戒嚴時期，草山行館是全台機樞之地，不知多少大事決策在此拍板。但蔣介石辭世後，地方原建議改建為紀念館，因蔣經國主張產權交還原單位而作罷，所以行館鐵門深鎖、憲警撤哨，更因杳無人跡，產權複雜，閒置荒廢在蔓草間，使蔣介石生活遺跡不復辨識。〔由於草山行館土地本屬「國有財產局」所有，建築產權屬台糖公司，因此草山行館在軍方撤哨後，系由當時的陽明山管理局管理，並因陽明山管理處於1980年12月裁撤，是以一併轉交台糖接管。由於台糖評估此處屬於陽明山公園預定地，沒有太大開發用途，且房屋老舊，地板、天花板因潮濕而斑駁腐爛，因此台糖於1982年商請台北市接管，並將行館暨附近六幢行館侍從人員居所賣給台北市政府。之後行館系由市政府公園處陽明山管理所就近管理。〕
1984年，市政府曾將行館略作整修，部分傢俱移放台北賓館，也將一幢侍從居所整修為首長招待所。不過囿於經費，無法全面整修，行館始終空蕩蕩的，無人進住，建材腐朽，自大陸攜來的臥床和木櫃破敗棄置，許多舊桌椅、老式漆器燈飾、字跡文物散亂一地，甚至一張宋美齡提醒蔣介石「救命丸在鐵盒裡」的字條也胡亂丟在地上。
陳水扁當選台北市長後，因認為官邸閒置過於浪費，因此決定草山行館應轉型為歷史與藝文展覽空間，並指示市政府盡速修繕，之後行館迅速於1998年開放。這也是陳水扁繼收回士林官邸並對市民開放、拆除蔣緯國外雙溪別墅後，又一次針對蔣家房舍採取的動作。
1998年3月，馬英九擊敗陳水扁並出任台北市長，持續整修後側主館，並找到1950年幫蔣介石整修行館的李重耀建築師接手整建，建材也從日本進口，務求修舊如舊，雖面臨設計工圖因牽涉機密、年代久遠後不知流落何方等問題，仍於2003年4月5日舉行開館典禮，成為藝文沙龍，並登錄為歷史建築，耗資約2100多萬新台幣。維修後的草山賓館，走進西式石砌拱門後先會進入一棟英式房舍，便是以蔣介石廬山別墅為名的「美廬」大廳；經過穿堂右轉日式走廊，宋美齡畫室兼臥室更名為「萃英堂」；隔壁較大的蔣介石書房兼臥房則更名為「大雅堂」。走廊盡頭兩面采光的小客廳更名為「介壽堂」，放置照片與各項蔣介石用品。例如蔣介石參加婚禮的大禮服、第二任妻子陳潔如的照片，以及一張於1965年4月17日換發、蔣介石所有、「中華民國」編號Y10000001的第一張身份證復本，職業欄上登記為「總統」。草山行館也商請長期製作蔣介石貼身衣服、來自上海霞飛路的西服店老闆許金地，重制一件肩掛五星等尺寸軍常服在館中展示。
◆火災後的草山行館
2007 年4 月7 日凌晨，台北市消防局勤務中心接獲報案稱草山行館火災。之後陽明山消防分隊到達火警現場。從接到警報到趕赴現場，大約15分鐘時間，行館產生大面積的燃燒，實為罕見。到達現場的消防隊在建築外圍拉上黃色膠條，濃煙滾滾，焦油味熏天，石牆內部的檜木結構付之一炬。時值台灣當局「去蔣化」的風口浪尖，蔣介石的草山行館莫名起火，引得民眾心生揣測。歷史沿革，政權更迭，遺留的歷史建築和文物是時代的見證者，但它們卻因自己的政治屬性而難逃噩運。
◆蔣介石的身份證( 復刻件)
草山行館內展示著蔣介石來台之後的許多文物資料，其中引人注目的便是台灣第一張身份證，編號Y10000001，姓名欄中書寫「蔣中正」，於1965 年4 月17 日頒發。身份證上的黑白照片是蔣介石晚年採用的標準照，照片中的蔣介石神情慈祥，嘴角略微上揚，眼神中散發出老年人的安寧。據說，蔣介石也有怪異的癖好，喜愛照相而不愛照鏡，家中的鏡子往往蒙上白布，而許多照片流傳於世。
由於規劃得宜，草山行館成為陽明山藝文活動及資源總站，並成為民眾熱門婚紗照景點。不過2007年4月7日凌晨，蔣介石逝世紀念日後一天，台北市消防局接獲行館旁住戶報案，草山行館突然起火，一發不可收拾。雖動員消防水車16部、救護車2部和50名消防警力投入搶救，但已無濟於事，行館下方高架木與泥土隔間牆都被燒燬坍塌，建築幾乎毀損殆盡，僅部分磚石結構留存。
◆修復後的草山行館
草山行館遭遇火災後，台北市文化局力邀曾經兩度修建草山行館的國寶級古跡修復專家李重耀加入重建行列。83 歲高齡的李老先生拄著枴杖，來到浴火之後的草山行館，走在滿地的碎玻璃、磚塊、木材殘渣的瓦礫堆中，不無心疼地感歎：「每根柱子、每一扇門、每塊材料都投入過真感情。」在李重耀的認知中，「『國定』古跡與歷史建築修復與一般建築修復不同，依規定，修建後的樣貌、色澤、材料，要盡量恢復原貌」，在此前參與的兩次重建過程中，李重耀對每一根柱子、每一扇門、每塊材料都細細琢磨，到底要整支木材都換，還是部分取代，他都經過深思熟慮。修復後的草山行館煥然一新，在陽光下閃耀著光輝，從外觀上看，與2007年遭遇大火肆虐前的行館相似度達到百分之百。大片的木板和樑柱，建材全部使用草山行館興建之初時使用的檜木和杉木，極具特色的黑屋瓦亦保留，只是當年日本製造的黑瓦已被不同製法的黑熏片所取代。
由於正值民進黨發動「去蔣化」，相關部門態度十分保守。文化局估計，草山行館內部木造結構皆燒燬，損失巨大，所幸文物多屬複製品，只有宋美齡一幅蘭花畫為真品，加上台北市相關單位之前對草山行館的調查研究相當詳盡，因此復建在技術上不是大問題。
台北市長郝龍斌到場後除表示一定要修復，也強調所有歷史建築及古跡無辜也無價，任何政治人物都可接受批評，但不應將古跡或文物作為批判的工具。
蔣家後代、國民黨立委蔣孝嚴質疑，這把火在整個「去蔣化」氛圍濃厚時刻，原因並不單純。最後警方則確定，系使用汽油等助燃劑的縱火案件，不過兇手已無從追查。所幸草山行館二次整修時，建築師仔細地把施工圖保留下來，只需到日本找到工匠就能復原行館特殊的黑瓦。台北市政府也表示會盡快恢復舊觀，並重新開放公眾使用。
之後，台北市文化局全心投入進行重建工程，並委由胡宗雄建築師團隊歷經一年四個月，按照行館的原設計樣式、工法與格局，選用原材料的檜木與杉木，修舊如舊，讓行館風華再現；唯屋瓦原版因已停產，只能從日本進口形似者加以鋪設。
這次重建工程並特別保留祝融元素，包括常設展間有利用焦黑碳化屋樑設計的觀展座椅；主餐飲空間「飲和堂」地板強化玻璃下可見祝融紋身的地基；室內廊道有兩面可透視昔日修復手法的展示牆「小舞壁」與「木摺壁」。室外廊道更可居高臨下，一覽台北各個季節美景。
2012年元旦，在各方的注目之下，草山行館以「老故事，新風貌」的主題重新開放，除週一休館外，每日上午9點到晚間10點開放，3月底前並開放民眾免費入場參觀。目前行館前後規劃有兩間展示空間，前展間有草山行館大事紀、草山介紹及不定期展覽；有著壁爐的後展間則復刻情境，展示蔣介石的軍常服及結婚晨禮服。70餘張珍貴歷史照片呈現在每個空間裡。
特別為呼應草山行館歷史意象，當地還推出特色餐點，不同於過去未燒燬前行館販售牛肉麵等「蔣介石菜」，這次菜色以蘇杭口味時令菜色為主，推出包括「蔣介石私房菜——獅子頭」等菜餚，希望透過味蕾，遙想故舊情懷滋味。
特別為吸引陸客上門，營運單位也引進台灣在地文創設計，以草山為主題進行商品開發，每季更換主題販售。
草山行館這番重建開放，為當地的文史、觀光又帶來了新的氣象，台北市當局更希望借此提供新的觀光景點資源，成為營銷台北的熱門景點，以招攬陸客人氣，同時提供遊客憑弔當年蔣介石生活起居、接待外賓、運籌帷幄的光景。
只是，草山行館從落成的那天開始，就未擺脫其濃厚的政治象徵意義，是否還會為它在未來的歲月裡帶來麻煩，誰也不敢打包票。
倒是從草山行館的起起伏伏，正可窺見「兩蔣」在台的歲月縮影，幕起幕落，俱成往事。功過雖已交給歷史，依舊反映出歲月的落寞無情。
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◆《草山行館》（油畫，趙宗冠）
趙宗冠1935 年出生於彰化秀水，後入東海大學美術系進修，是中山醫學院畢業之婦產科醫學博士，幾年來連年擔任台灣省美術展評審。他近年來大展宏圖，力圖發揮愚公移山之精神，呼喚眾人關愛台灣本土。在其畫展序言中，趙畫家深情寫道：「我懷著摯熱的情感，呼籲國人要從各種角度來愛護自己的土地——寶島台灣。因此我要『一步一腳印，台灣畫透透』。我以畫筆來傾我對鄉土關愛。承各縣市文化中心、社教館、美術館之邀，我一縣市一縣市，一地區一地區旅遊寫生，然後展出該縣市地區的美景風光及我多年來的得獎作品，慶幸的是在各地頗獲方家，媒體及民眾之鼓勵與認同，讓個人頗感溫馨。」（上圖）
◆草山國際藝術村的藝術家工作室
草山行館遭遇祝融之後經過整修恢復一新，環繞行館的四棟山間小屋也以「草山國際藝術村」之姿得以重生，讓山上多了一處尋幽探藝的空間。藏身山林的四棟石屋原是蔣介石扈從侍衛居住的宿舍，有別於草山行館正館日式典雅的風格，它們造型簡樸，在樹木叢中平添幾分恬適的歐式氣息。由於遠離市區，這些藝術家工作室仿若置身世外桃源，訪客也多是誤打誤撞進來的山中遊客，常常因奇妙的藝術空間而駐足流連。（下圖）
