建安十九年（214）還發生了一件大事，就是伏皇后事件。
早在荀彧去世前伏皇后事件已經暴露，但曹操一直引而不發。一直到建安十九年（214）的11月，各項政治改革完成後，曹操才把這件事公佈出來。
獻帝劉協的正妻伏皇后多年前寫的一封信被公佈，在這封信裡伏皇后以激烈的語言表達了對曹操的不滿，並請自己的父親、時任屯騎校尉的伏完設法除掉曹操。絕大多數人對此事並不知情，這封信一公佈就在政壇上激起了巨大波瀾，十多年前董承事件讓人記憶猶新，而伏皇后的地位和影響遠大於董承的女兒董貴人。
伏皇后名叫伏壽，今年35歲，比天子大一歲，她是豫州刺史部琅邪郡東武縣人。東武縣即今山東省諸城市，本地的伏氏是漢代著名的經學世家，名門望族，歷代多有顯官達宦。伏壽的父親伏完是前大司徒伏湛的八世孫，世襲不其侯的爵位，後來娶了桓帝劉志的女兒陽安公主劉華為妻，是桓帝的女婿。
早在初平元年（190）伏壽就被選進皇宮，開始是貴人，興平二年（195）被立為皇后，那一年她才16歲。她陪伴獻帝度過了在長安那段最痛苦難熬的時光，又在東歸途中吃盡了苦頭。
有一次，獻帝東歸的隊伍被李傕的軍隊追擊，身邊的人四處逃散，只有伏皇后等少數幾個人，他們被逼到一條河邊，獻帝受到驚嚇不敢過河，伏皇后背著獻帝蹚水過河，才到了河對岸。過了河又碰到亂兵，這幫人舉刀就要亂砍，關鍵時刻伏皇后趴到獻帝身上大喊：「這是萬歲陛下！」正是伏皇后的勇敢才讓獻帝免於一死，獻帝的腳卻受了傷，伏皇后把衣服撕了為他擦血、包紮傷口。所以伏皇后和獻帝算是一對患難夫妻，他們歷經了兵亂、饑荒和逃亡，到了許縣才慢慢穩定下來。
伏皇后的父親伏完開始被拜為輔國將軍，享受三公的待遇，但與董貴人的父親董承相比，他手中並沒有什麼實權，因而也避免了董承的下場。伏完對自己的處境很清楚，於是主動提出辭去軍職，被改任為中散大夫，後來又改任屯騎校尉，這是北軍五營之一的指揮官，原來也是一個舉足輕重的角色，但此時許縣的防衛工作都由曹操派來的嫡系部隊掌管，伏完的這個職務也只能是掛名。
伏皇后可能目睹了董承事件，尤其是董貴人在懷有身孕的情況下仍然被殺，使她深受刺激，恐懼、憤懣之下她給父親寫了那封密信。
建安十四年（209）伏完去世了，他世襲的不其侯爵位由兒子伏典繼承。按說伏完一死這件事也就帶到墳墓裡去了，只要伏皇后自己不說，也就不會有人知道。
但是，建安十九年（214）11月曹操卻神秘地拿出了伏皇后寫的那封信，把這樁舊事端了出來。之前說過，這件事曾把荀彧牽涉了進去，曹操之所以能得到這封信，與伏完的妻弟樊普告密有關。樊普其人不詳，伏完的妻子是桓帝的女兒，那樊普有可能是桓帝另一個女婿。
曹操翻出這件舊案，目的是打擊獻帝，他強迫獻帝下詔廢除皇后，獻帝不得已，只得違心下詔：「皇后伏壽出身卑賤，登顯尊之位身處後宮，既沒有賢良美德，又沒有美好才華，卻私下裡懷有妒忌之想，包藏禍心，不能承天命，奉祖宗。」曹操命令御史大夫郗慮拿著皇帝的信物以及詔書到後宮向伏壽宣佈決定，收繳伏壽的印綬，強行將她遷出中宮，移到別的宮室居住。
荀彧被免去朝廷的尚書令一職後繼任者是華歆，郗慮去抓伏皇后，華歆是副手，他帶兵直接進入宮中搜捕，獻帝把伏皇后藏在夾壁牆中，但被華歆發現，華歆命人把牆砸開，把伏皇后弄了出來。獻帝正跟郗慮坐著說話，伏皇后披頭散髮、光著腳被人拉了過來，她拽著獻帝的手說：「就不能想辦法讓我不死嗎？」獻帝也悲憤難當，他對妻子說：「我都不知道自己能活到什麼時候。」獻帝轉過頭來對郗慮說：「郗公，天下難道有這樣的事嗎？」
伏皇后被關進宮廷裡的監獄，最後幽禁至死。伏皇后與獻帝所生的兩個皇子也都被鴆殺，受此株連，伏氏一族男性中有100多人被殺，女性中有19人被流放到幽州刺史部涿郡。
一向比較能容人的曹操在處理董貴人、伏皇后事件上表現得十分嚴厲，這是他對此類事件的一貫態度所決定的，十多年前處理董承事件中他也是如此果斷，甚至更為殘酷，就連懷有身孕的董貴人也沒有放過。
在曹操看來，可以接受戰場上的降將，可以原諒背叛過自己的人，但不能容忍有人在身邊搞陰謀。通過伏皇后事件曹操再次向世人表達了他在政治上的訴求，那就是凡涉及政治問題、政權問題他都不會有半點讓步，無論是天子還是皇后，凡在政治上向他發起挑戰的，都將受到無情打擊。
還有一種解讀，認為曹操此舉是為自己的女兒當皇后掃清障礙。一年前，即建安十八年（213）的7月曹操有三個女兒同時被聘為貴人，她們的名字分別是曹憲、曹節和曹華。曹操有25個兒子，如果按照男女出生比例大致相當的算法，他的女兒也為數不少，但留下名字的只有這三個，其他知道名號的還有清河公主、金鄉公主、安陽公主、高城公主等少數幾個，其中清河公主是曹操的長女，嫁給了夏侯惇之子夏侯楙，安陽公主嫁給了荀彧之子荀惲，金鄉公主嫁給了曹操自己的養子何晏。
在這三個女兒中，除曹憲年齡較長外，曹節和曹華年齡還小，暫時留在家中。第二年春天，獻帝派太常卿王邑、宗正卿劉艾持節前往魏公國迎接其餘二女入宮。儀式相當隆重，王邑、劉艾帶著五位副手，以及黃門侍郎、掖庭丞、中常侍各二人，攜帶了「束帛駟馬」等聘禮前來「魏公國」迎接，在魏公宗廟前授給兩位貴人印綬，隨後兩位貴人到鄴縣城內的延秋門拜別父親曹操，並在此登車。曹操派魏公國的郎中令、少府、博士、御府乘、黃廄令以及丞相府的有關人員侍送貴人。兩位貴人到達許縣附近的洧倉，暫時在此下榻。獻帝派人迎接入宮，御史大夫郗慮及以下全體高級官員在宮中集會，招待魏公國使者在殿中飲宴。
到伏皇后事件發生前許縣宮裡剛剛有曹操三個女兒當貴人，所以伏皇后被廢不由得不讓人產生聯想，這是不是一場策劃好的陰謀？關於這樣的說法在當時一定會議論紛紛。
對於這些議論，曹操乾脆用行動直接給予了還擊。
伏皇后被廢的第二年，即建安二十年（215）的正月，曹操讓獻帝下詔冊立曹節為新皇后。曹節是曹操進宮的三個女兒中年齡排在中間的一個，有史書說曹操的爺爺曹騰的父親叫曹節，對此很多人表示懷疑，因為曹操的這個女兒也叫曹節，曹操總不可能會給女兒起個與她曾祖父相同的名字吧？所以有人解釋，曹騰的父親名叫曹萌，繁體字的「節」與「萌」很相近，造成了傳抄的錯誤。
董承事件後曹操對獻帝的後宮一直不放心，三十多歲的獻帝也不是個肯於安分的人，如果再出一個董承那樣的人，不知道會弄出什麼事來。現在不管怎麼說，女兒成了皇后，曹操對天子的控制更進了一步，他再也不用擔心後宮裡有人搞陰謀詭計了。