孔琳之字顏琳，會稽山陰人。祖父孔沈是晉朝的丞相掾。父親孔貵，是光祿大夫。
孔琳之剛強正直，有志向有能力，喜愛讀書作文，通曉音樂，特別會寫草書和隸書。本郡任命他當主簿，沒有應命，後來他被徵用為本國的常侍。桓玄輔佐晉朝官拜太尉，用孔琳之為西閣祭酒。桓玄時朝廷議論，想廢除金錢，用谷子和布帛交換。孔琳之論述此事說：「《洪範》中說的八大政事，把貨幣放在吃飯後面，難道不是因為交易行為是日常生活的最重要的一項嗎？如果不讓金銀為貨幣，百姓把精力投在鑄錢上，那麼必定妨礙他們做其他事，所以禁止百姓造錢是對的。今日農民只管種穀物，手工業者只管製造工具，士農工商各人只管經營他們的事業。又有哪個人用心於造錢呢？所以聖人製造無用的錢，而使有用的物質流通，既沒有浪費多餘費用，又減輕運輸的艱難。這就是貨幣表現為龜殼貝殼，歷朝歷代都沒有廢除的原因。穀物布帛是寶貝，用來作為吃飯穿衣。如果今天把其中一部分劃分出來作為貨幣，那麼必定有很多損害。而且穀物布匹在商販的手中損壞，在加減乘除中消耗。這樣做的弊端，古人已說得很清楚。所以鍾繇說：『奸詐的百姓，爭著用濕穀物來抬高價值，製造薄薄的布帛充作貨幣。』魏代歷朝用嚴刑懲治，但沒有效果。所以司馬芝認為用錢不僅使國家富裕，也可以減少刑罰。貨幣之所以沒有採用完全由於戰亂長期存在，以至廢棄是有原因的，漢代末年便是這樣。今日錢已使用，再廢除它，那麼百姓一下子便失去了他的錢財。如今搜集天下的穀物，以滿足天下人的飲食需要，有的倉庫充足，有的只是斗把左右的儲存，自然是貧窮百姓依靠富人，達到這一步，完全依靠貨幣。一旦廢除貨幣，那便是被拋棄的東西，有錢無糧的百姓都坐而待斃，這是廢除金錢馬上會產生的禍害。況且今日用錢的地方不窮，用谷的地方也不富。另外人民用錢已習慣了，改變它必然導致混亂。俗話說：『獲利不超過一百倍，人們是不會改換他的職業的。』況且錢比穀物用起來更方便，魏明帝時，廢除貨幣用谷交換，三十年時間，因為不方便人民生活，於是朝中進行大討論，深通政治經濟的大人物，無不認為應該再用錢，人民沒有反對意見，朝中沒有異議。那個時代尚且捨棄穀物而用錢作為交換工具，足以說明用穀物交換的弊端，已被當年的人們深深認識。世人或者認為魏朝不用錢很長時間，積累了很多錢，所以最後又用了錢，有利公家有利於國。其實並非如此。當年晉文公之所以後賞賜舅犯，而先賞獎成季的忠信才謀，就是因為他認為權謀雖然有利於一時，不如誠信有利於萬世。魏國時一些名臣賢人在朝，君子並列，仔細謀劃天下，商討有利有害的各種大事，決定經營國家的根本方法。如果穀物確實比貨幣方便，應該不只追求一時的方便，而離開永遠有用的順利，這是顯而易見的。這實際上是因為積累的弊端太多而想變革，改造舊的方式罷了。晉孝武帝末年，天下安寧，風調雨順，五穀豐登。百姓樂業，自然穀物豐收，布帛充滿，幾乎家家豐衣足食，從這時的史實來看，錢也不妨礙人民的富裕。近些年來戰亂不斷發生，饑荒交迫。貧寒沒有解決，也是因為這個原因。明公既然拯救天下，撥亂反正，改革制度，崇尚根本的教化，重視增加農業投資，給人民因時制宜，順其自然，遊子蕩夫迷途知返，追逐末利的人自然止息，基本上達到了大家努力種田種地，曠野沒能多餘的土地了。從這往前走，太平之日必然可以達到，更不用擔心衣服飲食了。我認為拯救時代弊病，不需要廢去金錢。」
桓玄又打算恢復肉刑。孔琳之認為：「唐堯虞舜制定刑律，夏禹建立法制。大概因為敦樸和刻薄的風俗不同，但是達到政治清平的方法一樣，寬容和嚴厲交替使用，不斷地改變政策適應時代。《尚書》說：『刑罰有的時代重，有的時代輕。』說的是刑法隨時代變化而變化。三代時期，風俗淳樸，政事簡明，所以當時很少有人犯法；世紀末期，風俗巧偽而政事繁多，所以人們動不動便觸犯刑法。如果三千條刑法在世紀末通用，必然導致鞋價上漲的問題，這正是五帝法律不一樣，肉刑不可以全部恢復的原因。漢文帝表現他的仁厚心腸，感概重新做人的道路未能打開，於是改變古代的法令，在當時被稱為刑法廢除的時代。名義上是輕了，實際上刑法反而重了，反而更加傷害百姓。所以孝景帝即位後，繼續緩和減輕刑罰。刑罰緩和以後而百姓又目無法紀。因刑罰又威懾不了邪惡的人，就要使刑罰達到適中。這也是古人加以稱讚，歷代詳加商討但又沒有解決的問題。兵荒之後，人民犯法更多。斬首的刑罰，本來是斬去右腳趾。漢文帝一錯，沿襲而沒有改變，所以前人感到遺憾，研究它們而又沒有得到解決。鍾繇、陳群的看法小有不同，但都希望用斬去右腳趾代替砍頭。如果按他們說的去做，必然使很多人活下去。免除死亡，刑法確實是減輕了，但人們對於明顯的處罰總是謹慎的，對於看不清的東西總是忽視的，忽視遠方的東西，注意眼前的現象，所以古人鼎盤之上刻有箴言，把用韋玉做的弦佩帶在身上，用以警戒自己細微的地方。況且小人們尤其糊塗，眼中看不見的東西，便忽視而不戒備，每日呈現在眼前的，便心驚肉跳。由此看來，犯了重罪必須處罰，犯了輕罪也不能逃避懲處。這樣就可以保全人們的性命，使人口增加，仁心救人，功效顯著。另外今日所可憂慮的，逃犯首先需要考慮。多次反叛的沒有消除，應該讓那些逃亡的人無處藏身，用以警戒還未觸犯刑律的人，永遠剷除罪惡的根源。至於其他的法條，應該按老刑罰來。這還談不上適中，可貴的是窺一斑而知全豹，立一條而增進全面地改革。」
桓玄喜歡別人依附順從於他，但是孔琳之不能這樣，所以不被其賞愛。孔琳之接著升任楚台員外散騎侍郎。遇到母親去世，離官去職。守孝期滿，被任為司徒左西掾。他又以父親退休為名辭讓了。當時司馬休之當會稽內史、後將軍，仍以孔琳之為長史。孔琳之父親去世，他又辭官了。守孝期滿，補任太尉主簿、尚書左丞、揚州治中從事史，在任上都很稱職，成績顯著。
當時要求朝中大臣談論和陳述建議。一些人認為應該修治學校，減輕刑罰，明確職責和賞罰條例，舉薦人才，重視農業，緩輕征役。孔琳之在眾人建議之外又提議說：「璽書和官印，為的是明確官職真假，向人們表示它的權威。官員中沒有比皇帝更大的，爵位沒有比公侯更顯貴的。而傳國璽寶，歷代連續使用。繼封的文印，也是代代相傳，它的可貴在於古老和沿襲，而不需要改換製造。今日只有尉官這一職務，只用一種印綬。至於朝中內外各種官職，每次升任便全部改換印綬，研究它的本來意義，我還是不能明白為什麼。如果認為每個官員姓氏不同，和繼承的情況不同，那麼還不像不同朝代的差異。如果談官職的尊卑，雖然公卿的官職很高貴，但沒有帝王那麼重要。如果因為某官曾遭受斬殺的懲罰，同時也忌諱那個官職，那麼漢朝用秦朝的傳國璽，保存了四百年，沒有聽說秦子嬰因為本身被殺國破家亡，而漢帝王便沒有用傳國璽的。以帝王公侯如此尊貴的身份在傳國璽的使用上毫無懷疑，普通的卑小辟職，又為什麼嫌惡前人用的官印呢？在古籍上沒聽說這種情況，按事推理也不合道理。反而一年到頭，不斷地刻印鑄印，浪費工夫，消耗物質。金銀銅鐵的花費，簡直說不清有多少，這是不能繼承優良傳統使政治簡明易行的。我認為各個官職都各用一種印綬，不需反覆改鑄。如果有新設置的官，或者官員多印綬少，或者印文消失，然後才能鑄造，那麼上則有利於國家，不僅是小的好處。」
又說：「喪事的辦理，在古代的典籍中沒有記載，完全是從後世興起的。老習慣成為規矩，成為一般的風俗。上自天子，下至百姓，這樣做確實有原因，突然改革必然驚駭耳目。然而這些習慣如果不和人情相關，反而害了百姓。保存它們未必有用。去掉它們未必有害。而且該嚴格遵守古人禮法，改革後來的弊端。況且又損害人們的財物，成為人們的負擔呢。凡是士人的喪事儀式，都從百姓的里巷中傳出，每次有這樣的事，動不動便花費幾十萬，損害人民的財產和氣力，但是並沒有好處。至於寒族平民，則家家竭盡全力。雖然有的家徒四壁，無不傾家蕩產。而所謂的葬禮，怎麼到這步田地呢？我認為應該遵守古代的葬禮，罷除過分的禮儀，懲罰那些不遵法規的人，向其餘的人示儆。」又說：「當年戰亂頻繁，饑荒不斷，米谷布匹綢緞都很昂貴，之後米的價格平復了，而綢布在今日反而貴了一倍。布帛綢緞價格既然昂貴，養蠶的人就多了，人們雖然加倍的勤勞，但它的高價總跌不下來。我認為導致這樣的原因是有的。在大亂之前，軍隊衣服只用鎧甲而已，至於軍袍軍襖和軍襯衫必須打仗時才發，平時把它們放在倉庫中，永遠不會有損害。如今的儀仗部隊和遊行的使者，或者警衛士兵參加和迎送儀式的軍人，都用軍袍軍襖，不僅某一軍府，甚至其他各部隊都是如此。布綢容易損壞，不能長久保存，而且白天用它們來防寒，夜晚用它們來寢睡，不用一年便會毀壞。每年蠶棉豐收，容易按租稅折價購買，另外各軍府紛紛收購，動不動有幾千，所以布帛一直昂貴，確實因為如此，私人的衣服因此而缺乏，而官府又為它而虧空。我認為像待衛部隊，是必需它們的，其餘的部隊則必須仍舊用鎧甲，小小迎來送往的儀式，只應分配軍仗器械，不用鎧甲和軍襖。用的人少了，布帛的價格自然跌落。」
他又說：「不以樸素的飲食為恥，只有君子能夠做到。佳餚美宴，崇尚奢侈，已很長久了。今日雖然不斷地改正，但這個風氣仍未改變。他們真正喜歡吃的不過是一種菜餚，而吃起來卻有一大桌子，除了滿足口腹的慾望之外，都是為了悅人耳目。富人用它們誇耀自己，窮人因此而竭資殫產。這樣本來是人們非常痛恨的，但誰也無法不做。我認為應該粗略地制定規則，使奢侈和節儉達到一個適中的比例，如果有人還不改正，加以貶斥；那麼節儉美德的教化，馬上便可傳播。」
孔琳之遷任尚書吏部郎。義熙六年(410)高祖兼平西將軍，用他當長史，又用他當大司馬琅笽王的從事中郎，任命他為高祖的平北、征西將軍長史，再升他當侍中。宋國剛剛建立。任他為宋國侍中。再出外當吳興太守。又因公免職。
永初二年(421)，孔琳之當御史中丞。孔琳之通曉法律，執法嚴明公正。他彈劾尚書令徐羨之說：「我聽說臣子侍奉上司以守法為恭敬，而對下人以威嚴為整齊，然後朝廷法律明白，任事必然嚴肅。這個規矩一被打亂，那麼法制便會崩潰。我在本月七日參加皇太子的正會。會完了車準備回去，和其他人在門邊等待。有一個人乘了一匹馬在我的車前逮捕一個人並叫拉了開去。那個人一邊罵一邊捉人審問加以逮捕。每有公事，我常常擔心引起麻煩，叫手下人不要多管。而那個人叫罵不止，我便叫人把他叫來。那人不肯下馬，連叫大喊，有兩個威儀士兵走來，打我的收逮那人的部下。尚書令省事倪宗又牽威儀士兵的手，打我的部屬。倪宗說：『中丞怎麼能行兇，敢抓令公的人。凡是中丞逮捕的，威儀們都可以捆起帶走。』我叫手下人，一點也不要動手，但他們氣焰猖獗，好久才散去。又有一群人在我的車旁，逮捕樊馬子，又一起按住馬子叫他跪在地下，把他帶走，不能回到御史台。我想他們抓人是不法的，又沒有證據，而倪宗敢憑借權勢肆無忌憚，帶走有罪的人。尚書令徐羨之和我都乘坐車子。而鬧出這樣的事，凶氣囂張，有的說是徐羨之不禁止下人，有的說是徐羨之禁止了但沒有效果。放縱罪人而不禁止，不符合國法，禁止而沒有效果又說不通。罪犯侵犯法官，如此猖獗，容允倪宗等，一點也不糾彈，損害國家的權威，不成大臣的體統，不對他加以制裁，法律又有什麼地位。徐羨之在朝廷為首要官員，外面管大小事務，朝廷寄巨大的希望於他，是官員的模仿對象。他卻不能守朝廷的法規，嚴肅風紀，以致使部屬放縱，凌辱法官。兇惡的氣焰，從京城竄起，真是自己有矮牆而親自逾越。而倪宗為搶奪的主犯。徐羨之放開不問，對這幾種不法行為，應該加以懲罰。我請求免除徐羨之的官職，以公的身份回到自己家裡。倪宗等人的搶走犯人的罪行，我已經叫掌故的御史根據實情加以控告。」高祖下詔書說：「小人們難以管制，司空不用牽涉，其餘按奏文處理。」徐羨之當朝廷第一大官，不想讓別人看他犯了法。當時徐羨之兼揚州刺史，孔琳之的弟弟孔璩之當他的治中。徐羨之叫孔璩之勸說孔琳之叫他算了。孔琳之不同意。孔璩之堅決要他這樣。孔琳之說：「我觸犯宰相，只不過我一人有害，你絕對不會被我株連，何必這麼為人效勞呢？」於是朝中百官震動，不敢犯法。高祖很稱讚他，經過蘭台處時親自看他。孔琳之又兼任本州大中正，再遷祠部尚書。他不經營財物，家中尤其貧困。
景平元年(423)，孔琳之去世，享年五十五，被追認為太常。他的兒子孔邈，有父親風格，官至揚州治中從事史。孔邈的兒子孔..，另有傳記，孔..的弟弟道存，在世祖大明年間，歷任黃門吏部郎，臨海王劉子頊前軍長史，南郡太守。晉安王劉子勳開建偽府，孔道存當侍中，代管雍州事務，劉子勳失敗後他自殺了。