《創造亞當》大概完成於一五一一年十一月初，這時候外面的局勢再度威脅到這項工程的存續。十月五日，禮拜堂繪飾工程復工的隔天，康復的教皇宣佈組成神聖同盟。這是尤利烏斯與威尼斯人組成的同盟，目的在於爭取英格蘭亨利八世和神聖羅馬皇帝的幫助，「以最為強大的兵力」將法國逐出意大利。[1]教皇最念茲在茲的就是收回波隆納，且想方設法地達成這個心願。除了僱用由那不勒斯總督卡多納統率的一萬名西班牙士兵，教皇還期望一年前讓他大失所望的瑞士士兵越過阿爾卑斯山，攻打駐米蘭的法軍。不過看來這又將是場曠日持久的戰役，也就是將與一五一○至一五一一年那場失敗的遠征一樣，把教皇的資源和心思都帶離西斯廷禮拜堂的濕壁畫。
教皇的敵人也在整軍經武。經過兩個月延擱，十一月初，主張分裂教會的樞機主教和大主教（法國人居多）終於來到比薩，開起他們的公會議。教皇已開除其中四人教籍作為反制，並揚言另外兩人若依然頑固不化，將予以類似懲罰。教皇認為只有教皇有權召開公會議，他們自行召開公會議就是不法。他還停止佛羅倫薩的教權，以懲罰索德裡尼同意這個造反會議在佛羅倫薩境內舉行。停止教權令一下，該共和國及其人民所享有的教會職責和特權隨之中止，而這些特權包括了洗禮命名和臨終聖禮，因此只要此禁令未撤銷，尤利烏斯此舉等於要所有佛羅倫薩人死後都下地獄。
隨著冬天降臨，戰線也一一劃定。西班牙人從那不勒斯北進，瑞士人往南越過阿爾卑斯山結冰的山口。與此同時，亨利八世也調度好戰艦，準備進擊諾曼底沿岸。尤利烏斯動用美食計，才說動亨利八世加入神聖同盟。他知道亨利八世喜歡帕爾瑪乾酪和希臘葡萄酒，於是命人裝了一船這兩樣美食，送到英格蘭。此計果然奏效。船抵達泰晤士河時，倫敦人蜂擁圍觀教皇旗幟在桅桿上飄揚這難得一見的景象，而和尤利烏斯一樣嗜愛美食的亨利八世則欣然接下這份禮物，然後於十一月前簽署加入神聖同盟。
不過，瑞士部隊再度讓教皇傷透了心。這批赫赫有名的戰士，尤利烏斯寄以無比厚望的部隊，越過阿爾卑斯山，抵達米蘭城門後，竟收受路易十二的賄賂，在十二月底打道回府，並且拿天氣惡劣和意大利路況很糟這些站不穩腳的理由當借口。
不久，更為不祥的消息傳到羅馬。十二月三十日，支持本蒂沃裡家族的暴民為表示對抗教皇的決心，毀掉了聖佩特羅尼奧教堂上米開朗琪羅所制的尤利烏斯青銅像。他們擲繩套住銅像脖子，將它從門廊上方的墊座上硬拉下來，重約14000磅的大雕像應聲倒地，碎成數塊，地上還砸出一個深坑。暴民將青銅碎塊送給阿方索·德·埃斯特，阿方索將軀幹送進鑄造廠熔化，改鑄成一尊巨炮，並語帶雙關取名「朱莉雅」（La Giulia），羞辱尤利烏斯（教皇本名朱利亞諾·德拉·羅維雷）。[2]
但教皇和神聖同盟其他成員的決心未受動搖。一個月後的一月底，聯軍向法軍陣地發動攻勢，這一次教皇很難得地未投身戰場。威尼斯人圍攻米蘭東方八十公里處、有城牆保護的佈雷西亞，卡多納則率軍包圍波隆納。佈雷西亞幾天之內就被攻下，作為法軍駐意大利總部的米蘭隨之岌岌可危。人在梵蒂岡的教皇收到捷報，喜極而泣。[3]
米開朗琪羅繪飾西斯廷禮拜堂頂棚時，極力避免為教皇治績做毫無保留的頌揚，相反，拉斐爾則打算當個較積極的御用宣傳家。從兩人處理赫利奧多羅斯遭逐出耶路撒冷聖殿這個故事的手法，就可看出他們在這方面的立場差異。米開朗琪羅將這個紀事場景畫在從地上幾乎看不到的大獎牌裡，拉斐爾則用整面濕壁畫來鋪陳。他的《驅逐赫利奧多羅斯》（Expulsion of Heliodorus）如此出色，以至於署名室隔壁這間房間後來就得名艾裡奧多羅室。
拉斐爾的《驅逐赫利奧多羅斯》位於房間裡唯一一面沒有裝飾的牆上，為底部寬15英尺的半圓形畫。西斯廷禮拜堂前半部拱頂壁畫揭幕後，拉斐爾為教皇居所又畫了數幅濕壁畫，這是其中第一幅，畫中呈現了賦予米開朗琪羅作品雄渾偉岸之特質的那種魁梧、健美的體態。孔迪維後來說，拉斐爾「不管如何渴望和米開朗琪羅一較高下，有時卻不得不慶幸自己與米開朗琪羅生在同一時代，因為他從米開朗琪羅那兒抄襲到某種風格，而這種風格與他從父親……或恩師佩魯吉諾那兒學來的風格大不相同」。[4]《驅逐赫利奧多羅斯》呈現騷動不安的人物群像與赫拉克利特像，同為拉斐爾汲取米開朗琪羅風格後的最早作品。不過，一如他先前的作品，這面濕壁畫的成功，其實在於他在精心構築的宏偉建築背景裡，近乎完美的人物佈局。[5]
《驅逐赫利奧多羅斯》的背景與《雅典學園》的背景類似。聖殿內部，即驅逐事件發生的地點，為古典式建築，具有柱子、拱券、科林斯式柱頭和一個靠大理石大型扶垛支撐的穹頂。這些刻意不合時空的設計，使整個背景散發出和布拉曼特某個建築設計一模一樣的帝王氣派，進而在無形中將前基督時代的耶路撒冷轉化為尤利烏斯治下的羅馬。這種時空錯置的現象在畫中其他某些細部，有更為鮮明的表現。
在畫面中央，金色穹頂下面，拉斐爾畫了呈祈禱狀的耶路撒冷大祭司歐尼亞斯。在前景右邊，赫利奧多羅斯和他那群劫掠未成而驚恐萬分的手下，倒在一匹前蹄揚起的白馬下，騎馬者的裝扮類似古羅馬百人隊隊長。兩名壯實的年輕人，躍至空中，揮舞著棍子，作勢要給赫利奧多羅斯一頓毒打。
作為政治寓意畫，這幅畫的意涵呼之欲出。赫利奧多羅斯盜寶失敗，搶來的財寶灑在聖殿地板上，歷來解讀此畫者大多認為此場景就是在指喻將法國人逐出意大利一事（拉斐爾製作這面濕壁畫時，此事對教皇而言無異於癡心妄想）。赫利奧多羅斯的下場，大概也是在警告路易十二的盟邦和其他破壞教會者，例如本蒂沃裡家族、阿方索·德·埃斯特、意欲分裂教會的法國籍樞機主教，乃至龐貝·科隆納及其在卡皮托爾山上的黨羽。在尤利烏斯眼中，這些人全是在覬覦依法屬於教皇的東西。
拉斐爾不僅替白鬍子的歐尼亞斯（耶路撒冷的宗教領袖）戴上教皇的三重冕，穿上藍、金色袍服，還讓尤利烏斯在左前景——有十餘人一起看著赫利奧多羅斯悲慘下場之處——再度現身。影射當時局勢的用意在此豁然呈現。這名由隨從扛在轎上的蓄須者，身穿紅色法衣，無疑就是尤利烏斯。他注視著下跪的歐尼亞斯，表情堅毅而嚴峻，十足「恐怖教皇」的模樣。教會和其最高統治者的無上威權在此淋漓呈現。後來，一五二七年夏劫掠羅馬的波旁公爵部隊毀損了這面濕壁畫，大概並不是出於偶然。
此畫中的同時代人並不只有教皇。在《驅逐赫利奧多羅斯》中，拉斐爾沿襲他將好友與相識之人畫進濕壁畫的一貫作風，至少另畫進兩名同時代的人（兩人與他親疏有別）。前面已說過，教皇臥病在床時，年輕人質費德裡科·貢薩加隨侍在側，很得教皇寵愛，教皇因而希望有藝術家將這男孩畫入濕壁畫。曼圖亞公爵派駐羅馬的代表向這男孩的母親伊莎貝拉·貢薩加報告，「陛下說他希望正替宮中某房間繪飾的拉斐爾，將費德裡科先生畫進該繪飾中」。[6]拉斐爾究竟將費德裡科畫為哪幅濕壁畫的哪個人物，至今仍無法確切斷定，但最有可能的人選似乎是《驅逐赫利奧多羅斯》中的某名小孩，這名小孩畫成的時間就在教皇提出這個要求後不久。[7]
拉斐爾除了謹遵教皇指示辦事，還將與自己私交密切之人畫進這幅畫裡。專家認為畫面左邊伸長右手的那名女子，就是瑪格麗塔·魯蒂，即風流野史稱之為拉斐爾一生摯愛的女人。這名年輕女子為一家麵包店店主的女兒，住在特拉斯塔維雷的阿戈斯提諾·齊吉的別墅附近，化身在拉斐爾的多幅作品之中，其中最著名的就是約一五一八年繪成、裸露酥胸的女子油畫肖像《芙娜莉娜》（La Fornarina）。[8]拉斐爾風流成性，著稱於史，為了女人而丟下手邊工作偶有所聞。他在法內西納別墅替阿戈斯提諾·齊吉繪飾普緒刻涼廊時，曾拋下工作，據說就是因為和美麗的瑪格麗塔正搞得火熱。同樣嗜愛女色的齊吉，乾脆讓瑪格麗塔住進別墅，好讓拉斐爾可以兼顧。涼廊濕壁畫（淫蕩的色情作品）因此如期完成。如果拉斐爾早在一五一一年秋就和瑪格麗塔·魯蒂搭上，他們的戀情似乎未妨礙到《驅逐赫利奧多羅斯》的工作進度，因為經過三四個月施作，該畫於一五一二年頭幾個月就完成（但有助手們協助）。
忙碌一如以往的拉斐爾，這期間還替尤利烏斯畫了另一幅肖像，畫中的教皇與神情堅毅、俯看著赫利奧多羅斯潰敗的威權模樣大不相同。這幅3.5英尺高的油畫，系為平民聖母瑪利亞教堂而繪，教皇的姿態彷彿正私下接見觀畫者。六十八歲的尤利烏斯一臉倦容，憂心忡忡地坐在寶座上，「恐怖」的神態幾乎全然不見。眼神低視，一手抓著寶座扶手，另一手拿著手帕。除了白鬍子，當年在前線領軍攻打米蘭多拉，打死不退，終至拿下該城的頑強教皇在此幾乎消失。過去幾個月失去好友阿利多西和羅馬涅地區領土，甚至差點失去性命的那個尤利烏斯，似乎反倒躍然紙上。但不管尤利烏斯這時多麼虛弱，據瓦薩裡記述，這幅肖像掛在平民聖母瑪利亞教堂後，由於太逼真，羅馬人民一看還嚇得發抖不止，覺得教皇就在眼前。[9]
[1] 圭恰爾迪尼：《意大利史》，第237頁。
[2] 這尊雕像的頭部在費拉拉留了一段時間，後來失蹤，無疑也被熔鑄為火炮。
[3] 帕斯托爾：《教皇史》，第六卷，第397頁。
[4] 孔迪維：《米開朗琪羅傳》，第94頁。
[5] 一如製作《雅典學園》時，拉斐爾替《驅逐赫利奧多羅斯》畫了一幅大比例尺的草圖，並完好如初地保留下來（可能想借此讓其構圖更廣為人知）。後來這幅草圖當禮物送給了別人，瓦薩裡在世時，草圖仍存於世。據瓦薩裡記述，當時它是在切塞納-馬恩省（Cesena）人馬西尼（Francesco Masini）手中。此後下落不明。
[6] 展品目錄中的摹本文獻Raffaello，Elementi di un Mito：le fonti，la letteratura artistica，la pittura di genere storico（Florence：Centre Di，1984），第47頁。
[7] 瓦薩裡認為費德裡科被畫進《雅典學園》，但他探討拉斐爾的梵蒂岡濕壁畫時語多混亂而往往不可靠（更叫人存疑的是，他斷定《驅逐赫利奧多羅斯》中扛著教皇御轎的某名蓄須男子為朱裡奧·羅馬諾，而當時朱裡奧還是個十二歲的男孩）。古爾德（Cecil Gould）也認為費德裡科被畫進《雅典學園》，但畫成另一人（《拉斐爾諸室的創作年代順序》，第176～178頁）。古爾德的論點，建立在該濕壁畫系1511年夏過後才畫成這個假設上，他認為該畫是拉斐爾在署名室四面大濕壁畫裡最後完成的一幅。
[8] 《芙娜莉娜》的畫中人是否就是瑪格麗塔·魯蒂，並非全無異議。最初，在該畫問世一個世紀後的1618年，有人指稱畫中人是妓女，而斷定她是拉斐爾的情婦。後來也有人斷定她是因佩莉雅或費拉拉的貝雅特莉齊（也是交際花）或艾伯塔娜（也是交際花）。參見切凱利（Carlo Cecchelli）的《法內西納的普緒刻》（「La 『Psyche』 della Farnesina」），《羅馬》（Roma，1923），第9～21頁；拉瓦利亞（Emilio Ravaglia）的《費拉拉的貝雅特莉齊》（Il volto romano di Beatrice ferrarese），《羅馬》（Roma，1923），第53～61頁；腓力比尼（Francesco Filippini）的《拉斐爾與波隆納》（Raffaello e Bologna），《藝術評論》（Cronache d』Arte，1925），第222～226頁。關於此畫和種種傳說的周延探討，可參見勞訥《交際花列傳》，第120～123頁。對芙娜莉娜就是瑪格麗塔·魯蒂一說持懷疑立場的觀點，可參見奧佩的《拉斐爾》，第69頁。
[9] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第一卷，第722頁。此畫現藏於倫敦國家畫廊（National Gallery），佛羅倫薩的烏菲齊美術館（Uffizi）和皮蒂宮（Palazzo Pitti），各藏有十六世紀仿作。