北朝上台的皇帝一個比一個年輕帥氣，南陳卻擁立了一位看來有些顯「老」的君主——三十八歲的陳文帝陳蒨。
陳武帝陳霸先雖然在戰場上戰無不克，但是卻抵擋不住權力的誘惑，在尚未統一江南的情況下就急匆匆登上皇帝的寶座，致使簡單問題複雜化。
據守在長沙一帶的王僧辯部將王琳不買陳霸先的賬，拒絕招降，並指揮戰艦順江而下，宣稱為王僧辯報仇。本來這是兩個軍事派系的鬥爭，陳霸先挾天子以令諸侯，掌握主動權，很容易獲勝，然而他以陳代梁，就失去了政治的正確性，派去鎮壓王琳的軍隊也成了師出無名，王琳的地方軍隊反倒成了討逆的義師。結果在沌口（今湖北漢陽西南），侯安都和周文育率領的陳軍被指揮若定的王琳擊敗，大將周鐵虎被殺，侯安都、周文育被俘，通過賄賂關押他們的太監才逃得性命。
陳武帝在位不到三年，至死也沒完成小半壁江山的統一大業。江州（今江西九江）以西的長江中游，幾乎全被王琳佔領。王琳乾脆把治所從湘州長沙遷到郢州（今湖北武昌），屯兵長江之上，並向江北的北齊稱臣，把梁元帝的孫子、永嘉王蕭莊迎到郢州（蕭莊在之前的齊梁大戰中，作為人質去了北齊），推為梁國皇帝，與陳國對抗。沒曾想，後梁乘虛而入，抄了王琳的後路，攻佔長沙等郡。如此一來，小小的長江中下游地區就有三國並立：建康的陳、郢州的梁和荊州的後梁，兩個附庸梁國分別是齊、周兩國在南方的代言人。
於是重大的責任就落到了陳武帝的繼任者——陳文帝的肩頭。以此而言，陳文帝並非守成之君，實乃開創之主。
陳文帝陳蒨是陳武帝的哥哥陳道譚的長子。陳道譚死於侯景之亂，陳蒨被侯景關押，險遭毒手。侯景滅亡，陳蒨被陳武帝委以重任，打了不少漂亮仗，在朝中軍中都很有名望。陳武帝有一個在世的小兒子陳昌，梁元帝建都江陵，陳霸先駐守京口，把陳昌和陳蒨的二弟陳頊一同留在江陵做「質子」，後來西魏攻陷江陵，兩兄弟都被擄往西魏。所以陳武帝駕崩時，陳昌不在身邊。章皇后寄望北周送回親生兒子，遲遲不願確定繼承人，最後迫於中領軍杜稜、中書侍郎蔡景歷以及侯安都等武將的壓力，不得已才補立遺詔，由時任臨川王的陳蒨入繼大統。
聽說陳武帝去世，王琳大喜，趁陳蒨根基未穩之機，命部下孫瑒守備郢州，自己率領水陸大軍東征。北齊也派出大將慕容儼兵臨江北，聲援王琳。
王琳初戰告捷，大破前來阻擊的陳將吳明徹，乘勝進駐柵口（今安徽無為東南）。陳文帝不慌不忙，命太尉侯瑱與司空侯安都領兵抵禦。
侯瑱與王琳曾經同為王僧辯手下部將，王僧辯死後，兩人分道揚鑣，一個擁陳，一個擁梁。侯瑱深曉王琳用兵之道，並不與他硬拚，督統各軍在江東的蕪湖與王琳相持，從頭一年的十一月拖到了第二年的二月。
春天一到，江水暴長，王琳的船隊聲勢浩大，發起進攻，侯瑱率陳軍沉著應戰，成功攔截。王琳船隻受損，退保西岸。就在這時，郢州方面傳來快報，覬覦已久的北周和後梁發現郢州空虛，派荊州刺史史寧領兵幾萬突襲，軍情緊急。
王琳進退兩難，假若回兵救郢州，且不說來不來得及，手下士兵一旦知情，弄不好就不戰而潰。他把心一橫，下令急行軍，打算先滅了陳國再說。時逢西南風大作，從蕪湖往下的一段長江正好是東北流向，王琳處於順風，自以為「天助我也」，不顧一切地撲向建康。
王琳沒有想到，侯瑱絕非一介武夫，而是個很懂隨機應變的人。他在江邊看得真切，輕輕讓過王琳的船隊，然後跟在屁股後面追打，這樣一來，西南風反被侯瑱利用。王琳的士兵向陳軍投擲火把，大風一吹，火都燒向王琳軍，陳軍啥事兒沒有。侯瑱又用小船快速撞擊敵船，灑上高熱的熔鐵，王琳的船隊頓成一片火海，死傷慘重。
江中的水軍向西潰敗，來接應的齊軍還不明白怎麼回事，兩軍在岸上踩成一團，自相踐踏，陷進蘆葦叢的泥沼裡。王琳帶了十幾個親隨乘小船狼狽不堪地逃到湓城（今江西九江），也不敢回郢州（都不知現在是姓梁還是姓周了），護送著蕭莊投北齊去了。
其實，郢州在孫瑒的帶領下倒是戰績不小，幾千守兵硬是扛住了北周的大軍。本來指望王琳全勝凱旋，大家一起歡慶，誰料想王琳一去不返，陳國的大軍乘勝追來。北周眼見這便宜不好占，無奈解圍。上司王琳跑了，陳軍又士氣正盛，孫瑒知道守也無益，便流淚開城，向陳軍投降。
困擾多年的外敵一朝消滅，陳文帝正要慶賀，北周的宇文護就給他送上一份「賀禮」——堂弟陳昌。
陳昌在北周的俘虜生活不算太壞，以前陳武帝多次向北周討要兒子，北周覺得陳昌奇貨可居，一拖再拖，沒能達成交易。等陳武帝一死，「奇貨」迅速貶值，宇文護卻忽然覺悟，決定放陳昌回國。用意不言自明，離間陳氏兄弟，最好引發內鬥，從中漁利。宇文護的這手棋實在讓人無法恭維。
首先，陳武帝在位的時候他沒送陳昌回去準備繼位。如果那時候把陳昌送回國，陳昌幾乎是必然的皇位繼承人，那麼北周對陳國的新皇帝就有再造之恩。勢單力孤的陳昌即便不念恩，至少他要坐穩皇位還需要北周的扶持，北周從中賺取的利益能小麼？
其次，陳文帝即位後，宇文護仍然有更好的策略。陳昌畢竟是陳武帝的親兒子，繼位的合法性要高過陳蒨，如果北周給陳昌封個陳王之類的頭銜，再派兵護送陳昌到江南做皇帝，同時積極拉攏所有擁護陳昌的「正統派」，搞個類似後梁的傀儡政權，不是也很好嗎？
最壞的手段就是，一面唱著高調要送陳昌回國，一面又不給予政治與軍事上的支持，白白把一支潛力股給炒成了垃圾股。
偏偏陳昌還不識趣，完全沒有乃父遺風，回國之前得意洋洋地給堂兄寫了封信，滿懷對「美好未來」的憧憬，言辭間很不客氣。
陳文帝看了信差點沒氣樂，就這副吃相還跟我搶帝位呢！不過表面文章還得做足，他找來侯安都（武帝時代的名將杜僧明、周文育都已去世，只剩下侯安都了），愁容滿臉地說：「太子就要回來了，我只求一塊封地，做藩王終老此身。」
侯安都耿直，當下答道：「自古哪有天子被代的道理？微臣愚鈍，不敢奉詔！」他表示願為文帝「分憂」，去接陳昌。
陳昌滿面春風地登上「祖國」迎接他的大船，渡過長江後，就變成了一具屍體。侯安都上報：大船在江中損壞，皇弟不幸溺亡。
陳文帝得報，親自出城，在堂弟的棺柩前演了出「貓哭耗子」的大戲，繼而頒旨，以王禮厚葬陳昌。
陳昌丟了性命，但是北周手裡的另一名南陳皇室成員陳頊，卻幸運得多，畢竟他是陳文帝的親弟弟。經過談判，陳文帝同意割讓西南的黔中、魯山兩地（今湖北、重慶交界一帶），於天嘉三年（公元562年）換回了陳頊。在陳文帝的扶植下，陳頊青雲直上，成為文帝重要的左膀右臂。
陳文帝繼續鞏固他的統治：向西，他命侯瑱奪回了北周佔據的湘州（今湖南長沙）和巴州（今湖南嶽陽）；向南，他先後討滅了豫章（今江西南昌）的熊曇朗、東陽（今浙江金華）的留異、晉安（今福建福州）的陳寶應和臨川（今江西撫州）的周迪。這些人都是出身溪、越等族的土豪酋帥，割據一方，時降時叛，朝廷有外敵的時候，無力搭理他們，只能以籠絡安撫為主，等到外患消除，他們也就如秋後的螞蚱，沒幾天蹦頭了。
至此，陳國才真正擁有了整個江南之地，雖然領土比梁代少掉了一半，但老百姓好歹可以過上幾天太平日子了。
陳文帝即位時的年號是「天嘉」，取梁武帝早期年號「天監」的前一個字和宋文帝年號「元嘉」的後一個字組合而成，由此我們可以窺見陳文帝的治國施政理想。陳文帝確有這兩位皇帝當年的風采，他早年瞭解民間疾苦，因此崇尚節儉，寬徭薄賦，休養生息；他又實行了南朝歷史上的最後一次土斷，有效增加了財政收入，使得國家經濟逐漸從侯景之亂後的破敗中恢復過來。
人無完人，陳文帝到了後期就沒有那麼勤政了，人也變得喜好猜忌。他賜死了擁立有功的侯安都，又傚法梁武帝，玩起了捨身歸佛的「遊戲」（南朝的佛事並沒有因為梁武帝的滅亡而蕭條，反而在陳代掀起新的高潮，自陳武帝開始的幾位君主都是佛教的忠實信徒）。
所幸，陳文帝在天康元年（公元566年）因病去世，沒有像梁武帝那樣晚節不保。可是有些人就沒那麼幸運了，比如他的「同志」韓子高。