4月17日，締結了媾和條約。
清政府最抵制的是割讓遼東半島。清王朝興起於中國東北，進入北京之前，曾以瀋陽（奉天）為都。遷都北京後，這裡仍稱做盛京或留都。昔日的宮殿保存下來，叫奉天故宮。郊外有太祖努爾哈赤的福陵和太宗皇太極的照陵，兩帝乃清朝的創業之主。
當日軍從朝鮮跨過鴨綠江進入遼東時，北京宮廷大驚失色，曾飛檄命令死守這塊「皇祖寢陵之地」。
日本要求割讓的北限，是遼河一線，緊貼著奉天之南。
努爾哈赤遷都瀋陽之前，都城是遼陽。根據日本的方案，遼陽在割讓之內。
遼東半島為日本所有，旅順就變成直布羅陀，使日本能控制渤海，隨時可以進攻北京。清廷認可的是割讓鴨綠江西岸以鳳凰城為中心的與朝鮮接壤的領土，但日本豈能滿足於這麼小的地塊。
關於割讓，日本準備了ABC三案，提給李鴻章的是B案。A案比B案更往西擴展了許多。這個B案，把遼陽、鞍山劃在內，地盤也不小。李鴻章拚命抵制，日方終於讓步。其實，日本的讓步不過是「預定的讓步」而已，早就準備好了C案。
根據C案，遼陽和鞍山仍歸清廷所有。即便如此，比後來日本從俄國手裡接過來的租借地「關東州」也大七倍多。
至於賠償戰費，這場戰爭既不是中方主動攻擊日本，又不曾踏進日本尺寸之地，實在是毫無道理。何況要三億兩，五年付清，真是苛刻已極。
「不管怎麼說，太苛刻了！」李鴻章反覆念叨，他最瞭解清政府財政的拮据。
最後日方讓步，減為兩億兩，七年付清。
日本明白，若要求過苛，清政府實在無法接受，日本就只有談崩，再挑起直隸之戰。那時，列強勢必干涉，不要說割讓土地，連分文戰費賠償也得不到。
中方只認可割讓與朝鮮接壤的四縣和澎湖列島（不包括台灣島），賠償戰費一億兩。這是李鴻章4月9日提出的修正案。日方提出讓步方案是4月10日。
日方明知直隸作戰要冒很大風險，但到了此時也只好讓征清大總督府的增援部隊出發了，並且有意讓李鴻章目睹這批運輸船。增援部隊於4月13日開出宇品港。
提出讓步方案的次日，4月11日，伊籐博文寫信給住在引接寺的李鴻章，限期「四日內答覆」。
兩國代表的心都處於忐忑不安之中。
李鴻章接到伊籐的最後通牒式信件，同時又收到天津的電報。是德璀琳發來的。
德璀琳是天津稅務司，與李鴻章很親近。不久前，他奉李鴻章之命出使日本，伊籐以不是正式代表為由拒絕接見。同日本媾和事宜，他很早就參與了。
電報說：「前任德國駐中國公使來電稱，列強對中國割讓領土問題頗有議論。皆認為日本要求不當，中國不必急於議和。」
伊籐首相4月12日也接到日本駐俄國公使的衝擊性電報：「俄國陸海軍聯合委員會討論了阻止日軍進攻北京的問題，結論是，以俄法聯合艦隊達成其目的。」
果然招致了俄國的干涉，法國和德國也將同步而來，伊籐和陸奧心急如焚，認為不趕快簽約，恐怕要生變。
確認增援部隊已出發的李鴻章，比別人更著急。日本是怕可能得到的東西不能到手，而清廷則是怕失掉更多的東西。
日軍進逼北京，倘若這時太平天國和捻軍還沒有被鎮壓，清王朝就可能崩潰。如今太平天國和捻軍已被李鴻章等人聯手平定了，不過，借日軍進逼北京之機，第二、第三個太平天國的出現勢在必然。
李鴻章在引接寺偶然想起去年讀過的文章。他站在政界的最高峰，時常有人向他「上書」，大都是憂慮國家前途，議論救國方法。運氣好的話，獻策被採納，獻策者就可能當上官。這類上書，李鴻章很少看，只是心血來潮時才讀一讀，但也讀不上一半便順手拋掉了。去年他讀過一篇文章，好像是個廣東青年寫的，名字叫什麼……
李鴻章沒能想起孫文這個名字。
可以明顯地看出，他確實是憂國之士，似乎對外國的事情很熟悉，常以外國作對比，提出要下決心採用外國文明等。不過，他所熱愛的國家似乎不是這個清王朝，字裡行間充滿著不惜以改變政體來振興國家的想法。
當然，李鴻章沒作答也沒接見，但確實是一篇使他難以忘懷的文章。究竟是個什麼樣的人物呢？沒把他找來見見，李鴻章不禁有些後悔了。持這種想法的青年似乎在漸漸增多，當權者不採納他們的政治主張，他們就可能糾合抱有同一志向的人，聚眾結黨。到那時，就可能會出現第二個太平天國。日軍進攻北京，正好給他們以良機……
4月13日，李鴻章又向總理衙門請示，可否在伊籐提出的修正案上簽字蓋章。
日方向中方代表施加壓力：如果和談趨於破裂，停戰協議就自動失效，戰局重開。
4月14日，星期日，中方代表沒有休息。四天的期限，明天截止。李鴻章給天津海關的道員盛宣懷發了一封電報。往常李鴻章從下關往本國發電報都是給總理衙門，這次致電海關道員，是答覆三天前天津海關稅務司德璀琳，以示繼續聯繫。至於盛宣懷，是李鴻章的得力部下。當李鴻章在天津時，盛宣懷幾乎就是北洋派支撐門戶的元老。電文是：「伊籐兩次哀的美敦書（最後通牒），雲無可商改。現約明日會晤即定。欲保京城，不得不爾，以後看各國辦法。朝鮮准自主，商令兩國勿干預內治，伊不允，非據而何？」
他似乎把憤怒都傾瀉在電報中了。
北京也無可奈何，只好如此了。
翁同龢的日記中，14日這天寫道：「不欲記，不忍記也。」當然是指下關來電的絕望情況。
4月15日的會談預定在下午四點開始，14日夜裡和15日午後，北京以皇帝名義先後兩次向下關發來准予簽約的電報，大概是怕誤事，發生不虞，所以才反覆發電報——
「李鴻章十九日三電均悉。十八日所諭各節，原冀爭得一分有一分之益，如竟無可商改，即遵前旨與之定約。欽此。」
李鴻章於三月十九日（陽曆4月13日）發了三封電報。據說，中方代表團在下關期間花了一萬五千元的電報費。
「若不如此，北京恐將不保。」這句話把宮廷的強硬派也都嚇得不做聲了。究竟誰來保衛北京呢？只憑悲憤慷慨是不能阻止敵兵入侵的，強硬派的本質早已從吳大澂的敗戰中暴露無遺。
李鴻章在赴日和談之前，曾拜會首席軍機大臣恭親王，提出：「如談判破裂，請立刻將主上遷至西安，一定把主戰派留在北京，讓他們同日軍作戰。這件事可在眾人面前提議，主戰派逃離北京者，一律問斬。」
於是，在重臣會議上，恭親王說：假如議和破裂，主戰派大臣都應以紫禁城為據點，血戰到底。說也奇怪，自從恭親王說了這話之後，主戰派的調子確實不那麼高了。
當然，這樣做是為了給媾和簽約鋪平道路。李鴻章和恭親王的互相配合，在宮廷裡收到了顯著的效果。
清政府代表團的氣氛比當初緩和多了。李鴻章遭暴徒狙擊一事，使一般日本人對代表團的態度發生了很大變化。
慰問品源源不斷地送來，其中有皇后製作的繃帶。下關西部的漁民送來玻璃魚缸，裡面裝著七十多條活魚。甚至有些日本人還做出贖罪舉動。
當然，說穿了，這並不是惋惜李鴻章的遇難，而是行刺事件使日本受到世界各國的譴責，他們害怕對媾和不利。對此，陸奧在他的《蹇蹇錄》中也有所記載。
清政府代表團近來感到日本人的敵意緩和了，心理上的壓力減輕了許多。而且，國內對於代表團據理力爭的情況也有所瞭解。過去指責李鴻章是賣國賊的罵聲，由於李鴻章的遇刺而逐漸消斂。強硬派的攻擊之詞喪失了說服力。
接到皇上批准簽約的電報，住在引接寺的清政府代表團成員們頓時都如釋重負，若不因為是處理戰敗媾和，必須謹慎從事，真想舉杯慶賀一下。
「簽了條約……就馬上……回國！」李鴻章把電文放回桌上，摘下眼鏡，斷斷續續地說道。
「我的事情可算辦完了！」李鴻章獨自喃喃地說道。
4月15日第五次會談（加上在病床上的那一次為第六次）之後，七十三歲高齡的李鴻章覺得疲勞不堪了。
那一天，他拼出最後一點力量，要求把二億兩賠款再減少五千萬，為一億五千萬兩。
「這個問題不能再談了，已經減少了三分之一嘛！」
伊籐不想再談下去。
「那就再減少兩千萬兩吧。」
然而，伊籐一個勁兒搖頭。
賠款當然是用清政府的單位來表示。清政府是銀本位，但沒有貨幣。有一種洋銀在市面上流通，是以墨西哥銀元為主的外國銀幣。還有一種馬蹄銀，是小銀塊。按純銀稱量，純銀五百七十五格令（約三十七克）為一兩，叫庫平兩。所謂「庫平」，是保管在戶部的標準秤。
戰爭之前，光緒十七年（1891年）歲入為八千九百六十八萬餘兩，歲出為七千九百三十五萬餘兩（據《清史稿·食貨志》）。由此可見，日本的要求對於清政府來說是多麼苛刻。
伊籐首相同意把作為條約擔保的佔領威海衛和奉天兩地改為只佔領威海衛，清廷支付駐兵費由年二百萬兩減為五十萬兩。
4月10日和15日兩次會談，日方委員陸奧外相因病未出席。
簽字儀式在4月17日舉行，這天正好是甲午日。戰爭爆發之年的1894年是甲午年，所以中國一般把這次戰爭稱做「甲午戰爭」。甲午之年爆發的戰爭，於次年三月的甲午之日收場——簽署媾和條約。
簽字儀式只不過是一種形式，陸奧外相也抱病出席。
再沒有可議的問題了，這一天，他們只談些非正式的閒話。作為正式的國家代表，為結束戰爭的和談而來，因此，儘管李鴻章在十年前締結《天津條約》時就認識了伊籐博文，也必須避免議題以外的閒談。在談判中，有時似乎也談些閒話，但雙方都明白，醉翁之意不在酒，並非純粹的閒談。
簽署已畢，不管再談什麼，條約也不能變更了，於是，兩國代表第一回東拉西扯起來。
「陸奧閣下，病好些了嗎？」
「平素很少鍛煉，時常鬧病。」陸奧答道。
「大概是公務過於繁忙，操勞過度吧？應該適當把工作交給訓練有素的部下去做。事無鉅細，外交大臣一個人都掌管，豈能有休息時間？閣下還年輕，今後工作的日子長著呢，要多多保重身體呀！」
通譯剛把李鴻章的話翻譯完，伊籐博文就插嘴道：
「我們都不能長生不死，的確應該讓部下適當地分擔工作，可是，收羅人才不容易呀！聽說中堂閣下那裡俊才如雲，令人羨慕！」
以李鴻章為中心的「北洋派」的存在，是人人皆知的。甚至有人說，李鴻章把中國的一多半人才都籠絡在自己手下。
「如雲？」李鴻章微微一笑，露出自嘲的表情。
在場的人當中就有北洋派的主要人物——伍廷芳、馬建忠、羅豐祿、徐壽朋、於式枚……
李鴻章真想反問一句：你是不是有意譏諷？可是，在這些「俊才」面前反問這話，未免太不知趣了。網羅了如雲的俊才，最後還不是敗給了日本……
「可惜是亂雲哪！」李鴻章說道。
翻譯盧永銘先譯成「散亂的雲」，接著又譯為「破碎的雲」。
「破碎的雲？」伊籐博文剛要發笑，立刻又把張了一半的嘴緊緊閉上了。「破碎的雲」就在他身邊。
「他們作為個人，確實都是出類拔萃的。至於沒能把他們統一起來，形成一個大雲團，就只怪我老朽無德，慚愧之至。」李鴻章說道。
這並不是謙遜之詞，他心裡也的確在這麼想。
他驅動這些俊才，總是以競爭為動力，現在他覺得很後悔。因為競爭固然可以磨煉才幹，創造業績，但作為一個集團，豈不是缺少了團結一致？他們沒能為一個巨大的目標丟開小異，同心協力。
李鴻章同他的出身很不相稱，特別重視民間謠傳。在那個時代，幾乎沒有宣傳機構，想瞭解人心動向，街頭巷尾的閒話是重要資料。羅豐祿就專門負責收集北京和天津的街談巷議。臨來日本之前，他聽來這麼一句話：
「一個嘍囉點火，另一個嘍囉扇風，老頭子忙著去撲滅！」
「老頭子指的是我嘍？」
「是的。」
「點火的嘍囉可能是指袁世凱，扇風的是誰呢？」
「像是指盛宣懷。」
「唔，不錯。」
李鴻章敲了一下膝蓋，喜形於色，認為說得很形象。民間的眼力真不錯，令人歎服。
在朝鮮點火的人確實是袁世凱，而在天津海關的盛宣懷，主戰言行頗多，還不時弄來一些低估日本實力的情報。
兩個部下當然都很出色，但他們從未同心合力過。這也是因為主子李鴻章盡量把他們分開，讓他們互相競爭，各顯其能。
「那位在朝鮮的袁世凱眼下在幹什麼？」伊籐博文問道。
「不知道……像他這樣的卑微下屬，我不曾留意。」李鴻章答道。
「原來他處於中堂閣下不注意的位置，太可惜了，這個人可是個幹才。」伊籐說道。
提到袁世凱的名字，李鴻章懷疑伊籐是要求給這次戰爭的點火人以處分，雖然簽約已結束，但提一點「要求」之類尚無不可。這些雜談儘管在簽字以後，李鴻章也讓秘書把重點都記下。
他所說的「卑微下屬」，是指袁世凱不處於對戰爭負責的地位，假如伊籐要求處分，就可以借此來推托。
然而，伊籐只是稱讚袁世凱的才幹，隻字不提處分。
「那個年輕人竟讓我們老練的竹添公使喝了不少苦酒，真是年輕有為，可惜我手下沒有這樣的人才！」伊籐說道。
沉思良久，李鴻章彷彿終於想起來似的說：
「有一次聽說他在瀋陽那一帶，管運輸之類……」
袁世凱在哪裡，李鴻章知道得最清楚。被暴徒擊傷後，從國內來了許多慰問電，其中也有袁世凱發來的。
袁世凱正在瀋陽。他所負責的兵站總部位於瀋陽西北約六十公里的新民府，從那裡到臨近前線的遼陽之間，設置了十二處兵站，以接力方式補給軍需。袁世凱一般住在中間站的瀋陽。
「這就是湘軍和淮軍的下場！」周馥說道。
周馥是直隸按察使，比道員的袁世凱品位稍高，出身安徽，給李鴻章當幕僚也比袁世凱早些。
從前線逃回來的湘軍和淮軍，在三十年前，曾鎮壓了太平天國軍，因而赫赫有名。
「兩軍當年比今天強嗎？」袁世凱問道。
「那當然。」周馥似乎受到了侮辱，憤然答道。
「他們變弱了？」
「是啊！」
「若是不間斷地加以訓練，軍隊很快就能變強。訓練好的士兵再訓練新兵……總之，我認為訓練可以使軍隊強大。」
「並不像你想的那麼容易！心裡想的，紙上寫的，都合情合理，一旦著手去幹，可就……」
「為什麼實際干就不行了？」
「你問誰？你這傢伙比誰都清楚！」
「哈哈哈，當然！」
不用周馥說，袁世凱知道那原因，而且知道得非常清楚。除了「腐敗」，還能有別的嗎？曾國藩和李鴻章年富力強的時候，湘軍也好，淮軍也好，都保持著正規軍隊所沒有的緊密團結，無愧於精銳之名。
腐敗究竟從何而起呢？
「不是訓練問題，是軍隊的管理問題。」袁世凱似乎在自言自語。
「對，完全對！」旁邊的長蘆鹽運使胡燏棻突然大聲插嘴。他現在也是兵站的負責人之一。天天看到一群群丟盔卸甲的敗兵逃來，他冥思苦想，追究原因，終於找到了同一結論。
腐敗先從金錢上開始。
軍隊就好像包工合同制一樣，帶一百人的隊長，國家支給一百人的兵餉。實際上，隊長手下只有七十人，那三十人的兵餉被他私吞了。當然，他也要有兩三名得力部下，也得分一些給他們。有七十人還算是好的，只有實數的一少半的，並不罕見。
侵吞兵餉的軍官們心裡有鬼，說不得硬話。士兵們覺得受了愚弄，拒絕接受嚴格訓練。
這樣，軍隊自然就無法管理好。想改善，必須建立一套杜絕舞弊的管理制度。可是，軍隊的幹部們怕失掉既得利益，不歡迎改革。
清軍就是在這種腐敗的基礎上同日軍交戰的。
「失敗是必然的！」周馥說道。
這也是在場的袁世凱和胡燏棻兩人想要說的話。
「假如現在給我一萬兵，訓練一年，一年之後同十萬國軍打一仗，我準能打敗他們。」袁世凱說道。
「是啊，你應當造就一支自己的軍隊！」胡燏棻起勁兒地說道。