別，另外的。同「陰陽別論」一樣，本篇所論述有關臟腑的內容與其它篇章不同，自成一家之言，所以篇名為「五臟別論」。本篇著重討論了奇恆之腑、傳化這腑的概念、功能特點，以及五臟六腑的總體功能、功能特點。同時討論了切寸口脈診病的道理，診斷疾病的一般方法，並指出了信巫不信醫的危害性。
新校正云：按全元起本在第五卷。１
黃帝問曰：余聞方士，或以腦髓為藏，或以腸胃為藏，或以為府，敢問更相反，皆自謂是，不知其道，願聞其說。岐伯對曰：腦髓骨脈膽女子胞，此六者地氣之所生也，皆藏於陰而像於２地，故藏而不瀉，名曰奇恆之府。夫胃大腸小腸三焦膀胱，此五者，天氣之所生也，其氣象天，３４故瀉而不藏，此受五藏濁氣，名曰傳化之府，此不能久留輸瀉者也。魄門亦為五藏使，水谷不得久藏。所謂五藏者，藏精氣而不瀉也，故滿而不能實。六府者，傳化物而不藏，故實而不能滿也。所以然者，水谷入口，則胃實而腸虛;食下，則腸實而胃虛。故曰實而不滿，滿而不實５也。帝曰：氣口何以獨為五藏主?岐伯曰：胃者，水穀之海，六府之大源也。五味入口，藏於胃以養五藏氣，氣口亦太陰也。是以五藏六府之氣味，皆出於胃，變見於氣口。故五氣入鼻，藏６７於心肺，心肺有病，而鼻為之不利也。凡治病必察其下，適其脈，觀其志意，與其病也。拘於鬼神者，不可與言至德。惡於針石者，不可與言至巧。病不許治者，病必不治，治之無功矣。
１方士：懂方術之人，即醫生。
２奇恆之府：高士宗註：「奇，異也;恆，常也，言異於常府也」。
３傳化之府，此不能久留，輸瀉者也：王冰註：「言水谷入已，糟粕變化而瀉出，不能久久留住於中，但當化己輸瀉令出而己，傳瀉諸化，故曰傳化之府」。
４魄門：魄，通「粕」。魄門，即肛門。
５實而不滿，滿而不實：滿指精氣，實指水谷。五臟主藏精，宜保持精氣盈滿;六腑主傳化水谷，宜保持水谷充實。
６察其下：新校正云：「按《太素》作必察其上下」。
７志意：即精神狀態。
黃帝問道，我聽懂得醫方的一些人說：有的把腦髓作為髒，有的把腸胃作為髒，有的又把腸胃作為腑。他們的看法完全相反，但都認為自己是正確的，我不知道他們誰說的正確，希望聽您談一下這個問題。岐伯回答說，腦、髓、骨、脈、膽、女子胞宮，這六種臟器是稟受地氣而生的，它們功能特點都是藏蓄陰精，就像大地藏載萬物一樣，宜蓄藏而不妄瀉，名叫「奇恆之腑」。胃、大腸、小腸、三焦、膀胱，這五種臟器是稟承天氣而生的，它們的功能特點就像天體一樣運轉不息，所以只輸瀉而不蓄藏。它們將水谷精氣傳授給五臟，名叫「傳化之腑」，飲食物不能在此久久停留，經變化後精華的吸收，糟粕排出體外，肛門也為五臟役使，使飲食物不能在此久藏。我們所說的五臟，它們的功能特點是藏蓄精氣而不妄瀉，所以只為精氣充滿，而不為水谷充實。我們所說的六腑，它們的功能特點是傳導變化之物而不蓄藏，所以只能為水谷充實，而不能為精氣充滿。致所以是這個樣子的原因，飲食物從口進入胃以後，這時胃是充實的而腸道
是空虛的;當飲食物從胃下行到腸道以後，這時胃是空虛的而腸道是充實的，所以說六腑是「實而不滿」，五臟是「滿而不實」。黃帝問道，診察寸口的脈為什麼能診斷全身五臟六腑的疾病?岐伯回答說，胃是人身水谷匯合之處，是六腑的最大源泉。飲食五味進入口，貯藏於胃，化生精微物質，充養五臟，寸口屬於太陰肺經部位，手太陰肺經起於胃中，因為這樣，所以五臟六腑的精氣來源於胃，而從寸口上表現出來。臊焦香腥腐五氣入鼻，藏於心肺二髒，心肺發生病變，鼻孔就不通利。凡是在治療疾病的時候，必須問清病人二便的情況，辨別脈搏的變化，觀察病人的精神意識變化及與疾病有關的其它一些情況。拘泥於鬼神的的人，無法同他講述高深醫學理論;害怕針刺砭石的人，無法同他討論醫治的技巧;不願意治療的病人，不必勉強地去給他治療，勉強地治療是收不到好的治療效果的。