然而，曹操迎天子的過程並不順利。
曹操的勢力範圍在兗州刺史部，與洛陽隔著豫州刺史部和司隸校尉部，要去迎接天子，他不如袁紹便利。曹操行動還是比較早的，在建安元年（196）春天獻帝一行還困在大陽的時候曹操就動身了，他親自率主力從兗州刺史部出發向西運動，首先來到豫州刺史部的陳國境內。
這裡現在是袁術的地盤，但袁術在這一帶的勢力並不強，他任命的陳國相袁嗣投降。曹操繼續西進，進入汝南郡和穎川郡，這兩個郡都是天下知名的大郡，但目前都在黃巾軍餘部的控制之下，他們的主要頭領有何儀、劉辟、黃邵、何曼等人，這些人過去曾依附過孫堅和袁術，算是袁術的盟友。
曹操命於禁指揮青州兵與這部分黃巾軍作戰，青州兵也是出身於黃巾軍餘部，打起仗來路數都清楚，於禁的行動進展很順利。黃邵想來個出奇制勝，他想夜襲曹操的大營，於禁率麾下人馬將其擊破，斬殺了劉辟和黃邵，何儀等人率眾投降，汝南郡和穎川郡基本被曹操佔領，於禁因為有功被曹操提拔為平虜校尉。
這時天子已經到了洛陽，曹操派曹洪為先頭部隊向洛陽進發，但快到洛陽時曹洪所部遭到了董承、楊奉等人的武力抵抗，不能前進。這說明直到現在獻帝也沒有把曹操當成未來的依靠，還把他看作不速之客。楊奉有一定戰鬥力，因為他手下有一個能打的猛人，此人名叫徐晃。
徐晃字公明，司隸校尉部河東郡人，年輕時曾在本郡做一名小吏，後追隨楊奉鎮壓黃巾軍，因為戰功逐步升至騎都尉，成為楊奉手下一名高級將領。
西行受阻，曹操心裡有點鬱悶，他的一片忠心換來的卻是敵意，這讓他多少有些無法接受。但由此打退堂鼓的話，不僅失去了一個機會，白跑一趟，而且從此會被貼上「不受朝廷歡迎的人」這樣的標籤，今後在政治上反而被動了。
真是進退兩難。
就在曹操進退不得的時候，得到了貴人的暗中相助，這個人是董昭。董昭此時任議郎，也經歷了千里大逃亡，並僥倖活著回到了洛陽。
董昭一向對曹操充滿好感，認為曹操的前途不可限量，聽說曹操來了洛陽，又在東面被阻，董昭決定用自己的智慧幫助曹操破解難題。董昭發現董承、楊奉、韓暹、張楊這些人互相都有矛盾，就利用他們的矛盾做文章，他覺得這些人裡數楊奉最好忽悠，於是找到他，給楊奉拿出一封信，說是曹操專門寫給他的。
楊奉打開信，看見上面寫道：「久聞將軍大名，早就想表達敬意。現在將軍率領軍隊，不怕萬難，讓天子能重返舊都，這樣的功勳舉世無雙啊！」對楊奉大拍一頓後，信中表示願意與楊奉結盟：「現今群凶擾攘，四海不寧，天子和朝廷至尊至重，我們的責任就是保護和輔佐，必須依靠眾位賢士來重建王朝秩序，這不是一個人能夠獨立完成的。心腹與四肢相互依賴，互為支持，缺一不可。將軍您應當作為京城內的主要力量，我願意做將軍的外援。現在我有糧食，您有軍隊，可以互通有無，互相接濟，同生死，共患難。」
曹操給楊奉寫信，為什麼要通過董昭代為轉交呢？
其實這封信是董昭偽造的，他模仿了曹操的筆跡和口氣給楊奉寫的信，楊奉卻信以為真，看完之後高興不已，對手下人說：「曹將軍的人馬就在附近，有兵有糧，正是國家現在要仰仗的呀！」楊奉於是向獻帝上書，任命曹操為鎮東將軍，承襲其父曹嵩的封爵費亭侯。
曹操接到詔書覺得很突然，他後來才知道是董昭暗地裡幫了忙。曹操趕緊上表謝恩，董承對曹操的態度也發生了很大改變，他悄悄給曹操寫了封信，讓曹操帶兵來洛陽。董承跟韓暹一向不和，還曾刀兵相見，為了扼制韓暹，董承也想拉曹操為外援。
從被拒之門外到很搶手，曹操的地位一下子發生了反轉，他立即率兵向洛陽進發。
建安元年（196）7月，曹操到了洛陽。
洛陽曾是曹操的家，他上學和工作過的地方，但現在已經面目全非了。曹操在南宮舊址上新整修的楊安殿裡見到了獻帝，君臣正深受糧荒困擾，曹操不僅兵力充足，還帶來許多糧食，獻帝很高興，宣佈由曹操主持朝廷日常工作（錄尚書事），並授予代表天子的節鉞，擁有臨時決斷之權。
曹操一到洛陽，就馬上想見到董昭，董昭已改任符節令，是少府屬下的司局級幹部，儘管曹操從沒有見過董昭，但可謂神交已久，一見面曹操就讓董昭跟自己並肩而坐。洛陽周邊目前還有董承、楊奉、韓暹、張楊等四個實力派人物，不解決他們將來都是後患，曹操利用他們之間的矛盾給予分化瓦解，先聯合董承和楊奉攻擊張楊和韓暹。
曹操上書彈劾張楊、韓暹，韓暹勢力較弱，以為曹操要對他下手，隻身匹馬跑到張楊營中躲了起來，獻帝念在二人迎駕有功的分上，要曹操不再追究。
8月，獻帝下詔撤銷韓暹司隸校尉的職務，改任曹操為司隸校尉。司隸校尉可以糾舉百官，在曹操的主導下，誅殺了尚書馮碩、議郎侯祈、侍中台崇三人。這三個人是什麼情況史書沒有詳細交代，曹操為何掌權伊始就大開殺戒，原因也不太清楚，也許這三個人早已惡名在外，誅殺他們既為自己立威，又順應了民意。
獻帝還下詔封十三個人為侯，獎勵他們一路上護衛天子的功勞。這十三個人是：衛將軍董承、輔國將軍伏完、侍中丁沖和種輯、尚書僕射鍾繇、尚書郭溥、御史中丞董芬、彭城國相劉艾、馮翊郡太守韓斌、東郡太守楊眾、議郎羅劭、議郎伏德、議郎趙蕤。一罰一賞，曹操進一步確定了自己的權威，加上兵力最強，有充足的後援保障，曹操對朝廷的控制力迅速增強。
但是，洛陽周圍十分殘破，沒有老百姓，朝廷在這裡落戶下去十分困難。而且董承、楊奉、張楊等人都掌握一定實力，隨時可能向曹操發起突然攻擊，這樣的局面讓曹操始終有如履薄冰的感覺。
如何擺脫這種被動局面？曹操問計於董昭，董昭向他建議：「將軍您興義兵、誅暴亂，入朝天子，輔翼王室，建立了不朽功勳，然而洛陽諸將人殊意異，未必服您，您如果留在這裡輔佐聖駕，很多事情會有所不利，不如遷都到許縣。朝廷剛剛還都，上上下下都期望盡快安定，馬上遷都的話可能大家不好接受，不過要做成非同尋常的大事，就得有超越常規的舉措，希望將軍您能果斷行事！」
曹操很贊同這個建議，但也有顧慮：「先生的建議很合我的想法，不過楊奉駐紮在梁縣，聽說他手下都是精兵，不會影響到遷都吧？」董昭說：「楊奉這個人缺少外援，之前授予您鎮東將軍、承襲費亭侯都是楊奉決定的，聽說最近他又寫信約束部下，足見他沒有太大野心。可以派人去向他表示感謝，以安其心。對他說京都缺糧，想讓聖駕暫幸魯陽，魯陽那邊糧食運輸容易。楊奉這個人有勇無謀，他一定不會懷疑。」
曹操聽完董昭的話，茅塞頓開。
董昭提到的許縣屬豫州刺史部的穎川郡，曹操進軍洛陽走的也是這條路線，在基本肅清了穎川郡內的黃巾軍餘部後，這裡已經為曹操所掌握。穎川郡之所以人才輩出，與它獨特的地理位置及自然條件有關。這裡地處中原腹地，沃土千里，氣候溫和，雨量充足，生物茂繁，自舊石器時期以來，一直是人類文明的聚集區。
穎川郡共有15個縣，幾乎每個縣都有不少名人，如陽翟縣的辛評、辛毗、趙儼、郭嘉，襄城縣的李膺，穎陰縣的荀氏諸傑，許縣的陳寔父子，長社縣的鍾繇，陽城縣的杜密等。許縣位於穎川郡的東部，曾經是古代許國的國都，許國雖然不大，卻前後傳承了十九世，存在600多年。
曹操也看中了許縣這個地方，一來這裡在自己的控制下；二來許縣有600年作為國都的歷史，城市建設有一定基礎；三來這裡物產豐富，穎川郡以及相鄰的汝南郡、南陽郡一帶是當時最重要的經濟區，有利於長期的後勤保障供應；四來自己手下有許多謀士是這裡的人，穎川郡乃至汝南郡的這些世家大族會站在自己這一邊。
獻帝本人可能也會傾向於遷都，原因很簡單，再待在這裡文武百官及宮人們恐怕都要餓死了，只要能提供糧食，遷到哪裡去獻帝都不會特別反對。
只要獻帝不反對，董承也不會反對。張楊駐紮在黃河以北，可以暫時不管他，韓暹已沒有太大勢力，反對不反對無所謂，幾個實力派人物中關鍵是楊奉，他駐紮在洛陽以南的梁縣，又和穎川郡緊鄰。
曹操於是派人去找楊奉，先對此前的事表達感謝之意，然後以洛陽殘破、糧食不足為借口遷獻帝到魯陽。魯陽這個地方屬於荊州刺史部的南陽郡，和梁縣很近，此時屬楊奉的控制區，楊奉自然也樂意。
最近以來，楊奉對曹操確實印象頗佳。
楊奉過去是李傕的部將，但再往前他也出身於白波軍，跟董承、張楊這些人沒有太深的淵源，目前雖然實力數他強，但總覺得別人會在背後算計自己。曹操到來後，楊奉潛意識中把曹操當成了知己，楊奉希望曹操的到來可以使洛陽的權力結構更加平衡。
對曹操提出的遷獻帝到魯陽的建議，楊奉果然覺得挺不錯，他舉雙手贊成。洛陽的殘破有目共睹，後勤保障已經成了大問題，也只有離開洛陽一條路。與其讓天子被張楊迎到黃河以北去，肯定不如弄到自己眼皮底下好哇。
楊奉支持，獻帝願意，董承不反對，曹操不再徵求張楊、韓暹的意見，8月中旬護送獻帝一行離開了洛陽，向南開進。獻帝一行到達洛陽八關之一的轅關，再往前就出了司隸校尉部，如果往魯陽，還要繼續向南走。
但大隊人馬卻突然改變了行進的方向，向東面轉進。楊奉接到報告大吃一驚，等他派人再探的時候，獻帝一行已經到了許縣。楊奉這才知道，原來上當了！楊奉大怒，立即聯合韓暹率兵來搶獻帝，但曹操早有準備，派兵在穎川郡的陽城一帶設伏，把楊奉、韓暹擊退。
曹操把天子一行迎到了許縣，因為還要對縣城進行重新修整，新建天子的行宮以及明堂等祭祖之所，所以先暫時讓獻帝住在自己城外的軍營中。等大體上把許縣的事安頓得差不多了，曹操親自率軍西征，進攻楊奉的基地梁縣，楊奉不是對手，戰敗後投奔袁術去了。此戰中，楊奉手下第一猛將徐晃歸順了曹操。
但是楊奉似乎沒有到達袁術那裡，他後來又和韓暹聯起手來，這二位仁兄，一個曾是天子正式任命的大將軍，一個曾是車騎將軍，居然又幹起了老本行，成為一支流寇。
打敗楊奉後曹操回師許縣，著手朝廷內外的各項建設工作。
許縣這個小城因為獻帝和朝廷的到來，迅速成為帝國現階段的政治中心，天子的後宮、朝廷辦事部門以及曹操的軍事指揮機構一股腦兒地湧到這裡，有些擁擠，但也只能因陋就簡，先安頓下來再說。
百廢待興，一切都還沒理出頭緒來，曹操卻先聽說了一件事，讓他吃驚不小，太史令王立不知出於什麼動機，多次跑去找獻帝，讓獻帝直接把皇位讓給曹操。
王立其人事跡不詳，太史令在秦時和漢初掌修史，最著名的太史令是司馬遷，東漢時修史的職責轉到蘭台和東觀，太史令專掌天時星歷，國祭、大喪、皇室娶嫁及時節禁忌都要聽取他的意見，雖不算部長級高官，但在一些國家大事上卻有發言權。獻帝搞不清他是什麼來路，想訓斥又怕他是曹操授意的，聽完只好一言不發。
王立來了勁，又多次找獻帝說這事。曹操聽說後，覺得得趕緊制止這個二桿子，他讓人給王立捎話：「知道你的心意，然而天道深遠，請勿多言！」
獻帝東歸期間朝廷三公九卿等高級文官隨駕同行，有好幾個人死於戰亂，目前已有不少缺員需要補充。此外，獻帝一路上還封了不少將軍，根據新形勢，也要做出相應調整。
獻帝近一段時間以來任命過的高級將領，按軍職自高到低共有：大將軍韓暹、驃騎將軍張濟、車騎將軍郭汜、征北將軍李樂、征西將軍胡才、前將軍公孫瓚、後將軍楊定、右將軍袁紹、衛將軍董承、鎮西將軍韓遂、平東將軍呂布、安南將軍劉表、安東將軍張楊、寧輯將軍段煨、輔國將軍伏完等。曹操自己是鎮東將軍，和呂布的地位差不多。袁紹雖然自稱車騎將軍，但朝廷從來沒有承認過，朝廷給他的正式軍職是右將軍，還是不久前郭圖出使河東郡時由獻帝正式任命的。
按照曹操的意思，獻帝下詔重新明確了帝國高級將領，該撤的撤，該留的留。韓暹、張濟、郭汜、馬騰、韓遂、李樂、胡才、楊定、張楊、段煨這些人，多出自涼州軍和白波軍，彼一時，此一時，他們現在大多數人已經成為朝廷的敵人，對他們的任命全部撤銷，沒有合適的人繼任就先空著。
袁紹、呂布、劉表、公孫瓚等人屬於地方實力派，雖然不在朝廷控制之中，但有個頭銜在，名義上他們都歸許縣朝廷領導，還是保留著。董承和伏完二位都是獻帝的老丈人，軍職自然不能撤。
韓暹空出來的大將軍一職，獻帝下詔授給了曹操。這個任命可能有點問題，因為大將軍的地位很高，已經超過了三公，這樣一來有人就會不服氣，後來為了這個任命，有人差點要跟曹操翻臉。
隨後曹操還對朝廷的文官體系進行了大幅度調整，現在的三公是太尉楊彪、司徒淳於嘉、司空張喜，他們倒是全都逃了出來，但對這幾個位置曹操還想另作安排，在他的要求下，獻帝下詔將這三個人同時免職。
曹操把太尉一職送到了袁紹。畢竟，袁紹曾經是關東聯軍的總指揮，也是自己名義上的領導，現在曹操擔任了大將軍，為了安撫袁紹，就把太尉一職讓給了他。司徒一職曹操給了名士趙溫，司空一職暫空。
近一年來，死在東歸路上的部長級高官包括：太常王偉，光祿勳鄧泉，京師衛尉士孫瑞，廷尉宣播，大司農張義、朱俊，宮廷少府田芬等。在曹操的主持下，朝廷先後徵召名士趙岐、張儉、桓典、徐璆、陳紀等人補充進來，加上還在位的韓融、榮邵、楊琦等人，基本上保證了朝廷的日常運轉。
趙岐本年90多歲了，他是曾經出使過關東的老臣，當年是他與袁紹、曹操相約迎獻帝回洛陽。張儉是個老黨人，本年也已經83歲了。陳紀之前說過，本年也71歲了，不過他就是許縣人，在這一帶很有影響力。這些人不大可能再做什麼實質性的工作了，比如像張儉，一到許縣來就關起自家的門不出，把公家配的專車掛了起來，根本不問任何事。這倒正符合曹操的意思，把這些老前輩抬出來本來就只是個招牌，目的是擴大新朝廷的影響力。
對於朝廷日常辦事機構尚書檯曹操比較重視，這可不是一個虛設部門，內外溝通、隨時掌握宮內動態都全靠它了，對於由誰來掌管這個要害部門，曹操心裡早有了合適的人選。曹操屬意的人就是荀彧，他曾在天子身邊擔任過守宮令，熟悉宮內事務，他性格沉穩，考慮問題周全，出身大族，容易與天子及各位老臣溝通，最重要的是，他對自己忠心耿耿，是可以信得過的人。獻帝下詔任命荀彧為尚書令，負責處理朝廷日常事務。曹操出征在外，荀彧實際上成了後方的大管家。荀彧也不負期望，把各項事務處理得井井有條，為曹操分了不少憂。
曹操還把程昱調過來當尚書，協助荀彧工作。程昱的任命雖然下達，但兗州那邊仍然離不開程昱，曹操讓程昱以東中郎將、濟陰郡太守的身份代替自己主持兗州的各項事務。曹洪、曹仁以及夏侯惇、夏侯淵等人負責掌握部隊，沒有進入到朝廷任職，隨著控制區範圍的擴大，曹操還讓他們兼任一些地方行政職務，如夏侯惇擔任陳留郡太守，夏侯淵擔任穎川郡太守，曹仁擔任廣陽郡太守。
朝廷遷到許縣後，洛陽方面也不能放棄，曹操此時兼任著司隸校尉一職，洛陽屬於自己的轄區，他讓為自己立下大功的董昭以洛陽令的身份留守在舊都。