雍正時代的政治是公開的題本政治與隱秘的奏折政治並行的，我們自然可知《雍正朱批諭旨》作為史料的價值極高。雍正時代的史料除此之外還有《世宗實錄》（以下簡稱《實錄》），以及以《實錄》為基礎的《雍正朝東華錄》、《世宗聖訓》、《雍正上諭》和《雍正八旗上諭》等，但是這些史料可以說全部是題本範圍內的記錄。唯獨《雍正朱批諭旨》是奏折政治的記錄被公開的部分。那麼，這兩種記錄具體有什麼不同之處？尤其是作為奏折政治的記錄的《雍正朱批諭旨》又告訴我們什麼呢？
第一，如前所述，《雍正朱批諭旨》是雍正帝與地方官僚個人之間的私人性質的往來文書，因此體現了每個人鮮明的個性。首先，雍正帝作為個人的個性近乎赤裸裸地展現出來。他好勝而自信，好強而勤勉，卻又感情豐富、容易動容，是典型的滿族人。出現在《實錄》和《世宗聖訓》中的雍正帝，作為身著帝王衣冠的皇帝令人難以接近，但出現在《雍正朱批諭旨》中的雍正帝是一個以心換心、有教養的讀書人。而上奏折的官僚在某種程度上也放下了戒備心，對待作為個人的雍正帝。他們的處世之道以及行為有巧有拙，雖然說賢愚有別，但其間表現出來的各不相同的態度甚為有趣，特別是很多對當時官場生活的描寫十分逼真。我們一邊閱讀一邊摘錄的以「官場」為標題的卡片為數眾多也是必然的。
第二，《雍正朱批諭旨》的內容中，雖然比起天子的文章，臣子的奏折所佔的份量較重，但臣子的奏議因有了天子的朱批而價值大幅提高，這一點必須加以注意。我們在處理其他時代的史料的時候形成了只要看到奏議類的文章立刻盲目地將其尊為第一等史料的習慣。但是一讀《雍正朱批諭旨》，就會意識到這樣的態度頗為危險。為什麼呢？針對臣子奏折的內容，雍正帝指責其為隱匿不實或不切實際的空論的不在少數。由此可知，歷代奏議之中偏離實際政治、遠離真相的應當有很多，不能像過去一樣只要見到奏議的文章便如獲至寶，利用隻言片語來為自己的研究行方便。同時，像雍正帝這般明察秋毫的天子所贊成的奏折的內容，就可以放心大膽地引用了。
第三，《雍正朱批諭旨》因為是地方官所上的奏折，所以提供了關於地方政治實際情況的頗有價值的史料。《實錄》等原本是中央政府的記錄，因此關於地方的情況，若不是相當重要的事件便不進行記載。然而地方官的奏折幾乎所有都是關於地方政治的，特別是關於各地的氣候、米麥的收成、糧價等連詳細的數字都被記載下來。據說這類報告被要求以奏折的形式由督撫負責奏報，大概始於康熙帝的時候（第七十二冊，魏廷珍）。
在地方政治之中應當特別重視關於地方財政的史料。在中國說到財政就是指中央財政，因其從未建立起地方財政。這雖然是獨裁君主制的必然結果，但實際上任何時代都存在地方財政。在清朝，地方財政採取「公項」（公費）的形式，財源為賦稅的若幹成耗羨，以及鹽商等捐出的規禮銀等。支出為地方衙門的運營費，其中包含官僚的生活費。官僚在任職地的津貼在雍正時期得到整頓，建立了養廉銀製度，但是養廉銀被完全當作臨時的慣例進行處理，因此基本沒有出現在題本政治的領域內，都在奏折的範圍內被處理。因此雍正時代建立養廉銀的情況，不參照《雍正朱批諭旨》便幾乎無從下手研究。
雍正帝最初本希望在朝廷上建立養廉銀製度的基本原則，因此令九卿公開會議此事，但會議中發現如果公開承認養廉銀，也必須承認耗羨，而耗羨是正規賦稅外的未經公認的附加稅，因此又將此事從題本的範圍轉到奏折的範圍，完全委託各省總督、巡撫處理，天子僅僅參加商討，後來甚至連商討也拒絕參加了。
養廉一項，究非俸薪之比，毋得敘入本內。（第五十九冊，田文鏡三）
養廉之議准照所奏支給，疏內無庸敘入。（第六十六冊，憲德）
在爾等酌量（耗羨）為之，朕不便代為畫定準繩。（第二十八冊，宜兆熊）
耗羨二字非朕之可諭之事。（第六十二冊，田文鏡六）
歷來天下督撫之羨餘、養廉一事朕從未批諭一字。（第十一冊，毛文銓）
第四，《雍正朱批諭旨》中包含一些在公開的文書中看不到的秘密事項，或者不合朝廷體統的瑣碎事項等。軍事、外交等機密事項的重要性自不待言，被當時官僚視為瑣碎的雜事對於我們而言，其中也有一些是重要的史料，如作為地方衙門的下級吏員的胥吏的制度、關稅、公行的狀態、民間秘密結社等，不可勝數。在過去對廣東貿易以及洋行的研究中，《雍正朱批諭旨》的奏折差不多是必須引用的文獻。我曾在《東方學》雜誌第二輯中刊登過題為《明清時代的蘇州與輕工業的發達》的小文章，其中引用的該書中關於蘇州踹坊的記載，之後曾被各方的論文所引用或借鑒，可見關注之人還是很多的。