在孫權兵圍合肥的同時，周瑜、劉備指揮孫劉聯軍加緊了對江陵等軍事要地的攻擊，讓曹軍新敗之後沒有喘息之機。
曹操也知道孫權兵出合肥的用意，但他無可奈何。赤壁之敗嚴重影響到士氣，而且疫病仍在蔓延，短時期內扭轉荊州的敗局沒有把握，如果此時孫權真的在合肥搞出了名堂，後果就太嚴重了。
赤壁之戰是近年來曹軍敗得最慘的一次，朝廷和地方上的反曹勢力說不定已經開始蠢蠢欲動，絕不能低估他們的能量。想到這些，曹操決定把主力從荊州撤回去。但是，江陵和襄陽兩個重鎮仍然不放棄，曹操任命曹仁為征南將軍，由原屬西部兵團的橫野將軍徐晃協助共同守衛江陵，原屬北部兵團的折衝將軍樂進守襄陽。
之後，曹操率領其餘主力北撤。
征南將軍是四征將軍之一，地位高於一般「雜號」將軍，如果徐晃這樣的「雜號」將軍是軍長，曹仁的征南將軍就是曹軍南方軍區的司令，意味著他可以節制整個戰區內的各路曹軍。
曹操剛走，周瑜就率人馬殺到江陵附近。這支人馬有數千人，曹仁率領征南將軍長史陳矯等人登城察看敵情，曹仁覺得必須乘敵人新到未穩，打他一個措手不及，用勝利提高隊伍的士氣。當時的江陵城仍然被失敗的陰影所籠罩，曹操率大部隊撤走後，這裡還能不能守得住，大家都在疑問。
為此，曹仁徵集了一支300人的敢死隊，由部將牛金率領，主動出城迎擊敵人。牛金，南陽郡人，日後逐漸成長為曹魏的高級將領，後來曾長期在司馬懿手下。牛金衝入敵陣，雖然殺了不少敵人，但畢竟人數懸殊，一下子被吳兵圍住，不能脫身。在城上觀戰的曹司令看到，立即讓人牽過戰馬，他要親自率兵解圍。
陳秘書長急了，趕緊跟身邊的人上來阻攔。曹仁不理，披甲上馬，只率領數十名勇士縱馬殺出城。陳矯是徐州刺史部廣陵郡人，曾經在曹操的司空府工作過，他雖然是個文人，但看到曹仁出了城，也不敢怠慢，找了匹馬就跟出了城。城外有一條小河，牛金等人在河對岸100多步外的地方正與敵兵廝殺，陳秘書長仍然考慮首長的安全，建議曹司令就在河這邊為牛金他們助陣就行，千萬不要再往前走了。
但曹司令好像沒有聽到，躍馬過了小河，殺入敵人陣中。經過一番搏殺，曹仁居然將牛金一行救了出來，不過回頭一看，還有幾個人仍然被圍敵陣中沒出來，曹司令二話不說再次殺回，最後把他們全部救了出來。
吳兵被敵方主將的這種氣勢所震撼，於是退兵。陳矯等人看傻了，見到曹仁不由得驚歎道：「將軍您真是天人啊！」
江陵暫未攻下，周瑜就派甘寧佔領了江陵上游的夷陵，即今湖北省宜昌市，這裡已成為益州的地盤。
劉璋派手下將領襲肅在這裡守備，襲肅率部投降。周瑜想把襲肅的人馬編入橫野中郎將呂蒙所部，呂蒙建議說襲肅是個人才，主動投奔，不宜於奪其兵權，周瑜採納。
夷陵被甘寧攻佔後，曹仁受到來自上下流的夾擊，為此他分兵夷城攻打甘寧。對於救不救夷陵，吳將分歧很大，大家認為現在兵力不足，如果分兵，曹仁必來攻，首尾難顧。呂蒙提出不同意見，他建議留下凌統防守，由周瑜親率其他人馬解救夷陵，只要凌統能守住十天，就不會有問題。周瑜接受呂蒙的建議，到夷陵大破曹軍，曹軍從夷陵退還。
這段時間30歲的年輕將領呂蒙脫穎而出，屢建功勳，孫權提拔他為偏將，守尋陽令，也就是以副軍長的身份兼任尋陽縣令。
曹軍隨後在江陵城外也取得了重大收穫，在一次激戰中，周瑜親自督戰，結果右臂被曹軍射中一箭，傷勢很嚴重。曹仁得知周瑜負傷，率軍前來挑戰，為了不影響士氣，周瑜勉強掙扎著起來，到各營巡視。
曹仁在江陵前後堅持了一年多，吸引了周瑜率領的主力和一部分劉備的部隊，為減輕其他戰場的壓力做出了貢獻。赤壁之戰後的第二年下半年，主戰場逐漸轉向東線的合肥，曹操決定把曹仁從江陵撤到襄陽。
曹仁撤走後，周瑜帶傷指揮作戰，迅速攻下江陵及其以東長江沿線的許多重要據點，從柴桑到夷陵一線的軍事要地基本上都被孫吳佔領。
孫權任命周瑜為南郡太守，駐守江陵；任命程普為江夏郡太守，駐守沙羨；任命呂范為彭澤郡太守，駐守柴桑。也就是說，今湖北省的宜昌市、荊州市、武漢市一直到江西省的九江市，近2000里的長江沿線全被孫權佔領了。
至此，曹操發起的荊州戰役才算完全落下了帷幕。
這一戰不能簡單地稱為赤壁之戰，因為赤壁遭遇戰僅是很小的一部分，這場戰役從曹軍南下襄陽開始，激戰當陽、接收江陵，孫劉聯軍於柴桑和夏口一線，之後赤壁遭遇，再接著是合肥之戰和江陵拉鋸戰，前前後後打了一年多。
對曹操來說，這一仗本來並不難打，比官渡之戰好打，比征河北好打，比北征烏桓也好打。但是，在官渡贏了，在河北贏了，在烏桓人那裡也贏了，唯獨在這裡輸了。有人歸之於曹操在戰略上的失誤，有人歸之於曹操的輕敵，有人歸之於疫病，有人歸之於那場大火。其實說起來這些因素都有，既有主觀上的輕敵，也有客觀上的不利。
這場戰役成為一個轉折點，一路勢如破竹般攻城略地的曹操不得不停下擴張的腳步，以更大的耐心與孫權和劉備這兩個對手糾纏，這個時間還將很長很長。
曹操是建安十四年（209）初由荊州返回北方的。
與半年前南下時順風順水、一路所向披靡相比，曹操的返程顯得很壓抑。他甚至沒有在襄陽做停留，直接由南陽郡境內撤到了許縣。曹操在許縣沒有停留，因為此時合肥城外仍處於膠著狀態，曹操決定親自去解圍，會一會孫權。
建安十四年（209）3月，曹操率主力向揚州刺史部轉進，這時接到了合肥前線的戰報，說孫權已經撤軍了。合肥可以暫時不去了，此時曹操離老家譙縣不遠，他決定回一趟老家，讓部隊也在那一帶休整休整。官渡之戰結束時曹操曾重返故鄉，並在此練兵，然而今非昔比，那一次是打了大勝仗，這一次打了大敗仗。
不過，這對曹操沒有太大的影響，有人喜歡衣錦還鄉，而在遭遇失敗和挫折時不敢面對故鄉和親友，曹操不那麼看，十多年的戎馬生涯，早已讓他把成敗看得很淡，輸得起的人才能贏得起。曹操很認真地在譙縣一帶練起了兵，與上次練兵不同，這一次主要練的是水軍。
曹操認為水軍是自己的一個弱項，是赤壁之戰導致全敗的主因，要戰勝孫權，重新奪回荊州，必須建設一支強大的水軍。
譙縣位於渦河邊上，這條河通船運，而且可以直通淮河。曹操在渦河上設立了造船基地，加緊打造戰船。渦河比不上淮河，更比不上長江，曹操這時候造出來的只能是排水量較輕的戰船。
到這一年的秋天，曹操在譙縣練兵也有幾個月了，從四面徵調以及新打造的各式戰船也有了相當數量，曹操決定率領包括水軍在內的主力前往合肥前線，讓水軍在實戰環境下接受考驗。他們走的路線是由渦水進入淮水，再由淮水進入淝水，直達合肥城外。
出發前，曹操專門發佈了一道軍令：「近來大軍多次出征，遇到疾病蔓延，讓許多官兵死在了外面，造成夫妻不能團聚，百姓流離失所，有仁愛之心的人難道願意這樣嗎？這實在是不得已呀。現在命令，死者家裡凡是沒有產業來養活自己的，政府不得停發其口糧，地方行政長官要經常撫恤慰問，以了我的心願！」這既是對犧牲將士的祭奠、對家屬的安慰，更是對目前仍然效命廝殺的這些將士們的激勵。
曹操趕到了合肥，在此住了幾個月。
在此期間，曹操調整充實了揚州刺史部以及各郡縣的官吏，並大興水利工程，推行屯田建設，親自主持重修了芍陂等水利工程。
芍陂又叫安豐塘、期思陂，最早由春秋時期楚國著名宰相孫叔敖主持修築，是一個人工水庫，被譽為「世界塘中之冠」，與都江堰、漳河渠、鄭國渠並稱中國古代四大水利工程。芍陂的位置在今安徽省壽縣以南，處在淮河眾多支流的包圍之中，周圍又是廣闊的良田，地理位置十分優越，水域面積比今天大得多。曹操重修芍陂，發揮它的灌溉、航運作用，配合周邊地區的屯田，這裡成為重要的糧食基地，這對進一步鞏固合肥的戰略地位十分重要。
在揚州刺史溫恢、別駕蔣濟以及負責屯田的綏集都尉倉慈等人的領導下，曹操在揚州的勢力得到一定程度的鞏固，曹操從其他戰場上抽調了樂進、張遼、李典等率部移防過來，加強了這裡的軍事力量。
合肥的戰略地位於是進一步上升，揚州方向敵我攻守的焦點之前是壽春，今後變成了合肥。有劉馥打下的基礎，又經過不斷整修，合肥的城防工事更加堅固。
孫權在合肥沒有得手，今後還將多次組織人馬對這裡展開搶奪，但合肥一直沒有失守過。