一五一二年夏，佛羅倫薩雷暴肆虐，威力之大為數十年難得一見。其中一次雷暴，雷擊中該城西北邊的普拉托門，城門塔樓上一面飾有金色百合花的盾徽應聲脫落。佛羅倫薩每個人都認為，雷擊預示有事情要發生。一四九二年，洛倫佐·德·美第奇死前就出現類似預兆。洛倫佐發燒躺在卡雷吉別墅裡時，大教堂遭雷擊，數噸大理石往該別墅的方向崩落。「我已是個死人。」據說洛倫佐一世得知大理石碎片如雨落下時如此大聲說道。果然，三天後的耶穌受難主日（復活節前第二個星期日），他就去世了。
造成普拉托門受損的這次雷擊，兆頭同樣明確。盾徽上的金色百合花是法國國王的徽章，因此佛羅倫薩每個人都認定這代表他們會因支持路易十二對抗教皇而受懲。城門有好幾座，卻偏偏打中普拉托門，意味著殘酷報復將經由普拉托鎮——佛羅倫薩西北方十餘公里處、有城牆環繞的小鎮——降臨。
預言很快就應驗，因為八月第三個星期，卡多納率領的五千多名士兵就抵達普拉托城外。卡多納計劃先拿下普拉托，再進攻佛羅倫薩。這時佛羅倫薩共和國的統治者是皮耶羅·索德裡尼，教皇和其神聖同盟盟邦決意拉下索德裡尼，再將該城交回自一四九四年一直流亡在外的洛倫佐·德·美第奇諸子治理。一般預期拿下佛羅倫薩要比當年將本蒂沃裡家族趕出波隆納，或從阿方索·德·埃斯特手中拿下費拉拉容易。佛羅倫薩的指揮官們未實際帶兵打過仗，部隊兵額少又缺乏經驗，絕不是卡多納麾下訓練精良又久經陣仗的西班牙部隊的對手。卡多納及其部隊穿越亞平寧山山谷向南挺進，佛羅倫薩街頭也陷入恐慌。
就在這恐慌瀰漫下，佛羅倫薩開始倉促備戰。該共和國軍隊的首領馬基雅維利，從週遭鄉村的小農和農場主裡募集步兵，組成一支兩千人的部隊。他們手拿長矛，列隊走出遭雷擊的城門，前往增援普拉托。普拉托坐落在亞平寧山脈山腳的平原上，以出產淡綠色大理石而著稱，佛羅倫薩大教堂向來用此大理石砌建外壁。普拉托也以藏有聖母瑪利亞的緊身褡而廣為人知。這件緊身褡是該城最著名的聖徒遺物，聖母瑪利亞親自將它送給聖托馬斯，這時存放在普拉托大教堂的專門禮拜堂裡。但幾天後，此鎮將會因另一件事，比拉文納之役更慘絕人寰的事，而為人所知。
西班牙人於八月底，緊跟馬基雅維利軍隊之後，抵達普拉托城牆外。卡多納部隊雖有數量優勢，但乍看之下，戰鬥力並不強，炮兵部隊弱得可憐，只有兩門火炮，且都是口徑小的小型輕便炮（falconet）。西班牙部隊還補給不足，士兵經過八個月的風餐露宿，已疲憊不堪。更糟糕的是，有些西班牙人在鄉間遭盜匪襲擊。當時意大利道路上盜匪猖獗，極不安全。
卡多納部隊的圍城戰一開始就不順利。剛開始轟牆，一門炮就裂為兩半，致使他們只剩一門炮可用。又餓，士氣又低落，他們立即向佛羅倫薩人提議停戰，聲稱他們只是要勸佛羅倫薩共和國加入神聖同盟，攻擊該共和國並非他們的本意。佛羅倫薩人收到消息後士氣大振，拒絕停戰，西班牙人只好再搬出唯一一門炮，轟擊城牆。大出眾人意料，經過一天炮轟，這門小型輕便炮竟在一座城門上轟出一道小裂縫。西班牙兵從這個洞湧入城裡，馬基雅維利的烏合之眾沒有抵抗，紛紛丟下武器，四處逃命。
接下來，借用馬基雅維利悲痛的描述，出現了「悲慘不幸的情景」。[1]召來的士兵和普拉托人民困在大理石鋪砌的普拉托街道上，慘遭西班牙長矛兵的屠殺。接下來幾個小時，用另一位評論家的話，處處只見「哭泣、逃跑、暴力、劫掠、流血、殺戮」。[2]那一天，兩千多人包括佛羅倫薩人和普拉托人——橫屍城內。西班牙人幾乎沒有士兵死傷，拿下該城後，距佛羅倫薩城門頂多只剩兩天路程。
「我想你該好好考慮是不是要放棄財產和其他所有東西，逃到安全地方，畢竟性命比財產重要得多。」[3]
九月五日，血洗普拉托不到一星期，緊張萬分的米開朗琪羅這麼寫信給父親。城內軍民同遭屠殺，是十年前切薩雷·波吉亞殘酷統治意大利半島以來，意大利土地上發生的最令人髮指的暴行。佛羅倫薩得知屠殺消息，既驚且懼。數天後，人在羅馬的米開朗琪羅一得知這消息，就清楚認識到家人該採取什麼行動，以躲開他所謂的這個已降臨在其家鄉的「浩劫」。他要魯多維科趕快把新聖母瑪利亞醫院裡的存款提出來，和家人逃到錫耶納。「就像碰到瘟疫時的做法一樣，搶第一個逃」，他如此懇求父親。
米開朗琪羅寫這封信時，佛羅倫薩的情勢已開始趨緩。起初皮耶羅·索德裡尼堅信自己能用錢打發掉西班牙人，讓佛羅倫薩逃過一劫，粉碎美第奇家族重回佛羅倫薩的美夢。卡多納欣然收下這筆錢，佛羅倫薩市民為保住性命財產付出了十五萬補償金，但他仍堅持索德裡尼及其政權下台，轉由美第奇家族接手。一群支持美第奇家族的佛羅倫薩年輕人，受西班牙人逼近的鼓舞，衝進領主宮，控制了政府。一天後的九月一日，索德裡尼逃亡錫耶納。洛倫佐的兒子朱利亞諾·德·美第奇，不經流血政變就入主該城。馬基雅維利後來回憶道，索德裡尼逃走前夕，領主宮曾遭雷擊，在他眼中，這再度印證了凡天有異象必有大事發生的說法。
馬基雅維利樂觀看待美第奇家族重新入主。一兩個星期後他寫信道，「城內仍很平靜，城民希望未來能如同洛倫佐一世在位時，那予人美好回憶的時代一樣，有幸享有美第奇家族同樣的幫助」。[4]不幸的是，新統治者立即拔除他的官職，然後以涉嫌謀反美第奇家族的罪名，將他打入監牢，還以吊墜刑（strappado）逼供。吊墜刑是一種酷刑，犯人雙手反綁吊起，然後從平台上使其突然墜下，犯人通常因此肩胛脫位，受不了苦而招認。薩伏納羅拉在同樣的刑罰下就招認各種罪行，包括與朱利亞諾·德拉·羅維雷合謀推翻教皇亞歷山大六世。但馬基雅維利未屈服於拷問，拒不承認當局指控。幾個月後獲釋，被逐出佛羅倫薩後他隱居在聖卡夏諾（不久前魯多維科·博納羅蒂任波德斯塔的城鎮）附近的小農場，時年四十三歲。在這裡，他白天以徒手捕捉歌鶇為樂，晚上則與當地人在小酒店裡下古雙陸棋。他還開始撰寫《君主論》，闡述治國之術的憤世嫉俗之作，書中他尖刻宣稱人都是「忘恩負義，善變，說謊者，騙子」。[5]
米開朗琪羅對美第奇家族歸來的態度則保留許多。一四九四年，洛倫佐的兒子皮耶羅·德·美第奇遭佛羅倫薩人民驅逐時，米開朗琪羅因與該家族關係密切而逃到波隆納，叫人不解的是，這次美第奇家族於近二十年後重新上台，他卻同樣害怕自己和家人遭不利影響。「無論如何別捲進去，不管是言語或行為」，他如此勸告父親。對博納羅托，他也提出類似的規勸：「除了上帝，別結交朋友或向他人吐露心事，也別論人長短，因為沒有人知道會有什麼後果。管好自己的事就好。」[6]
由馬基雅維利在佛羅倫薩易主後所受的對待來看，米開朗琪羅有充分的理由要求家人這麼小心謹慎。因此，博納羅托告訴他佛羅倫薩如何盛傳他公開抨擊美第奇家族時，他憂心不已。「我從未說過他壞話」，他向父親如此辯駁，但他坦承的確譴責過普拉托發生的暴行，而這時每個人都把這怪到美第奇家族頭上。[7]他說，如果石頭會說話的話，也會譴責血洗普拉托的暴行。
由於幾個星期後就要返回佛羅倫薩，米開朗琪羅這時忽然擔心到時候可能遭到報復。他要弟弟出去把這些惡意的謠言查個清楚。他告訴魯多維科，「我希望博納羅托幫忙去暗中查明，那個人是在哪裡聽到我批評美第奇家族的，以便知道謠言來自何處……我可以有所提防」。雖然自己很有聲望（或許正因如此），米開朗琪羅仍堅信佛羅倫薩有敵人要抹黑他，製造他與美第奇家族為敵的假象。
米開朗琪羅這時候還有金錢上的煩惱。根據樞機主教阿利多西所擬的合約，他已幾乎拿到應得的所有報酬（目前為止共兩千九百杜卡特[8]），但他一如往常向教皇索要更多的報酬。他還努力向父親要回私自挪用他銀行存款的錢（兩年來第二次）。話說魯多維科收到兒子來信，催他從新聖母瑪利亞醫院提錢，作為逃到錫耶納的盤纏後，儘管情勢並未惡化到必須逃難，但他還是提出四十杜卡特，並且全部花掉。米開朗琪羅希望父親還錢，並要他絕不可以再動用存款。不過不久之後他又被迫支付父親另一筆意外的開銷。佛羅倫薩人民為保有自由付給神聖同盟的補償費，魯多維科必須分攤六十杜卡特，但他只付得出一半，於是強要米開朗琪羅替他付另一半。
一五一二年十月，即普拉托遭血洗一個月後，米開朗琪羅寫了一封自怨自艾的信給魯多維科，信中表露了他這時候的沮喪（因父親、因佛羅倫薩危險的政局、因自己無休無止的濕壁畫工作）。「我日子過得很悲慘」，他以耶利米般的哀傷口吻向父親訴苦，「繁重工作讓我疲累，千般焦慮惹我煩憂，就這樣，我這大概十五年來，從沒有一刻快樂。而我做這一切，全都是為了幫你，雖然你從未認識到這點，也從不這麼認為。願上帝寬宥我們。」[9]
但就在這極度焦慮且沮喪加劇期間，米開朗琪羅畫了幾幅極突出、極精湛的紀事場景。夏天和秋初這段時間，他和他的團隊花了許多時間在禮拜堂最西端，繪飾兩面三角穹隅和這兩者間的狹窄壁面。其中最早畫成的是《哈曼的懲罰》（The Crucifixion of Haman），位於面對祭壇右邊的三角穹隅上。這幅畫手法非常純熟，顯示了米開朗琪羅登峰造極的濕壁畫功力。
《哈曼的懲罰》取材自《舊約·以斯帖記》，刻畫哈曼受懲背後曲折離奇、歌劇般的情節。哈曼是波斯國王亞哈隨魯的宰相，亞哈隨魯統領從印度到衣索匹亞的遼闊帝國，後宮嬪妃無數，卻只養了七名太監服侍這些嬪妃。他最愛的女子是年輕貌美的以斯帖，而他不知以斯帖是猶太人。以斯帖的堂哥末底該在國王身邊為僕，送她進宮之前已囑咐她不可洩露自己猶太人的身份。末底該曾挫敗兩名太監欲殺害亞哈隨魯的陰謀，有保駕救主之功，但最近因為拒絕同其他僕人一樣向宰相哈曼下跪，惹毛了哈曼。傲慢的哈曼於是下令殺光波斯境內的猶太人。哈曼奉國王之名下詔，「要將猶太人，無論老弱婦孺……全然剪除，殺戮滅絕，並奪他們的財物為掠物」（《以斯帖記》第三章第十三節）。不只如此，哈曼還開始建造75英尺高的絞刑架，打算用它來單獨處死無禮的末底該。
西斯廷禮拜堂拱頂四個角落的三角穹隅和古銅色大獎牌一樣，刻畫了猶太人如何躲掉敵人陰謀而及時獲救的故事。《哈曼的懲罰》就是絕佳的例子。哈曼所下的滅絕令，因以斯帖挺身而出而未得逞。以斯帖揭露自身猶太人身份後，自己可能也逃不過哈曼的血腥屠殺，但她不顧這危險，向國王亞哈隨魯坦承自己的民族出身。國王聽後立即撤銷滅絕令，將哈曼送上原為末底該所建造的絞刑架處死，隨後並拔擢末底該為宰相，以對他先前救了國王一命表示遲來的感謝。
米開朗琪羅筆下的哈曼被釘在樹上，並未遵循較常見的表現手法將他畫成吊死在絞刑架上。因此，這位希伯來民族的大敵擺出的是更予人基督受難之聯想的姿勢。不過這樣的描繪有聖經的依據，因為通俗拉丁文本聖經記載哈曼建造的是50腕尺的十字架，而非絞刑架。但米開朗琪羅幾乎不懂拉丁文，因此想必他不是採用但丁《神曲·煉獄篇》的描述（哈曼也是被釘死在十字架上），就是受了某位學識更淵博的學者指點。[10]神學家很快就在這則故事裡找到與耶穌基督的相似之處，指出這兩個釘死於十字架的事件，都伴隨以眾人的獲救。[11]因而用這幅描寫通過十字架獲救的畫來裝飾禮拜堂的祭壇壁極為貼切。
《哈曼的懲罰》費了超過二十四個喬納塔，因構圖生動有力，特別是裸身、四肢大張、靠在樹幹上的哈曼，而受到矚目。驚歎不已的瓦薩裡說，哈曼是拱頂上畫得最好的人物，稱它「無疑是美麗、最難畫的」。[12]他這麼說當然有其根據，特別是在它的難度方面，因為這幅畫需要畫許多初步素描，藉以從中一再摸索哈曼那棘手的姿勢。對米開朗琪羅的模特兒而言，這個姿勢應該不好擺，就和利比亞巫女的姿勢一樣費勁且累人，因為必須同時雙手外伸、頭往後仰、臀部扭向一邊、左腿彎曲、全身重量放在右腳上。這個姿勢想必擺了幾次相當長的時間，因為就現存的素描來看，《哈曼的懲罰》所遺留的素描張數高居頂棚上所有場景之冠。
米開朗琪羅擬好《哈曼的懲罰》構圖後，並未像處理幾英尺外《上帝分開晝夜》向上飛昇的造物主一樣，徒手轉描，而是借助草圖，以刻痕法將哈曼的輪廓鉅細靡遺地轉描到灰泥上。接著用四個喬納塔為這個人物上色，就繪飾工程已進入尾聲，特別是最近幾個人物（包括前一個繪成的上帝像）都只花一個工作日來看，這速度是相當慢的。哈曼手臂、頭的週遭如今仍可見到許多釘孔，說明當初為了將草圖固定在凹形壁上及接下來將草圖圖案轉描到濕灰泥壁上，米開朗琪羅的確費了工夫。
完成這幅棘手的場景後，拱頂上只剩下幾平方英尺的區域有待米開朗琪羅上色。這些區域包括祭壇壁上的兩面弦月壁、另一面三角穹隅，以及拱頂上與高坐在入口上方寶座上的撒迦利亞像遙遙相對的三角形壁面。米開朗琪羅將在三角形壁面畫上喬納像，他在拱頂上的最後一個先知像。至於另一面三角穹隅，他則畫上《銅蛇》（The Brazen Serpent）——事後證明這比《哈曼的懲罰》還難畫。
值得注意的是，就在即將完工之際，米開朗琪羅斷然放棄了後半部拱頂所採用的簡約手法，而在《銅蛇》裡創造出有二十多名搏鬥的人體、構圖複雜的場景。這面三角穹隅的繪飾所耗費的時間超乎預期得長（不可思議地用了三十個喬納塔，或者說約六個星期），米開朗琪羅未能在九月結束前完成整個工程、返回佛羅倫薩，這是原因之一。只有最早完成的兩幅《創世紀》場景（三年多前完成），花了比這更長的時間。米開朗琪羅或許急於完工，但遠大的創作企圖叫他不能草草結束。
《銅蛇》取材自聖經《民數記》，描述以色列人漂流在曠野中又餓又渴，埋怨耶和華，耶和華聽了大為不悅，派了長有毒牙的火蛇咬他們。以色列人因苦而抱怨，反倒引來更大的苦。倖存的以色列人請求摩西幫他們解除這可怕的天譴，於是耶和華讓摩西造一條銅色的蛇，如桿子般立起來。摩西遵照吩咐造了銅蛇，掛在桿子上，「凡被這蛇咬的，一望這銅蛇就活了」（《民數記》第二十一章第九節）。米開朗琪羅筆下的黃銅色蛇，一如四肢大張、靠在樹上的哈曼，帶有釘死在十字架上的受難意象，因而讓人想起耶穌所提供的救贖。耶穌本人甚至在《約翰福音》裡做這樣的比擬。他告訴尼哥底母：「摩西在曠野怎麼舉蛇，人子也必照樣被舉起來，叫一切信他的都得永生。」（《約翰福音》第三章第十四至十五節）
米開朗琪羅興致高昂地完成了這面三角穹隅。這幅場景無疑很吸引他，因為難逃一死的以色列人和《拉奧孔》裡被蛇纏身的眾人十分相似。此前這一主題的紀事畫並未真的畫出蛇纏住眾人身子的景象，反倒是著墨於摩西高舉自己的黃銅像。[13]不過米開朗琪羅選擇完全略去摩西，凸顯以色列人難逃死劫的命運。因而這幅場景大體上在表現他最愛的主題之一，即肌肉賁張、身子扭轉的搏鬥場面，以這幅畫來說，多名半裸的人物擠成一團，在毒蛇纏捲下痛苦掙扎。
這幅位於祭壇右邊的三角穹隅濕壁畫，其上痛苦掙扎的人物不僅讓人想起拉奧孔和他的兒子們，還讓人想起《卡西那之役》裡的士兵和《人馬獸之戰》裡半人半獸的怪物。《銅蛇》裡某個以色列人的姿勢，米開朗琪羅甚至是借用自《人馬獸之戰》。[14]由於畫中充斥著眾多難逃一死的人物，這幅畫也讓人想起《大洪水》。不過，《銅蛇》的處理手法（畫在比《大洪水》更狹窄、弧度更大的壁面上）顯示他的濕壁畫功力經過腳手架上四年的歷練，已有何等長足的進展。數具扭曲的人體表現了精湛的前縮手法。米開朗琪羅將此起彼伏的人體，條理井然地安置在上寬下窄的三角形畫面裡，並以鮮亮的橙、綠使這幅畫成為拱頂上搶眼的焦點，整體構圖就因這樣的人體佈局和鮮亮設色達到和諧的統一。
銅蛇的故事除了迎合米開朗琪羅的創作理念，還彰顯了他的宗教信念。這幅畫繪於普拉托大屠殺發生的前後，反映了他大體受薩伏納羅拉形塑的信念，即人類為惡引來厄運和苦難，只有向上帝祈求寬恕，厄運和苦難才可能遠離。他告訴父親，正如同以色列人走入歧途而引來火蛇的劫難，佛羅倫薩人也是因為犯下罪惡，才招致卡多納與其西班牙部隊的入侵，他們是奉憤怒之神的命令前來執行天譴。他在血洗事件後、眾人餘悸猶存之際寫信給魯多維科，「我們必聽順上帝，信任上帝，通過這些降臨身上的苦難認清自己行為的過失」。[15]這個論點完全呼應了薩伏納羅拉所謂的佛羅倫薩將因自己的罪惡遭查理八世軍隊懲罰的看法。米開朗琪羅畫這面三角穹隅時，腦海裡很有可能迴響著薩伏納羅拉的話——「噢，佛羅倫薩，噢，佛羅倫薩，噢，佛羅倫薩，因為你的罪惡，因為你的殘忍，你的貪婪，你的淫慾，你的野心，你將遭受許多試煉和苦難！」
米開朗琪羅本身的苦難（至少在腳手架上所受的苦難）在他寫這封家書時已差不多要結束。完成《銅蛇》後，他接著畫位於該場景下方的壁面，包括最後一對弦月壁。其中一面弦月壁刻畫亞伯拉罕和以撒，姿態一如其他基督列祖像一樣無精打采。[16]幾天後的十月底，他又寫了封信回佛羅倫薩。「禮拜堂的繪飾我已經完成」，他如此寫道，語氣極為平淡。他一如往常不因自己的成就喜形於色。他向魯多維科哀歎道，「其他事情的發展令我失望」。[17]
[1] 馬基雅維利：《馬基雅維利：主要著作和其他著作》，第二卷，第893頁。
[2] 圭恰爾迪尼《意大利史》，第262頁。
[3] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第71頁。
[4] 馬基雅維利：《馬基雅維利：主要著作和其他著作》，第二卷，第894頁。
[5] 馬基雅維利：《君主論》英譯本（The Prince，London：Penguin，1999），第6頁，譯者George Bull。
[6] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第71，74頁。
[7] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第81頁。
[8] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第245頁。
[9] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第75頁。
[10] 但丁：《神曲·煉獄篇》第十七章第二十六節。
[11] 關於這一解讀，可參閱哈爾特《中伊甸園的愈瘡木：艾裡奧多羅室與西斯廷頂棚》，第198頁。