出乎眾人意料，路易十二的軍隊於復活節星期日大勝之後，並未立刻往南追擊以拉下教皇，洗劫羅馬。反倒是迦斯東·德·富瓦一死，法軍軍心渙散，待在拉文納城外的營帳裡無所事事。某編年史家寫道，「他們付出極大的犧牲才打贏這場仗，心力交瘁，因而看起來倒比較像是被征服者，而非征服者」。[1]與此同時，亨利八世和西班牙國王費迪南雙雙向教皇表示，要繼續和法國人作戰到底。甚至瑞士部隊也可能重返戰場。羅馬的緊張氣氛當下緩和許多。聖馬可節那天，慘敗後不到兩星期，羅馬人民為「帕斯奎諾像」穿上了胸鎧和盔甲（戰神裝扮），以示禦侮決心。
對教皇而言，在宗教戰場上擊垮法國人同樣是刻不容緩，因為意欲分裂教會的樞機主教們仍決意召開他們的公會議。原集結在比薩的他們，這時已被效忠教皇的好戰暴民趕到米蘭。四月二十一日，受拉文納之役的鼓舞，這群高級教士通過決議案，命令尤利烏斯卸下其宗教和世俗的權力。教皇則忙著提出他的回應。他的主教特別會議原定於復活節那天召開，因拉文納之役而延期，但準備工作（由德格拉西負責）一直未稍減，五月二日終於一切就緒。那天傍晚，在重重戒護下，教皇坐在御轎上，浩浩蕩蕩一行人出梵蒂岡，抵達五公里外的拉特蘭聖約翰大教堂。這座教堂歷史悠久，屬長方形廊柱大廳式教堂，有「全城、全世界所有教堂之母、之首」的美稱。
大教堂旁邊的拉特蘭宮曾長期作為教皇駐地，一三七七年，格列高利十一世以梵蒂岡靠近台伯河和聖安傑洛堡，更能抵抗惡徒和入侵者的理由，將教廷遷往該地，拉特蘭宮自此沒落。至尤利烏斯時，這座宮殿已是破敗不堪，但比起佔地廣闊的聖彼得大教堂和梵蒂岡，他認為在這裡開公會議更為理想。不過惡徒和入侵者仍是隱憂，週遭地區必須建築防禦工事，並部署精銳部隊，尤利烏斯和其眾樞主教才敢放心前來。
隔天是聖十字架發現節，拉特蘭公會議正式召開，十六位樞機主教和七十位主教與會，人數比路易十二在米蘭召開的敵對會議多出許多。招待也無疑更周到。尤利烏斯一心要在宣傳戰上打贏法國，因此派出他最頂尖的演說家。因吉拉米因聲如洪鐘（具有曾讓伊拉斯謨大為歎服的音樂特質），能將聲明內容傳送到教堂後面，而獲選出任此次公會議的秘書。更用心的安排是指派艾吉迪奧，意大利境內演說功力更勝因吉拉米一籌的唯一一人，進行開場演說。
根據各種流傳的說法，艾吉迪奧的演說非常成功。他在聖靈彌撒期間登上講壇，向眾人宣佈拉文納之敗是天意，且拉文納怪物之類的怪胎出世早已預示了這樣的結果。他向聽眾問道：「歷史上可有哪個時期，曾如此頻繁、如此駭然地出現怪物、凶兆、奇事、上天降災的跡象？」他說，這一切可怕的徵兆表明，上帝不同意羅馬教會將作戰責任委以外國軍隊。因此，該是教會挺身打自己的仗，信賴「信仰盔甲」與「光劍」的時候了。[2]
艾吉迪奧講完時，多位樞機主教感動得頻頻拿手帕拭淚。教皇很滿意會議記錄，承諾要授予勞苦功高的德格拉西主教之職。
接下來十四天裡，與會者舉行了多次會議。他們宣佈分裂派公會議的議事記錄無效，然後討論其他事項，比如是否有必要發動十字軍東征土耳其。接著，夏季漸進，天氣越來越熱，教皇決定暫時休會，待十一月再開。尤利烏斯身體狀況極佳，公會議至目前為止非常順利，軍事威脅也減輕了一些。瑞士部隊十八個月來第三次翻越阿爾卑斯山，已抵達維羅那。數個月前他們收受法王賄賂而退兵的事，教皇還牢記心頭，因此這次他特別送了禮物（榮譽帽和裝飾用劍）。在厚禮之下，瑞士部隊似乎終於打定主意要攻打法國人。
在法軍隨時可能入侵之際，拉斐爾和米開朗琪羅一樣堅守崗位，繼續在梵蒂岡繪製濕壁畫。到一五一二年頭幾個月，他的團隊已多了數名新助手。拉斐爾轉進艾裡奧多羅室後不久，十五歲的佛羅倫薩籍學徒朋尼（因在工作室裡職責卑微而外號「信差」）就開始工作。[3]還有數名助手也已投入這項工作，包括曾在吉蘭達約門下習藝的佛羅倫薩人巴爾迪尼。[4]拉斐爾從不缺助手，想投入他團隊之人有很多。據瓦薩裡記述，羅馬有「許許多多投身畫藝的年輕人，在製圖上互較短長，互相超越，就為了博得拉斐爾賞識，出人頭地」。[5]
米開朗琪羅也是年輕藝術家的攀附對象，但他無意於吸收門徒。晚年他宣稱自己從未經營過工作室，[6]自命不凡的語氣與魯多維科對送兒子入吉蘭達約門下一事語多保留形成對比。米開朗琪羅會為特定任務物色助手，但只是當他們為花錢請來的幫手，而不像拉斐爾一樣予以提攜、培養。米開朗琪羅有時雖會拿自己的素描給學徒研究，但大體來講，沒什麼提攜後進的意願。誠如孔迪維所寫的，他的藝術本事，他只想傳授給「貴族……而非平民」。[7]
拉斐爾新濕壁畫的主題是一二六三年發生在奧維耶托附近的一件奇跡。當時，一名從波希米亞前往羅馬的神父，在距目的地約一百公里的博爾塞納停下，到聖克裡斯蒂娜教堂主持彌撒。聖餐變體論，即麵餅和葡萄酒在彌撒中經神父祝聖後變成耶穌身體和血的說法，這位神父向來存有懷疑。但他在聖克裡斯蒂娜教堂主持彌撒時，赫然發現經過祝聖的麵餅（聖體）上竟出現十字形血跡。他用聖餐布（供放聖餐杯的布）擦掉血跡，聖體上還會再出現十字形血跡，屢試不爽。他對聖餐變體論自此深信不疑，而沾有十字血跡的聖餐布，則被放在奧維耶托大教堂主祭壇上方的銀質聖體盒裡。[8]
博爾塞納-馬恩省奇跡對尤利烏斯有特別的意義。一五○六年他御駕親征攻打佩魯賈和波隆納時，曾讓部隊在奧維耶托停下，以在該城大教堂舉行彌撒。彌撒完畢，他展示沾有血跡的博爾塞納-馬恩省聖餐布供眾人禮拜。一星期後他高唱凱歌，入主佩魯賈，兩個月後再拿下波隆納時，他不禁回想起奧維耶托之行，覺得那次走訪深深左右了後來的局勢發展，覺得那是一趟朝聖之旅，而上帝就以讓他收服兩座叛離城市作為回報。[9]
拉斐爾說不定目睹了教皇勝利進入佩魯賈的場面，因為一五○六年時他正在替佩魯賈聖塞維洛教堂的牆壁繪飾小濕壁畫《三位一體與諸聖徒》（Trinity and Saints）。此外，教皇深信這一奇跡，在羅馬教廷生死存亡的危急關頭，要求拉斐爾作畫予以闡明，也頗合時局。在他筆下，約三十名膜拜者在聖克裡斯蒂娜教堂內，見證聖體在聖餐布上染出十字形血跡這一撼動人心的時刻。持燭的祭台助手跪在神父後面，幾名婦人抱著嬰兒，坐在教堂地板上。畫面中央，光頭但仍蓄須的尤利烏斯跪在祭壇前，非常搶眼（拉斐爾第四次將他畫進梵蒂岡的濕壁畫）。
畫面右下方納進了五名瑞士士兵（其中一人又是拉斐爾的自畫像），再一次凸顯了這幅畫與時局的關聯。有人可能覺得宗教場景裡出現這些士兵似乎不太搭調，其實不然。尤利烏斯在一五一○年已創立瑞士侍衛隊，作為教皇的御前護衛，並賜予據說由米開朗琪羅設計的獨特服裝（條紋制服、貝雷帽、禮劍）。教皇主持彌撒時他們在旁保護，偶爾還維持現場秩序，制服搗蛋信徒。《博爾塞納的彌撒》（The Mass of Bolsena）裡出現這些身穿制服的人物，還有另一層意涵。拉斐爾為這幅濕壁畫初擬的構圖裡，並沒有他們。初擬的素描裡有尤利烏斯、神父、敬畏的會眾（但姿態不同），沒有這些瑞士傭兵。這幅素描大概畫於一五一二年頭幾個月，當時瑞士是否出兵相助仍是未知數。數個月後，被放了兩次鴿子的教皇對瑞士士兵的信任和耐心終於得到了回報。
五月第三個星期抵達維羅那後，一萬八千餘名瑞士士兵繼續往南推進，於六月二日抵達瓦列吉奧，數天後與威尼斯部隊會合。差不多與此同時，馬克西米利安皇帝在教皇的施壓下，將支援法軍攻打拉文納之役的九千名士兵召回德國，予法國重大打擊。路易十二因此一下子少了將近一半的兵力。此外，因為亨利八世部隊已經開始登陸法軍北部沿岸，西班牙人正翻越比利牛斯山進逼法國，路易十二不可能從法國調兵前來增援。
在多面受敵的情況下，法國人除了退出意大利，幾無其他選擇。有人興奮地寫道，「路易十二的士兵像太陽露臉後的薄霧消失無蹤」。[10]這是戰爭史上最驚心動魄的逆轉之一，情勢發展和《馬加比書》若合符節，彷彿赫利奧多羅斯遭逐出聖殿的故事在意大利舞台重新上演。從本蒂沃裡家族手中再度收回波隆納，想必叫尤利烏斯特別高興。「我們贏了，帕裡德（德格拉西），我們贏了！」法軍撤退的消息傳來，他向他的典禮官高興地叫道。德格拉西答道，「願主讓陛下得享欣喜」。[11]
羅馬的慶祝活動比五年前教皇從波隆納凱旋更為歡騰。威尼斯使節利波馬諾寫道，「從來沒有哪位皇帝或勝仗將軍像今日的教皇一樣，如此光榮地進入羅馬」。[12]他前往聖彼得鐐銬教堂感謝主拯救了意大利，然後返回梵蒂岡，途中人民夾道歡呼。多位詩人吟詩頌讚。其中有位與阿里奧斯托交好的詩人維達，甚至開始寫敘事詩《朱利亞得》（Juliad），詳述教皇的英勇戰功。
聖安傑洛堡的城垛上響起陣陣炮聲，入夜後煙火照亮夜空，三千人持火把遊行街頭。教廷分送施捨物給城內各修道院，尤利烏斯龍顏大悅，甚至宣佈大赦歹徒和罪犯。
六月底，一群瑞士僱傭兵，當時萬眾矚目的英雄，抵達羅馬。一個星期後的七月六日，教皇發佈詔書，賜予瑞士人「教會自由守護者」的封號，並贈予瑞士每個城鎮一面絲質錦旗，以紀念這場勝利。教皇賜予他們的恩典當然不只這些，因為不久之後，拉斐爾就更改了《博爾塞納的彌撒》的構圖，予這些勉強參戰的戰士以顯著的位置。
[1] 圭恰爾迪尼：《意大利史》，第251～252頁。在《瘋狂奧蘭多》中，阿里奧斯托也描寫了法軍慘勝後瀰漫的絕望氣氛：「這場勝仗讓我們備感鼓舞，卻難有欣喜，因為這次遠征的領袖，法軍指揮官迦斯東·德·富瓦，橫屍眼前，叫我們高興不起來。許多為守衛自己領地、保護自己盟邦，翻越寒冷阿爾卑斯山而來的著名王公，也命喪這場讓他們滅頂的風暴裡。」（第十四章第六行）
[2] 引自帕斯托爾《教皇史》，第六卷，第407～408頁。
[3] 關於朋尼這時候就加入拉斐爾工作室一事，參見席爾曼《拉斐爾工作室的組織》，第41、49頁。
[4] 參見湯姆·亨利（Tom Henry）《塞斯托與巴爾迪尼在梵蒂岡的尤利烏斯二世居所》（「Cesare da Sesto and Baldino Baldini in the Vatican Apartments of Julius II」），《勃林頓雜誌》（Burlington Magazine，January 2000），第29～35頁。
[5] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第一卷，第819頁。
[6] 關於米開朗琪羅厭惡經營工作室的詳情，可參見布爾（George Bull）《米開朗琪羅：傳記》（Michelangelo：A Biography，London：Viking，1995），第16頁。
[7] 孔迪維：《米開朗琪羅傳》，第107頁。
[8] 這塊聖餐布現仍存於奧維耶托。關於博爾塞納奇跡，另有一派觀點認為聖餐布上的血跡是神父祝聖後，聖餐杯中的葡萄酒不小心溢出的結果。他把聖餐布對折，以蓋住自己不小心灑出的葡萄酒，但酒漬在打折處散開，而留下聖體的印記。參見帕斯托爾《教皇史》，第六卷，第595頁註釋。
[9] 關於這個主題，可參見克拉茨科《羅馬與文藝復興》第11頁和哈爾特《中伊甸園的愈瘡木》第120頁。這面聖餐布和安放此布的大教堂，對尤利烏斯大概還有更深一層意涵，因為1477年，他的叔伯西克斯圖斯四世為推動對此遺物的崇拜和這座大教堂的興建，已對教徒施行「特赦」。
[10] 引自帕斯托爾《教皇史》，第六卷，第416頁。
[11] 引自帕斯托爾《教皇史》，第六卷，第416頁。
[12] 引自帕斯托爾《教皇史》，第六卷，第417頁。