何偃，字仲弘，廬江人。司空何尚之的二兒子。州里徵召他為辟議曹從事，舉薦他為秀才，任命他為中軍參軍及臨川王劉義慶平西府主簿。又徵召他任太子洗馬，未接受。元嘉十九年(442)，何偃任丹陽丞，升任太子中舍人、中書郎、太子中庶子。當時義陽劉昶為太子，讓何偃處理義陽國的事務。
元嘉二十九年(452)，太祖想再次北伐，就此事徵求大臣們的意見。何偃議論這事認為：「敵人終要滅亡，他們容易混亂，殲滅他們並非難事，這確實是天意。可如今雖然朝廷謀劃得非常周到，然而士兵沒有嚴格訓練好。沿邊鎮守的部隊裝備充足的很少，邊境地區的人民流亡逃散，大多數沒有歸附我們。而這兩者正是我們生存和進攻所憑借的根本。損害根本應付邊患，結局一定不會成功。索虜以往失敗後繼之而起的就是內亂，最後導致破亡的局面，這是必然的。淮、泗數州消耗巨大，在外面的民工都還沒有返回，戰爭留下的創傷還未治癒。況且，攻與守的情況各異，敵我雙方情形不同，我們要進攻他們非常艱難，包圍他們又費時間，進退維谷之間會發生許多意想不到的困難。所以我認為現在的不利形勢很容易導致挫折。敵人威脅並不大，因此我們應該革除自己的弊病，以順應天道。」何偃升任始興王劉浚的征北長史、南北海太守。
元兇殺君稱帝，讓何偃任侍中，負責起草詔書及其頒布。當時何尚之任司空、尚書令，何偃在門下省，父子二人同居權要之位，當時的人都為此心寒，因他們擅長權術，賺取了當時輿論的讚揚。世祖即位後，何偃的職位待遇都沒有改變，任大司馬長史，升侍中、領太子中庶子。當時皇帝責令百官直言進諫，何偃提出：「朝廷應該重視農業、體血根本，合併官職，減省事務，對官員進行考核來評定其能力高下，增加官員的俸祿以消除官吏貪斂。讓好的官員長久任職。都督和刺史應各司其職。」
何偃改任領驍騎將軍，皇上對他恩遇非同一般，比對前朝舊臣還要親密。轉任吏部尚書。尚之離開這銓選之職不滿五年，何偃又繼其父之後任此要職，世人都認為這是無上的榮耀。侍中顏竣也開始發跡，和何偃都在門下省，兩人吟賞詩文，宴賞交會，相得甚歡。顏竣自以為皇帝格外寵幸他，而應該擔任要職，但實際職位卻與何偃等人沒有什麼差別，心裡有些不高興。到何偃代替他總領銓選時顏竣更加憤懣不平，因此與何偃就有了隔閡。顏竣當時的權勢傾動朝野，何偃心中十分不安，因而有心悸的毛病，心事重重，性情乖僻。他上表給皇帝請求辭去職務，稱要治病不能做官。世祖對何偃非常器重，為他精心治病，名醫好藥聽他使用，何的病終於治好了。
當時皇上的長女山陰公主深得寵愛，皇上將她許配給何偃的兒子何戢。何偃平常喜歡談玄，註釋《莊子·逍遙篇》流傳於世。
大明二年(458)死於官任上，時年四十六歲，世祖下詔給顏竣說：「何偃雖然死了，其美志長往不返。我和他相處很好，又加上兒女親家，痛哭悲傷實在難以自已。他去了，有什麼辦法啊！應贈他散騎常侍、金紫光祿大夫，原來的官職不變。」偃謚號為靖子。兒子戢，開明末年任相國左長史。