1627年，崇禎皇帝在罷黜全部閹黨後，開始組閣。《崇禎長編》記載：十二月二十三日，崇禎帝要朝廷大臣推舉內閣大臣，大家共推舉出十位候選人，然後從中確定七位。由於舊的大臣大多因為是閹黨而被罷黜，新的朝臣都是東林黨人，這些人崇禎都不瞭解，他就採納了《尚書》記載的「枚卜功臣」的辦法，即通過占卜來最終確定人選。具體做法是，崇禎在小桌上擺設筆硯和十張紅紙，將十位候選人的名字分別寫在紅紙上，每張紙寫一人姓名做鬮，團成一個小紙團，然後把十個紙團裝進小金瓶裡。崇禎親自用筷子從裡面夾取七個紙團，每夾出來一個，就展開遍示眾臣，就這樣選出了六個大臣。不是說需要選七個嗎？那一個紙團崇禎剛夾出來，就被風吹走找不到了。當然，後來這個紙團又找到了，就這樣崇禎的內閣大臣就齊裝滿員了。
此時內閣大臣是清一色的東林黨人，然而這些人並沒能使大明中興。在此說一下我們究竟該如何看待東林黨人，一方面東林黨領袖品德高尚，但另一方面中下層東林黨人敗類很多；一方面東林黨主張廣開言路，減輕賦稅，發展經濟，但另一方面對明朝復興大業，他們並沒真正做出任何大的功績。夏允彝的評論最為公允，他說：「平心而論，東林黨人中也有很多敗類，攻擊東林黨人的人當中也有很多節操清高獨立的人，只是反東林黨的人的領袖比起東林黨的領袖的道德操守差若天淵而已。東林黨人很在行清議，在籌謀殺敵制約胡虜上卻完全沒有實際行動；攻擊東林黨人的人說自己被孤立被怨懟，但是他們也沒有為朝廷振興哪怕一條法規或朝綱，只是以刻薄的攻擊技巧取勝罷了。這些人都有什麼好埋怨的呢？都是對國家大事於事無補的人啊！」6
內閣大臣搞定，崇禎開始任命六部大臣，別不多說，咱們只講跟遼東戰局有關的兵部。崇禎在罷免閹黨出身的兵部尚書崔呈秀後，因兩次寧遠大捷的功勞而任命袁崇煥為兵部尚書，在接見袁崇煥時，崇禎問袁崇煥有何恢復遼東的良策。
袁崇煥說：「臣關於收復遼東的思路有三點：一，以遼人守遼土，以遼土養遼人。當前守遼部隊來自四面八方，尤其南方士兵，既不適應北方天氣，又不願在邊關久留，因為遼東和自己利益毫不相關，因此作戰貪生怕死。而如果用遼東本地士兵，則他們為保護妻兒，退無可退，必然死戰。聖上如果要和女真決戰，就必須訓練一支精兵，這非一朝一夕之功，因此守遼土用遼人是最佳選擇，這樣既省糧餉，又可克敵。」
崇禎：「好一個以遼人守遼土，朕准奏。愛卿接著說。」
袁崇煥：「第二點，守為正著，戰為奇著，和為旁著。我軍和女真賊寇作戰，此前所以屢敗就因為我軍短於野戰，女真鐵騎天下無敵，我軍強項是紅夷大炮，但這只能用來守城，臣所以兩次大敗後金，全憑以己之長攻敵之短，在需要時出其不意，攻其不備，偶爾也可與女真野戰，然而必需速戰速決，不能拖延。另外所謂和為旁著就是要爭取時間加固城防時甚至不得不主動與敵人議和，這是輔動性戰略，一切都為以後徹底消滅敵人做準備，聖上以為如何？」
崇禎聽到「議和」後稍稍遲疑了一下，但還是說：「或守或戰，全憑愛卿。」
袁崇煥繼續說，「三，法在漸不在急，在實不在虛，必須穩紮穩打，不能給敵人任何可乘之機。」
崇禎：「朕既然封愛卿為督師，節制天下兵馬，自然相信愛卿，這些具體戰術不必細陳，朕只關心一點，多長時間能收復遼東？」
袁崇煥：「只要聖上始終如一相信臣，五年復遼。」
崇禎：「好，請愛卿以國家天下為重，早日凱旋。」
袁崇煥：「可是臣還有事放心不下。」
崇禎：「什麼事？愛卿只管奏來。」
袁崇煥：「臣在外帶兵，必會遭小人妒忌和敵人的反間計，聖上在朝中，臣在關外，還請聖上與臣同心，臣不顧自己性命，一定要兌現承諾，請聖上在未來五年內不要聽信他人挑唆，只等成敗來對待臣。」
崇禎：「朕既然用愛卿，自然信任有加，至於說中敵人反間計，朕自信還是有明辨是非的能力，愛卿儘管放心。」
袁崇煥：「五年復遼是各方面都達到最佳時方能做到，這需要戶部轉運軍餉，工部供應器械，吏部用人，兵部調兵選將，必須朝廷內外事事配合，才能有所成功。」
崇禎：「愛卿放心，朕會下旨讓各部配合你的。」
袁崇煥：「既然聖上答應臣的一切要求，臣再沒什麼可說的，唯有以死報答聖上知遇之恩！」
袁崇煥所說的五年復遼如同兒戲，強大的後金豈是五年就能打敗的？事實上，五年平遼夢未醒，後金鐵騎已破關。當時在場的許譽卿就問袁崇煥，對於五年復遼有多大把握，袁崇煥說：「聊慰上意。」——只不過是想讓皇上高興一下而已。一言既出駟馬難追，更何況君前更無戲言。袁崇煥把自己在皇帝面前做的承諾都當兒戲，試問這種人有什麼可能去在明末力挽狂瀾？
這次談話結束後崇禎賜給袁崇煥尚方寶劍，袁崇煥帶著尚方寶劍到達遼東，途中剛出山海關後他作《再出關》詩云：「重整舊戎衣，行途賦采薇。山河今尚是，城郭已全非。馬自趨風去，戈應指日揮。臣心期報國，誓唱凱歌歸。」字裡行間透露著自信，然而後來的事實證明，袁崇煥其實並無可以自信的資本。
到遼東後袁崇煥讓祖大壽鎮守錦州，何可剛駐寧遠，趙率教守山海關，袁崇煥自己也駐寧遠，同時上書給崇禎極力稱讚祖大壽等三人的才能，並說自己五年復遼的計劃全靠這三人來實現，如果五年後沒有實現，他親手將這三人斬殺，自己則到刑部領罪服死。崇禎得到袁崇煥的保證後，非常滿意，加封袁崇煥為太子太保。
袁崇煥說要五年復遼的第一年，他就先斬殺了毛文龍，關於袁崇煥與毛文龍的這段恩怨，袁崇煥為何殺毛文龍眾說紛紜。
第一種說法：袁崇煥誇下五年復遼的海口後，自知沒有能力達到，於是為了跟後金議和而殺毛文龍。由於毛文龍極力反對議和，上奏說：「從古有款虜之事，獨此奴決不可款！」袁崇煥遂決心除之，他說：「關東款議，廟堂主張已有其人。文龍能協心一意，自當無嫌無猜；否則，斬其首，崇煥當效提刀之力。」此說記載在汪輯《崇禎長編》。
袁崇煥已經明確跟崇禎保證五年復遼，如果他要跟後金議和的話，也必然會偷偷摸摸的，就袁崇煥殺毛文龍後崇禎對袁崇煥的批示看，崇禎壓根兒不知道袁崇煥在跟後金議和。而通過毛文龍寫給崇禎的這封奏折，可以判明兩點：一，崇禎因此奏折而知道袁崇煥在跟後金議和。二，毛文龍知道袁崇煥在跟後金議和。這顯然跟前面崇禎不知道袁崇煥在跟後金議和的推論矛盾。由此，《崇禎長編》的說法不合邏輯。
除《崇禎長編》外，當時在中國的意大利傳教士衛匡國在《韃靼戰紀》中也持此說。他說：「袁崇煥是個機智、善於耍手腕的人，長於談吐和文筆；他以自己的軍事經驗，用巧妙的言辭打動了皇帝和所有的閣臣，他們對他深信不疑。這個狡猾的人自私、愛財，不顧公務，不忠於君王，如果不是他，他們的希望還不致破滅。他接受了韃靼人大量的金錢，並邀請韃靼人最畏懼、勇敢忠貞的將官毛文龍赴宴，在席上把這位大將毒死了。接著他與韃靼人締結城下之盟，獻出了一切。當皇帝審視盟約時，很快發現握有全權的統帥出賣了他，因而拒絕批准或承認這些和約。在這個緊急關頭，袁應該怎樣做呢？他為了逼使皇帝接受條款，於1630年勸導韃靼人從不在他轄區內的另一個地方侵入中國，並同意不用他的軍隊阻止他們進軍。」關於《韃靼戰紀》的說法，後面我們在寫到1630年時會詳述此種說法為何不靠譜，在此按下不表。
第二種說法，袁崇煥秘密勾結後金，要跟後金議和，皇太極說議和沒問題，我們的心腹之患是毛文龍，只要你殺了毛文龍，我們就可以講和。這種說法見於下列記載：
先是降將李永芳，獻策於大清主曰：兵入中國，恐文龍截後，須通書崇煥，使殺文龍，佯許還遼。大清主從之。崇煥答書密允，復以告病回籍，乃寢。至是，再任，思殺文龍，則遼可得。（計六奇《明季北略·卷四》）
初，天啟間，崇煥撫遼東，遣喇嘛僧餾南木座往建州主款，會罷歸，未就。至是再出，無以塞五年平遼之命，乃復為講款計。建州曰：「果爾，其以文龍頭來。」崇煥信之，且恐文龍洩其款計，遂身入島誘文龍至……以尚方劍斬之。（谷應泰《明史紀事本末補遺·毛帥東江》）
督師袁崇煥事，適當女真主（努爾哈赤）病死，崇煥差番僧喇嘛鎦南木座往吊，謀以歲幣議和。女直許之，乃曰：「無以為信，其函毛文龍首來。」（張岱《石匱書後集·毛文龍列傳》）
一至寧遠，遂為講款計。蓋自崇煥自寧遠奏捷之後，即令番僧往吊東夷以講和，以罷歸未就。再出無以塞平東夷之命，遂以平東夷自詭。慮島帥毛文龍洩其計，遂身入島，誘文龍斬之。（夏允彝《倖存錄》）
這種說法是網上反袁派認可的說法，之所以這種說法出處眾多，在於袁崇煥剛殺了毛文龍後，從來都是沿著遼西走廊進攻的後金繞開遼西走廊，從河北省西北部繞道千里遠征，袁崇煥總共三次阻截後金軍，只有去遵化阻截那次碰上了後金軍，可是實行阻截的卻不是袁崇煥的主力，只是趙率教的那部人馬，趙率教還全軍覆沒了。袁崇煥去薊州阻截，可是後金軍沒從薊州過，袁崇煥去通州阻截，可後金軍也沒從通州過，就這樣後金軍來到了北京城下。此事史稱「己巳之變」，後面我們會詳細說。總之這一系列事情讓人不得不懷疑袁崇煥與後金因為殺毛文龍之事有密約，所以袁崇煥故意多次繞開後金軍，只是在北京城下做象徵性抵抗。事實上無論是後金方面還是明朝這邊，都沒有袁崇煥議和密信的可靠記載，這是一種根據結果來倒推過程的說法，根據毛文龍死後後金的動向來推斷袁崇煥與後金在殺毛文龍上的密約。這其實是一種誅心之論，袁崇煥雖然談不上多麼卓越的軍事家，但是他兩次寧遠大捷的確戰果是貨真價實的，他雖然有種種缺點，也曾隨大流而拍過魏忠賢的馬屁，但是起碼他是愛國的，絕非為議和而殺毛文龍，如果袁崇煥真的暗中勾結後金，皇太極為何還要用反間計來除掉他呢？留著這個內應豈不更好？所以第二種說法不能成立。
第三種說法：袁崇煥覺得東江毛文龍雖然能牽制清軍，但毛文龍本人沒有大略，經常吃敗仗，而且耗費的錢糧實在太大，此外毛文龍還在東江走私貨物來掙大錢，不打仗的時候就用布匹向女真買人參，打仗的時候毛文龍也不怎麼靠譜。於是就有文臣上奏主張撤銷毛文龍東江鎮的建制，袁崇煥則主張朝廷派人去管管毛文龍的經濟問題。毛文龍不喜歡有文官監製著自己，於是上書爭辯。而後毛文龍前來拜謁袁崇煥，袁崇煥以上賓之禮接待毛文龍，毛文龍也不謙讓，袁崇煥於是決定殺掉毛文龍。這種說法記載在《明史·袁崇煥傳》裡：
顧文龍所居東江，形勢雖足牽制，其人本無大略，往輒敗衄，而歲糜餉無算；且惟務廣招商賈，販易禁物，名濟朝鮮，實闌出塞，無事則鬻參販布為業，有事亦罕得其用。工科給事中潘士聞劾文龍糜餉殺降，尚寶卿董茂忠請撤文龍，治兵關、寧。兵部議不可，而崇煥心弗善也，嘗疏請遣部臣理餉。文龍惡文臣監製，抗疏駁之，崇煥不悅。及文龍來謁，接以賓禮，文龍又不讓，崇煥謀益決。
《明史》是清朝人編的，許多內容很不靠譜，比如說東江鎮耗費錢糧大，純屬胡說八道，毛文龍在東江的七年裡朝廷沒有撥給他一分錢，他全都是自籌糧餉，如果不靠走私，東江的百萬遼東人民怕是只能去跳海了。關於東江鎮的情況，毛文龍在《東江疏揭塘報節抄》中有上奏：
山坳僻處之間，儘是白骨成堆，肝腸余汁。慘莫慘於此，痛莫痛於此。內地尚作觀望，恬不憂愁。
臣實為受國厚恩，不忍卸擔，自矢戮力，以完遼事。觀今三月將盡，糧未來一粒，餉未到一分，啼號疾病，白骨滿溝，而猶中嘵嘵污臣者不只。
朝廷不給錢卻被《明史》說成「歲糜餉無算」，不走私的話根本活不下去卻被《明史》說成「名濟朝鮮，實闌出塞，無事則鬻參販布為業，有事亦罕得其用」，故而本書中筆者一般不以《明史》的記載作為給人定性的資料。
那麼袁崇煥究竟為何殺毛文龍呢？
岳飛曾說：「文臣不愛財，武將不惜死，則天下太平！」毛文龍與岳飛有著同樣的想法。崇禎元年（1628年）五月，登萊總兵楊國棟問毛文龍：「遼東能夠平定嗎？」毛文龍說：「將領說謊的就斬殺，不辦實事的就斬殺，貪財的就斬殺，這樣遼東自然就平定了。」
毛文龍治軍嚴明，賞罰必信，與兵士同甘苦，有古名將風。他為人正直，對於權貴從來不肯賄賂，又疾惡如仇，只要看見那些阿諛諂媚之徒，就破口大罵，因此引起當權者不滿，朝廷許多人在背後說他壞話。（毛承斗《東江疏揭塘報節抄》）
於是，崇禎元年七月初十，毛文龍上書剖明自己的心跡，他說：
「臣幸而得到聖上的信任，希望有朝一日馬革裹屍，乃有不平之鳴，心中很鬱悶，不得不直噴心血，向陛下訴說。當臣克復鎮江的時候，義旗一樹，豪傑影從，招撫遼民，日以萬計，精壯的遼民臣就把他編入軍營，老弱的遼民臣就讓他屯墾戍邊，沒有花國家一分錢，沒有用國庫一粒糧食，就憑著我這一旅之師對抗強敵。然而現在我的部下食不果腹，衣不蔽體，赤手空拳在鋒鏑之下出生入死，由於沒糧食，只能吃老鼠，殺馬，真是淒楚萬狀。跟內地坐著拿軍餉，看不見一個敵人，不用打一仗的逍遙的將領比起來，臣真是心中感到不公呀！這是臣心中的第一個不公。」
「同樣在戰場效力，寧遠的兵一個月軍餉一兩五錢，還給五斗米，而臣在東江這七年，一分軍餉也沒拿到（按：這個指的是毛文龍的俸祿，毛文龍在東江七年朝廷沒給他發過工資，但給士兵的軍餉是有的），在東江的百萬軍民只能從天津、登州、萊州得到二十萬石米，而這些糧食有的因為被海水浸泡而發霉，也有的直接被扣了。臣在東江這七年得到的糧餉，能比得上寧遠兩三個月得到的糧餉多嗎？這是臣心中的第二個不公。……」
「臣以孤忠自許，可以對得起君父，也可禁得住鬼神的質問，可是朝廷裡卻有人說我現在立大功是為了想當安祿山、史思明那樣的人，今後反叛。臣想，天下沒良心的人的確不少，但是到夜深人靜的時候，應該良心發現了吧，真想不到還有如此喪盡天良之人。以臣忠君報國之心，他們卻污蔑臣要謀反，這可是滅門絕戶的事呀！這是臣心中的第四個不公。」
「丁卯之役，敵人打鐵山和雲從島，臣手下有人要投降，臣拔劍在手，厲聲說道：『生死在此一舉，富貴在此一時，必須放開手腳，大幹一場，才能死中求生！』於是人心穩定，儘管飢寒交迫，但我們還是打贏了。可是朝中卻有人說臣在敵人打鐵山時在雲從島觀望，不放一槍一彈。他們知道鐵山和雲從島這一帶的地理嗎？這幫人在那隔靴搔癢，信口雌黃，站著說話不腰疼。這是臣心中的第五個不公。」
「臣還有話要說，自從今年正月到六月，臣無一日不對敵廝殺，弓箭和鎧甲都壞了，火藥也用完了，而且士兵的衣服都打爛了，現在赤身光腳，這是臣親眼所見。皇上為了邊疆，應該發給我們糧餉、彈藥武器，如此，臣血枯力竭，盡雞肋之力，或許可以轉敗為功，收拾遼東殘局。不然的話，恐怕轉眼間東江就會成為絕地，而天下事未可知。臣老了，身體不好，每到陰雨天，身上的箭傷就痛入骨髓，加上看到這滿目瘡痍的現狀，怎能不哽咽悲鳴，與將士相向痛哭呢？」
從毛帥的奏折中，我們看到的是一顆愛國者的心呀！毛帥在孤懸海外的東江一直牽制敵人，可是卻遭到朝臣嫉恨和污蔑，天道居然如此？真讓所有人心寒！
毛文龍是平遼總兵官、太子太保，一品大員，但他卻不置私產。朱溶《表忠錄》記載，毛文龍死的時候「室無贏財」，只有兩頃地。這在當時的社會風氣下，實屬難得。
毛文龍在遼東屢立戰功，得到當時許多有識之士的稱讚，如錢謙益《寄東江毛總戎文龍》：
鴨綠江頭建鼓旗，間關百戰壯軍威。青天自許孤忠在，赤手親擒叛將歸。夜靜舉烽連鹿島，月明傳箭過鼉磯。紛紛肉食皆臣子，絕域看君臥鐵衣。
崇禎元年（1628年）九月，皇太極因「丁卯之役」不勝，派莽古爾泰、濟爾哈朗、副總兵劉興祚等率兩萬大軍進攻東江，被毛文龍擊敗，「降者二千人」，劉興祚率四百騎兵於陣上投誠，劉興祚成為後金立國以來，歸正明朝的最高級別將領，引起後金方面的極大震動。
毛文龍接受劉興祚投降時說：「足下不忘中國，輸心來歸，敢不推心相待，共成大功！」劉興祚歸正以後，向毛文龍獻計：其兄弟親族等人都在薩爾滸城中，可約為內應，襲而破之。薩爾滸是後金囤積糧草之所。毛文龍派大將耿仲明率軍千里奔襲，晝伏夜行，遇到後金士兵就殺，於十月初八日抵達薩爾滸城下，派細作入城，暗通城中劉興祚之弟劉興賢、劉興治等，裡應外合，一舉攻破城池。耿仲明等入城後，對城中八旗軍民，大開殺戒，「斬級三千，擒生六十九人」（朱溶《表忠錄》）。昔日明朝四路大軍在薩爾滸損傷慘重，今日毛文龍算是舊地重戰，為大明報仇雪恨了。
皇太極在對毛文龍的作戰中屢戰屢敗，只得遣使往東江議和。毛文龍將計就計，要皇太極派重要官員來談判，以示對等，皇太極為表示對毛文龍的重視，派遣愛將固山額真（一個旗的一把手）可可及三個牛錄額真往東江，毛文龍即將來人綁送京師。皇太極聞訊氣急敗壞，致書毛文龍大罵：「以虛言誘致差人幾名，有何好處？」此後，毛文龍又多次以歸順後金為餌，甚至放出話來，「爾取山海關，我取山東」（這封誘敵信毛文龍同時奏報朝廷，但後來被袁崇煥搞到，由此徹底決定殺毛文龍），挑逗、誘騙皇太極派遣使臣，但皇太極都不再回信。
毛文龍的用間手段，使得後金方面寢食難安，手足相殘，努爾哈赤、皇太極兩代首領都曾被其玩弄於股掌之上，展現了非凡的才智與謀略。
《表忠錄》記載，一次清軍夜襲毛文龍，毛文龍在後金間諜眾多，自然提前偵知，後金鐵騎會從冰上來打毛文龍的皮島，毛文龍於是把冰都鑿漏，天氣嚴寒，他算準冰被鑿漏後不久就會被重新凍上，但無論如何都沒有原先未被鑿開之前凍的結實。等到八旗鐵騎殺到冰面中央時，毛文龍令部下擂鼓，鼓聲的共振作用使得剛凍上不久的冰面塌陷，敵軍死傷慘重。事後後金軍都在傳這樣一句話：「無輕犯毛都督！」
此外，據明末在華的西班牙傳教士帕萊福《韃靼征服中國史》中記載：毛文龍「習葡文，並從葡人治軍事學，亦聞公教忠君愛國之說，抗清諸將中，無如文龍勇毅者」。
針對毛文龍的戰功，汪汝淳《毛大將軍海上情形》說：
全遼之失封疆幾二千里，其間與奴為敵者僅沈奉兩戰……余俱望風奔潰，未嘗以一矢相加遺，以至於今。獨將軍自庚申（1620年）將二百餘人，由三岔下海，遍歷各島，延攬同心，激奮忠勇，收雙山，破鎮江，孤懸絕島者幾三年，不得國家斗米尺布之濟，僅以一片精忠收集遼民，依屯屬國。……屢以數百人於寬、鎮、鳳、靉間，效戚南塘設空營地炮之伏，以擒奴騎，大戰小戰，以力以智，不可數計。
來自敵人的肯定才是真正的肯定，你自己說你自己有多少戰功是不算數的，而據女真人當時的《滿文老檔》記載，毛文龍的確是被《滿文老檔》提及次數最多的人，要比熊廷弼、孫承宗多，當然，更比袁崇煥多，其中提到毛文龍有近百次，提到袁崇煥只有十二次，如果刨去跟袁崇煥議和的信件，那就只有六次提到袁崇煥了。如此，到底誰在抵抗後金，不言自明瞭。
後金的諸位漢官給毛文龍寫信說：
我眾漢官致毛文龍書曰：「今金國汗欲棄遼東之地移向本土。豈能棄其生身之地及父祖之骸骨而去耶？故我等眾官商議，致書老爺乞一生路。老爺若以我等不得已而降之，被強迫而生之，憐憫於我等，則望親書保問或札付寄來。我等若有可能，即奪一城池居之，若不能則登一千山。」（《滿文老檔》）
可見後金局面都到了什麼樣子，眼看後金就要被毛文龍搞得崩潰的時候，毛文龍卻被袁崇煥殺了，於是一切都結束了。
以上出自在朝在野、中國外國無數史料，都記載著：毛文龍是偉大的民族英雄。那麼袁崇煥為何殺他呢？該到我們還原歷史真相的時候了。
此前無論是熊廷弼、王化貞、孫承宗，都對毛文龍處於放任自流的狀態，他打得不錯，走私就走私吧，但袁崇煥則不然，他要將東江列入自己「五年復遼」的戰略中，決定讓毛文龍聽自己的指揮，而早在伊始，袁崇煥就對毛文龍動了殺心。崇禎元年七月袁崇煥還在京城時就對大學士錢龍錫說：「（毛文龍）可用則用之，不可用則殺之。」在袁崇煥眼裡，不管你對抗擊後金是不是起作用，收復遼東必須聽我的，只有一切都按我說的做，我才能五年復遼，如果不能五年復遼，我殺了祖大壽、趙率教等三人後就要去領死，既然如此，現在誰要是不在我的通盤部署中，我就先殺了誰。
為了徹底讓毛文龍聽自己招呼，袁崇煥下令凡是運往東江的錢糧，不再由登州、萊州出海，而是經過袁崇煥控制的山海關，然後再運往東江。此外袁崇煥下令對登州、萊州實行海禁，所有要去往東江的船隻必須歸袁崇煥節制。事實上登州萊州的東西到了袁崇煥那裡後都被袁崇煥扣押，毛文龍得知消息後說：「此乃攔喉切我一刀，必定立死！」
一連八個月的東江糧餉都被袁崇煥扣押，毛文龍派人到寧遠與袁崇煥交涉，袁崇煥一看，你終於派人來了，他便將十艘船的糧食、豬羊、金銀和酒撥給毛文龍。但如果東西總是被袁崇煥扣押，毛文龍再派人來交涉也不是辦法，於是崇禎二年（1629年）五月，毛文龍親自來寧遠與袁崇煥見面，雙方的會談在親切友好的氣氛中進行，兩人約定一個月後在毛文龍的地盤相見。此時袁崇煥早已安了殺心，因為據袁崇煥殺毛文龍後的奏折裡說：「去年（1628年）十二月，臣安排已定，文龍有死無生矣。」但袁崇煥知道，如果在寧遠殺害毛文龍，那麼毛文龍東江鎮的那些人要麼投敵，要麼就會作鳥獸散，只有在毛文龍的地盤上幹掉毛文龍，袁崇煥才能善後。
在北京的時候袁崇煥還說毛文龍「可用則用之，不可用則殺之」，為什麼此時袁崇煥徹底要幹掉毛文龍呢？是袁崇煥嫉恨忠良嗎？顯然不是，袁崇煥雖然在軍事上遠遠算不上戰略家，也曾隨大流歌頌魏忠賢，但就本性而言，可以說是個好人，中國歷史上，身為知縣，在百姓家房子著火時上房救火的只有他一個人。
之所以袁崇煥決意要殺毛文龍，是因為袁崇煥中了後金的反間計，得到了毛文龍「勾結」後金的證據，就是毛文龍給皇太極的書信，該書信見於《滿文老檔》，信中說：「汗凡有旨來，我皆領受，無不遵行。」「爾取山海關，我取山東，若從兩面夾攻，則大事可定矣。」我毛文龍「牧馬登州，取南京如反掌」。袁崇煥信以為真。
關於這種說法，有《國榷》卷九十的記載為證：
建虜以扼其背，甚忌之。陰通款崇煥，求殺文龍。而崇煥中其計不覺也，惜哉。
袁氏便宜從事，天下聞之，詫為奇舉，居無何而郊原暴骨者如莽。袁氏身膺不道之罰，則殺島帥適所以自殺也。才非周公，使驕且吝，又中建虜之誘，殺其所忌，能毋敗乎？
等於說皇太極用計巧妙讓袁崇煥得到毛文龍寫給後金的書信，袁崇煥信以為真，最終下定殺毛文龍的決心。
崇禎二年（1629年）五月二十八日袁崇煥抵達毛文龍的地盤，六月初一與毛文龍會面，袁崇煥說：「如今遼東海外，只本部院與貴鎮二人共謀恢復遼東大業，務須同心共濟，本部院不避艱險到此，希望與貴鎮商量一個進取遼東之計，國家大事，在此一舉。」
毛文龍說：「我在海外八年，屢立微功，朝中不斷有奸佞說我的壞話。我東江鎮糧餉缺乏，器械馬匹太少，只要錢糧充足，我們一起光復遼東，亦非難事。」
兩人交談了一會兒，毛文龍下令擺酒席，邊吃邊聊，酒席間，毛文龍喝多了，便說：「關寧兵馬俱無用，只用東江二三千人藏雲隱霧，一把火滅了東夷！」毛文龍的意思是袁崇煥手下的千軍萬馬都沒有用，有我這兩三千人足矣，一句話把袁崇煥惹怒了，但袁崇煥沒有當下翻臉，畢竟，殺毛文龍是既定政策，到時再翻臉不遲。
六月初三袁崇煥再次與毛文龍會面，袁崇煥說：「毛帥這些年在邊塞很辛苦了，我勸你回杭州老家吧，那裡風景好，你養老去吧。」袁崇煥的話已經很直接了，讓毛文龍交出兵權。
毛文龍顯然不願交出兵權，便說：「我早有此心，只要滅了女真人，我就回老家。」
袁崇煥看毛文龍沒明白自己的意思，又更進一步點明：「這些你不必操心，會有人來代替你的。」
毛文龍自信地說：「東江鎮還有誰能代替得了我？」
袁崇煥沒有接這句話，而是說：「我這次來是勞軍的，你手下士兵每個人賞銀一兩，布一匹，米一石，按人頭發放。」袁崇煥話裡有話，「按人頭發放」意思是讓毛文龍告訴自己，你手下士兵到底有多少人。
毛文龍顯然明白袁崇煥的意思，便故意瞞報說：「我這裡有三千五百人，明天就去領賞。」實際上此時毛文龍手下有三萬人。袁崇煥知道毛文龍說的不是實話，至此，雙方徹底談崩，只等著刺刀見紅的那一刻了。
六月初五，袁崇煥與毛文龍第四次見面，告訴他明天自己就回寧遠了，今天要在島上看士兵比賽射箭，優者給賞。袁崇煥讓部下傳號令，命各營兵四面擺圍。毛文龍及其隨行官百餘員，都被繞在圍內，隨行兵丁被截在營外。
至此，袁崇煥終於要行動了，他最後一次試探毛文龍，「我打算把東江鎮一分為二，旅順以西歸我節制，旅順以東歸你節制。」
毛文龍：「我還是希望整個東江鎮由我來帶兵，畢竟我是東江鎮總兵，你我同心合力，督師您的五年復遼目標方才能成功。」
袁崇煥：「你的意思是如果旅順以西歸我的話，還沒在你手裡對於恢復遼東作用大？」
毛文龍：「文龍不敢堅執己意，只是因為旅順以西仍舊由我節制更便於指揮而已。」
袁崇煥這下急了：「難道我不是為國？你冒功冒餉，說謊欺君，我不處置你焉能對得起當今聖上？」
毛文龍：「督師如果說我冒功的話，我一個牛毛寨大捷就砍下女真三百七十一顆人頭，而你所謂的寧遠大捷號稱殲敵一萬七千人，可是也不過砍下二百六十九顆女真人頭，到底你我誰是冒功？」
袁崇煥大怒：「你還敢強詞奪理？本部院披肝瀝膽與你談了三天，望你回頭是岸，哪曉得你狼子野心，你目中無本部院尚可，方今天子英武天縱，國法豈能容你？來人，把毛文龍綁了！」
說罷幾個武士將毛文龍按倒在地，隨後袁崇煥列了毛文龍十二當斬，下面咱們就看看毛文龍的這十二大罪行都有哪些。
一，祖制，大將在外，必命文臣監，爾專制一方，九年以來，軍馬錢糧不受核，一當斬！（按：朝廷先後數次查核毛文龍的兵馬，就在崇禎元年才核查過一次，怎麼就成了「軍馬錢糧不受核」了？）
二，文龍自開鎮來，一切奏報，有一事一語核實否？捕零夷（後金軍），殺降夷，殺難民，全無爭戰，卻報首功。二當斬！（按：毛文龍的戰功大多是兵部核准才確認，若毛文龍殺降人難民冒功，那孫承宗在奏折裡說：「隨行關外道袁崇煥逐一查驗三次，首級三百七十一顆，俱系真正壯夷」是怎麼回事？至於說毛文龍屢戰屢敗嘛，明朝方面沒有任何記載說毛文龍屢戰屢敗，後金《滿文老檔》中近百次提到毛文龍，前文已詳述，後金被毛文龍搞得焦頭爛額。但是現在有的清史學者列了許多毛文龍的敗績，這些敗績從何而來呢？其實所謂毛文龍的敗績都是出自《清太祖高皇帝實錄》，這部書是乾隆年間編修的，把所有後金方面的敗仗都給寫成了勝仗，乾隆年間正是篡改歷史、篡改各種中華典籍的高峰，關於袁崇煥被美化就是乾隆年間的事，後面我們會講到。你說關於毛文龍的後金方面記載，我們是該相信原始資料《滿文老檔》呢？還是該相信一百多年後被篡改出的穢史《清太祖實錄》呢？不言自明。關於毛文龍的所有敗績都出自《清太祖實錄》。）
三，文龍剛愎撒潑，無人臣禮。前後奏疏，俱在御前。近且有「牧馬登州，取南京如反掌」等語。據登萊道申報，豈堪聽聞？大逆不道，三當斬！（按：那些書信是毛文龍寫給皇太極耍他們玩的，所有書信都上報朝廷備案了。）
四，文龍總兵以來，每歲餉銀數十萬，不以給兵，月止散米三斗又半，侵盜軍糧，四當斬！（按：袁崇煥一上任就下令登州萊州海禁，所有運載糧餉的去往東江鎮的船隻必須先經過山海關，他剋扣了東江鎮八個月的糧餉，直到毛文龍派人交涉才結束，餓得東江鎮「人皆菜色」。那麼到底是誰在侵吞東江鎮的軍餉呢？至於說「每歲餉銀數十萬」嘛，從1621年到1625年朝廷總共撥給毛文龍五萬兩白銀，而此番袁崇煥赴任，朝廷共給他四百八十萬兩白銀、米一百八十萬石，另發內帑一百二十萬兩白銀、鎧甲四十萬具，紅夷大炮十門，其他弓箭軍械無數，到底是誰「每歲餉銀數十萬」則不言自明。）
五，擅開馬市於皮島，私通外番，五當斬！（按：開馬市是得到朝廷許可的，不然誰敢開？）
六，部將數千人悉冒己姓，副將以下濫給札付千。其走使、輿台、俱參、游名色，褻朝廷名器，樹自己爪牙，犯上無等，六當斬！（按：收家丁、養子是當時軍隊的普遍習慣，毛文龍的部下是有不少姓毛的，有的本來姓毛，有的是毛文龍的養子，改姓毛的，但難道這也是罪狀？）
七，由寧遠回，即劫掠商人洪秀、方奉等，取其銀九百兩，沒其貨，奪其船，仍禁其人，恬不為怪。積歲所為，劫贓無算，躬為盜賊。七當斬！（按：當時有些奸商私通女真，他們的船被沒收是應該的。洪秀、方奉估計就屬於這種情況，但由於歷史沒有記載，所以難說。）
八，收部將之女為妾，凡民間婦女有姿色者，俱設法致知，或收不復出，或旋入旋出。身為不法，故官丁傚尤，俱以擄掠財貨、子女為常，好色誨淫，八當斬！（按：沒有其他旁證。）
崇禎初年，曾經擔任登萊巡撫的武之望就攻擊毛文龍貪財好色，而毛文龍在給崇禎的奏疏裡是這麼回答的：「臣細閱其疏，污臣通奴貪財好色數款，試問武撫從何處得來？嗟，嗟！臣居刀槍劍戟中，八載於茲矣！果貪，果淫，果通奴，此輩短髮遼人，孰是善類？臣早為朝露，不待武撫今日下毒手也。污臣侵帑金欽賞入己，臣已有清算錢糧疏聞，可以無辯。」（《東江疏揭塘報節抄》）
毛文龍在東江這八年，環境艱苦卓絕，假如在此情況下毛文龍再姦淫婦女，那他不被兵變殺死還真是一個奇跡了！
毛文龍的家鄉杭州西湖是什麼地方？小橋流水人家的美女溫柔鄉，紙醉金迷之地，而東江鎮是什麼地方？朔風凜冽，前有強敵，後無軍餉的孤懸海外打游擊抗金之地。毛文龍不在杭州西湖搞女人，跑到東北冰天雪地的冒死來嫖女人？把腦袋別在褲腰帶上，在幾十萬亡命之徒中，來貪財好色？這到底是毛文龍腦子有病，還是說毛文龍貪財好色的人腦子有病呢？
九，文龍拘錮難民，不令一人渡海，日給之米一碗，令往夷地掘參（人參），遭夷屠殺無算。其畏死不肯往者，聽其餓死島中，皮島白骨如山，草菅人命，九當斬！（按：東江鎮的軍餉、糧餉朝廷是長期拖欠，1621年到1625年總共才給了五萬兩軍餉，袁崇煥一上任就對登州萊州實行海禁，扣了毛文龍八個月軍餉，毛文龍不得已才派人去後金的地盤挖人參，至於「聽其餓死島中，皮島白骨如山，草菅人命」則純屬子虛烏有。）
十，拜魏忠賢為父，塑冕旒像於島中，十當斬！（按：當時給魏忠賢立生祠是全國都有的現象，你袁崇煥在毛文龍丁卯之役血戰的時候還寫文章給魏忠賢歌功頌德，要求給魏忠賢建生祠呢，你還有臉說毛文龍。拜魏忠賢為父一事則完全沒有任何證據，前文已詳述。）
十一，鐵山之敗，喪軍無算，掩敗為功，十一當斬！（按：鐵山之戰，毛文龍的確敗了，毛文龍在鐵山一千多人跟後金軍八萬人打，誰能打贏？把你袁崇煥擱在那行嗎？但鐵山之戰後毛文龍在丁卯之役建立奇功你怎麼不說呢？）
十二，開鎮八年，不能復寸土，觀望養敵，十二當斬！（按：毛文龍的東江鎮是白手起家，東江鎮本身就是收復的土地，此外毛文龍在這八年期間還收復了金州和旅順，而你袁崇煥又可曾收復一寸土地？）
綜上，這十二條罪狀，純屬污蔑的有七條，斷章取義的有一條，根本就算不上罪行的有兩條，沒有確鑿證據的有兩條，就沒有一條能坐實的。
連一直歌頌袁崇煥、罵毛文龍的金庸，在《袁崇煥評傳》中都對袁崇煥捏造的這些罪狀看不下去了：
袁崇煥以尚方劍斬他的方式，卻也未免太戲劇化了些。毛文龍在皮島，畢竟曾屢次出兵，騷擾滿清後方，是當時海上惟一的一支機動游擊隊，滿清對他也一直頗為重視忌憚。這十二條罪狀中，有幾條平心而論並不能成立。毛文龍說取登州、南京如反掌，只不過一時誇口，並非真的要造反；向外國買馬，當是軍中需要；擅自封官是得到朝廷授權的，部將喜歡姓毛，旨在拍主帥的馬屁，也沒有甚麼大不了。
宣佈完毛文龍十二當斬後，袁崇煥拿出了尚方寶劍，毛文龍見狀，以為是皇帝下令殺自己的，於是最終服軟，不再反抗。吳惟英對此評價道：
煥言文龍跪而請死，正見其從容就義，所畏者國家三尺。如蒙二心，不第目無煥，抑且目無朝廷，死生大矣，寧肯長跪以服上刑？況毛亦有賜劍，將亦曰有旨，崇煥將何以自保？幸毛之自持一片忠赤，不以白刃而稍有動搖。
這段話的意思是，毛文龍也有尚方寶劍，假如毛文龍拿尚方寶劍來殺袁崇煥的話，袁崇煥就沒招了。其實吳惟英的這種解釋說不通，毛文龍的尚方寶劍是明熹宗給的，而袁崇煥的尚方寶劍是崇禎給的，前者已經死了，而後者才是當今聖上，顯然崇禎的尚方寶劍才更好使。話又說回來，崇禎在賜給袁崇煥尚方寶劍後，把此前明熹宗賜給滿桂和王之臣（遼東巡撫）的尚方寶劍都收了回來，遼東只有毛文龍的尚方寶劍沒收回來，崇禎的意思已經很明確，讓袁崇煥與毛文龍精誠團結，而不是用尚方寶劍來壓毛文龍，可袁崇煥連這層意思都沒明白，反而拿尚方寶劍殺了毛文龍。
袁崇煥拿出尚方寶劍後，毛文龍的部下也紛紛跪在地上，袁崇煥對毛文龍的部下說：「毛文龍不過是一個匹夫罷了，因為他守衛邊疆，官至都督，滿門封妻蔭子，酬勞足夠了吧？他竟然欺騙朝廷，無法無天！我們要五年復遼，就要奉行列祖列宗制定的國法，今日不斬文龍，何以懲後？皇上賜給我尚方寶劍，正是這個原因。如果我不能五年復遼，請求聖上到時像我殺毛文龍那樣殺我！」說罷將毛文龍斬首。毛文龍時年五十三歲。
殺毛文龍後，袁崇煥為了安撫東江鎮的毛文龍部下，假惺惺地親自到毛文龍靈柩前祭拜，並說：「昨日斬爾，乃朝廷大法，今日祭爾，乃僚友私情。」說著說著就哭了。袁崇煥此舉比曹操祭祀袁紹還要假，曹操祭祀袁紹除了安撫袁紹舊部外，的確有些真情，畢竟二人是兒時玩伴，而袁崇煥祭祀毛文龍則純粹是貓哭耗子。
袁崇煥居然有臉說「昨日斬爾，乃朝廷大法」，那我們就來說說什麼是明朝殺人的朝廷大法。
在明朝要想殺一個人是很難的，所有人犯了罪都要先接受審訊，都察院與大理寺、刑部共同審理案件，刑部管審案子，都察院負責糾察，大理寺負責駁正，合稱「三法司」。三法司共同審理完案子，定案後才能確定是否要處以死刑。只要不是謀反罪，那就不是斬立決，而是秋後問斬，而秋後問斬的人的名單必須拿到皇帝那裡去覆核，皇帝批准的方式是打鉤，每年刑部官員會把判死刑的人的全部名單讓皇帝打鉤，打鉤一個殺一個。一般情況下，明朝皇帝在打鉤的時候不是全打鉤，而是鉤一部分，留一部分不打鉤，以顯得天恩浩蕩，少殺生。當然，如果你真犯了死罪，這樣想逃生的話，也是懸，萬一皇帝把你的名字打鉤了怎麼辦？有辦法，賄賂皇帝身邊的司禮太監，他們負責奏折，只要你給他們錢，他們就會鑽空子，畢竟皇帝每天公務很多，不可能光打鉤，太監可以把寫著你名字的那份奏折放到一摞奏折的最下面，皇帝一份一份看，肯定今天看不完，明天再把新的一摞奏折放上面，寫著你名字的那份名單永遠在下面，就這樣你就永遠死不了，明朝就有一個人，從判處秋後問斬到死，用了二十多年，最後還是自己病死的。說這些就是想說，在明朝殺一個普通人都很難，然而袁崇煥卻繞開三法司，擅自殺了一品武官毛文龍，可見他惹了多大禍，這為他自己的死埋下了禍根。
有人會說袁崇煥有尚方寶劍，所以可以替天子殺人，而明朝祖制規定，即便有尚方寶劍，殺三品以上官員也要奏報天子批准方可，毛文龍可是東江鎮總兵、平遼總兵官、太子太保，朝廷的一品大員啊！整個明朝二百六十八年間，敢拿著尚方寶劍不經奏報就直接殺一品大員的，唯袁崇煥一人而已。
有人以崇禎在袁崇煥殺毛文龍後的批示，來作為崇禎支持袁崇煥殺毛文龍的證據：
毛文龍懸踞海上，糜餉冒功，朝命頻違，節制不受。近復提兵進登，索餉要挾，跋扈叵測。且通夷有跡，犄角無資，掣肘兼礙。卿能周慮猝圖，聲罪正法。事關封疆安危，閫外原不中制，不必引罪。一切處置事宜，遵照敕諭行，仍聽相機行。
其實不然，因為他已經把遼東全盤托付給了袁崇煥，將在外君命有所不受。崇禎本身是很器重毛文龍的，就沖遼東只有毛文龍的尚方寶劍還沒收回就可看出，但現在毛文龍已經死了，人死不能復生，如果以此追究袁崇煥，勢必會影響袁崇煥五年復遼，只要袁崇煥能實現五年復遼，那麼一切都可以由著袁崇煥來。當然，也正因此袁崇煥更是把自己逼上了絕路，只要他不能實現五年復遼，那麼他的下場一定比毛文龍更慘，歷史果然如此。
毛文龍的死訊傳開後，據一直抱著醜化毛文龍態度的《李朝實錄》記載：「許監軍者以經略差官來到椵島（即皮島），安頓軍兵。島中將卒聞其死，皆哭雲……」
島上的將卒聽說毛文龍的死訊後，都哭了，朝鮮人自從丁卯之役要害毛文龍沒成功，卻被後金一頓痛揍後，就一直對毛文龍持醜化態度，因此他們不存在為了美化毛文龍而故意編造事實的問題。所以毛文龍死後島上軍民一起痛哭的事一定是真的。
可是島上軍民為什麼要哭呢？是毛文龍生前給了他們什麼物質上的好處嗎？恰恰相反，他們在毛文龍手下一直是衣不蔽體，食不果腹，天天把腦袋別在褲腰帶上。那究竟為什麼毛文龍死後他們齊聲痛哭呢？
毛文龍在自己的奏折裡其實早就給出了答案，「看得奴之情與他虜異，遼人之情與各邊異。御虜之法，復遼之方，其機括又不可恆情拘，須用水火之民，鼓之大義，動以良心，自可致其死力。」
毛文龍把遼東如同水火的民眾曉以大義，憑著自己精忠報國的人格和俠肝義膽終於能讓他們在東江「致其死力」。
毛文龍在天啟七年的時候說「但恐臣在似無益於疆場，臣死未必不足為神京虞」，這句話一語成讖，就在毛文龍剛死三個多月，面對明朝的兵鋒從來沒出過遼寧省的後金在皇太極率領下長驅直入，殺到北京城下，這就是「己巳之變」，後面我們會詳細說。有毛文龍在，後金不敢走遠，一走遠就會被毛文龍端掉老窩，於是一直只是在遼東遼西進攻，袁崇煥的關寧錦防線就能起到作用；毛文龍一死，後金再無後顧之憂，於是就可以繞開關寧錦防線，經蒙古從河北西北部直撲北京，此後這種事共發生過五次。足見毛文龍之重要性。
毛文龍死後，天下冤之，《明季北略》說：「袁崇煥捏造十二條罪狀，矯制殺毛文龍，與秦檜以十二道金牌矯詔殺岳飛，古今如出一轍！」《明季北略》還記載，毛文龍死後，「清主大喜，置酒高會」。
《遼海丹忠錄》說毛文龍：
以忠遭疑，以忠得忌，鐵錚錚一副肝腸，任是流離顛沛，不肯改移；熱騰騰一點心情，任是飲刃斷頭，不忘君父，寸心不白，功喪垂成，一時幾昧是非，事後終彰他忠藎，這又是忠之變，忠之奇。
敵未亡兮弓已藏，令人揮淚吁蒼蒼。驅除未竟英雄志，萋菲猶污烈士腸。驅除未竟英雄志（沒寫錯，原文如此），變生繞柱駭秦王。素車白馬東溟上，一派雄心未易降。
八載艱辛固海東，神謀所向著奇功。旗騫夜月強胡縛，馬蹴春冰丑虜空。百萬黔黎歌德盛，千群鐵騎泣恩隆。可堪功大還招忌。血灑平原野草中。
吳惟英《挽毛大將軍》：
昨夜營星色黯然，訃音忽向路人傳。但嗟韓信成擒日，不見蒙恬禦敵年。功業已沉沙磧雨，精靈猶鎖海門煙。好收戰骨鴟夷裡，歸葬西湖岳墓邊。
佚名《毛將軍歌》：
八載艱辛擁鐵衣，將軍百戰奪城池。旌飄殺氣黿鼉徙，幟卷腥風島嶼迷。赤手擎天扶日月，丹心報國靖邊陲。塵沙獵獵吹人面，鉦鼓填填動馬蹄。慷慨一生渾是恨，悠遊千古復何悲。東來未遂吞胡志，南下那堪蹈逆機。氣壓蒼山雲斂彩，魂搖白刃日含暉。窮荒劍瘞神仍在，絕海舟焚勢與摧。事業已隨煙塵滅，功名都逐浪濤歸。明庭四紀空肝膽，青史千秋有是非。淚雨暗滋官路草，精靈虛拂故園薇。新蒲細柳春猶在，誰為招魂吊水湄。
《表忠錄》：
嗚呼！自文龍宿兵島中，敵竟歲無一騎闌入關，馬牛羊驢盈滿野。洎文龍為奸刃所害，不數月入喜峰口，大破，殺總兵滿桂、趙率教，遂長驅薄都城，萬口匈匈，皆指謂崇煥蜇我，不可以謬一時，後世顧可得欺耶？且清興非骨肉而王者四人，其一為吳三桂，其三人皆其所故部，彼非有蓋世之勞而致是，所部若然，則文龍可知矣。
清朝開國將領中封王的漢人，除了吳三桂外，尚可喜、耿仲明、孔有德都是毛文龍的部下，可見毛文龍麾下戰將之勇。
袁崇煥殺毛文龍後，毛文龍麾下孔有德、耿仲明諸將嘩變，拒絕再聽薊遼督師袁崇煥號令，投奔登州萊州巡撫孫元化，孫元化接受了他們，孔有德被任命為騎兵參將，耿仲明則被派往登州要塞。
崇禎四年（1631年）八月，皇太極率清兵攻大凌河（今遼寧凌海），祖大壽受困城內（詳見後文）。孫元化急令孔有德以八百騎趕赴前線增援，然登州遼東兵與山東兵素來不和，孔有德抵達吳橋時，遭遇暴雨，此時部隊給養不足，有一士兵搶了山東望族王象春的家僕的一隻雞，本來不是什麼大事，但是這個士兵也夠水的，跟了毛帥這麼些年，連一隻雞都沒搶過來，當場被王象春的家丁按倒在地，而後被遊街。
被遊街現眼的滋味不好受，尤其是偷雞賊，名聲更差，這個士兵在遊街過程中血性被激發出來，他拔刀殺了家僕，跑了。作為山東望族的王家自然不幹，要求查明真相，孔有德怒了，遼東戰局岌岌可危，你因為一隻雞跟我的部隊過不去，於是他在吳橋發動叛變，把王家滅族，在山東境內連陷臨邑、商河、青城諸城，率兵直趨登州。守登州的同為東江鎮老將的耿仲明打開城門，於是孔有德攻陷登州。孔有德也算念舊之人，當初孫元化收留了他們，所以他也沒為難孫元化，把他放了（後崇禎因登州兵變大怒，殺孫元化）。登州是明軍製造新式火炮和訓練炮兵的基地，有近百名葡萄牙等國外籍炮師與工匠，以及大批經過訓練的炮兵，俱為叛軍所獲。
崇禎得知登州兵變後大怒，派大軍鎮壓，與此同時東江鎮也發生兵變，袁崇煥派來接替毛文龍的總兵黃龍被叛軍割掉耳朵和鼻子，孔有德、耿仲明率軍攜帶登州的二十門紅夷大炮、三百門西洋火炮、三千匹戰馬乘登州的戰艦渡海來到東江鎮。而後他二人寫信給皇太極，信中說：「本帥現有甲兵數萬，輕舟百餘，大炮、火器俱全。有此武器，更與明汗同心協力，水陸並進，勢如破竹，天下又誰敢與汗為敵乎？」皇太極得信大喜，親自出郊十里迎接。至此，明朝的紅衣大炮等先進武器清國也有了，明朝在武器上也不佔優勢了。後金還因此而擁有了海軍。在孔有德、耿仲明投敵後不久，東江鎮大將尚可喜也投奔了後金，至此東江舊將悉叛。皇太極封孔有德恭順王、耿仲明懷順王、尚可喜智順王。
這就是袁崇煥釀下的大禍。有毛文龍在，這些勇將都能為大明效力，毛文龍一死，群龍無首，東江鎮無法維持，最終導致他們投敵。
有人會問，毛文龍把努爾哈赤打得都讓部下寫出「今金國汗欲棄遼東之地移向本土，豈能棄其生身之地及父祖之骸骨而去耶？故我等眾官商議，致書老爺乞一生路」這樣的話，那為什麼長期以來毛文龍一直被歷史忽視呢？為什麼梁啟超在《袁督師傳》中也說毛文龍該殺呢？（「夫以舉國不能殺，不敢殺之人，而督師毅然去之，若縛一雞而探一彀也。指揮若定，聲色不驚。嗚呼！非天下之大勇，其孰能與於斯？」）
梁啟超筆鋒之下常帶感情，關於他筆下的戊戌變法，本書最後一卷將會為您用翔實的史料證明，梁啟超筆下的歷史與歷史真相有多大差距。多年後，梁啟超自己都說自己寫的不是「信史」，是在自己感情支配下寫的。因為他是廣東人，便自然把廣東人袁崇煥捧得很高，畢竟在梁啟超之前，廣東出過的重量級名人也就只有洪秀全了，洪秀全自然沒法歌頌，所以他就歌頌袁崇煥了，既然歌頌袁崇煥那就會貶毛文龍。再比如梁啟超寫《王安石傳》時，也是犯了這個毛病，他跟王安石都是在變法，自然他也把王安石捧上了天。
近代學術大家除了梁啟超、康有為（他歌頌袁崇煥的動機與梁啟超相同）外，就再無大張旗鼓討伐毛文龍之人了。之所以毛文龍的歷史長期被掩蓋，從《滿文老檔》中的毛文龍屢戰屢勝，到《清太祖高皇帝實錄》中的屢戰屢敗，是因為如果清廷把毛文龍的真相都寫出來，那就等於告訴世人，自己曾經有一段時間因為毛文龍的存在而幾乎快要滅亡，等毛文龍死後才能繞開關寧錦防線進行遠征，最終入關。而如果把毛文龍的事跡抹殺，與此同時拔高袁崇煥，把袁崇煥塑造成能夠使明朝避免滅亡的跟岳飛、于謙一樣偉大的大英雄，而崇禎卻把袁崇煥殺了，等於說是崇禎自毀長城。這樣的話，就既可以斷了漢人反清復明的念頭（因為有宋高宗那樣的君主，昏君當道下「我大清」入關替天行道，為袁崇煥平反，可見我們比明朝統治者英明），使其絕望，又可以徹底在歷史上抹去清朝開國最黑暗的歲月，從而彰顯「我大清」從一開始就順應歷史潮流，無比強大的合法性。於是就有了袁崇煥的神話和毛文龍的「罪行」，毛文龍在《滿文老檔》中出現百次，是該書出現次數最多的漢人，可到了乾隆年間編修的《明史》，卻連個列傳都沒有，足見乾隆對於歷史篡改之徹底，而今人若不詳查，則定然上當！
之所以毛文龍長期被掩蓋，還有一個原因，毛文龍鎮江大捷中生擒並處斬的人中有三個重要人物：佟養真及其子佟豐年、其侄佟松年。此三人又是何方神聖呢？佟豐年和佟養真被毛文龍幹掉後，佟養真之子佟盛年繼承了佟養真的爵位，不久佟盛年改名佟圖賴，佟圖賴的女兒嫁給了順治皇帝，順治跟這個女人一起生了康熙。佟圖賴的次子是佟國維，佟國維的兒子正是雍正年間赫赫有名的隆科多。佟國維有兩個女兒都嫁給了康熙，其中一個女兒雖沒給康熙生孩子，但康熙最喜歡的卻是她，後來宮中一個出身低微的女人給康熙生了孩子，這個孩子就交給佟國維的女兒撫養，後來這個孩子在康熙死後繼位，年號雍正，而佟國維的女兒則成了太后。
由於佟家的赫赫聲望和人丁興旺，朝中與佟家沾親的人非常多，有「佟半朝」之稱。
由此可以說，毛文龍殺了康熙的姥爺的父親和兩個兄弟，佟家數代人為清朝征戰沙場，戰死者有佟養真、佟豐年、佟松年、佟國綱，這四人有三人是被毛文龍幹掉的，就從血緣關係而言，清朝豈能不恨毛文龍，豈能不把毛文龍盡全力抹殺？