官僚有官僚的體制，必須保持上下系統一絲不亂的秩序。但是雍正帝令作為地方的總督、巡撫屬員的布按二司、道員、知府直屬於自己，令他們呈遞奏折，這就難免會導致官僚組織體系的紊亂。雍正帝並未忘記這一點，對此多有留意。於是，他令總督、巡撫派使者到北京，至乾清門將奏折提交到奏事處，再送到天子身邊；而二司道府派遣私人至京，拜託怡親王，或是內閣大學士張廷玉、蔣廷錫等秘密將奏折轉呈天子。湖南辰沅靖道王柔曾經以賚折使者途中遭遇盜竊為由，上奏請求允許派遣的使者利用驛站並沿途為其提供保護，又有布政使佟吉圖的家人至宮門呈遞奏折之事，對此雍正帝朱批：
汝此奏不通之極。道府等員乃系小臣，品級卑微，無奏對之分。朕因欲廣聞見，許令具折密奏。雖許密奏，不時誡諭汝等，毋得張揚洩露，作福作威，以挾制上司，凌駕同僚。今若特降明旨，將微員下吏之家丁差役，概令驛官查驗，撥兵防護，殊覺封章絡繹，道路紛紜，觀瞻之下，成何禮體。即督撫賚進奏折，亦未曾如是行事。兩司奏折至京，皆命廷臣代轉，不許徑至宮門，況汝等末職耶。（第七十冊，王柔）
朕意爾等藩司，若明上奏折，未免物議一省事權不專，有兩三巡撫之嫌，所以前諭爾將奏折交怡親王代為轉奏。今爾家人為何竟直詣宮門進折耶？（第十五冊，佟吉圖）
因為兩司以下的官員是被特許秘密地向天子上奏折的，所以正式的文書必須呈報總督、巡撫，以總督、巡撫之名通過中央政府「題達」於天子。然而總督和巡撫擁有以題本和奏折這兩種形式上奏的權利，因此必須根據案件的性質分別使用這兩種形式。如前述，「奏折」是作為官僚個人的行動，而「題本」是總督、巡撫作為公務人員的行為。因此，軍事、中央財政、禮制、重大司法案件、制度的改廢，以及其他有例可循的行政事務全部應當採用題本的形式。總督、巡撫必須對這個區別有充分理解、毫不混淆地分別使用。但是在細微之處，區分二者就甚為困難了。
直隸總督李衛是最被雍正帝信任的封疆大吏，曾經受轄區內的魏象樞、魏裔介的子孫之托，對賜予其祖先的榮典代為謝恩，他使用題本奏謝，卻因這種情況應當使用奏折而他錯用題本的疏忽而被通政司彈劾。因此，下一次李衛自己被雍正帝恩賜聖祖文集時，他不用題本而用奏折謝恩，這次又被通政司以因不用題本奏謝而指摘參劾。李衛感到萬分困惑，在其他奏折中向雍正帝陳述此事並表示歉意，天子為此朱批：
奏本題本條款雖分為二，原非大相懸殊，不過俾汝等封疆諸臣慎重檢點之深。以汝資歷之深，尚不能諳悉程式，其他服官未久，宜乎不免錯誤者多矣。然朕因此亦每不令依例處分也。（第八十二冊，李衛六）
地方督撫中資歷最老的李衛尚且在題本與奏折的使用方法上犯錯誤，可想而知區別兩者有多困難。李衛還在奏折上鬧過一個笑話。奏折本是私人書信，沒有固定的體裁，他卻把題本的格式原封不動地當成了奏折的格式，曾經上奏稱「此折系遵奉部頒定式」，雍正帝訓諭：
部頒式樣限定字數，系專為本章而言，與密折無關。（第七十七冊，李衛一）
如此煩瑣的典章制度，也是獨裁君主駕馭臣子的武器之一。雖然雍正帝自己說奏折沒有程式，但臣子還是必須謹慎對待，小心處理。如前所述，奏折有奏事折和請安折的區別，這種區別可不能等閒視之。
將此折（奏事折）附於請安函內，而函面標題奏折二件，亦可謂不達禮體，不敬之至矣。（第九十六冊，趙國麟）
請安折因用於祝賀或時節問候的禮節，地方官僚有時為了表示鄭重，使用黃綾，但雍正帝反倒認為這是浪費，令與奏事折同樣使用白紙。
請安折用綾絹為面表，汝等鄭重之意猶可，至奏事折面概用綾絹，物力艱難，殊為可惜。以後改用素紙可也。（第十三冊，黃國材）
嗣後奏折不必每一折一封套，兩三折並封可也。請安折應如舊，奏事折面宜用素紙，綾絹殊為可惜。（第十二冊，裴
度）
概言之，題本的內容是被公之於眾的表面政治，奏折的內容是秘不示人的幕後政治。因此即使地方官在奏折中上奏了愚拙之事，天子也可以置之不理。
此事爾幸以折密奏，因隨筆批諭，以示朕意。若系具疏題達，則妄言之罪，不為爾寬矣。（第十六冊，李紱）
設或具疏題奏，則天下人傳為話柄矣。……覽奏不禁發笑，實屬可憐之封疆大吏也。（第二十冊，傅泰）
若是天子贊成地方官在奏折中申述的意見，想要將其公表天下、付諸施行的時候，會命上奏者將同樣內容以題本的形式再次具奏。或者為了省事，天子甚至有時直接將奏折轉送內閣將其作為題本處理。
照依此折具本題奏。將不合例緣由本內聲明可也。（第六十五冊，高其位）
所奏甚屬可嘉。毋須另疏具題。即將此折交部改本，頒發諭旨矣。（第六十三冊，田文鏡七）
同樣的事情，在《世宗聖訓》卷七，聖治，雍正八年七月甲戌的上諭中有記載：
各省督撫大臣於本章（題本）之外，有具折之例。又以督撫一人之耳目有限，各省之事豈無督撫所不及知，或督撫所不肯言者，於是又有准提鎮藩臬具折奏事之旨。即道員武弁等亦間有之。此無非公聽並觀，欲周知外間之情形耳。並非以奏折代本章。凡折中所奏之事，即屬可行之事也，是以奏折進呈時，朕見其確然可行者，即批發該部施行，若介在疑似之間，則交與廷臣查議。亦有督撫所奏而批令具本（題奏）者，亦有藩臬等所奏而批令轉詳督撫者。……凡為督撫者，奉到朱批之後，若欲見諸施行，自應另行具本，或咨部定奪。為藩臬者，則應詳明督撫，俟督撫具題或咨部之後，而後見諸施行。……凡折中批諭之處，不准引入本章（題本），以開挾制部臣之漸，則奏折之不可據為定案，又何待言乎。
由此，奏折與題本的區別終於逐漸明晰起來。
雍正帝一方面尊重總督和巡撫的官方地位，在題本與奏折的區別上恪守從前的習慣，另一方面與作為他們屬員的布按兩司以下的官員直接通信。這種奏折政治，乍一看似乎自相矛盾，然而雍正帝的真實意圖是通過奏折，一方面甄別人才、淘汰庸愚，另一方面防止臣子朋黨化、封建化，應當將其視為使題本政治回歸本來應有形態的一次嘗試來理解。對雍正帝而言，奏折政治說到底只是權宜之計，從祖宗傳下來的題本政治才是他的終極理想。