陰陽，本篇系指脈象而言。別，另外、特殊的意思。由於本篇所論脈之陰陽，側重於其在三陰三陽經病證診斷方面的意義，與他篇所說的陰陽含義有所不同，故名《陰陽別論》。正如明·吳昆《素問吳注》云：「此篇言陰陽與常論不同，自是一家議論，故曰別論。」
１脈象與四時的相應關係及其分類、主病和預後。
２各經的部分病變、證候、傳變及其預後。
黃帝問曰：人有四經，十二從，何謂？岐伯對曰：四經應四時；十二從應十二月；十二月應十二脈。
脈有陰陽，知陽者知陰，知陰者知陽。
凡陽有五，五五二十五陽。
所謂陰者，真髒也。見則為敗，敗必死也。
所謂陽者，胃脘之陽也。
別於陽者，知病處也，別於陰者，知生死之期。
三陽在頭，三陰在手，所謂一也。
別於陽者，知病忌時，別於陰者，知死生之期。
謹熟陰陽，無與眾謀。
所謂陰陽者，去者為陰，至者為陽，靜者為陰，動者為陽，遲者為陰，數者為陽。
凡持真脈之藏脈者，肝主懸絕急，十八日死；心至懸絕，九日死；肺至懸絕，十二日死；腎至懸絕，七日死；脾至懸絕，四日死。
曰：二陽之病發心脾，有不得隱曲，女子不月；其傳為風消，其傳為息賁者，死不治。
曰：三陽為病發寒熱，下為癰腫，及為痿厥，腨(肙)；其傳為索澤，其傳為(頹)疝。
曰：一陽發病，少氣，善咳，善洩；其傳為心掣，其傳為隔。
二陽一陰發病，主驚駭、背痛、善噫、善欠，名曰風厥。
二陰一陽發病，善脹、心滿善氣。
三陰三陽發病，為偏枯萎易，四肢不舉。
鼓一陽曰鉤，鼓一陰曰毛，鼓陽勝急曰弦，鼓陽至而絕曰石，陰陽相過曰溜。
陰爭於內，陽擾於外，魄汗未藏，四逆而起，起則熏肺，使人喘嗚。
陰之所生，和本曰和。
是故剛與剛，陽氣破散，陰氣乃消亡。
淖則剛柔不和，經氣乃絕。
死陰之屬，不過三日而死，生陽之屬，不過四日而死。
所謂生陽死陰者，肝之心謂之生陽，心之肺謂之死陰，肺之腎謂之重陰，腎之脾謂之辟陰，死不治。
結陽者，腫四支。
結陰者，便血一升，再結二升，三結三升。
陰陽結斜，多陰少陽曰石水，少腹腫。
二陽結，謂之消。
三陽結，謂之隔。
三陰結，謂之水。
一陰一陽結，謂之喉痺。
陰搏陽別，謂之有子。
陰陽虛，腸澼死。
陽加於陰，謂之汗。
陰虛陽搏，謂之崩。
三陰俱搏，二十日夜半死；二陰俱搏，十三日夕時死；一陰俱搏，十日死；三陽搏且鼓，三日死；三陰三陽俱搏，心腹滿，發盡不得隱曲，五日死；二陽俱搏，其病溫，死不治，不過十日死。
黃帝問道：人有四經十二從，這是什麼意思？
歧伯回答說：四經，是指與四時相應的正常脈象，十二從，是指與十二個月相應的十二經脈。 脈有陰有陽，能瞭解什麼是陽脈，就能知道什麼是陰脈，能瞭解什麼是陰脈，就能知道什麼是陽脈。陽脈有五種，就是春微弦，夏微鉤，長夏微緩，秋微毛，冬微石。五時各有五臟的陽脈，所以五時配合五臟，則為二十五種陽脈。所謂陰脈，就是脈沒有胃氣，稱為真髒脈象真髒脈是胃氣已經敗壞的象徵，敗像已見，就可以斷其必死。所謂陽脈，就是指有胃氣之脈。辨別陽脈的情況，就可以知道病變的所在；辨別真髒脈的情況，就可以知道死亡的時期。三陽經脈的診察部位，在結喉兩旁的人迎穴，三陰經脈的診察部位，在手魚際之後的寸口。一般在健康狀態之下，人迎與寸口的脈象是一致的。辨別屬陽的胃脈，能知道時令氣候和疾病的宜忌；辨別屬陰的真髒脈，能知道病人的死生時期。臨證時應謹慎而熟練地辨別陰脈與陽脈，就不致疑惑不絕而眾議紛紜了。
凡診得無胃氣的真藏脈，例如：肝脈來的形象，如一線孤懸，似斷似絕，或者來得弦急而硬，十八日當死；心脈來時，孤懸斷絕，九日當死；肺脈來時，孤懸斷絕，十二日當死；腎脈來時，孤懸斷絕，七日當死；脾脈來時，孤懸斷絕，四日當死。
一般地說：胃腸有病，則可影響心脾，病人往往有難以告人的隱情，如果是女子就會月經不調，甚至經閉。若病久傳變，或者形體逐漸消瘦，成為「風消」，或者呼吸短促，氣息上逆，成為「息賁」，就不可治療了。 一般地說：太陽經發病，多有寒熱的症狀，或者下部發生癰腫，或者兩足痿弱無力而逆冷，腿肚酸痛。若病久傳化，或為皮膚乾燥而不潤澤，或變為頹疝。
一般的說：少陽經發病，生發之氣即減少，或易患咳嗽，或易患洩瀉。若病久傳變，或為心虛掣痛，或為飲食不下，阻塞不通。
陽明與厥隱發病，主病驚駭，背痛，常常噯氣、呵欠，名曰風厥。少陰和少陽發病，腹部作脹，心下滿悶，時欲歎氣。太陽和太陰發病，則為半身不遂的偏枯症，或者變易常用而痿弱無力，或者四肢不能舉動。
脈搏鼓動於指下，來時有力，去時力衰，叫做鉤脈；稍無力，來勢輕虛而浮，叫做毛脈；有力而緊張，如按琴瑟的弦，叫做弦脈；有力而必須重按，輕按不足，叫做石脈；既非無力，又不過於有力，一來一去，脈象和緩，流通平順，叫做滑脈。
陰陽失去平衡，以致陰氣爭勝於內，陽氣擾亂於外，汗出不止，四肢厥冷，下厥上逆，浮陽熏肺，發生喘鳴。
陰之所以不能生化，由於陰陽的平衡，是謂正常。如果以剛與剛，則陽氣破散，陰氣亦必隨之消亡；倘若陰氣獨盛，則寒濕偏勝，亦為剛柔不和，經脈氣血亦致敗絕。
屬於死陰的病，不過三日就要死；屬於生陽的病，不過四天就會痊癒。所謂生陽、死陰：例如肝病傳心，為木生火，得其生氣，叫做生陽；心病傳肺，為火克金，金被火消亡，叫做死陰，肺病傳腎，以飲傳陰，無陽之候，叫做重陰；腎病傳脾，水反侮土，叫做辟陰，是不治的死症。
邪氣鬱結於陽經，則四肢浮腫，以四肢為諸陽之本；邪氣鬱結於陰經，則大便下血，以陰絡傷則血下溢，初結一升，再結二升，三結三升；陰經陽經都有邪氣鬱結，而偏重於陰經方面的，就會發生「石水」之病，少腹腫脹；邪氣鬱結於二陽（足陽明胃、手陽明大腸），則腸胃俱熱，多為消渴之症；邪氣鬱結於三陽（足太陽膀胱、手太陽小腸），則多為上下不通的隔症；邪氣鬱結於三陰（足太陰脾、手太陰肺），多為水腫膨脹的病；邪氣鬱結於一陰一陽（指厥陰和少陽）多為喉痺之病。
陰脈搏動有力，與陽脈有明顯的區別，這是懷孕的現象；陰陽脈（尺脈、寸脈）具虛而患痢疾的，是為死症；陽脈加倍於陰脈，當有汗出，陰脈虛而陽脈搏擊，火迫血行，在婦人為血崩。
三陰（指手太陰肺、足太陰脾）之脈，俱搏擊於指下，大約到二十天半夜時死亡；二陰就（指手少陰心、足少陰腎）之脈俱搏擊於指下，大約到十三天傍晚時死亡；一陰（指手厥陰心胞絡、足厥陰肝）之脈俱搏擊於指下，而鼓動過甚的，三天就要死亡；三陰三陽之脈俱搏，心腹脹滿，陰陽之氣發洩已盡，大小便不通，則五日死；三陽（指足陽明胃、手陽明大腸）之脈俱搏擊於指下，患有溫病的，無法治療，不過十日就要死了。