瑞士士兵抵達羅馬兩星期後，米開朗琪羅在西斯廷禮拜堂的腳手架上，接待了一名大名鼎鼎的人物。這位就是前來羅馬同教皇談和的阿方索·德·埃斯特。法軍突然撤出意大利後，他隨之孤立無援，成為神聖同盟的甕中之鱉。他的火炮雖然威力驚人，但面對教皇所能集結的強大兵力，終無獲勝機會。因此，他不得不向昔日的朋友求饒，於七月四日在大使阿里奧斯托的陪同下，來到羅馬。
阿方索的到來引起了全羅馬轟動。尤利烏斯曾說天意要他嚴懲這位費拉拉公爵，而今嚴懲時刻已然降臨。外界預期阿方索獲教皇赦罪的場面，應該會和當年威尼斯人獲赦一樣隆重而羞辱。謠傳這位公爵屆時會跪在聖彼得大教堂的台階上，身穿剛毛襯衣（懺悔者貼身穿的衣服），脖子纏上一條繩索。七月九日，這一天終於到來，群眾抱著看好戲的心理，把大教堂前廣場擠得水洩不通。結果，他們大失所望，根本沒看到當世最偉大戰士之一俯首稱臣的好戲，因為儀式在梵蒂岡內關門舉行，不見剛毛襯衣，也沒有繞頸繩索。反倒是阿方索等著謁見「恐怖教皇」時，還得到小提琴手演奏、水果、葡萄酒的款待。然後尤利烏斯正式赦免他反抗教皇的罪過，儀式結束時還予以親切擁抱。
阿方索似乎充分利用了這趟羅馬之行。據曼圖亞使節記述，幾天後在梵蒂岡用完午餐，他詢問教皇可否讓他到西斯廷禮拜堂觀賞米開朗琪羅的濕壁畫。[1]阿方索的外甥，在羅馬當人質進入第三個年頭的費德裡科·貢薩加，立刻安排了參訪行程。除了放他自由身這件事，教皇對費德裡科是有求必應。因此，有天下午，米開朗琪羅和其團隊正在工作之時，阿方索和數名貴族登上梯子，爬上了工作平台。
阿方索看得目瞪口呆。距西斯廷禮拜堂頂棚繪飾工程復工已過了九個月，米開朗琪羅工作超快又嫻熟，這時終於靠近拱頂最西端。距離祭壇牆，也就是距離完工，只剩下幾面小塊白色灰泥壁待完成，而在腳手架的另一邊，綿延100多英尺的拱頂上，每一處都已佈滿耀眼的人像。
阿方索前來參觀時，最後兩幅《創世紀》紀事場景，《創造日、月、草木》（The Creation of the Sun，Moon and Plants）和《上帝分開晝夜》（God Separating Light from Darkness），剛完成不久。前一幅描繪上帝第三、第四日創造世界的場景。在左半邊，上帝騰空，背對著觀者，揮手創造草木（幾片綠葉）；右半邊，上帝以類似《創造亞當》中的姿勢飄在空中，右手指著太陽，左手指著月亮。這時距伽利略以望遠鏡揭露月球坑坑窪窪的表面還有一個世紀，因而米開朗琪羅筆下的月亮，只是個直徑約4英尺、平凡無奇的灰色圓弧。它渾圓的輪廓一如太陽的輪廓，系用圓規在因托納可上描出來的。米開朗琪羅沿用過去繪製大獎牌的辦法，將釘子釘進灰泥，繫上繩子，然後繞固定點一圈，描出完美的圓。
《上帝分開晝夜》是九幅《創世紀》紀事場景中構圖最簡約的一幅，描繪第一天創造的情景，畫中只見上帝一位人物在漩渦雲裡翻滾。上帝分開晝夜時呈「對立式平衡」姿勢，臀部轉向一邊，肩膀轉向另一邊，雙手高舉頭頂，與自然力搏鬥。這名人物一如先前兩幅《創世紀》場景，以利落的前縮法呈現，是米開朗琪羅自摸索仰角透視法以來最成功的作品，甚至是意大利境內最出色的此類手法作品之一。如果他運用類似阿爾貝蒂之「紗幕」那樣的透視工具，那麼想必他是將這工具立在躺臥的模特兒腳邊，然後模特兒將身體扭向右邊，雙手高舉過後仰的頭上，米開朗琪羅得以透過格網，一窺他劇烈前縮的身軀。
這最後一幅《創世紀》場景，還有一點不尋常之處，即60平方英尺的灰泥面僅用了一天就畫完。米開朗琪羅為扭曲的上帝形體擬了草圖，且以刻痕法轉描到濕灰泥上，但在上色階段，他卻不用已轉描上的輪廓，而是徒手畫出人像的部分部位。這幅畫就位於教皇寶座正上方，也就是極搶眼的位置，意味著到了這項工程晚期，米開朗琪羅對自己的濕壁畫功力已是信心滿滿。他的第一幅《創世紀》場景《大洪水》則被「藏」在相對較不顯眼的地方，花了不順遂的六個多星期才完成。如今，只一個工作日，且幾乎是不費吹灰之力，他就完成了最後一幅《創世紀》紀事畫。
米開朗琪羅雖埋頭猛趕他的濕壁畫，卻似乎未反對費拉拉公爵——六個月前將他的青銅像作品送入熔爐、改鑄大炮的那個人——突然現身腳手架上。或許是公爵的妙語如珠和深厚的藝術素養讓他改變了看法，因為阿方索和他的妻子盧克蕾齊婭是慷慨而富有鑒賞力的贊助者。最近他才僱請倫巴爾多為費拉拉豪宅的某個房間雕飾大理石浮雕，在這同時，威尼斯大藝術家喬凡尼·貝利尼（Giovanni Bellini），也正為他另一個房間繪飾傑作《諸神的饗宴》（ The Feast of the Gods）。阿方索本人也嘗試藝術創作。不鑄造能叫敵人死傷慘重的巨炮時，他製造錫釉陶器（majolica）。
阿方索很高興有幸一睹禮拜堂的拱頂繪飾，和米開朗琪羅相談甚歡，其他訪客都已下了腳手架，兩人仍在上面談了很久。這位使節描述道，他「恨不得吃下去地欣賞著這些人物，讚歎連連」。[2]濕壁畫的精彩令阿方索大為歎服，於是他請米開朗琪羅也替他效力。米開朗琪羅是否當下答應，不得而知。從這件濕壁畫工程把他搞得焦頭爛額，加上他一心想雕制教皇陵來看，他大概不會想再接作畫的案子。不過脾氣火暴的阿方索和教皇一樣，不輕言放棄。最後，米開朗琪羅的確為他畫了一幅畫，但是是在十八年後，即為裝飾他的費拉拉豪宅而繪的《勒達與天鵝》（Leda and the Swan）。
同一天，有機會觀賞拉斐爾作品的阿方索，卻顯得興味索然，此事想必讓米開朗琪羅很得意。這位使節記述道，「公爵大人下來後，他們想帶他去看教皇房間和拉斐爾正在繪製的作品，他卻不想去」。阿方索為何不願去欣賞拉斐爾的濕壁畫，至今仍不得而知。或許，艾裡奧多羅室頌揚尤利烏斯的畫作激不起這位戰敗的叛將一睹的念頭。不管原因為何，阿方索這位驍勇的戰將喜歡米開朗琪羅的「恐怖」（terribilita）更甚於拉斐爾的秩序、優雅，似乎是順理成章的事。
阿方索大使，這段時間吃了不少苦頭的阿里奧斯托，也是登上米開朗琪羅腳手架的眾賓客之一。在《瘋狂奧蘭多》（四年後出版）中，他回憶起這次參觀西斯廷禮拜堂之行，稱米開朗琪羅為「米凱爾，超乎凡人，是神聖天使」。[3]這時阿里奧斯托正為公爵與教皇言和的細節問題忙得不可開交，參觀西斯廷讓他得以暫時擺脫煩人的公事，對他而言想必是趟愉快的旅程。公爵與教皇雖握手言和，但和平仍不穩固。尤利烏斯雖免除了阿方索本應承受的教會的懲罰，卻未完全信任他。他深信只要費拉拉仍在阿方索手中，教皇國就不可能高枕無憂，不受法國的威脅。因此教皇下令讓這位公爵讓出該城，掌管別的公國，例如裡米尼或烏爾比諾。阿方索聽了大為震驚。他們家族管轄費拉拉已有千百年，要他交出與生俱來的土地，轉而接受在他心目中較沒份量的公國，他不願意。
尤利烏斯挾著大勝餘威，絲毫不肯讓步。兩年前，阿里奧斯托曾遭威脅若不滾出羅馬，就要將他丟入台伯河。這一次，由於尤利烏斯的要求，教皇與阿方索的關係迅速惡化，公爵和阿里奧斯托當下擔心起自身的安危。阿方索有充足的理由相信，尤利烏斯打算將他囚禁，然後將費拉拉據為己有。因此，七月十九日，即他們登上米開朗琪羅腳手架幾天後，他和阿里奧斯托就趁著天黑，經聖喬凡尼門逃離羅馬。他們過了數個月的逃亡生涯，棲身山林裡躲避教皇密探的追捕，境遇和《瘋狂奧蘭多》中那些流浪的英雄相似。
不出眾人所料，羅馬教廷再度宣佈費拉拉為叛徒，費拉拉人預期大概逃不掉和幾年前佩魯賈人、波隆納人所受的類似對待。不過，教皇這時卻將矛頭指向另一個不聽話的國家，即此前一直堅定支持法國國王而拒絕加入神聖同盟的佛羅倫薩。八月，教皇和神聖同盟其他盟邦向卡多納和五千名西班牙士兵（一心想為拉文納之敗雪恥的一支部隊）下達另一個作戰令。這位總督於盛夏時節率部離開波隆納，開始穿越亞平寧山往南推進，準備給不聽從羅馬教廷的佛羅倫薩一次教訓。在佛羅倫薩吉貝裡那路邊的老家，米開朗琪羅的弟弟博納羅托還有更為切身的煩心事。阿方索逃離羅馬幾天後，他收到哥哥來信，說他還得再等上更久時間，才能自己當老闆經營羊毛店。米開朗琪羅最近買了一塊農地，為此已花掉不少從西斯廷禮拜堂工程賺的錢。剛卸下在聖卡夏諾的職務返回佛羅倫薩的魯多維科，代他辦妥了買地的一切事宜。這塊地名叫「涼廊」（La Loggia），位於佛羅倫薩北邊幾英里處帕內的聖史特法諾村，靠近米開朗琪羅小時候在塞提尼亞諾的住所。古羅馬政治家暨哲學家西塞羅和當時的名人，為躲避政務的煩擾和羅馬的暑熱，在這處鄉間興建了爬滿葡萄籐的豪華別墅，自此之後，在這裡擁有一棟大宅第就是每個自命不凡的意大利人所夢寐以求的。但米開朗琪羅在這裡置產，並非打算退休後到這裡砍柴、種葡萄養老。他買下「涼廊」純粹是想把手邊的閒錢拿出來做更高回報的投資，而不想只放在新聖母瑪利亞醫院，賺那百分之五的利息。但他也深知，買地置產是在幫博納羅蒂家族重拾他心目中的往日榮光。
博納羅托一直不諒解哥哥的投資。已三十五歲的他急切想創業當老闆，於是在七月寫信給米開朗琪羅，說他很擔心哥哥買了「涼廊」後就要背棄過去五年來對他的承諾。米開朗琪羅的答覆很堅決，駁斥博納羅托的失信指控，並讓他別急。「從來沒有人像我工作這麼辛苦，」他憤憤地寫道，「我過得並不好，為這繁重的工作忙得精疲力竭，但我任勞任怨，努力完成所要達成的目標。因此，日子過得比我好上萬倍的你，應可以耐心等待兩個月。」[4]
操不完的心，幹不完的活，生不完的病，但仍堅忍不拔，任勞任怨，這就是米開朗琪羅筆下的自我形象。這種受苦受難的形象，博納羅托早聽膩了，每次佛羅倫薩家裡對米開朗琪羅有所求，他就搬出這一套訴苦一番。不過，至少這時候，「繁重的工作」已到尾聲，因為米開朗琪羅給了博納羅托更新的預定完工期，說預計再有兩個月就可大功告成。一個月後，他仍希望九月底前可以完工，但因為一再預測失准，他變得不想再預測完工日期。他向博納羅托解釋道，「真實情況是這實在太費工，兩個星期內我無法給你預定完工日期。我只能說，萬聖節（十一月一日）之前我一定會回到家，如果那時我還活著的話。我盡量在趕，因為我很想回家」。[5]
工程接近尾聲之時，米開朗琪羅情緒低落而煩躁，而這時的心情就表現在禮拜堂北側的一名人物上。先知耶利米完成於《上帝分開晝夜》後不久，描繪他垂著頭，動也不動地坐在寶座上沉思。那份姿態和日後羅丹著名的雕塑《思想者》十分相似，但米開朗琪羅先著一鞭，且他的耶利米無疑影響了後者。長長的鬍子，蓬亂的白髮，上了年紀的耶利米，眼睛盯著地上，巨大的右手托住下巴，神情陰鬱，陷入沉思。他所在的位置與利比亞巫女（拱頂上最後完成的巨大女先知像），正好隔著拱頂縱軸遙遙相對。兩位坐者的肢體語言南轅北轍，利比亞巫女的姿勢動作大而且富有動感，模特兒為她擺姿勢時必須坐在椅子上，軀幹大幅度扭向右邊，雙手舉到頭部的高度，同時彎曲左腿，張開腳趾。這是很彆扭的姿勢，想必讓模特兒苦不堪言。
相反，模特兒擺起耶利米靜滯的姿勢大概一點兒也不辛苦。從某一點看，這的確是件好事，因為一般認為耶利米也是米開朗琪羅的自畫像。耶利米與米開朗琪羅過去幾個奇醜無比的自畫像，例如位於禮拜堂另一邊被砍離身體而一臉怪相的荷羅孚尼人頭，不屬同類。耶利米刻畫的是米開朗琪羅本人性格的另一面，而且是在某些點上同樣不討人喜歡的另一面。
以懷憂罹愁而著稱的耶利米在聖經裡高呼道，「我有憂愁，願能自慰，我心在我身體裡發昏」（《耶利米書》第八章第十八節）。後來，他又哀歎道：「願我生的那日受詛咒；願我母親產我的那日不蒙福！」（《耶利米書》第二十章第十四節）耶利米的悲觀可從他所處的時代得到理解。他親眼見到耶路撒冷陷入巴比倫王國之手，聖殿遭劫，猶太人遭放逐到巴比倫，民族前途一片黑暗。在聖經另一處，耶路撒冷的悲慘命運引來如下哀歎：「先前滿有人民的城，現在何竟獨坐！先前在列國中為大者，現在竟如寡婦！」（「耶利米哀歌」第一章第一節）
十多年前，薩伏納羅拉自命為先知時，就已賦予耶利米一種叫人難忘的解讀。他說他準確預言佛羅倫薩將遭法軍入侵，就如耶利米預言耶路撒冷將陷入尼布甲尼撒手中一樣。在遭處決前的最後一次布道中，薩伏納羅拉更進一步自比為耶利米，說當年這位先知儘管飽受苦難，仍奮不顧身為民族命運吶喊，如今，他，吉洛拉莫修士，也要寧鳴而死，不默而生。「汝已委派我擔任向全世間抗爭之人，向全世間爭辯之人」，他在死前幾星期如此呼應這位先知。[6]
米開朗琪羅也自視為向世間抗爭之人。他既以陰鬱、不愛與人言而著稱，拿自己與這位希伯來最憂愁的先知相提並論，就和拉斐爾將他畫為壞脾氣、不討人喜歡的赫拉克利特一樣貼切。甚至，因為西斯廷拱頂上的耶利米與拉斐爾《雅典學園》裡的「沉思者」（低頭垂肩、無精打采、雙腳交叉、一手支著重重的頭）太相似，有人因此懷疑米開朗琪羅畫耶利米之前，去署名室看過對手的作品。是否真是如此，沒有證據可以解疑，但一五一二年夏天之前，米開朗琪羅無疑已知曉拉斐爾為《雅典學園》增繪了一名人物。
米開朗琪羅將自己畫成憂愁的「耶利米哀歌」作者，或許和拉斐爾一樣意在開玩笑。不過，如此性格描繪還是有相當大的真實性。他一生所寫的眾多詩中，有許多詩裡充滿對老、死、衰敗的深刻沉思。「我因沮喪而得樂。」他在一首詩裡如此寫道。[7]在另一首詩裡，他說「凡誕生者都必走上死亡」，接著描述到每個人的眼睛會如何很快變成「黑而醜陋的」眼窩。[8]在五十五歲前後所寫的一首詩中，他甚至以渴望的口吻寫到自殺，說自殺是「正當之事，於生活如奴隸，痛苦、不快樂的他而言……」[9]
如果米開朗琪羅天生就是痛苦、不快樂的，那麼西斯廷禮拜堂的工作，正如他在信中的諸多埋怨所表明的，更讓他覺得人生悲慘。不只是腳手架上似乎幹不完的活讓他覺得痛苦，禮拜堂外紛亂的時局也讓他無一刻覺得安心。他就像耶利米，無所逃於危險而紛擾的世間。而如今，在濕壁畫工程進入最後幾個月的階段，又有一件憂心的事隱然逼近。
「我很想回家」，米開朗琪羅於八月底寫信如此告訴博納羅托。但不過數日，他的家鄉就要被埋沒在某編年史家所謂的「可怕的恐怖浪潮」之中。[10]
[1] 格羅西諾向伊莎貝拉·德·埃斯特的報告，引自德·托爾內的《米開朗琪羅》，第二卷，第243頁。
[2] 格羅西諾向伊莎貝拉·德·埃斯特的報告，引自德·托爾內的《米開朗琪羅》，第二卷，第243頁。
[3] 阿里奧斯托：《瘋狂奧蘭多》，第三十三章第二行。
[4] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第70頁。
[5] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第71頁。
[6] 關於薩伏納羅拉之自命為耶利米，可參見裡多爾菲《薩伏納羅拉的一生及其時代》，第283頁，以及韋恩斯坦《薩伏納羅拉與佛羅倫薩》，第285頁。
[7] 《米開朗琪羅詩全集和書信選集》，第150頁。
[8] 《米開朗琪羅詩全集和書信選集》，第12～13頁。
[9] 《米開朗琪羅詩全集和書信選集》，第31頁。
[10] 圭恰爾迪尼：《意大利史》，第257頁。