梁國建立以來，台城第三次面臨被攻破的可能。第一次是侯景圍攻，第二次是蕭繹的荊州軍討伐侯景，前兩次都以攻城一方的全勝而告終。如果歷史再次重演，那麼南朝就將徹底劃上句號。
陳霸先在上一次台城攻防戰中是攻方，他看穿侯景的弱點，率部擊潰了侯景；這一回，他是守方，擅長進攻的陳霸先在防禦上的經驗略顯不足，他向新近收入帳下的韋載問計。
韋載是韋叡之孫，自小熟讀史書兵法，很有戰略頭腦。他分析說：「齊軍若是分兵據守通向三吳的道路，侵佔東南，那可就不妙了。秦淮河南面有侯景留下的營壘，我軍應抓緊時間在此基礎上築城，保障向東的運輸通暢，然後另派輕騎兵切斷齊軍的糧道，使其進無可掠，退無可資，則不出十日，齊軍必破。」
陳霸先大受啟發，命合州刺史徐度在冶城（今江蘇南京朝天門一帶）修木柵，韋載等人在秦淮河南岸築城堡，阻擋齊軍東進路線；派侯安都乘夜潛入江北，燒了上千條齊軍的船隻；又派大將周鐵虎劫糧，活捉了負責押運物資的北齊北徐州刺史張領州。
陳霸先一連串的組合拳令徐嗣徽與他的北齊後援軍軍心沮喪。徐嗣徽怕夜長夢多，主動進攻冶城的防禦工事。陳霸先親率精兵打開台城西明門出擊，大敗徐嗣徽。徐嗣徽見勢不妙，留下齊將柳達摩守石頭城，自己一口氣退到了江邊上的採石。
陳霸先也不直接打徐嗣徽，他命侯安都偷襲徐嗣徽的老巢秦郡（今江蘇六合），俘虜了徐嗣徽的士兵和家人，還繳獲了琵琶、老鷹等戰利品，遣使轉送給徐嗣徽，表示「原物奉還」。徐嗣徽大驚，想回據石頭城，又被侯安都擊退，軍資武器統統落入梁軍囊中。
石頭城這邊，守將柳達摩也是連戰不利，木柵被燒，船艦被奪，死傷無數。陳霸先將石頭城四面包圍，城中缺水，柳達摩難以堅持，向陳霸先請和。
齊軍示弱，架子卻不放下來，柳達摩提出條件，要陳霸先派質子。戰場上的梁軍佔有一點優勢，但建康城防薄弱，軍糧缺乏，群臣都怕重蹈江陵的覆轍，不願再戰。陳霸先說：「既然大家都想跟齊國談和，如若我不同意，你們一定會以為我是不想派質子，不顧國家利益；我決心派質子，但是齊國人不守信用，以為我國弱小，必然背盟再來，到時諸君可得與我協力抗敵！」陳霸先以侄子陳曇朗與永嘉王蕭莊為人質，送殘餘的齊軍渡江北歸。兩國盟約，各自休兵。
陳霸先的確需要這個難得的停戰間歇，掉轉槍口對付東南的紛擾。他派侄子陳蒨與愛將周文育攻打吳興的杜龕、王僧智。杜龕有勇無謀，嗜酒如命，部將杜泰敗降獻城，杜龕被斬，王僧智與弟弟王僧愔逃往北齊。陳蒨、周文育又進襲會稽，消滅了王僧辯的親信、東揚州刺史張彪，三吳地區徹底安定了。
不出陳霸先所料，北方的表面和平只維持了三個月。北齊天保七年（梁太平元年，公元556年）三月，齊文宣帝殺掉之前作戰不利的柳達摩，撕毀盟約，派大將蕭軌、厙狄伏連、東方老與任約、徐嗣徽領兵十萬，發動新一輪的伐梁戰役。梁軍已有準備，北齊軍在梁山（今安徽當塗一帶）和歷陽（今安徽和縣）被陳霸先帳下大將黃叢、侯安都擊破，主力退守上游的蕪湖。
兩軍對峙到五月，北齊出個怪招，說只要送回廢帝蕭淵明，齊軍就走人。陳霸先明知北齊出爾反爾，也不揭穿，同意備船遣送蕭淵明。可是才過了幾天，蕭淵明毒瘡發作，一命嗚呼。有人說是陳霸先做了手腳，也有人說是北齊派人暗殺了這位傀儡王爺。不管怎麼樣，蕭淵明的死使得戰事驟然緊張起來。
齊軍借題發揮，興師問罪，以水兵攔截守將周文育的退路，以騎兵避開梁軍主力，向建康進發。
陳霸先召回周文育與侯安都，在建康東南的白城與徐嗣徽會戰。當日南風驟起，梁軍逆風，陳霸先反對立即出戰。周文育勇猛，叫道：「事態緊急，豈可拘泥於戰法！」說著，他提槊上馬，領兵殺入陣中。說也神奇，風勢忽然變換，齊軍死傷數百人，撤退中又被侯安都的精騎兵沖潰，大將乞伏無勞被擒。
齊軍見無法取得戰略主動，就繞到建康城北面，佔據鍾山、幕府山、玄武湖等地，企圖圍攻建康。
時值江南的盛夏時分，連日暴雨，低地的積水足有一丈多深。齊軍的營寨只能搭在泥水中，士兵腳趾潰爛，疾病蔓延。城中的情況也不好，糧運不至，飢餓不堪，但好歹有城有屋，環境不像城外那麼陰潮。
暴雨過後，天色稍稍放晴，陳霸先在城中買了許多麥飯，犒勞手下軍士。剛好陳蒨從城外送來了三千斛米，一千隻鴨子。陳霸先命人將米和鴨子分別煮熟，士兵們每人取一張荷葉，裹著米飯，蓋上幾塊鴨肉，痛痛快快地飽餐了一頓。（相傳，後人在此基礎上加工，創作出了廣東名食——荷葉飯）
能量補充完畢，陳霸先率領大軍向城北幕府山發動總攻，打頭陣的仍是侯安都。
侯安都對部將蕭摩訶說道：「蕭將軍驍勇天下有名，只是千聞不如一見哪！」
蕭摩訶果斷回了一句：「今日便叫明公見識一下！」
蕭摩訶一馬當先，直衝齊軍營寨，所向披靡，如入無人之境，侯安都也奮勇相助，引兵襲擊齊軍身後。陳霸先與吳明徹、沈泰等部並進，大敗看似強勁的齊軍。
北齊士兵逃往江邊，為爭奪船隻亂成一團，相互踐踏，淹死水中，不計其數。徐嗣徽、蕭軌、東方老等齊軍將領被活捉，任約和王僧愔腿快，才逃得性命。梁軍追到江上，燒燬了北齊丟棄的船隻。
建康城幾個月的陰霾終於一掃而空，迎來了酣暢淋漓的勝利。陳霸先下令，將徐嗣徽、蕭軌等俘虜全部斬首示眾。當然不免被報復，惱羞成怒的北齊人殺害了人質陳曇朗。
陳霸先居功至偉，封為中書監、司徒、揚州刺史，進爵長城公，不久又升為丞相、錄尚書事、鎮衛大將軍。太平二年（公元557年）二月，陳霸先的老上司蕭勃不服，在廣州起兵謀反，周文育領軍輕鬆討滅，平定了陳霸先發家的根據地嶺南。
陳霸先地位穩固了，野心也膨脹了。兩個月間，他得到相國、陳王，加九錫，加殊禮，位居諸王之上。十月，南朝最後一場禪讓大典在建康上演，陳霸先即位，改國號為陳，改元永定，他就是陳武帝。
陳武帝稱帝的前一年，西魏宇文泰因病去世，世子宇文覺在中山公宇文護的安排下，接受西魏恭帝的禪位，改國號為周，史稱北周。至此，周、齊、陳三足鼎立之勢完全形成，侯景引發的一場震動天下的大戰亂，總算是告一段落。
縱觀侯景之亂，我們大致可將其分為兩大部分：侯景亂北朝與侯景亂南朝。
侯景與高澄交惡，舉兵反叛東魏，東魏隨即討伐侯景，迫使侯景分別向西魏和梁國求救，將兩國拖入戰爭泥潭，這是侯景亂北朝。侯景南渡入梁，與梁國君臣發生矛盾，再次舉兵反叛，攻陷建康，先廢立兩位梁帝，繼而自立為帝，直至兵敗身死，這是侯景亂南朝。兩次叛亂合起來，才是侯景之亂的全景。
侯景先後發起的兩次叛亂，致使無辜生命慘遭荼毒，千萬人頭倏忽落地，如《哀江南賦》所說，「鬼火亂於平林，殤魂遊於新市」，但這就是戰爭。簡單地一味指責戰爭的發起者如何如何罪孽沉重，並不能真正避免戰爭。站在歷史的角度，我們更應盡可能看清這場亂世戰爭給社會格局帶來的直接與間接的作用。
侯景之亂前，西魏無論在軍事實力或是經濟實力上都遠遠不如東魏，並且長年為饑荒等自然災害所困。而在侯景之亂以後，西魏得到了漢中、巴蜀、雍荊的廣袤領土，疆域比東魏-北齊大出一倍，大大解決了以往的饑荒問題。新增領土皆為富庶之地，財富得以迅速累積，加上行有成效的制度革新，積貧積弱的西魏-北周逐漸強大，有了與東魏-北齊長期對抗的資本。
東魏由於侯景之亂的影響，原本富饒的河南經濟受到嚴重衝擊，從淮南搶到的新地盤毗鄰其他兩國，動盪不安，不僅沒能得到好處，反而因為駐軍加大開支，變成一塊雞肋，長期消耗國力。
侯景危害梁國，殘殺士族，使南朝的社會文明遭到了致命性打擊。梁國宗室群雄逐鹿，彼此吞噬，喪失了大量的土地與人口，梁元帝焚書和於謹大遷士民入北朝，更給南朝的文化造成無法挽回的損失。代表南方吳人和蠻族勢力的陳霸先雖然趁亂繼梁而起，卻也無力恢復戰前的文化規模。正是從陳代開始，北朝在文化方面藐視南朝。南朝不僅失去了趕超北朝的機會，而且注定走向衰落。
經過侯景之亂，原本弱小的西魏實力增強，原本強大的東魏發展受阻，坐山觀虎鬥的南朝則無力爭雄。一系列此消彼長之後，來自西北一隅的關隴貴族集團成為時代的寵兒，最終實現了統一，開創了空前絕後的隋唐帝國。
由此可見，侯景之亂對於整個南北朝的走勢具有極為重要的意義和影響，是結束四百年來中華世界大分裂局面的關鍵性轉折。