自漢代以來，儒家一直處於一種獨尊的地位，雖然儒家自身的包容性和勸誘性的品性，並不導致對別的觀念體系如佛教、道教的絕對排斥，但是因為儒家作為一種制度化的存在，使得其權威性、經典性地位得到權力的保護。而以儒家經典為內容的科舉考試制度的存在，使得儒家傳播與權力和利益之間存在著密切的聯繫。
但是，近代以來儒家面臨著複雜的局面，科舉制度在八股文和大量的「捐納」（以錢買功名）衝擊之下，日趨衰落，特別是「太平天國」起義失敗後，軍閥勢力的崛起，近代工商業的發展和資本主義的興起，紳士階層不斷分化，儒學的傳播和社會控制力，已經逐步失去了制度化的保障，進而失去獨尊的地位。
尤其值得一提的是，在「治外法權」保護之下，基督教傳教活動獲得了合法性，傳教士享有特權，他們採用「科學傳教」的方法，即通過興辦教育和傳播西方近代科學為手段來樹立傳教士的形象及最終達到傳教目的的做法，使一向被儒生所獨佔的話語權力和儒生在社會生活中的特權，均被傳教士所分享。
當然，對於儒家和儒學而言，最為嚴重的衝擊來自戰爭的失敗和國內社會矛盾的激化。民生的艱辛和在外力面前的無力，導致人們對於作為整個社會秩序的合法性基礎的儒學產生普遍的懷疑，儒家不再是真理的理所當然的代言者了。
與此同時，西方的知識體系，則被越來越多的人所接受。
19世紀60年代，以學習外國文字、培養對外交往人才為目標的同文館設立後，雖然實際的運作並不順利，如當時有人提議開設天文、算學館，引起了激烈的爭論，反對者還用「用夷變夏」這樣的大帽子來打壓。後來勉強可以招生了，但幾乎沒什麼人報考，原因是這些知識當時被視為「奇技淫巧」，不像學習儒學，參加科舉這樣被視為「正途」。
到了19世紀80年代至90年代，隨著洋務學堂的開設，一些官辦或官督民辦企業的創立，學習西方的必要性已經被一部分思想先進的知識分子所接受，當時爭論的要點已經不在於是否要學習西方而在於到底應向西方學什麼。「中體西用」是當時流行的口號，對於西方知識的稱呼，也由原初的「夷學」轉變為「西學」。
到甲午戰爭特別是八國聯軍入侵北京之後，越來越多的人樂於用「新學」之名代替「西學」，主張「居今日欲尚西學，莫如先變其名曰新學」（范思祖《華人宜習西學仍不能廢中學論》，《皇朝經世文新編續集》卷十二）。理由是聖人就有「其命維新」的說法。這種名稱的改變其實還蘊涵著複雜的心理原因，即可以讓人不致太注意中西之間的差別，避免保守勢力用閉關自守的思維模式來阻止人們引進新思想。
從儒家思想本身而言，近代的思想家在保國、保教、保種的多種壓力之下，對儒學本身也在不斷進行調整應對，努力對其進行新的轉化，使之適應時代的需要。不管這種調整是主動還是被動的。比如他們努力擴大儒學的包容性，曾國藩說儒學有「有義理之學，有辭章之學，有經濟之學，有考據之學」，在傳統的「義理、辭章、考據」基礎上，特別加上經濟，凸顯了經世思想在儒學中的意義，這也是整個晚清儒學的基調。
這種經世精神和西方科學精神的結合甚至帶來了長期被冷落的諸子學在近代的復興。一方面，大量被塵封已久的諸子學著作被挖掘出來，加以考訂、註釋；另一方面，墨家、道家、名家的思想被認為是可與儒家思想互相補充。這種觀點被時人所接受和發揚，有的人開始將諸子學和西方思想結合起來，比如將墨學和邏輯學結合起來，將管子和管理學結合起來等，試圖從本土文化資源中找到更多的解決現實困境的方法。
在「中體西用」的理論框架下，儒學在盡其可能地吸收西學的成分，最典型的如康有為，甚至將春秋中的「三世說」和君主立憲相結合，試圖用基督教教會的方式而使儒家成為國教，如此等等。
但是，儒家的獨尊地位最終是「無可奈何花落去」。儒學內部的批評力量越來越尖銳，特別是譚嗣同的《仁學》，公開對儒家的支柱性體制「名教」和「禮教」提出激烈的批評，而康有為等人對於儒家經典的解釋客觀上正如他的反對者所說，導致了人們對於經典的普遍的不信任。
特別是晚清以西方為榜樣的社會改革，日益侵蝕著儒家思想的價值空間。以西方知識為基本內容的教育制度的確立取代了科舉制度，大眾傳播的出現使知識的傳授和接受更加受極端性的觀念所左右，特別是新的政治法律制度的建立，儒家的「親親尊尊」觀念被平等和自由所取代。這種變化使儒家思想不再成為確立社會秩序的基本原則，同時它也失去了制度化的保障，而成為無根的「遊魂」。
（干春松）