20世紀初孔子形象的迅速低落，與日本在「脫亞入歐」的過程中對於孔子和儒家的否定有關。章太炎曾在《訂孔》一文中引述日本人遠籐隆吉的話說：「孔子出於支那，則支那之禍本也。」章太炎也首開了直接攻擊孔子的先例。1906年，章太炎在東京留學生的歡迎會上說聽到有人說他有神經病，反倒格外高興。他說他之所以激烈攻擊孔子是因為受康有為提倡孔教的刺激。
據馮自由在其《中華民國開國史》中的描述，章太炎在1896年當《時務報》的記者之時，就已經不同意康有為建立孔教會的主張。「歲丙申，夏曾佑、汪康年、梁啟超發起《時務報》於上海，耳章名，特禮聘為記者，章梁訂交即在此時。章嘗叩梁以其師宗旨，梁以變法維新及創立孔教對，章謂變法維新為當世之急務，唯一尊孔設教有煽動教禍之虞，不能輕於附和。」
在章太炎的自編《年譜》中，提到他因為反對孔教的主張和康有為的弟子們發生過衝突。「春時在上海，梁卓如等倡言孔教，余甚非之。或言康有為字長素，自謂長於素王，其弟子或稱超回、軼賜，狂悖滋甚。余擬以向栩，其徒大慍。」當時的思想家深受明末王宗羲和王夫之等人觀點的影響。章太炎指出康門弟子主要依《明夷待訪錄》，而他則標舉王夫之的《黃書》。但最終的結果是章太炎回到杭州。「麟自與梁、麥諸子相遇，論及學派，輒如冰炭。仲華亦假館滬上，每有議論，常與康學癥牾，惜其才氣太弱，學識未富，失據敗績，時亦有之。卓如門人梁作霖者，至斥以陋儒，詆以狗曲，面斥之雲狗狗。麟雖未遭詢，亦不遠於轅固之遇黃生。康黨諸大賢，以長素為教皇，又目為南海聖人，謂不及十年，當有符命，其人目光炯炯如巖下電，此病狂語，不值一笑。而好之者乃如蘌蜣轉丸，則不得不大聲疾呼，直攻其狂。」（章太炎《致譚獻書》）
不過章太炎之所以反對康有為，除了政治立場的差異之外，多少夾雜有古文經學和今文經學的門戶之爭的意氣成分。但他主張批評應在學術範圍內，而不能借助權力羅列罪名，所以，他反對《翼教叢編》那樣對康有為的攻擊。
不過在康有為盡力將孔子構造成改制之教主的時候，章太炎則盡量將孔子「去魅」，將其描述成一個歷史學家和教育家，一個不成功的政治家。在章太炎眼裡，孔子是一個沒有勇氣又善於鑽營的人。「他（孔子）教弟子，總是依人作嫁，最上是帝師王佐的資格，總不敢覬覦帝位，及到最下一級，便是委吏乘田，也將求去做了。諸君看孔子生平，當時攝行相事的時候，只是依傍魯君，到得七十二國周遊數次，日暮途窮，回家養老，那時並且依傍季氏，他的志氣，豈不日短一日麼？所以孔教的最大污點，是使人不脫富貴利祿的思想。自漢武帝專尊孔教之後，這熱衷於富貴利祿的人，總是日多一日。我們今日想要實行革命、提倡民權，若夾雜一點富貴利祿的心，就像微蟲黴菌，可以殘害全身，所以孔教是斷不可用的。」（《東京留學生歡迎會演說詞》）章太炎並不認為古代的東西可以盡棄不用，他提倡「國粹」的意思是將古代的文獻制度當作歷史作為研究對象，而不是不可冒犯的神聖之物。因此章太炎的轉折實際上是一種「去魅」過程，他消除了人們在攻擊孔子時的心理障礙，為新文化運動對儒家思想的徹底抨擊提供了心理基礎。
（干春松）