如果說米開朗琪羅是個邋遢而有時憂鬱、孤僻的人，拉斐爾則正好相反，他是有教養人士的絕佳典範。當時無人不豎起大拇指稱讚他彬彬有禮、性情溫和、為人寬厚。就連以惡意誹謗他人名聲而著稱的詩人兼劇作家彼得羅·阿雷蒂諾（Pietro Aretino），也找不出壞字眼來批評他。他寫道，拉斐爾的生活「闊綽不像一般老百姓，凡是有需要的文科學生，他都不吝給予精神和金錢上的幫助」。[1]教皇副文書之一的卡爾卡尼尼則盛讚拉斐爾雖有過人天賦，卻「一點兒也不高傲；事實上，他為人和善有禮，不排斥任何建議，也樂於聆聽他人意見」。[2]
與拉斐爾不是直接認識的瓦薩裡也稱讚拉斐爾品格高尚無瑕。他說在拉斐爾出現之前，大部分藝術家顯得「有些粗俗，甚至野蠻」（米開朗琪羅無疑也在他此一評價之列）。[3]瓦薩裡將拉斐爾和藹、有禮的特質，歸因於他是由母親馬姬雅·洽爾裡一手帶大，而未送到鄉下由奶媽帶大。瓦薩裡認為，若是由奶媽帶大，他很可能「在農民或一般人家裡」，耳濡目染到「較不文雅甚至粗俗的生活方式和習性」。[4]拉斐爾在母親親自哺育下，發展出聖人般的高潔性格，據說連動物都樂於與他親近（不由得讓人想起來自翁布裡亞山區而同樣聖潔的人物——阿西西的聖方濟，據說鳥獸也愛與他為伍）。除了討人喜歡的性格，俊美的相貌更為拉斐爾增添魅力。修長的脖子、橢圓的臉、大大的眼睛、橄欖色的皮膚，非常俊秀，扁鼻、招風耳的米開朗琪羅相形之下更顯望塵莫及。[5]
米開朗琪羅努力解決《大洪水》問題時，拉斐爾也開始在梵蒂岡教皇住所的繪飾工作。應聘與他合作的既不是佩魯吉諾，也不是平圖裡喬（兩者都曾是他師父），而是巴齊。這兩人搭檔實在叫人大出意外，因為巴齊這個人比米開朗琪羅更「古怪而匪夷所思」。他的濕壁畫製作經驗豐富，剛在錫耶納附近的橄欖園山修道院花了五年時間完成以聖本篤生平為題的大型組畫。他還是齊吉這個有錢的銀行業家族最欣賞的藝術家。但比起畫作，他不合流俗的怪異行徑更為人所知。最古怪的行為無疑是他在家裡養了多種動物，包括獾、松鼠、猴子、母矮腳雞，以及他會教其講話的渡鴉。他還一身奇裝異服，例如凸花紋緊身上衣、項鏈、色彩濃艷的帽子，以及瓦薩裡所大為不屑的、「只有小丑和江湖郎中才會穿戴的類似飾物」。[6]
巴齊小丑般的怪誕打扮，讓橄欖園修道院的僧侶看得目瞪口呆，因而為他取了外號「瘋子」（Il Mattaccio）。修道院以外，他則以「索多瑪」（Sodoma）之名而為人所知。索多瑪意為雞姦者，據瓦薩裡的說法，「他身邊總有男孩子和臉上白淨的小伙子為伴，而且對他們的愛有失禮俗」，[7]因此有了這個外號。若考慮到文藝復興時期一般畫家的性傾向，為何獨獨巴齊有這外號，就有點令人費解。在羅馬，雞姦者得受火刑處死，索多瑪既然有個公然帶有雞姦者的外號，卻不僅活得好好的，還功成名就，箇中原因為何，實在叫人費解。無論如何，他不僅不排斥，還樂於使用這個外號，「以三行詩節隔句押韻法（terza rima）撰寫以它為題的詩歌，並和著魯特琴音，流暢唱出這些詩歌」。[8]
拉斐爾、索多瑪受命繪飾的那間房間，距尤利烏斯寢室只有幾步之遙。這間房間曾充作教皇法庭（Signatura Graziae et Iustitiae），因而在十六世紀下半葉有了「署名室」的稱呼。但尤利烏斯當時打算用來作為私人藏書室。[9]他不是愛讀書之人，卻費心搜羅了二百二十卷的可觀書籍，並憑借這些珍藏辟成名頭頗為顯赫的伊尤利亞圖書館。這些書籍由博學的人文主義學者托馬索·因吉拉米（Tommaso Inghirami）保管，他也是藏書更豐富的梵蒂岡圖書館館長。[10]
圖書館的裝飾風格，自中世紀起就一直依循標準格式。拉斐爾應已從當時的多個圖書館，包括烏爾比諾公爵費德裡戈·達·蒙特費爾特羅的圖書館，熟悉此類裝飾的佈局。圖書館的牆或天花板上，飾上四個寓言中的女性人物，分別代表圖書分類的四大主題，即神學、哲學、法學、醫學。畫家通常還會加上在各特定領域卓然有成的男女人物肖像。署名室的裝飾構圖謹遵這項傳統，但詩學取代了醫學，這無疑是因為尤利烏斯偏愛詩人甚於醫生。每面牆上各繪一幅場景闡述一個主題，牆上方的拱頂上則對應四主題，畫上四名女神，女神畫在圓形或方形框裡。這種幾何形外框構圖正是尤利烏斯原屬意在西斯廷禮拜堂頂棚上呈現的構圖，後來摒棄未用，卻在此得以實現。[11]繪飾時，書籍裝箱，成排堆放在地板上。
這個構圖在拉斐爾抵達羅馬前就已定案，拉斐爾加入繪飾行列前，索多瑪已開始在拱頂作畫。但署名室繪飾工程初期的分工情形，就和西斯廷禮拜堂初期一樣不詳。瓦薩裡在索多瑪的傳記裡說，這位怪人藝術家花太多心思在養動物上，延宕了拱頂工作進度，教皇不滿，才找來拉斐爾。不管是否屬實，拉斐爾開始繪飾署名室頂棚角落的矩形畫，最後完成了這四幅畫中的三幅。[12]這四幅畫均是3.5英尺寬，4英尺高，面積不算太大，有經驗的濕壁畫家用一個喬納塔就可畫完。
完成的第一幅是《伊甸園裡的誘惑》（Temptation in the Garden）。拉斐爾應已從多處他人作品，包括馬索裡諾在佛羅倫薩布朗卡奇禮拜堂所繪的作品，熟悉了這個題材。在拉斐爾筆下，夏娃拿小果給亞當，蛇則盤繞在智慧樹樹幹上，從粗枝後面探頭看。蛇作女人相，長髮，裸露胸脯（堪稱是不帶鰭而盤捲身子的美人魚），符合中世紀厭惡女人的傳統。
但夏娃這個形象比蛇還有意思。裸像是當時人們品評大藝術家水平高低的標準，而這幅場景正給了拉斐爾機會，在濕壁畫上畫出一對裸像。他筆下的夏娃赤身裸體，只有重點部位靠灌木枝葉遮住，臀部和肩膀分別轉向不同方向，全身重量靠右腳支撐，使左半身拉長，右半身縮短。這種非對稱姿勢，通稱「對應」（contrapposto），是起源於古希臘的人體表現手法，一個世紀前經多納泰羅等雕塑家之手而重新勃興。以多納泰羅為例，他使人物的臀部軸線、肩膀軸線形成對比，以此營造出動態幻覺。拉斐爾這時很可能已見過多納泰羅的早期著名作品——佛羅倫薩奧爾珊米凱列教堂外壁龕裡的《聖馬可像》（St.Mark）。不過，他的夏娃形象的創作靈感不是來自多納泰羅，而是來自另一位藝術家的作品。過去四年，這位藝術家的影響力就像仰之彌高的巨像時時籠罩著他。
一五○四年拉斐爾搬到佛羅倫薩，以便欣賞米開朗琪羅和達·芬奇的濕壁畫競技。他們兩人的宏大草圖在新聖母瑪利亞教堂一起展出時，拉斐爾和佛羅倫薩每個上進心切的藝術家一樣，將兩幅草圖都依樣畫了下來。但當時，達·芬奇似乎比米開朗琪羅啟發他更多，且他研究達·芬奇風格之仔細，比幾年前他研究佩魯吉諾的風格更甚。他所受的影響顯然不僅來自《昂加利之役》，因為達·芬奇其他素描、畫作的主題，很快也出現在他自己的作品裡。達·芬奇的《聖母子與聖安娜》（Virgin and Child with Saint Anne）草圖（一五○一年在佛羅倫薩首度公開展出），教他將人物以金字塔狀佈置，以此平衡構圖，讓成群人物顯得緊湊且井然有序。拉斐爾在佛羅倫薩期間所畫的許多幅聖母子畫作均竭盡所能探索此一構圖的不同佈局，因而有藝評家稱它們是「根據達·芬奇某一主題所做的種種變化」。[13]
同樣，從大概繪於一五○四年左右的《蒙娜麗莎》（Mona Lisa）上，拉斐爾找到了肖像畫的姿勢典範，這體現在他所繪的一些佛羅倫薩人物肖像畫上。肖像畫通常以側面像呈現畫中人，此一手法有可能仿自古代獎章、錢幣上的側面人像。但達·芬奇筆下的喬康達夫人，臉幾乎正對觀者，雙手交疊，背景處詭異的風景以空氣透視法呈現。這種姿勢的出現其實是一大創新，但因為後來在人像上屢見不鮮，致使今人不識其深遠意義。拉斐爾於一五○六年替馬達蓮娜·斯特羅齊繪製肖像時，幾乎全盤照用這種姿勢。
約與《蒙娜麗莎》同時，達·芬奇在佛羅倫薩完成了另一件傑作，即遺失已久的《勒達與天鵝》（Leda and the Swan）。這件作品完成後立即被送往法國，一百五十年後被付之一炬，下令燒燬者據推測是路易十四的第二任妻子曼特儂夫人。這位令人敬畏的夫人，以多種倒行逆施的措施（包括大齋節期間禁止歌劇演出），改革凡爾賽宮廷的道德風氣。達·芬奇的這件作品因被她認為有傷風化，而遭此噩運。不管是否有傷風化，這件今人只能通過仿作瞭解的作品是達·芬奇少有的裸像作品之一。裸身的勒達採取對應姿勢，雙手放在使勁高舉的天鵝脖子上。
達·芬奇雖然很提防後輩藝術家，特別是米開朗琪羅，卻似乎允許拉斐爾閱覽他的一些素描，原因可能在於這位年輕藝術家與他的好友布拉曼特有交情。[14]無論如何，拉斐爾見到了達·芬奇為《勒達與天鵝》所繪的草圖，並素描了下來，後來根據此作品，確立了署名室中夏娃的姿勢。拉斐爾的夏娃其實並不是原樣照搬達·芬奇的勒達，而是如鏡中影像般左右對調其局部後呈現，這是藝術家為免遭人識破抄襲而常用的手法。
署名室頂棚上四幅矩形畫的最後一幅，《阿波羅與瑪爾敘阿斯》（Apollo and Marsyas），大部分藝術史家同意系出自索多瑪而非拉斐爾之手。這幅畫以音樂競技為主題，對一五○八年至一五○九年冬的羅馬而言是很貼切的題材，對索多瑪而言，事實證明也是很適合發揮的題材。
瑪爾敘阿斯與阿波羅較量音樂的故事，歷來被包括希羅多德、奧維德等多人談過。這場競賽實力懸殊，一方勝算不大，一方擁有無上權力。阿波羅是大神，掌管包括音樂、射術、預言、醫學在內的眾多事物；瑪爾敘阿斯屬於西勒諾斯（級別較低的森林之神），即長相醜陋、類似薩梯（森林之神）的動物種族，在藝術家筆下，常被畫成長著驢耳朵的樣子。
根據神話，瑪爾敘阿斯揀到阿西娜發明的笛子。話說阿西娜為模仿蛇發女怪美杜莎遇害後另兩名蛇發女怪發出的淒切慟哭聲，製作了這支笛子。它的確逼真再現了這悲傷的聲音，但這位愛慕虛榮的女神用它來吹奏曲子時，從水中倒影發現自己長相變醜，憤而將它丟掉。瑪爾敘阿斯有了笛子後很快就成為吹笛高手，於是自信滿滿地向阿波羅叫戰，要以笛子挑戰他的絃樂器里拉。瑪爾敘阿斯此舉實在魯莽，因為阿波羅曾以大膽向他挑戰射箭為由，殺了自己的孫子歐律托斯。阿波羅同意應戰，但附加了可怕的條件，誰輸了就任由對方處置。
結果一如預期。在眾繆斯神作為裁判下，阿波羅和瑪爾敘阿斯使出渾身解數，一時分不出高下，但阿波羅巧妙倒轉里拉，繼續彈奏，無法如法炮製的瑪爾敘阿斯立即技窮。獲勝的阿波羅隨後行使他贏得的權利，將瑪爾敘阿斯吊在松樹上，活活剝皮致死。林中動物為他的慘死而號哭，淚水化作米安德河支流瑪爾敘阿斯河。笛子隨河水漂流而下，最後被一個牧童從水中拾起。牧童頗識時務，將笛子獻給也掌管牛羊的阿波羅。瑪爾敘阿斯的皮則成為博物館展示品，據說古時候放在位於土耳其境內的凱萊奈展出。
千百年來，世人賦予這則神話多種詮釋。柏拉圖在《理想國》一書中說，這故事闡述了笛子所激起的陰沉、狂暴的激情如何為阿波羅較平靜的里拉琴聲所征服。基督教的道德家一樣不同情瑪爾敘阿斯的遭遇，認為這場競賽如同一則寓言，說明了人類的狂妄自大如何在更高明者面前灰飛煙滅。
索多瑪這幅畫描繪的是阿波羅獲勝的那一刻。阿波羅接受月桂冠，同時向落敗的瑪爾敘阿斯伸出食指左右搖動，輕蔑地嘖嘖感歎。瑪爾敘阿斯被綁在柱子上，阿波羅的一名心腹站在他身旁，手拿著刀子在這位落敗者鼻子下面，急切等著主子的命令，準備一刀割下。
索多瑪畫這幅畫時，赫然發覺上天彷彿跟他開了個大玩笑，與才華洋溢的拉斐爾共事的他竟就像那位處於劣勢的瑪爾敘阿斯一樣，那份嘲弄，想必是點滴在心頭。在梵蒂岡工作的這些畫家，不僅要和西斯廷禮拜堂的米開朗琪羅及其團隊競爭，團隊內彼此之間顯然也在競爭。就像達·芬奇、米開朗琪羅所發現的，贊助者常在他們所聘的濕壁畫團隊裡安排內部競賽。舉例來說，一四八○年代佩魯吉諾和其團隊繪飾西斯廷禮拜堂牆面時，教皇西克斯圖斯四世決定頒獎給他認為最優秀的藝術家，結果卻讓眾人跌破眼鏡，竟由被認為是這裡面最差的科西莫·羅塞利獲得。
梵蒂岡這場競賽的條件，在某種程度上，比西克斯圖斯所定的條件更無情。索多瑪和其他藝術家一樣，已拿到五十杜卡特的報酬，作為他繪飾這個房間的前金。[15]這筆錢約相當於六個月的工資，因而他想必明白合約期滿後，自己大概不會再獲續聘，且深知教皇有意要他和拉斐爾以及其他藝術家一較高下，以在布拉曼特找來的眾藝術家中，找出最勝任各室繪飾工作的濕壁畫家。
索多瑪就和瑪爾敘阿斯一樣，不久就落敗了。《阿波羅與瑪爾敘阿斯》是他為梵蒂岡宮所繪的最後一幅畫，因為一五○九年初他就被拿掉職務，被拉斐爾取代，原因非常簡單，拉斐爾在構圖和執行上都比他出色。在索多瑪還常採用干壁畫法時，這位年紀較輕、較無經驗的藝術家就已展現出出色的真正的濕壁畫法功力。[16]
被請出梵蒂岡的不只索多瑪，包括佩魯吉諾、平圖裡喬、小布拉曼特、魯伊希在內的該團隊其他人也遭免去承製權，他們半完成的濕壁畫則注定要被全部刮掉，以騰出空間讓拉斐爾恣意揮灑。教皇驚歎於拉斐爾在署名室的表現，於是下令將梵蒂岡各房間的繪飾工作全交給這位來自烏爾比諾的畫家，他與米開朗琪羅的對抗因此更為白熱化。
[1] 引自戈爾齊奧（Vincenzo Golzio）著作《文獻中、當時人記述中、該時代文學作品中的拉斐爾》（Raffeello nei documenti，nelle testimonianze dei contemporanei，e nella letteratura del suo secolo，Vatican City：Panetto & Petrelli，1936），第301頁。
[2] 引自戈爾齊奧（Vincenzo Golzio）著作《文獻中、當時人記述中、該時代文學作品中的拉斐爾》（Raffeello nei documenti，nelle testimonianze dei contemporanei，e nella letteratura del suo secolo，Vatican City：Panetto & Petrelli，1936），第281頁。
[3] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第一卷，第710頁。
[4] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第一卷，第711頁。瓦薩裡對拉斐爾教養的描述不可盡信，因為他把馬姬雅·洽爾裡的去世年份弄錯了十年。
[5] 拉斐爾的俊秀相貌，千百年來引來眾多探討。數位德國生理學家仔細檢查他自畫像裡的英俊臉龐，以找出有助瞭解他性格和過人天賦的線索。其中之一的卡魯斯（Karl Gustav Carus）興味盎然地談到，「他官能的、動脈的、氣體的性情特質」，正反映在他和諧的顱骨比例上。參見費捨爾（Oskar Fischel）著作《拉斐爾》英譯本（Raphael，London：Kegan Paul，1948），第340頁，譯者Bernard Rackham。這顆比例勻稱的頭顱，或者據說是拉斐爾本人的頭顱，在歐洲各博物館展出數十年，直到1833年，有人到萬神殿該畫家的墓，開棺取出包括顱骨在內的遺骸，才揭露這場騙局。取出的骨骸送交羅馬大學的臨床外科教授檢查，發現這位畫家有個大喉。因此，拉斐爾除了已有的眾多魅力之外，又多了磁性男中音的特點。
[6] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第一卷，第422頁。
[7] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第一卷，第418頁。
[8] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第一卷，第418頁。
[9] 沒有確鑿無疑的史料可以證明這間伊尤利亞圖書館與署名室有關係。大部分（但非全部）學者同意這兩個場指的是同一個房間，而這大體是根據該房間的裝飾圖案推斷出來的，因為該裝飾似乎是配合圖書館而施設。欲瞭解明確支持此說的觀點，可參見席爾曼的《梵蒂岡諸室：功用與裝飾》（「The Vatican Stanze：Functions and Decoration」）一文，《不列顛學會公報》（Proceedings of the British Academy，London：Oxford University Press，1973），第379～381頁。席爾曼以有力證據指出，尤利烏斯在位時，署名室位於隔壁房間，即今日稱為火災室的房間，第377頁。
[10] 關於尤利烏斯私人圖書室的藏書內容，可參見多雷斯（Leon Dorez）《教皇尤利烏斯二世的私人圖書室》（La bibliotheque privee du Pape Jules II），《圖書館評論》（Revue des Bibliotheque），第6期，1986年，第97～124頁。
[11] 關於這些象徵性人物與下方牆上濕壁畫內容之間的關係的研究，可參見龔布裡希（Ernst Gombrich）的《拉斐爾的署名室與其象徵手法之本質》（「Raphael』s Stanza della Segnatura and the Nature of its Symbolism」），收錄於《象徵形象：文藝復興藝術之研究》（Symbolic Images：Studies in the Art of The Renaissance，London：Phaidon，1972），第85～101頁。
[12] 最近在署名室進行的保護工作，未能探明究竟是拉斐爾和索多瑪同時繪飾拱頂，還是索多瑪繪飾拱頂時，拉斐爾開始繪飾牆面，然後在索多瑪完成其區塊時，再介入拱頂繪飾。關於這個問題，參見巴塔裡尼（Roberto Bartalini）的《索多瑪、齊吉家族、梵蒂岡諸室》（Sodoma，the Chigi and the Vatican Stanze），《勃林頓雜誌》（Burlington Magazine，September 2001），第552～553頁。
[13] 克拉克（Kenneth Clark）著作《達·芬奇》（Leonardo da Vinci，London：Penguin，1961），第34頁。
[14] 沒有證據顯示拉斐爾和達·芬奇在佛羅倫薩或其他地方見過面，但一五○二年，達·芬奇以切薩雷·波吉亞之軍事工程師的身份走訪翁布裡亞時，兩人或許見過面。
[15] 關於索多瑪的報酬，參見霍格偉夫（G.I. Hoogewerff）的文章「Documenti，in parte inediti，che riguardano Raffaello ed altri artisti contemporanei」，Atti della Pontificia Accadmia Roma di Archeologia，Rediconti 21（1945-6），第250～260頁。
[16] 關於風格上的差異，可參見巴塔裡尼的《索多瑪、齊吉家族、梵蒂岡諸室》，第549頁。