經過秋天數場暴雨，羅馬在新一年之初刮起了寒冷刺骨的北風（tramontana）。這種風除了讓意大利氣溫陡降，還刮得人身心疲憊，意氣消沉。就濕壁畫的繪製而言，這是最不利的氣候，但米開朗琪羅和其團隊咬緊牙根苦撐，一心要將《大洪水》完成。不過，一月時出現了大麻煩，濕壁畫面發霉，並且因為鹽結晶而起霜，畫中人物因此模糊不清，幾乎無法辨識。「不知怎麼辦才好，」米開朗琪羅在畫面起霜後寫信給父親，「我的工作似乎不順利，因為這工作本身就難，也因為這不是我的專業。結果，白忙一場。」[1]
就濕壁畫的繪製而言，這是最不幸的開始，偏偏就給米開朗琪羅和助手們碰上。整個工程才剛開始，濕壁畫面就出現鹽結晶，這對接下來的工作顯然不是好兆頭。這項傷害最可能的禍首大概是硝酸鈣，硝酸鈣通常因受潮而起，是濕壁畫家的夢魘。雨水滲進拱頂並不容易，但一旦滲進，雨水所挾帶的鹽分就會一路以溶濾的方式滲進灰泥，分解碳酸鈣晶體，造成顏料起泡、剝落。偶爾還會出現比雨水更可怕的滲透。佛羅倫薩和羅馬時常為洪水淹沒，洪水使教堂地底下飽含水分，使屍體腐化所產生的硝酸鈣釋出，進而將硝酸鈣帶到牆上的濕壁畫，然後硝酸鈣就像癌細胞一樣，在濕壁畫上大肆擴散。
為防止濕壁畫受潮，被鹽、硝酸鹽毀於一旦，畫家無不想方設法進行防範。喬托在比薩替大教堂廣場墓地（Composanto）的正門立面繪飾時，就深知這種危險。正門立面迎海而立，他深知濕壁畫勢必難逃潮濕悶熱的南風（sirocco）挾帶的海鹽侵襲，於是他在阿里其奧和因托納可裡摻進磨碎的磚粉，以克服這個問題，結果無效，因托納可不久就開始剝落。有時候濕壁畫家在牆上鋪上蘆葦草墊，再塗上阿里其奧，以此保護作品免於受潮，同樣無濟於事。與喬托同時代但年紀更輕的布法爾馬可（Buffalmaco），在該墓地繪製《死神的勝利》（Triumph of Death）時，就用了這些草墊，以保護作品免受含鹽海風侵襲，結果反倒加速灰泥崩解。對濕壁畫家而言，布法爾馬可是個叫人沮喪的前車之鑒。薄伽丘和吉貝爾蒂盛讚他是技術精湛的大師，不幸的是，他的作品抵不住自然力的摧殘，竟無一留存。
米開朗琪羅似乎用了另一種方法防範濕壁畫受潮。他和助手們調製因托納可時不摻沙子，而是以名叫波措拉納（pozzolana）的火山灰混合石灰調製而成。波措拉納常見於羅馬的營建工程，但由佛羅倫薩人組成的米開朗琪羅助手群，對它大概是一知半解，因為他們的師父吉蘭達約和托斯卡納地區的大部分濕壁畫家一樣，以沙子而不以火山灰調製灰泥。但米開朗琪羅可能看中波措拉納的特性而用了它。這種火山灰稍帶黑色，來自維蘇埃火山，是古羅馬人建造大型拱頂和穹頂時不可或缺的材料，也是這麼多這類建築歷經千餘年得以大致完好無缺的原因。羅馬建築工人在砌磚用的灰漿裡摻入火山灰，借此調製出堅固、凝結快速而又幾無滲水之虞的混凝土。傳統灰泥只在石灰與空氣中的二氧化碳起作用時才會變硬實，波措拉納則為這些調和物加進了另一種成分，即二氧化硅或氧化鋁的化合物。這些化合物直接作用於氧化鈣（生石灰），不受氧化鈣是否與空氣接觸的影響，因而產生在水裡也能凝固的快速黏結劑。
隨著寒冷北風從阿爾卑斯山橫掃而下，羅馬的天氣變得多雨潮濕，而波措拉納應當有助於調製出適合這天氣的灰泥。不過，這時候，情況已明顯失控。
飽受打擊的米開朗琪羅覺得，眼前的麻煩正是他無力完成這項任務的具體證明。他甚至以起霜為借口，丟下畫筆，罷手不幹。「老實說，陛下，這不是我的專長，」他告訴教皇，「我已經搞砸了，你如果不信，可以派人來看看。」[2]
尤利烏斯於是派建築師朱利亞諾·達·桑迦洛去西斯廷禮拜堂察看。他關注的焦點可能不只是米開朗琪羅的濕壁畫，很可能懷疑禮拜堂的屋頂本身有嚴重問題，甚至是數年前毀掉皮耶馬泰奧濕壁畫、危及整座禮拜堂的結構瑕疵再度出現也說不定。
一五○四年的加固工程，即安插十二根鐵條，暫時抑制該禮拜堂南牆移動的工程，主事者就是桑迦洛。一五○九年檢視拱頂的任務自然落到他頭上。但教皇派他出馬還出於另一個原因，即桑迦洛是米開朗琪羅在羅馬所信任的少數人之一。鑒於米開朗琪羅揚言罷手不幹，尤利烏斯知道若要安撫他，除了桑迦洛，大概找不到第二人選。
這時候西斯廷禮拜堂很可能已經因為屋頂有問題而有水汽滲進，因為幾年後的一五一三年，屋頂就進行整修，更換了130平方英尺的屋頂。[3]但米開朗琪羅的問題就如桑迦洛所見，沒那麼嚴重。桑迦洛雖生於佛羅倫薩，且在該城習藝，但已在羅馬居住工作多年。他修復過聖安傑洛堡，建過數座教堂，且替尤利烏斯建過一座大宮殿，因而比米開朗琪羅更熟悉羅馬人的建材。西斯廷禮拜堂用以調製因托納可的石灰，在這之前一直是用石灰華（travertine）製成。石灰華是稍帶白色的石灰岩，采自羅馬東方三十二公里處的蒂沃裡附近。米開朗琪羅那群佛羅倫薩助手，不瞭解石灰華一如不瞭解波措拉納，因而熟化生石灰時用了大量的水，添加波措拉納後，也立即用大量水調製出可塑性足以塗抹的灰泥。但波措拉納硬得快，石灰華幹得慢許多。米開朗琪羅和其助手們不知這個道理，在灰泥還太濕時就拿來塗在牆上。因而，鹽霜的禍首主要是助手調製灰泥時加進的大量水，而非外部滲進拱頂的水。經桑迦洛指正，這個問題就解決了。
米開朗琪羅面臨的另一個麻煩——拱頂發霉——則不同。霉大概集中出現在某些特定區域，即灰泥已干之後，借膠或油之類固著劑塗上顏料的區域。眾所周知，濕壁畫家與蛋彩畫家、油彩畫家不同，一般只用水來稀釋顏料。顏料會隨著灰泥干化而固著在牆上，因而不需要進一步的黏合劑。
但有時濕壁畫家會想用干壁畫法（secco），即以摻和固著劑的顏料，在已干的灰泥面上作畫。干壁畫法的優點在於色彩表現範圍較廣，特別適合硃砂、銅綠、群青之類較鮮亮的礦物基顏料。濕壁畫家的色彩運用則有所限制，因為許多鮮亮色料承受不住富含石灰的因托納可的腐蝕。例如，藍色顏料石青（有時又稱德國藍）與灰泥中的水汽接觸後會漸漸轉綠（濕壁畫之所以常見到綠色天空，原因就在此）。變化更為劇烈的是白鉛，它會氧化變黑，將最亮處變成陰暗處，雪白袍服變成黑袍，白皮膚變成黑皮膚，種種變化不一而足。這種逆轉作用使濕壁畫變成類似本身的負像。
因而，濕壁畫家若想用石青或銅綠之類的鮮亮色料，就會選在因托納可干後塗上。但這種方法有個大問題。充當固著劑的膠（用動物的皮、骨、蹄等熬製而成）和樹膠，固著力不如堅硬無比的因托納可，因此用干壁畫法畫上的顏料總是第一個剝損。瓦薩裡曾提醒世人注意這項技法的風險，指出「顏色因那潤飾而變暗，不久即轉黑。因此，那些有志於在壁上作畫者不妨大膽去畫濕壁畫，而不要用干壁畫法潤飾，因為這本身既不可取，也有損畫面的生動」。[4]
至米開朗琪羅時代，凡是想展現高超技藝並測試自己藝術能力者，都必須能做到只以真正濕壁畫法（buon fresco）作畫，即不以干壁畫法做任何添筆潤色。贊助者常要求承製藝術家，繪製較耐久的真正濕壁畫。例如托爾納博尼與吉蘭達約的委制合約裡寫明，新聖母瑪利亞教堂的濕壁畫應完全以真正濕壁畫法完成，而吉蘭達約工作室以高超技法實現了這項要求。[5]米開朗琪羅的工作團隊裡，雖有一些畫家在吉蘭達約門下學過這項高超技藝，但他和助手們在繪製《大洪水》時，仍用了不少干壁畫筆法。[6]做過牆報的人都知道，霉往往長在裸露易受潮的黏合劑處，西斯廷禮拜堂這支畫家團隊苦惱的也是同樣的問題。霉必須立刻清除，否則會像鹽分一樣毀了濕壁畫。桑迦洛適時施以援手，指導米開朗琪羅如何清除霉，然後命令這位藝術家繼續工作。[7]米開朗琪羅要擺脫在羅馬的合約義務，並不容易。
起霜、發霉的插曲或許讓米開朗琪羅對助手們心生不滿。傳說他不滿意他們的工作表現，開工不久就把他們都辭掉，然後一肩挑下所有工作。這傳說其實與史實不符，始作俑者大體上就是替他寫傳的友人瓦薩裡。瓦薩裡記述道，有天，助手們前來上工，米開朗琪羅突然鎖上禮拜堂門，不讓他們進來。瓦薩裡寫道：「他們覺得這玩笑未免開得太過火，於是摸摸鼻子，很沒面子地回了佛羅倫薩。」[8]然後，套用孔迪維的說法，米開朗琪羅繼續繪飾頂棚，「沒有任何幫助，甚至連替他磨碎顏料的人都沒有」。[9]
這則故事就像聲稱米開朗琪羅仰躺著繪拱頂的故事一樣吸引人，一樣牽強不可信。瓦薩裡所描述的這件事不可能發生，更何況在初期階段，米開朗琪羅急需各種援助和專業人才。[10]可以確定的是，這群佛羅倫薩助手無一人全程參與西斯廷禮拜堂的頂棚工程。格拉納齊僱用他們時，雙方已有非正式協議，即米開朗琪羅覺得不需要他們時，就會予以辭退。每人二十杜卡特的豐厚報酬背後，正隱含著這一協議精神。時機到了，就會有一群較不知名的藝術家取代他們。但他們離開羅馬，完全不如瓦薩裡說的那麼戲劇性，那麼不光彩，最重要的原因在於他們之中大部分人離開後，仍與米開朗琪羅維持了多年的友好關係。
不過，確實有個助手很不光彩地離開了羅馬，那人就是一月底前往佛羅倫薩就沒再回來的雅各布布·德爾·泰德斯科。他的離去，米開朗琪羅不覺難過。「他犯的錯不計其數，我對他的不滿罄竹難書」，米開朗琪羅在寫給父親魯多維科的信中如此恨恨說道，並提醒父親若泰德斯科說他什麼壞話，絕不要聽信。[11]他擔心這個滿腹牢騷的助手，會像幾年前的拉波、洛蒂一樣，在佛羅倫薩詆毀他的名聲。這兩名金匠在波隆納被米開朗琪羅開除後，就直奔魯多維科那兒數落他的不是，導致他挨了父親一頓罵。這一次，米開朗琪羅先發制人，告訴父親「隨他怎麼說，別聽他的」，免得泰德斯科拿一堆類似的謊言破壞他的名聲。
泰德斯科犯的無數錯之一，就是抱怨聖卡特利娜教堂後面這間工作室的生活條件很差。泰德斯科在波隆納時就抱怨過同樣的問題，但這次米開朗琪羅對他毫不諒解。這位助手的問題似乎就在於他的性格和永不滿足於現狀的米開朗琪羅太像。
泰德斯科抱怨羅馬生活條件太差，倒也非無的放矢。這群人除了得在腳手架上緊挨著工作，回到魯斯提庫奇廣場附近的工作室，還得在幾乎和米開朗琪羅在波隆納的住所一樣狹促的空間裡一起吃住。這間工作室瑟縮在高聳的城牆下，狹窄的陋巷中，毗鄰聖安傑洛堡沼澤般的護城河，四周住著在聖彼得大教堂、觀景庭院工作的石匠、木匠們，無法為居住者提供舒適或安寧的生活環境。而在秋冬兩季期間，隨時可能演變成活生生大洪水的大雨，也無助於紓解他們抑鬱的心情。
工作室裡的生活無疑有歡樂快活的時候，但落實到物質層面，想必是寒酸、刻苦，談不上舒適。米開朗琪羅大有理由自認為博納羅蒂家族是王公之後，但他本人的生活一點兒也不闊綽，而是正好相反。他曾向忠心的徒弟孔迪維頗為自豪地說道，「阿斯坎尼奧（孔迪維），不管本來可能多麼富有，我一直過得像個窮人」。[12]例如他吃東西不講究，飲食是「為了填飽肚子而非為了享樂」，[13]常常只以一塊麵包和一些葡萄酒果腹。有時邊工作邊以粗糲的食物果腹，例如邊素描或作畫，邊啃麵包皮。
米開朗琪羅除了生活儉省，個人衛生更叫人吃驚，或者說根本不講究個人衛生。喬維奧在為他所寫的傳記裡寫道，「他天性粗野鄙俗，因而生活習慣邋遢透頂，也因此沒有人投他門下習藝」。[14]米開朗琪羅這個習性，無疑是謹遵父親的教誨。「千萬別洗澡，」魯多維科如此告誡他兒子，「擦洗可以，但別洗澡。」[15]就連孔迪維都不得不在目睹以下情景後，承認米開朗琪羅有些生活習慣叫人作嘔：他「睡覺時往往就穿著他那八百年沒脫過的衣服和靴子……有時候因為穿了太久，脫靴時皮就像蛇蛻皮一樣，跟著靴皮一起脫落」。[16]儘管當時人頂多一個星期才到公共澡堂洗一次澡、換衣服，這種景象還是叫人難以忍受。
但更糟糕的或許應是米開朗琪羅孤僻、不愛與人來往的習性。他有能力交到志同道合的朋友，這是毋庸置疑的。他那群佛羅倫薩助手之所以會來羅馬，正是因為與他有長久的交情。但米開朗琪羅常不愛與人交往，因為他天性孤僻而憂鬱。孔迪維坦承，米開朗琪羅年輕時，就以「不愛群居」這種「古怪而匪夷所思」（bizzarro e fantastico）的性格出名。[17]據瓦薩裡的說法，這種孤僻並非傲慢或厭惡人世的表現，而是創作偉大藝術作品的先決條件，因為他認為藝術家都應「逃避社會」，以專心投身於個人事業。[18]
這有益於米開朗琪羅的藝術創作，卻有害於他的個人關係。他的友人詹諾蒂說，有次邀米開朗琪羅來家中作客，結果遭他回絕。米開朗琪羅希望朋友別為難他，但詹諾蒂堅持要他出席，並說米開朗琪羅參加一場晚宴，讓歡樂氣氛稍稍緩解一下俗務塵慮，又有何妨。米開朗琪羅仍不為所動，心裡很不高興地想著這世界既然充滿苦痛，又何必去尋歡作樂。[19]還有一次，他竟接受了朋友的宴會邀請，「原因是憂鬱，或者更確切地說，悲傷，暫時離開了我」。[20]然後他訝然發現，他竟真的可以樂在其中。
天祐米開朗琪羅，泰德斯科離開時，他已添了另一名助手。這人當然與泰德斯科大不相同。一五○八年秋末，外號「靛藍」、現年三十二歲的畫家雅各布·托爾尼，加入這支團隊。靛藍也出身吉蘭達約門下，雖無赫赫名聲，但能力出眾，和格拉納齊、布賈迪尼一樣健談、爽朗，與米開朗琪羅相知已有十餘年，米開朗琪羅自然樂於任用。事實上，靛藍是米開朗琪羅的知交之一。瓦薩裡寫道：「再沒有人比這個人更能讓他高興或與他合得來了。」[21]
走了脾氣壞、讓人頭痛的泰德斯科，換上開朗詼諧的托爾尼，想必是米開朗琪羅所樂見的。靛藍儘管易於相處，但就西斯廷禮拜堂繪飾案而言，並不是理想人選。十年前他首次來羅馬，跟著平圖裡喬一起繪製了令尤利烏斯大感不快的波吉亞居所濕壁畫。那之後，他在納沃納廣場附近的聖奧古斯丁教堂，繪製了他自己的濕壁畫。但最近，他的作品少得可憐。瓦薩裡寫道，「雅各布布在羅馬工作多年，或者更確切地說，在羅馬居住多年，很少工作」。[22]即使是在不愛工作的格拉納齊看來，靛藍也是好逸惡勞的傢伙，「若非不得已」，絕不工作。[23]靛藍本人宣稱，只有工作沒有玩樂，絕不是基督徒該過的生活。
在工作室或腳手架上，特別是在工作如此不順利的當頭，這種人生觀或許有助於緩解緊繃的心情，但就一個即將幫米開朗琪羅繪製12000平方英尺頂棚濕壁畫的人而言，這似乎不是恰當的行事準則，更何況米開朗琪羅所面對的贊助者，是像尤利烏斯這樣壞脾氣而嚴苛的人。
[1] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第48頁。
[2] 孔迪維：《米開朗琪羅傳》，第57頁。
[3] 席爾曼（John Shearman）《西克斯圖斯四世禮拜堂》（「The Chapel of Sixtus IV」），收錄於霍爾勃頓（Paul Holberton）所編《西斯廷禮拜堂：米開朗琪羅再發掘》（The Sistine Chapel：Michelangelo Rediscovered，London：Muller，Blond & White，1986）一書，第33頁。接下來四百年，屋頂滲漏不斷，直到1903年全部改建，1978年整修後才解決。
[4] 《瓦薩裡論技藝》，第222頁。
[5] 參見羅特根（Steffi Roettgen）兩卷本《意大利濕壁畫》英譯本（Italian Frescoes，New York：Abbeville Press，1997），第二卷《文藝復興盛世，一四七○年至一五一○年》（The Flowering of the Renaissance，1470-1510），第168頁，譯者Russell Stockman。利比替新聖母瑪利亞教堂的斯特羅齊禮拜堂（Strozzi Chapel）繪飾濕壁畫時（1487-1502），也遵照與斯特羅齊（Filippo Strozzi）的合約規定，只以真正濕壁畫法作畫。薄蘇克（Eve Borsook）認為，至1500年時，真正濕壁畫法已成為「偏離實際的面子問題……在瓦薩裡和其他許多人眼中，通過濕壁畫的考驗，就是擁有不凡的即興創作速度與能力的藝術家」。參見博蘇克《托斯卡納的壁畫家》（The Mural Painters of Tuscany，Oxford：Clarendon Press，1980），第xxv頁。
[6] 曼奇內利《米開朗琪羅助手群的問題》，第52頁。
[7] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第二卷，第667頁。
[8] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第二卷，第666頁。
[9] 孔迪維：《米開朗琪羅傳》，第58頁。
[10] 關於瓦薩裡這一說法的合理修正，可參見華勒斯《米開朗琪羅在西斯廷禮拜堂的助手群》，第203～216頁。
[11] 《米開朗琪羅書信集》：第一卷，第48頁。
[12] 孔迪維：《米開朗琪羅傳》，第106頁。
[13] 孔迪維：《米開朗琪羅傳》，第106頁。
[14] 《十六世紀藝術著作》，第一卷，第10頁。
[15] 引自德·托爾內：《米開朗琪羅》，第一卷，第5頁。
[16] 孔迪維：《米開朗琪羅傳》，第106頁。
[17] 孔迪維：《米開朗琪羅傳》，第102頁。
[18] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第二卷，第736頁。
[19] 德坎波斯（Deoclecio Redig de Campos）所編《姜諾蒂對話集》（Dialogi di Donato Giannotti，Florence：G.C. Sansoni，1939），第66頁。
[20] 《米開朗琪羅信函集》，第三卷，第156頁。
[21] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第一卷，第607頁。
[22] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第一卷，第607頁。
[23] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第一卷，第607頁。