康熙元年（1662）十一月，北方已經進入初冬時節，萬物蕭索，所有生物都萎縮著，準備度過漫長的冬季；南方雖然還有綠色，但是在一股股寒潮侵襲下，大地也已經不再葳蕤，有了一種蒼茫的顏色。湖州市陷入到莫名的恐懼之中——公安部副部長羅多同志率領數十個全副武裝公安人員徑直來到湖州，事先沒有通知浙江省負責人，到了湖州也沒有通知湖州市負責人，如虎狼一般直撲湖州市郊區的南潯鎮，把莊允城和朱佑明的宅邸圍了個水洩不通。
最近一段時間，莊允城和朱佑明雖然內心忐忑，卻絕對沒想到天朝會派人來直接介入此案，因此毫無防備，在家裡束手就擒。羅多把他們押解到湖州市，湖州市領導方如大夢初醒，趕忙佈置接待，此時莊允城和朱佑明已經被打入死牢，等候審訊發落。
羅多首先尋找《明史輯略》刻版，莊允城招供說刻版已經由湖州市領導陳永明收去。羅多這才打電話找來湖州市現任市長譚希閔，向譚希閔追詢。此時，前任市長陳永明已經辦理離休手續，譚希閔說他到任僅一個月，不記得陳永明離開時交代過有《明史輯略》刻版一事。羅多副部長傳來管庫人員質問，庫吏正是那個撮成莊允城和陳永明之間交易的周國泰，周國泰怕把陳永明的醜事抖摟出來，把自己牽扯進去，一口咬定陳永明市長已經將《明史輯略》刻版移交給譚希閔。羅多又派人詢問陳永明，陳永明害怕暴露受賄一事，也一口咬定離休之前把刻版轉交給了接任市長譚希閔。譚希閔口舌無辨，目瞪口呆，被羅多副部長認定有意陷害前任，當即判處絞刑，死在了任上。羅多副部長押解莊允城、朱佑明於當年十一月下旬抵京結案。
莊允城對事情的嚴重性嚴重缺乏估計，即使被押解進京了還幻想上疏申辯，以為天朝明察秋毫，諒解他沒有什麼政治圖謀，可以脫罪。這是一種典型的「小民」思維，與天朝的政治邏輯風馬牛不相及——天朝從來不會認為個人動機（不管好的動機還是壞的動機）可以給事件造成推力，天朝看重的是推動事件形成和發展的政治動因。那麼，天朝從《明史輯略》非法出版問題上看到的政治動因又是什麼呢？這個問題深刻而又複雜，我放到後面再說。有一點確定無疑：事件遠遠不是莊允城那幾句解釋就可以說明白的，這也就意味著事情鐵定要向莊允城無法預料的方向發展，莊允城無法為自己做無罪辯解，這時候他事實上已經成為了砧板上一隻等待分解的肉雞。
莊允城被關入刑部監獄，受盡了折磨。儘管刑部曾讓他與檢舉揭發者吳之榮在堂上對質，但刑訊人員只是讓他確認《明史輯略》是否自己所編，接下來就讓他在罪狀上畫押。畫押就等於服罪，莊允城深知這一筆畫下去的後果，決不從命。莊允城老淚縱橫，悔不當初，不勝淒楚。幾經酷刑折磨，氣息奄奄，不到一個月就懷著一腔怨憤於臘月二十三日庾死獄中。
朱佑明與吳之榮對質時，吳之榮抓住《明史輯略》上的「朱史氏即朱佑明」一條，咬定朱佑明參與修訂「逆書」。朱佑明極力否認，即使受鞭笞火烙也在所不惜。一個偶然的機會，朱佑明與同樣押解到京審訊的湖州市教委主任趙君宋關押一處，朱佑明請趙君宋為他辯護遮掩，說：「趙主任您是目前唯一看過原書、最早指出逆書有違礙之處的人，對於朝廷來說也算有功，必得釋放，如果你老人家救我一家人性命，我情願把一半家產分給你。」
趙君宋主任見錢眼開，即使死生存亡之際，面對數十萬兩白花花銀子的誘惑也無法保持平靜，滿口答應。刑部提審時，趙君宋信誓旦旦：「原刊書中『朱史氏』三字下沒有『即朱佑明』等字，犯人（指趙君宋自己）有書為證。」這是案情的重大逆轉，刑部把趙君宋重新押回湖州，按照趙君宋的供述和指點，在湖州教委大樓一間堆放雜物的房間壁櫥裡找到了那本原刊的《明史輯略》。
趙君宋做了一件蠢事！吳之榮是為了報復莊允城和朱佑明才攜書具狀上告的，他不想傷害無冤無仇的作序的李令皙以及參訂之人，所以在給刑部送呈那部《明史輯略》之前扯去或挖改了印有序言和參訂者姓名的冊頁。雖然莊允城受刑不過招認曾經請李令皙作序，但莊允城已死，李令皙無證無質，尚有活命的餘地，而趙君宋獻書一出，證據俱在，所有開列在書頁上的人就都無法逃脫了。
康熙二年（1663）正月二十日清晨，湖州市突然戒嚴，所有城門都關閉起來，城中文武官員率數百名八旗子弟兵，分別按照書中有名姓者之各家，無論父子兄弟祖孫及奴僕內外男女全部拿獲，僅李令皙一家就綁縛了一百多人，甚至包括前來拜年的親戚、鄰居。莊允城和朱佑明兩家被拿獲數百人，湖州以外的涉案人員，也在很短時間內被緝拿歸案。是時，皇權從順治帝傳遞到了康熙帝手裡，康熙帝尚年幼，依照順治帝遺詔，由鰲拜等四大臣輔政，這意味著國家統治機器完好，一絲不減其效率與功能，能夠對危及存在的任何存在做出反應。
康熙二年（1663），莊廷瓏「明史案」正式結案——就像兩千多年以來在這塊土地上一再上演的那樣，牧者開始殺羊了！以康熙帝名義頒行天下的聖旨嚴厲而具體：凡參與組織、編寫、刻版、印刷裝訂、買賣「逆書」以及有書不繳者均處以極刑，格殺勿論，各家財產藉沒，案犯男性家屬，凡年滿15歲以上均判絞殺。
五月二十六日，上千名囚犯被圈攏在杭州市弼教坊廣場等候結局。囚犯們臉色蒼白，渾身哆嗦，涕泗橫流；白髮蒼蒼的老嫗、懷抱嬰兒的少婦、尚未成人的兒童呼天搶地，淚水橫飛。國家機器的聲音迴旋在寂寥的長空：「莊廷鉞，凌遲處死！朱佑明，凌遲處死！李令皙，凌遲處死……」在行刑手鋒利的刀片下，一片片肌膚被割下，鮮血像小溪一樣流淌，淹沒了行刑手腳面，在大地上蜿蜒，慘絕人寰的叫聲就像人類向這個世界發出的最後的控訴，響徹寰宇；負責砍殺的劊子手將犯人逐個推到行刑台上，大刀翻飛，寒光閃爍，鮮血噴湧，人頭就像某種物件一樣隨地亂滾……國家完全瘋狂了，他們向手無寸鐵的人民下手了，廣場上腥風血雨。所有這一切，無非是因為人民中一部分特別敏感的人（知識分子）行使了思想的權利，無非是這些人說出了自己的思想，他們就不幹了，就瘋狂了。在整個「明史案」中，被誅殺的人竟達70人之多。
國家機器像野獸一樣凶殘，內心充斥著一種變態的殘忍慾望，主要人犯的鮮血也不能滿足它的渴求——莊廷瓏、莊允城雖已身死，仍被掘墓剖棺，梟首碎骨，莊廷瓏的屍體被懸吊在杭州城北關城牆上示眾達3個月之久，後被寸磔，骨架被拋入護城河，其家人無一倖免；朱佑明被凌遲處死以後，妻子徐氏吞金自盡，朱念紹、朱彥紹、朱克紹等3個兒子和侄子朱繹先與朱佑明一道被斬首，不滿15歲的幼子發配戍邊，家眷流放，家產被抄沒；參與修訂的18人當中，活著的17人全部被誅殺，死去的那個人被從棺材中挖出屍體肢解成36塊，其9歲的兒子也被誅殺；刻字工湯達甫、印刷工李祥甫，雖僅是為養家餬口而招攬生意，也慘遭屠戮。
我再簡單交代一下出現在故事中另外一些人的下場：湖州市長譚希閔以隱匿罪被絞殺；自以為首告和獻書有功的趙君宋因藏「逆書」而被處斬；湖州市離休市長陳永明自知難逃劈毀書版滅失罪證之罪，在山東自殺身亡，清廷派人將其屍體運到杭州，當眾磔屍36塊，就連他的弟弟、江寧知縣陳永賴也被絞殺。
我們談論的是知識分子話題，很有必要知道在這場慘絕人寰的「文禍」大屠殺中，還有哪些知識分子命喪黃泉？據我瞭解有如下諸人：張寯，博士弟子，藏書甚豐，於經史百家無不得其旨趣，著有《西廬詩草》四卷，曾經參與修訂《明史輯略》中明代理學家傳記的寫作。「明史案」發作時張寯已經70多歲，3年前因感慨世事紛爭、禍福不定而削髮為僧，遁入空門，被逮捕時正在靈隱寺誦經，也沒有逃脫被誅殺的命運，全家男女老小均鋃鐺入獄，或者殺掉，或者流徙，家破人亡；蔣麟征，字西宿，其人詩文敏妙，風姿綽約，因為家境困難不得已接受莊氏招聘參與《明史輯略》修訂，後來覺得苦不堪言，沒有最後完成，竟也遭到誅殺；茅元銘，字鼎叔，以明經為學，少有文名，參加《明史輯略》編纂僅數月就辭職不幹了，結局與蔣麟征無異，也是全家抄沒，被凌遲處死；湖州名士吳之鏞、吳之銘兄弟、進士韋明傑之子韋全祉均被斬首；為《明史輯略》作序的李令皙寧致死也沒有供出真正作序的陶鑄，被凌遲處死以後，其4個兒子無一倖免，均被斬殺。李令皙最小的兒子剛滿16歲，法官悲憫，暗示他減供1歲，逃過劫殺，這個剛烈少年卻說：「父親兄長既已被殺，吾豈能獨活？！」慨然赴死。
與此形成鮮明對照的是，地痞流氓吳之榮反而成為了國家英雄，不僅得到莊允城與朱佑明一半家產的獎勵，還當上了「右僉都御史」，就是說，成為了國家權力大廈上的一塊磚石——這不能說吳之榮榮幸，只能說國家權力具有與流氓無賴相同的特性，吳之榮附著在這裡嚴絲合縫，可丁可卯。據此我們可以認為，所有冠冕堂皇的皇上、皇權、宮廷等等組成國家機器的東西，都具有與吳之榮之類卑劣靈魂相同的質地和特性。
讓我們稍感熨帖的是，在人間泯滅正義與良知，殘忍和凶暴恣意橫行的時候，老天爺說話了：一位叫范韓的文人在《范氏記私史事》記載，康熙四年（1665）七月，「吳之榮歸自閩中，行至半山，狂風驟起，雷電交加，之榮隨成瘧疾，寒熱夾攻，兩日而死，人皆稱為天雷擊死之。」