1996年，暢議「空間解嚴」的陳水扁要求李登輝主政的「總統府」返還士林官邸這塊屬於台北市政府的土地，當時「總統府」以宋美齡仍在世且隨時可能返台居住為由，只歸還土地與花園，但拒絕歸還正房。因此陳水扁當年即收回士林官邸花園並開放市民使用，官邸正房仍由「國安局」特勤小組24小時輪流看管，並未對外開放。
陳水扁隨即借饋贈101歲生日禮物、刻有100種不同字體的「壽」字水晶樽向宋美齡祝壽之便，宣稱將積極推動官邸正房作為「蔣總統介石先生紀念館」開放。不過宋美齡並未回應，僅通過「中華婦女聯合會」秘書長嚴倬雲回贈禮品。當時「總統府」也表示，基於尊重前「國家元首」及遺孀，目前「不具急迫性」，不宜開放，代宋美齡婉拒。
2000年，陳水扁當選，雖將官邸憲警全數撤離，僅剩3名老人看管，但他硬是拒絕台北市長馬英九所提返還官邸管理權要求。倒是馬英九於2000年7月由當時「文化局長」龍應台指定士林官邸為第93號市定古跡，且更名為「蔣中正·宋美齡故居」，簡稱「蔣宋故居」，以記錄蔣宋兩人起居、生活與其間發生的歷史，並彰顯宋美齡作為20世紀現代女性對台灣的特殊貢獻。
陳水扁則不甘示弱，主動宣佈於2000年10月31日蔣介石誕辰開放官邸正房一日，公開讓民眾參觀，引發馬英九不滿，強調官邸已是古跡，開放應先提交計劃審議。民進黨藉機反擊馬英九為反對而反對，「對國家元首不尊重莫此為甚」。市政府則由龍應台出面，強調是否開放是專業問題非政治問題，一方面，官邸正房50年未曾有大批人潮進入，樓地板承重量、文物保險與防火等安全問題都需顧慮；此外，開放前必須清點官邸內文物並造冊，並經家屬同意，因此台北市將先邀蔣方智怡清點士林官邸文物，「文化的歸文化，政治的歸政治」。
事實上，士林官邸狀況雖大致良好，但已陸續出現多處破壞，包括正房木地板下陷、皸裂滲水，門窗白蟻蛀蝕與雨水侵襲，需要進一步修繕。不過相關部門能拖就拖，甚至還質疑官邸只是老舊沒法收回的宿舍用地，讓蔣家長媳蔣徐乃錦很難堪。反倒是凱歌堂長久遭受白蟻肆虐，影響建築安全，經台北市政府著手修復，已恢復週日證道活動。
台北市長郝龍斌就職後，也積極推動士林官邸開放工作，整修相關設施。
◆五星上將，特指美國的最高軍銜，歷史上只有十人獲此殊榮，在第二次世界大戰期間，通常頒發給戰功卓著的戰場指揮官，相當於其他國家的元帥。蔣介石的五星上將軍銜，則是中華民國國民黨統治時期專門為蔣介石設立的軍銜。蔣介石逝世之後六年，設立五星上將的特例廢止，歷史上再不會有五星上將。