷不軌之人，有征討戰事，都配台見(監督)軍隊；班師回朝後，台見軍隊回歸原處。後代若出現幼主登位，由宰相輔佐執政，母后不得干預政事。帶甲仗的文臣武將不得進入殿門，重要人物可請班劍轉告。」二十一日，高祖在西殿駕崩，時年六十歲，秋七月八日，葬於丹陽郡建康縣蔣山初寧陵。
高祖節儉簡約寡慾，嚴肅認真講究法度，不看重珍珠寶玉華車駿馬，不愛奢靡絲竹之音。寧州曾進獻虎魄枕，色澤艷麗。當時正準備北征，需用虎魄治療刀槍傷。高祖非常高興，下令搗碎虎魄枕，將虎魄分給眾將。平定關中後，得姚興侄女，美妙絕倫，高祖十分寵愛，以致荒廢政事，謝晦進諫，高祖醒悟，馬上打發她走了。錢財都收入國庫，不藏於私家。宋宮建成後，有人上奏請東西廳堂使用局腳床、塗銀釘，高祖不許；用直腳床、鐵釘。諸公主出嫁，陪嫁贈送不過二十萬，沒有錦肅金玉相送，內外尊奉禁令，莫不節儉。高祖生性簡樸，常著連齒木履，喜歡出神虎門散步，左右隨從不過十餘人，當時徐羨之住在西州，高祖很思念他，步行出西掖門，侍衛連忙追隨，高祖已出了西明門。諸子早晨向高祖請安，高祖回家就脫去皇袍穿上便服，如同普通百姓。孝武帝大明年間，拆高祖居室建玉燭殿，武帝與群臣一起觀看高祖居室。大臣們看到床頭上有土，壁上掛的葛燈籠用的是麻繩，侍中袁..盛讚高祖儉樸素之德。孝武帝沒回答，只是說：「一個田舍郎能得到這些，就很不錯了。」由於這些高貴品質，高祖能一統天下，終成大業。
史臣說：「漢朝坐江山四百年，據有皇祚時間超過周朝。雖然有過動盪，但百姓歸附劉氏，黎民百姓，忠於漢朝之心未改。魏武帝只以武力壓服民眾，雖然擁有天下，皇祚易人，江山改姓，但民未忘漢。到了曹魏衰敗孤零，民怨鼎沸，天下大亂。晉主憑借宰相權力，乘機擅專大權，建立王業。晉朝南遷後，福星離去，朝中大權，旁落台輔。國君雖然名存，但權力實亡已久。桓溫雄才蓋世，功高一時，取代晉主的大業已成，上天之望即改。自此以後，晉室更加衰敗。元顯年間釀成大禍，桓玄利用時機，又憑借先父留下的基業，圖謀篡權，百姓與之同心。高祖地位不如桓、文，又無一支軍隊，在短時間內翦除凶暴，恢復晉室，外清夷敵，內除奸賊，功蓋天下。江山改姓，祀天改制，民心去晉，異於延康年初，功實靜亂，又殊於鹹熙之末。所以恭皇遜位，如釋重負。若要細究其理，魏晉采其名，高祖收其實。盛哉！